genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  79  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22063944--22063986	20	2.2	20	88	12	63	46	0	0	53	1.00
22064439--22064487	21	2.3	22	92	7	91	28	0	12	59	1.34
22064480--22064575	33	3.1	33	69	25	100	35	0	11	53	1.37
22064475--22064595	59	2.0	60	91	1	199	33	0	13	53	1.40
22064709--22064746	15	2.4	16	91	8	69	36	0	5	57	1.21
22064713--22064748	15	2.4	15	100	0	72	36	0	5	58	1.22
22066301--22066349	6	8.2	6	79	0	53	32	28	36	2	1.69
22066301--22066349	18	2.7	18	87	0	71	32	28	36	2	1.69
22069877--22069959	27	3.1	27	75	3	78	25	32	22	19	1.97
22069996--22070036	22	1.9	22	90	5	66	51	0	0	48	1.00
22070560--22070600	21	2.0	21	90	0	64	34	0	2	63	1.08
22073485--22073964	161	3.0	161	91	1	768	39	20	13	26	1.90
22077046--22077160	43	2.7	42	86	7	160	28	28	19	23	1.98
22078408--22078435	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
22078667--22078705	7	5.6	7	84	0	51	41	28	5	25	1.77
22078738--22078798	7	8.6	7	78	3	50	49	26	3	21	1.65
22078700--22078799	36	2.8	36	75	10	89	42	34	3	21	1.68
22078809--22078859	14	3.7	14	73	5	50	45	35	0	19	1.51
22078976--22079107	19	6.8	19	90	3	201	37	9	14	37	1.79
22078976--22079114	59	2.4	57	87	6	201	38	9	14	38	1.78
22078977--22079130	59	2.6	57	87	6	184	37	9	13	39	1.77
22079441--22079470	7	4.4	7	91	8	53	13	0	0	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22079441--22079470	13	2.2	13	94	5	51	13	0	0	86	0.57
22079759--22079783	10	2.5	10	100	0	50	40	0	8	52	1.31
22079868--22079917	25	2.0	26	92	4	84	30	8	4	58	1.45
22080581--22080777	98	2.0	98	92	0	331	27	9	25	37	1.87
22085259--22085300	8	5.8	8	88	11	56	88	11	0	0	0.53
22085256--22085305	14	3.6	13	87	12	73	88	10	0	2	0.61
22085255--22085305	20	2.6	19	90	9	84	86	11	0	1	0.66
22086669--22087117	44	10.2	44	62	15	176	30	20	24	24	1.99
22086557--22087209	132	4.9	132	93	0	1110	30	20	25	24	1.99
22087195--22088044	44	19.6	43	74	10	497	29	20	22	27	1.99
22087185--22088063	217	4.1	217	93	0	1506	29	20	23	27	1.99
22087324--22087879	89	6.4	87	71	14	414	28	20	24	27	1.99
22087546--22087790	133	1.9	127	81	10	298	28	20	23	26	1.99
22087546--22087920	173	2.1	174	80	8	422	28	21	24	26	1.99
22088229--22088360	19	6.8	19	90	3	201	37	9	15	37	1.80
22088229--22088367	59	2.4	57	87	6	201	37	9	15	38	1.79
22088231--22088383	59	2.6	57	87	6	182	36	9	14	39	1.78
22088848--22088929	24	3.4	24	83	8	69	20	6	6	67	1.35
22088862--22088911	24	2.1	24	100	0	100	16	8	8	68	1.38
22089573--22089837	132	2.0	132	93	6	459	33	13	16	36	1.88
22090591--22090631	21	2.0	21	85	4	57	36	41	2	19	1.65
22090999--22091118	41	2.9	40	83	9	127	33	25	21	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22093103--22093147	19	2.4	19	96	3	83	28	15	8	46	1.76
22103635--22103772	54	2.6	54	84	0	195	31	20	24	23	1.98
22105641--22105688	21	2.3	21	92	0	78	54	22	2	20	1.55
22113108--22113189	36	2.2	37	84	2	103	40	31	12	15	1.85
22119320--22119359	17	2.4	17	87	4	55	55	0	7	37	1.29
22120159--22120243	30	2.8	31	73	8	75	25	20	8	45	1.78
22120175--22120232	31	1.9	30	85	3	80	25	20	10	43	1.84
22126096--22126235	46	3.0	46	92	2	228	35	7	26	30	1.85
22129076--22129124	27	1.9	26	84	12	66	28	32	14	24	1.94
22129179--22129210	7	4.4	7	96	4	55	28	0	12	59	1.34
22129442--22129593	69	2.2	69	85	2	198	28	17	23	31	1.96
22129544--22129643	52	1.9	52	87	0	146	25	20	23	32	1.98
22129615--22129885	69	3.9	69	80	0	299	26	19	22	32	1.97
22131837--22132004	88	1.9	88	80	0	192	18	28	25	27	1.98
22134133--22134184	22	2.3	22	77	9	52	50	5	1	42	1.37
22138151--22138182	15	2.1	15	94	0	55	53	0	15	31	1.43
22140818--22140861	21	2.1	21	100	0	88	9	15	31	43	1.79
22148487--22148561	36	2.0	36	84	5	96	21	18	2	57	1.53
