genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  24  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7696326--7696386	27	2.2	27	97	2	113	36	21	18	24	1.95
7704623--7704672	16	3.1	16	75	16	50	42	2	0	56	1.11
7735894--7736431	99	5.4	99	92	0	835	34	25	19	21	1.96
7735954--7736462	50	10.3	50	67	7	140	34	24	19	21	1.96
7739781--7739837	20	2.8	20	78	7	62	31	8	21	38	1.84
7740274--7740344	24	3.1	24	69	17	69	54	7	2	35	1.42
7740257--7740344	45	2.0	45	93	4	151	57	5	2	34	1.34
7742501--7742526	12	2.2	12	100	0	52	0	34	15	50	1.45
7746952--7747036	26	3.3	26	93	0	134	40	12	15	31	1.85
7746952--7747050	26	3.8	26	93	0	126	39	12	18	30	1.87
7752200--7752240	20	2.0	20	100	0	82	14	43	9	31	1.78
7760972--7761150	97	1.8	97	82	0	232	35	22	10	31	1.89
7761726--7761786	30	2.0	30	100	0	122	26	19	21	32	1.97
7766789--7766832	6	7.3	6	81	0	52	36	0	40	22	1.54
7771352--7771402	15	3.4	15	80	0	57	37	9	33	19	1.85
7772197--7772229	17	1.9	17	93	0	57	30	0	0	69	0.88
7773093--7773120	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
7774438--7774501	19	3.3	19	77	14	60	56	3	0	40	1.15
7774446--7774501	20	2.9	19	78	10	60	51	3	0	44	1.18
7774515--7774579	8	7.3	9	81	14	50	70	3	1	24	1.10
7774521--7774572	10	5.6	10	78	17	51	71	1	1	25	1.07
7774428--7774578	82	1.9	78	80	5	176	60	5	0	33	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7774515--7774580	9	7.4	8	80	19	69	71	3	1	24	1.09
7777076--7777167	13	6.9	13	71	18	73	34	21	4	39	1.73
7777076--7777181	40	2.7	40	95	2	187	33	20	3	41	1.70
7777159--7777189	14	2.2	14	94	0	53	25	9	0	64	1.24
7790630--7790680	26	2.0	26	82	14	63	58	0	19	21	1.39
7794205--7794248	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
7801834--7801876	21	2.0	21	82	8	52	20	37	0	41	1.53
7802123--7802208	16	5.0	17	72	20	63	23	31	0	45	1.53
7809578--7809630	26	2.0	26	82	10	63	28	15	7	49	1.71
7820206--7820264	31	1.9	31	82	0	73	27	22	13	37	1.91
7820169--7820361	90	2.1	91	83	6	250	23	17	15	44	1.86
7824464--7824578	40	2.9	41	81	3	128	34	19	22	23	1.96
7824464--7824598	40	3.4	40	78	7	116	37	20	22	20	1.95
7824630--7824828	41	4.9	41	87	4	253	20	22	28	29	1.98
7824831--7824902	33	2.2	33	92	5	119	36	2	12	48	1.56
7829025--7829072	20	2.4	21	82	10	64	64	2	8	25	1.32
7830254--7830303	25	2.0	25	88	0	73	28	18	18	36	1.94
7829920--7830426	125	4.1	125	92	1	856	27	18	18	35	1.95
7831597--7831698	43	2.4	42	79	12	109	27	24	14	33	1.94
7832971--7833018	6	7.8	6	82	11	53	2	0	10	87	0.62
7832970--7833021	18	2.7	18	85	11	68	1	0	11	86	0.65
7832983--7833020	14	2.7	15	88	12	62	0	0	10	89	0.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7835065--7835113	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
7836461--7836762	109	2.7	110	92	1	498	35	19	13	31	1.91
7836943--7836989	18	2.6	19	73	10	53	70	4	2	23	1.16
7839392--7839429	18	2.0	19	90	10	60	50	2	0	47	1.15
7839611--7839651	7	5.9	7	97	0	73	17	0	53	29	1.44
7841584--7841966	43	9.0	43	80	5	352	24	19	27	27	1.99
7842014--7842056	22	2.0	22	90	0	68	44	25	20	9	1.81
7847211--7847236	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
7851065--7851153	45	2.0	45	84	4	117	13	31	12	42	1.81
7869742--7869780	19	2.1	19	85	0	51	15	7	12	64	1.49
7881795--7881925	71	1.9	71	83	3	176	24	7	25	42	1.81
7883105--7883144	18	2.2	18	95	0	71	50	25	2	22	1.62
7883169--7883232	33	1.9	33	96	0	119	42	17	7	32	1.78
7886282--7886363	26	3.0	27	75	12	87	43	1	2	52	1.22
7886417--7886451	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7886364--7886828	120	3.9	120	98	0	878	44	1	6	47	1.40
