genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794964--795408	27	20.0	20	67	22	150	32	0	13	54	1.44
794968--795491	70	7.8	60	68	24	175	31	0	13	54	1.44
795110--795436	27	13.8	25	72	21	228	32	0	13	53	1.45
795100--795348	49	5.2	49	86	2	346	31	0	13	54	1.45
795104--795342	97	2.5	97	94	1	428	31	0	12	54	1.44
795230--795436	113	1.8	113	94	1	369	32	0	13	52	1.47
794964--795361	19	21.2	19	67	22	168	31	0	13	54	1.42
795632--795712	38	2.2	37	93	2	135	54	3	1	40	1.26
799527--799629	27	3.8	26	84	7	107	25	33	19	21	1.97
807732--807789	22	2.6	22	80	0	71	43	3	1	51	1.28
808341--808389	15	3.2	16	72	18	50	34	6	0	59	1.22
812965--813020	29	1.9	29	88	0	85	41	10	10	37	1.75
814835--814890	21	2.6	21	83	8	60	53	1	1	42	1.21
814875--814970	11	9.4	11	70	22	66	59	0	3	37	1.13
814860--814959	28	3.3	29	86	8	121	59	0	3	38	1.13
814885--814918	17	2.0	17	94	0	59	55	0	2	41	1.15
814904--814987	41	2.1	39	91	4	132	64	0	1	34	1.02
828098--828157	29	2.1	29	87	6	88	43	16	13	26	1.85
828098--828164	29	2.3	29	82	5	82	41	19	14	23	1.89
852916--852971	29	1.9	29	82	7	69	39	10	8	41	1.71
855885--855931	15	3.2	15	71	17	53	27	0	2	70	0.99
855889--855931	14	3.0	14	73	6	50	27	0	2	69	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855889--855946	23	2.5	23	77	8	64	29	3	3	63	1.27
856851--856895	22	2.0	22	87	8	65	46	0	2	51	1.13
874109--874149	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
879253--879306	16	3.3	16	76	2	54	31	3	12	51	1.57
880708--880772	27	2.4	27	81	0	76	29	21	30	18	1.97
905102--905468	46	7.6	49	87	8	440	34	14	22	28	1.93
905102--905468	98	3.7	97	85	9	501	34	14	22	28	1.93
905116--905468	196	1.8	196	92	0	607	34	14	22	28	1.93
905432--905540	37	3.0	37	90	2	177	35	16	22	24	1.95
906795--906987	49	3.9	49	95	0	323	23	15	30	31	1.95
910113--910479	46	7.6	49	87	8	440	34	14	22	28	1.93
910113--910479	98	3.7	97	85	9	501	34	14	22	28	1.93
910127--910479	196	1.8	196	92	0	607	34	14	22	28	1.93
910443--910551	37	3.0	37	90	2	177	35	16	22	24	1.95
918482--918558	22	3.2	22	68	25	66	49	2	3	44	1.34
918498--918581	29	3.2	29	68	25	94	47	1	7	44	1.38
918481--918584	50	2.1	50	100	0	208	49	1	5	43	1.37
921193--921242	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
925832--925881	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
930236--930278	20	2.0	21	83	16	54	67	4	9	18	1.36
933581--933629	23	2.1	23	96	0	89	22	14	14	48	1.79
936177--936226	25	2.0	25	84	7	66	70	4	26	0	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
936183--936234	25	2.1	25	82	7	61	71	3	25	0	1.03
937050--937152	41	2.6	39	79	11	122	25	16	24	33	1.96
944610--944647	17	2.2	17	95	0	67	31	7	7	52	1.59
946707--946813	54	2.0	54	100	0	214	29	18	3	47	1.66
952290--952339	15	3.3	15	73	18	50	44	0	0	56	0.99
960001--960093	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
960452--960495	18	2.4	18	92	0	70	54	9	0	36	1.32
960453--960493	12	3.4	12	93	0	64	56	7	0	36	1.27
961156--961181	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
961543--961585	21	2.0	21	81	0	50	58	6	0	34	1.25
964929--965040	30	3.7	30	95	0	197	25	21	7	46	1.76
964929--965036	15	7.2	15	65	12	69	25	21	7	45	1.78
969620--969731	30	3.7	30	95	0	197	25	21	7	46	1.76
969620--969727	15	7.2	15	65	12	69	25	21	7	45	1.78
974230--974268	18	2.0	18	85	14	51	53	0	2	43	1.14
976548--976593	20	2.3	20	85	10	60	36	0	10	52	1.37
981335--981364	4	7.5	4	92	0	51	53	0	20	26	1.46
