genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19694387--19694411	13	1.9	13	100	0	50	60	8	24	8	1.52
19705234--19705277	16	2.8	16	78	0	52	56	9	6	27	1.55
19712167--19712235	34	2.0	34	100	0	138	52	14	11	21	1.73
19727628--19727797	10	17.8	9	71	17	96	32	0	5	61	1.23
19727615--19727797	19	9.6	19	70	20	98	32	1	5	60	1.27
19727628--19727801	39	4.5	39	75	12	148	32	0	5	61	1.22
19727965--19727997	15	2.1	16	88	5	50	42	6	9	42	1.61
19742257--19742283	13	2.1	13	100	0	54	40	22	7	29	1.81
19750322--19750471	64	2.3	64	96	0	273	38	18	10	32	1.85
19750861--19750922	14	4.4	14	77	0	52	33	19	12	33	1.90
19750849--19750922	28	2.7	28	83	6	89	35	20	13	31	1.91
19756217--19756252	18	2.0	18	100	0	72	55	5	11	27	1.57
19760415--19760481	24	2.8	24	88	0	107	43	7	23	25	1.80
19760559--19760602	21	2.2	20	83	4	52	18	18	15	47	1.83
19763616--19763655	19	2.1	19	85	0	53	12	10	10	67	1.42
19764404--19764449	24	1.9	24	86	0	65	63	0	0	36	0.95
19765092--19765200	31	3.6	31	68	21	86	42	0	19	38	1.51
19765885--19765923	20	2.0	21	90	10	64	33	0	0	66	0.92
19766104--19766179	31	2.5	31	80	0	89	47	13	14	25	1.80
19770392--19770474	25	3.2	25	70	12	69	49	26	0	24	1.51
19770831--19770870	21	1.9	21	90	10	64	22	25	27	25	2.00
19773586--19773650	28	2.3	28	97	0	121	46	10	10	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19774121--19774159	19	1.9	19	85	10	51	66	0	2	30	1.05
19774237--19774291	14	3.8	15	71	7	51	40	7	10	41	1.68
19781411--19781440	6	4.8	6	95	4	51	53	0	30	16	1.44
19785606--19785658	16	3.3	16	82	10	56	60	1	18	18	1.46
19788327--19788385	26	2.3	26	88	5	84	38	10	18	32	1.84
19793423--19793645	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
19793402--19793645	40	6.1	40	84	6	291	25	27	22	24	2.00
19801533--19801755	119	1.9	120	85	6	310	24	27	23	24	2.00
19801512--19801755	40	6.1	40	85	6	300	24	27	22	24	2.00
19810247--19810271	7	3.6	7	100	0	50	32	40	0	28	1.57
19812977--19813059	34	2.5	33	85	11	109	24	22	22	30	1.99
19813325--19813395	27	2.7	27	82	2	81	32	19	14	33	1.92
19823768--19823797	10	3.0	10	90	0	51	76	0	13	10	1.01
19824505--19824561	8	7.2	8	72	23	50	50	0	1	47	1.11
19824603--19824703	29	3.3	30	76	14	91	71	0	23	3	1.09
19824637--19824694	4	14.0	4	77	13	55	75	1	20	1	0.97
19824637--19824694	25	2.3	25	87	0	80	75	1	20	1	0.97
19824637--19824694	9	6.9	9	75	15	61	75	1	20	1	0.97
19824652--19824703	16	2.7	19	75	25	56	75	0	25	0	0.81
19831014--19831050	15	2.4	15	90	4	56	21	10	5	62	1.48
19831099--19831430	109	3.1	109	85	2	438	32	15	16	36	1.90
19838183--19838343	83	1.9	83	97	0	304	25	22	21	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19840963--19841003	16	2.5	17	92	4	66	31	0	0	68	0.90
19842566--19842652	41	2.1	41	93	0	147	44	12	16	26	1.83
19852551--19852596	19	2.4	19	82	10	58	60	4	0	34	1.16
19852551--19852604	11	5.5	10	75	16	51	62	3	0	33	1.12
19853419--19853598	94	1.9	92	88	2	270	36	11	6	45	1.66
19861805--19861848	23	1.9	23	90	0	70	31	11	20	36	1.88
19866911--19867332	215	2.0	216	80	4	476	38	16	18	27	1.91
19868168--19868250	30	2.9	29	90	3	123	27	25	24	22	2.00
19868360--19868436	26	3.0	26	76	0	82	38	23	20	16	1.92
19868610--19868848	27	9.0	27	80	2	250	21	18	15	44	1.87
19868610--19868848	54	4.5	53	83	6	295	21	18	15	44	1.87
19875885--19875909	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
19876834--19876906	34	2.1	35	87	2	103	31	8	15	45	1.75
19877016--19877144	44	3.0	43	73	18	140	24	16	27	32	1.96
19877015--19877146	43	3.0	43	73	18	146	23	15	27	33	1.95
19894365--19894405	4	11.0	4	85	15	61	75	0	0	24	0.80
19894365--19894403	14	2.7	14	88	4	60	76	0	0	23	0.78
