genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21566785--21567052	43	6.3	43	84	1	351	23	27	20	28	1.99
21566785--21567036	128	2.0	128	90	1	398	23	26	20	29	1.99
21566785--21567052	86	3.1	86	89	2	396	23	27	20	28	1.99
21566807--21567096	86	3.4	85	85	2	294	22	27	20	30	1.98
21567721--21567780	17	3.5	17	75	8	59	36	1	16	45	1.58
21567724--21567807	34	2.3	36	86	8	109	34	1	16	47	1.55
21567748--21567908	46	3.3	46	69	17	133	34	1	17	47	1.56
21567724--21567780	9	6.8	8	76	7	51	33	1	17	47	1.58
21567754--21567809	17	3.1	17	74	18	58	37	0	14	48	1.44
21568521--21568567	21	2.2	21	84	0	58	46	0	12	40	1.42
21570262--21570321	31	1.9	31	96	0	111	33	23	15	28	1.94
21571956--21572164	100	2.0	104	86	6	291	26	12	12	48	1.77
21572063--21572287	117	1.9	116	94	1	398	24	13	12	49	1.76
21572267--21572531	136	1.9	136	93	0	458	26	17	13	42	1.86
21572668--21572701	14	2.4	14	90	0	50	32	41	0	26	1.56
21572693--21572727	8	4.5	8	85	7	54	40	48	0	11	1.39
21572679--21572727	23	2.2	22	89	10	73	38	46	0	14	1.44
21572964--21573007	23	2.0	23	90	4	72	34	36	0	29	1.58
21573292--21573658	114	3.2	114	92	1	612	24	26	23	25	2.00
21573731--21573756	12	2.2	12	100	0	52	46	23	15	15	1.83
21574101--21574125	6	4.2	6	100	0	50	0	16	16	68	1.22
21578976--21579284	159	2.0	156	80	7	356	26	18	15	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21582156--21582235	27	3.0	26	77	13	81	28	23	15	32	1.95
21584566--21584592	12	2.2	12	100	0	54	70	7	7	14	1.32
21585892--21585925	15	2.3	15	89	0	50	32	29	17	20	1.96
21590328--21590376	23	2.1	23	85	14	66	59	6	8	26	1.50
21598366--21598396	16	1.9	16	93	0	53	32	25	16	25	1.96
21611379--21611487	50	2.2	49	86	4	148	32	20	23	23	1.98
21611379--21611487	25	4.4	24	78	14	114	32	20	23	23	1.98
21614715--21614752	20	1.9	19	94	5	67	28	28	5	36	1.79
21623571--21623600	15	2.0	15	100	0	60	53	6	20	20	1.67
21624612--21624677	26	2.6	26	83	7	73	15	25	22	36	1.93
21629467--21629512	19	2.5	18	86	10	58	45	13	4	36	1.63
21636665--21636698	17	2.0	17	88	0	50	76	14	2	5	1.09
21639388--21639485	49	2.0	49	93	0	169	40	11	12	35	1.78
21658211--21658249	20	2.0	20	84	0	51	38	2	15	43	1.60
21664214--21664258	8	5.1	8	80	19	54	40	0	2	57	1.11
21664214--21664252	20	2.0	20	94	0	69	41	0	2	56	1.13
21668169--21668204	18	1.9	19	88	5	56	38	0	8	52	1.32
21672739--21672796	27	2.1	27	84	6	73	13	41	0	44	1.44
21672741--21672784	21	2.1	21	87	8	63	13	36	0	50	1.42
21679322--21679422	18	5.6	18	77	3	87	27	16	18	36	1.93
21679308--21679422	38	3.1	37	77	9	126	27	16	19	36	1.93
21679314--21679423	36	2.9	37	79	5	132	28	17	18	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21680429--21680476	6	7.8	6	90	2	60	16	25	0	58	1.38
21685761--21685830	22	3.2	22	77	0	68	11	7	18	62	1.50
21685761--21685833	11	6.6	11	75	0	56	12	6	17	63	1.50
21685785--21685860	36	2.2	33	81	6	80	17	6	14	61	1.53
21695110--21695144	18	1.9	18	88	11	54	60	0	5	34	1.21
21695829--21695856	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
21695910--21695940	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
21703263--21703320	30	1.9	30	82	6	73	29	6	1	62	1.31
21704560--21704589	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
21704672--21704705	14	2.3	15	90	5	52	47	11	5	35	1.65
21708752--21708791	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
21708760--21708826	34	1.9	35	84	3	91	32	10	11	44	1.75
21708775--21708814	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
21710172--21710241	27	2.6	27	80	8	79	51	20	2	25	1.61
21711847--21712215	40	9.1	40	66	25	152	39	8	10	41	1.70