990179--990221	23	1.9	22	85	4	59	30	11	16	41	1.83
993164--993192	14	2.1	14	93	6	51	55	34	0	10	1.34
1003809--1003855	16	2.6	18	77	19	53	59	6	0	34	1.23
1005471--1005513	16	2.6	16	81	3	50	46	20	6	25	1.76
1007964--1007993	6	5.0	6	100	0	60	0	16	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1008253--1008300	23	2.1	24	88	7	73	18	6	16	58	1.59
1008567--1008653	44	2.0	44	84	4	113	33	17	16	33	1.92
1008526--1009084	145	3.9	145	88	1	748	30	20	17	31	1.96
1009009--1009186	95	1.9	92	86	7	252	31	18	15	34	1.92
1009019--1009833	44	18.4	44	76	10	662	28	20	16	34	1.95
1009151--1009829	88	7.7	88	82	5	734	27	21	16	34	1.95
1012027--1012072	23	2.1	21	84	11	58	21	2	17	58	1.49
1017793--1017821	14	2.0	15	93	6	51	17	27	0	55	1.42
1018279--1018318	20	2.0	21	95	5	73	62	0	2	35	1.09
1018280--1018349	28	2.4	30	83	7	99	61	1	2	34	1.20
1018285--1018349	29	2.2	30	86	8	98	64	1	3	30	1.18
1030005--1030046	17	2.3	19	88	12	61	35	2	0	61	1.09
1030006--1030090	28	2.9	29	87	5	136	36	2	0	61	1.09
1031750--1031790	22	1.9	22	85	5	57	53	0	2	43	1.13
1032899--1032947	24	2.0	24	96	0	89	36	6	8	48	1.58
1034101--1034130	13	2.4	13	94	5	53	0	10	0	90	0.47
1040644--1040747	25	4.4	25	83	10	114	18	22	18	41	1.90
1040644--1040751	22	4.6	22	84	7	101	18	21	17	42	1.89
1043427--1043487	27	2.3	26	74	20	63	34	6	0	59	1.24
1049723--1049829	51	2.1	51	89	0	160	22	14	19	43	1.86
1060280--1060535	127	2.0	127	87	3	363	37	15	11	34	1.84
1064048--1064101	5	10.8	5	77	15	58	62	1	0	35	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1067071--1068204	563	2.0	563	100	0	2268	33	7	10	48	1.65
1068192--1068216	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1071503--1071532	5	5.8	5	96	4	51	23	0	0	76	0.78
1075438--1075538	39	2.6	40	82	3	125	40	1	3	53	1.31
1077625--1077657	17	2.0	17	88	5	50	48	3	0	48	1.17
1081760--1081805	24	2.0	24	86	4	67	65	2	0	32	1.05
1083144--1083178	4	8.8	4	87	0	52	45	28	2	22	1.67
1083144--1083199	12	4.7	12	79	0	67	39	26	8	25	1.85
1088330--1088380	26	2.0	26	92	0	84	50	9	9	29	1.67
1096796--1096848	20	2.6	20	90	3	79	39	20	13	26	1.89
1111803--1111844	22	1.9	22	85	0	57	35	11	28	23	1.91
1119677--1119701	9	2.8	9	100	0	50	68	8	0	24	1.16
1120398--1120426	11	2.6	11	100	0	58	51	0	0	48	1.00
1126839--1126899	31	1.9	31	86	3	86	36	6	13	44	1.69
1149448--1149480	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
1158835--1158872	18	2.1	18	100	0	76	44	7	15	31	1.75
1160869--1160911	20	2.2	20	84	16	54	25	0	16	58	1.38
1162992--1163075	4	21.0	4	95	0	141	26	2	23	47	1.64
1170239--1170277	20	2.0	20	100	0	78	35	12	35	15	1.86
1170762--1170787	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
1173518--1173561	18	2.4	18	84	3	52	9	15	9	65	1.45
1176931--1176964	17	2.0	17	88	0	50	76	0	23	0	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1193633--1193696	32	2.0	32	93	3	112	29	18	4	46	1.69
1193674--1194311	178	3.7	171	81	7	727	39	20	9	30	1.84
1238851--1238906	30	1.9	28	85	7	76	30	3	5	60	1.36
1240862--1240901	20	2.0	21	85	14	57	47	0	5	47	1.24
1241273--1241332	31	1.9	31	82	0	75	36	11	16	35	1.85
1243468--1243506	19	2.1	18	90	4	60	41	5	5	48	1.47
1248468--1248550	39	2.1	40	82	10	100	43	1	3	51	1.26
1248476--1248534	28	2.1	28	84	6	75	45	0	3	50	1.18
1248465--1248556	21	4.5	21	77	15	86	43	1	4	51	1.29
1248465--1248556	20	4.5	20	80	12	89	43	1	4	51	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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