19894370--19894405	18	2.1	17	94	5	63	75	0	0	25	0.81
19894849--19894873	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
19896211--19896272	31	2.0	30	93	3	106	35	6	8	50	1.58
19896695--19896736	19	2.2	19	83	8	50	73	2	2	21	1.06
19896858--19896909	21	2.6	19	77	14	59	17	13	1	67	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19897652--19897679	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
19915766--19915831	31	2.1	31	88	0	96	37	7	7	46	1.61
19920320--19920502	43	4.3	44	86	5	252	30	31	17	20	1.96
19920328--19920502	85	2.1	85	86	4	246	30	30	17	21	1.96
19920759--19920849	43	2.1	43	87	2	130	43	9	10	35	1.73
19921648--19921753	25	4.2	26	79	4	92	31	1	20	46	1.62
19921741--19921765	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
19921638--19921753	9	13.8	9	72	13	95	31	1	20	45	1.61
19921791--19921846	8	7.8	8	77	20	61	28	0	10	60	1.30
19923593--19923672	24	3.2	24	75	13	79	45	8	1	45	1.42
19924690--19924843	41	3.7	42	85	5	197	27	23	26	22	2.00
19931828--19931940	43	2.7	42	80	2	118	42	17	21	18	1.89
19939516--19939556	21	2.0	21	85	0	55	46	24	17	12	1.82
19939525--19939659	42	3.2	42	76	10	141	44	17	20	18	1.87
19939530--19939659	21	6.2	21	69	7	75	43	16	20	19	1.88
19939618--19939667	21	2.4	21	80	6	57	42	16	22	20	1.89
19943473--19943529	30	1.9	30	89	3	89	43	0	24	31	1.54
19943742--19943772	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
19943867--19944129	50	4.8	50	72	20	206	26	22	30	20	1.98
19943947--19943987	20	2.0	20	100	0	82	26	19	34	19	1.96
19943897--19944037	70	2.0	70	98	0	273	25	21	33	19	1.97
19946161--19946236	31	2.4	32	82	6	102	18	23	15	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19946161--19946246	31	2.8	30	74	13	84	22	22	15	40	1.90
19948049--19948130	10	8.4	10	72	21	59	59	2	2	35	1.24
19948040--19948130	19	4.7	19	70	16	62	59	2	3	35	1.26
19948923--19949043	43	2.8	43	78	5	138	27	22	21	28	1.99
19949432--19949480	21	2.3	21	85	0	71	6	40	18	34	1.75
19949444--19949496	21	2.5	21	87	0	70	3	43	18	33	1.68
19950448--19950907	114	4.0	114	92	0	760	28	26	21	23	1.99
19950807--19950978	73	2.4	72	84	1	218	25	24	25	25	2.00
19953279--19953305	7	3.9	7	100	0	54	40	0	0	59	0.98
19960989--19961083	45	2.1	45	96	0	172	21	18	15	44	1.87
19960998--19961093	45	2.1	45	90	0	147	22	19	14	42	1.88
19964282--19964320	14	2.7	14	84	4	51	12	0	7	79	0.93
19966812--19966999	45	4.2	44	74	19	167	31	27	17	24	1.97
19967882--19967940	28	2.0	31	83	9	79	50	5	0	44	1.24
19976720--19976765	22	2.0	23	87	4	67	58	0	0	41	0.98
19977459--19977597	40	3.5	39	79	6	136	38	20	20	20	1.94
19977635--19977743	41	2.7	40	81	1	128	25	21	23	29	1.99
19978148--19978191	14	3.1	14	83	3	52	29	2	31	36	1.70
19978327--19978385	7	8.4	7	82	0	73	15	0	50	33	1.44
19978498--19978544	22	2.2	22	85	11	62	23	0	46	29	1.52
19979112--19979316	113	1.8	113	90	0	329	43	13	10	32	1.78
19979269--19979341	23	3.2	23	63	36	59	41	13	9	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19979269--19979362	45	2.1	45	100	0	188	40	12	8	38	1.74
19979888--19979913	11	2.4	11	100	0	52	0	7	7	84	0.77
19980157--19980191	5	6.6	5	93	6	52	17	0	0	82	0.66
19981572--19981607	18	2.0	18	88	0	54	16	22	11	50	1.77
19982618--19982722	43	2.5	42	78	6	113	27	17	28	26	1.97
19984762--19984812	3	17.0	3	100	0	102	33	33	0	33	1.58
19986486--19986529	23	1.9	23	90	0	70	38	20	18	22	1.93
19987363--19987497	30	4.5	30	80	0	135	41	17	5	34	1.74
19987392--19987497	5	21.2	5	79	0	95	38	18	6	35	1.77
20010777--20011097	159	2.0	160	90	0	509	33	17	14	34	1.90

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