21712124--21712215	39	2.3	40	89	10	145	35	9	9	44	1.71
21719246--21719469	49	4.6	49	85	2	272	26	32	15	25	1.95
21723065--21723288	76	2.9	75	84	3	288	24	20	22	31	1.98
21723222--21723324	36	2.9	36	77	8	111	24	20	23	32	1.98
21726584--21726616	13	2.7	12	90	9	57	75	0	9	15	1.03
21729482--21729637	26	6.0	25	78	10	136	25	14	25	35	1.93
21729456--21729635	52	3.4	52	82	4	184	23	13	25	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21733797--21733833	18	2.1	18	90	10	58	40	2	24	32	1.69
21740611--21740661	25	2.0	25	92	0	84	27	15	23	33	1.95
21745311--21745337	10	2.7	10	100	0	54	44	0	0	55	0.99
21745326--21745358	16	2.0	17	94	5	59	42	6	0	51	1.26
21762935--21762964	15	1.9	16	93	6	53	53	6	0	40	1.27
21763492--21763529	20	1.9	20	88	0	58	28	2	5	63	1.30
21764160--21764197	20	1.9	20	94	0	67	50	0	0	50	1.00
21764299--21764385	39	2.2	40	83	6	106	37	2	8	51	1.44
21766125--21766174	26	1.9	26	95	0	91	28	12	20	40	1.87
21767248--21767306	3	20.0	3	86	10	86	66	0	1	32	1.02
21767313--21767353	16	2.6	16	85	11	57	73	9	17	0	1.09
21768371--21768466	24	4.0	23	81	10	113	13	27	23	35	1.93
21768351--21768498	48	3.0	49	77	11	133	18	27	20	33	1.96
21769991--21770047	27	2.1	27	93	3	96	42	8	0	49	1.34
21770047--21770077	12	2.7	12	95	5	55	87	9	3	0	0.66
21770107--21770180	27	2.7	27	89	0	103	27	20	43	9	1.82
21770229--21770306	18	4.5	17	78	15	72	66	0	33	0	0.92
21770231--21770302	10	6.6	10	73	17	54	68	0	31	0	0.90
21770231--21770307	24	3.3	23	72	13	68	68	0	31	0	0.90
21770234--21770307	14	5.1	13	71	25	51	68	0	31	0	0.89
21770249--21770337	38	2.5	35	87	7	117	64	1	33	1	1.09
21770251--21770310	10	6.2	10	74	14	54	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21770234--21770310	34	2.6	28	74	25	79	67	0	32	0	0.91
21771460--21771496	17	2.2	17	100	0	74	45	8	16	29	1.76
21772807--21772839	17	1.9	17	93	0	57	6	3	6	84	0.84
21772840--21772907	28	2.5	28	90	9	106	48	0	10	41	1.37
21772945--21772984	19	2.2	18	90	4	62	70	5	0	25	1.08
21772945--21772995	18	2.7	19	87	3	68	66	7	0	25	1.18
21773673--21773760	35	2.5	36	78	16	94	1	30	0	68	0.97
21773726--21773788	10	6.5	10	70	14	51	1	33	0	65	1.03
21773726--21773800	34	2.5	28	72	25	73	1	33	0	65	1.01
21773670--21773810	18	8.0	17	68	17	67	0	33	0	65	0.97
21773766--21773808	22	1.9	23	85	4	61	0	30	0	69	0.88
21773937--21773980	17	2.5	17	85	3	61	4	4	4	86	0.79
21780436--21780476	21	2.0	21	95	0	73	24	24	29	21	1.99
21782709--21782750	13	3.4	13	74	12	52	38	4	2	54	1.34
21793721--21793747	4	6.8	4	100	0	54	25	0	48	25	1.52
21795264--21795294	14	2.2	14	94	0	53	25	0	29	45	1.54
21804187--21804273	27	3.2	27	91	3	131	42	22	16	18	1.89
21804197--21804344	71	2.1	72	85	3	201	41	20	17	20	1.91
21804270--21804347	27	2.9	26	83	5	93	42	16	17	23	1.89
21810428--21810466	13	3.0	12	85	14	51	53	15	17	12	1.72
21812477--21812594	37	3.5	36	82	13	144	33	27	10	27	1.89
21812783--21812992	41	5.1	41	93	0	339	23	28	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21813213--21813256	17	2.7	17	89	6	65	43	18	2	36	1.63
21821957--21822113	43	3.7	41	75	10	111	26	16	25	31	1.96
21836083--21836140	22	2.7	21	76	10	53	41	17	3	37	1.66
21836507--21836556	18	2.8	18	84	3	75	54	2	0	44	1.11
21838312--21838817	47	10.6	47	90	2	751	28	29	8	33	1.86
21838312--21838817	239	2.1	239	93	0	859	28	29	8	33	1.86
21840091--21840118	8	3.5	8	100	0	56	46	14	14	25	1.82
21840436--21840460	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
21842455--21842510	27	2.1	27	93	0	94	37	14	17	30	1.90
21842760--21842799	21	1.9	21	85	10	55	32	2	7	57	1.40

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