7886537--7886571	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7886657--7886691	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7886777--7886811	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7886777--7886831	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
7888202--7888344	43	3.3	43	92	0	232	29	33	18	18	1.95
7888245--7888446	107	1.9	107	81	4	246	32	31	16	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7888689--7888719	15	2.1	15	93	0	53	19	32	0	48	1.49
7893754--7893784	7	4.4	7	95	0	53	32	48	0	19	1.49
7893765--7893923	81	1.9	83	89	2	250	42	29	1	27	1.63
7894378--7894490	40	2.8	39	81	9	138	28	27	23	20	1.99
7894819--7894864	13	3.6	13	77	16	51	34	4	4	56	1.39
7894785--7894842	30	2.0	29	83	10	73	48	5	1	44	1.35
7897003--7897054	11	4.7	11	79	6	52	34	46	1	17	1.59
7901145--7901213	27	2.6	27	83	0	102	21	24	21	31	1.98
7909017--7909044	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
7909261--7909293	14	2.4	14	94	0	57	45	12	0	42	1.41
7912264--7912309	24	1.9	24	86	8	67	63	4	0	32	1.14
7919165--7919491	154	2.2	145	82	7	370	30	9	6	54	1.56
7920127--7920170	22	1.9	24	81	9	56	22	6	9	61	1.50
7921718--7921779	23	2.8	19	74	25	52	40	1	3	54	1.26
7921786--7921854	24	2.8	24	77	2	75	34	4	7	53	1.48
7922063--7922138	30	2.5	31	89	6	118	32	3	6	56	1.43
7923570--7923626	3	19.3	3	74	3	53	33	3	3	59	1.31
7923680--7923724	24	1.9	23	86	4	63	40	6	0	53	1.27
7923680--7923732	24	2.4	23	81	12	58	35	7	0	56	1.28
7923782--7923873	42	2.2	41	81	9	105	34	13	2	50	1.53
7925116--7925149	11	3.1	11	91	0	59	17	32	2	47	1.63
7925116--7925165	22	2.3	22	83	13	59	24	32	2	42	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7925516--7925729	112	1.9	112	93	0	365	39	7	7	45	1.61
7925956--7926030	40	1.9	38	86	5	105	22	34	26	16	1.95
7926280--7926313	11	3.1	11	91	0	59	32	11	0	55	1.36
7926282--7926332	22	2.2	22	82	10	57	35	13	1	49	1.54
7929087--7929199	42	2.7	42	81	2	111	43	18	23	15	1.87
7929137--7929260	21	5.9	20	65	14	63	41	16	23	18	1.89
7934631--7934679	20	2.5	20	74	9	55	63	8	0	28	1.23
7940550--7940574	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
7944356--7944410	23	2.4	23	87	0	83	52	0	20	27	1.46
7946031--7946056	6	4.3	6	100	0	52	46	0	0	53	1.00
7951829--7951857	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
7961970--7962107	43	3.2	43	89	2	188	26	26	18	28	1.98
7962408--7962538	66	2.0	66	92	0	217	14	24	19	41	1.88
7968736--7968776	22	1.9	21	85	14	57	56	24	0	19	1.42
7968800--7968869	16	4.4	16	67	16	56	50	21	1	27	1.57
7968803--7968878	23	3.3	23	73	23	86	48	22	1	27	1.58
7969264--7969382	41	2.9	40	89	0	175	37	28	17	15	1.91
7971725--7971773	22	2.3	21	85	3	62	61	0	4	34	1.15
7971810--7971870	27	2.3	27	82	5	70	62	4	13	19	1.48
7971888--7971931	8	5.6	8	81	2	54	75	4	0	20	0.98
7973668--7973716	22	2.2	22	86	10	73	71	4	0	24	1.03
7974720--7974761	21	2.0	21	95	0	75	23	7	14	54	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7975764--7976533	31	25.2	30	67	15	312	27	8	20	42	1.82
7975705--7976533	183	4.5	183	94	0	1408	28	8	20	42	1.81
7977122--7977169	14	3.7	13	75	10	53	37	0	2	60	1.09
7977286--7977315	11	2.7	11	89	0	51	33	0	0	66	0.92
7979078--7979111	17	2.0	17	94	0	59	38	11	14	35	1.83
7980139--7980286	43	3.5	43	75	10	135	30	17	26	25	1.97
7994139--7994212	20	4.0	17	75	16	67	59	2	1	36	1.20
7994142--7994192	18	2.7	18	80	16	59	60	1	1	35	1.19
7994410--7994543	66	2.0	66	95	0	241	54	4	2	38	1.36
7995499--7995564	26	2.6	26	85	2	80	71	3	1	24	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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