22148625--22148683	30	2.0	29	86	3	82	49	0	1	49	1.11
22157483--22157532	26	1.9	26	92	8	84	16	20	22	42	1.89
22157501--22157638	73	1.9	73	84	3	188	20	20	21	37	1.94
22157485--22157653	73	2.3	73	76	14	184	18	20	21	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22157647--22157710	25	2.6	25	77	5	58	25	26	17	31	1.97
22166381--22166410	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
22171197--22171375	43	4.2	43	87	4	236	29	33	15	21	1.94
22171197--22171375	86	2.1	86	90	0	277	29	33	15	21	1.94
22174959--22174985	9	3.0	9	100	0	54	55	11	0	33	1.35
22175517--22175576	24	2.5	24	86	2	86	61	0	0	38	0.96
22175524--22175565	12	3.5	12	78	12	50	61	0	0	38	0.96
22175529--22175575	13	3.8	12	78	13	51	65	0	0	34	0.93
22176058--22176215	41	3.9	41	90	1	255	29	32	18	18	1.96
22176058--22176210	81	1.9	82	94	1	272	30	31	18	19	1.96
22176249--22176402	40	3.8	38	75	7	128	24	24	16	35	1.95
22176263--22176374	40	2.8	39	81	6	136	25	25	16	33	1.96
22176394--22176418	12	2.1	12	100	0	50	32	36	24	8	1.84
22184083--22184216	18	8.0	17	69	17	75	39	1	2	56	1.21
22184367--22184470	44	2.5	41	78	17	122	36	31	3	27	1.75
22184378--22184470	44	2.1	46	89	4	145	37	31	4	26	1.76
22184452--22184504	16	3.3	16	91	0	88	24	33	3	37	1.74
22188375--22188598	40	5.6	40	86	7	287	24	23	28	24	2.00
22188374--22188631	119	2.2	119	82	6	301	25	22	27	24	2.00
22192844--22193015	88	2.0	87	82	3	211	25	25	22	26	2.00
22193036--22193629	44	13.5	44	64	12	166	25	23	20	31	1.98
22192983--22193673	132	5.2	132	90	0	1062	25	22	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22192983--22193673	263	2.6	264	90	0	1082	25	22	20	31	1.98
22192983--22193758	395	2.0	394	87	2	1108	25	23	20	30	1.99
22197018--22197070	25	2.1	25	100	0	106	20	24	16	37	1.93
22202644--22202879	50	4.7	50	87	1	276	19	30	23	27	1.98
22211054--22211100	16	2.9	16	96	0	85	34	0	36	29	1.58
22211294--22211335	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
22211303--22211344	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
22211326--22211485	18	9.4	17	66	22	77	55	2	0	41	1.18
22211274--22211484	73	3.0	69	70	17	177	54	2	0	42	1.19
22211322--22211365	18	2.4	18	96	0	79	61	0	0	38	0.96
22211331--22211522	55	3.3	55	73	19	201	52	3	1	43	1.24
22211332--22211549	119	1.8	120	98	1	429	52	3	0	42	1.25
22219964--22220003	12	3.5	11	86	10	53	62	0	2	35	1.09
22219969--22220007	12	3.2	12	92	7	62	66	0	0	33	0.92
22227116--22227208	43	2.2	42	88	3	132	32	24	16	26	1.96
22229246--22229336	9	10.1	9	75	9	78	31	0	21	46	1.52
22229393--22229886	121	4.3	118	80	12	510	45	2	9	42	1.50
22229544--22229590	21	2.3	21	88	3	69	48	0	8	42	1.33
22229655--22229701	22	2.2	20	85	7	58	48	0	10	40	1.38
22229545--22229767	109	2.0	109	92	2	367	47	0	9	42	1.36
22229490--22230002	209	2.3	217	86	9	681	46	2	9	42	1.47
22232903--22232939	19	1.9	19	94	0	65	32	18	18	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22234947--22234981	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22234831--22235123	120	2.4	120	89	2	437	45	1	4	48	1.33
22235067--22235101	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22235067--22235121	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
22235337--22235388	16	3.2	16	94	0	95	38	34	0	26	1.57
22236702--22237081	125	3.0	125	90	0	589	30	21	15	32	1.94
22238331--22238390	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
22238604--22238640	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
22238692--22238726	18	1.9	18	100	0	70	37	17	11	34	1.85
22238854--22238960	7	15.6	7	75	3	83	47	32	0	18	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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