genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26141786--26141844	16	3.6	17	80	15	61	28	1	3	66	1.18
26141815--26141845	8	3.9	8	95	0	53	32	0	3	64	1.09
26145772--26145853	23	3.6	22	74	8	67	48	19	10	20	1.79
26145747--26145867	46	2.6	46	88	2	163	47	16	14	21	1.81
26147974--26148049	38	2.0	38	97	0	143	47	3	19	28	1.67
26154237--26154459	114	2.0	113	94	0	392	36	16	15	31	1.90
26155626--26155699	24	3.0	25	86	5	107	43	4	27	25	1.72
26155749--26155814	21	3.2	21	76	10	64	15	18	18	48	1.81
26168314--26168342	14	2.1	14	100	0	58	34	6	13	44	1.71
26177901--26177925	12	2.1	12	100	0	50	68	0	16	16	1.22
26181460--26181484	7	3.6	7	100	0	50	44	0	44	12	1.41
26183846--26183879	3	11.0	3	93	6	59	0	0	67	32	0.91
26185420--26185458	12	3.2	12	82	7	51	61	0	0	38	0.96
26196354--26196382	11	2.6	11	100	0	58	31	0	0	68	0.89
26196444--26196520	29	2.6	29	82	12	86	25	10	14	49	1.75
26197203--26197238	19	1.9	18	88	5	54	77	0	19	2	0.88
26214145--26214185	19	2.2	18	91	4	64	58	0	7	34	1.26
26215399--26215457	29	2.0	29	86	0	82	35	33	8	22	1.84
26218985--26219408	125	3.4	125	84	5	595	29	16	23	30	1.96
26222604--26222702	25	4.2	25	66	16	86	49	11	0	39	1.38
26222576--26222705	69	1.9	70	95	1	235	50	11	0	37	1.39
26222628--26222715	44	2.0	45	93	2	151	53	10	0	36	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26224993--26225090	51	1.9	51	84	12	130	47	3	22	26	1.65
26225052--26225102	22	2.3	23	83	10	61	45	1	25	27	1.64
26225052--26225106	11	4.9	11	77	18	51	45	1	27	25	1.64
26225052--26225105	12	4.8	12	80	13	51	44	1	27	25	1.64
26225312--26225408	42	2.3	42	94	0	167	19	30	26	22	1.98
26227297--26227376	27	2.9	27	88	5	117	28	21	30	20	1.98
26227395--26227441	18	2.6	19	83	6	53	53	0	10	36	1.36
26227410--26227450	19	2.1	19	86	4	55	53	0	9	36	1.34
26227613--26227673	19	3.2	19	73	17	72	39	8	1	50	1.42
26227613--26227689	38	2.1	36	90	9	120	42	6	2	48	1.42
26227694--26227761	19	3.7	19	82	5	95	48	0	10	41	1.37
26227985--26228055	37	1.9	37	100	0	142	49	0	11	39	1.39
26227991--26228059	19	3.7	19	82	5	97	52	0	10	37	1.36
26228138--26228212	27	2.8	27	85	0	105	17	33	20	29	1.95
26228711--26228768	24	2.4	25	77	11	59	27	1	8	62	1.35
26229052--26229097	24	2.0	23	83	12	58	54	8	0	36	1.32
26229968--26230009	18	2.3	18	80	8	50	59	9	0	30	1.29
26232999--26233037	20	2.0	20	89	0	60	20	10	0	69	1.17
26235977--26236052	3	25.3	3	97	0	143	65	0	32	1	1.01
26238829--26238869	20	2.0	20	100	0	82	63	17	4	14	1.47
26243168--26243246	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
26243363--26243673	47	6.6	47	91	5	465	31	29	7	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26243363--26243673	93	3.3	94	88	8	465	31	29	7	31	1.84
26247261--26247395	43	3.3	40	84	10	152	22	27	22	27	1.99
26247140--26247395	38	6.4	39	72	21	163	25	27	22	24	2.00
26247845--26247930	43	2.0	43	100	0	172	27	34	13	23	1.93
26249793--26249871	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
26249989--26250300	47	6.7	47	98	1	594	29	30	8	31	1.88
26249989--26250300	93	3.3	94	97	2	594	29	30	8	31	1.88
26249989--26250300	140	2.2	139	98	1	597	29	30	8	31	1.88
26253824--26254163	40	8.5	40	84	3	393	24	27	22	24	2.00
26254469--26254547	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
26254529--26254671	43	3.4	43	97	2	265	26	35	15	22	1.94
26256537--26256615	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
26256733--26257144	47	8.7	47	98	1	763	29	30	8	31	1.87
26261174--26261223	25	2.0	24	85	11	66	62	2	0	36	1.07
26275076--26275244	62	2.7	62	85	6	211	25	24	28	21	1.99
26275080--26275269	62	3.0	62	79	6	170	25	24	26	23	2.00
26276408--26276508	26	3.9	26	73	19	111	47	6	18	26	1.74
26297278--26297436	41	3.9	41	85	3	203	31	24	18	25	1.97
26297230--26297421	82	2.3	81	80	7	217	29	22	19	28	1.98
26297491--26297606	40	2.9	39	78	5	108	25	19	18	37	1.94
26297478--26297609	40	3.3	40	76	1	104	22	19	18	38	1.93
26300826--26300869	20	2.2	20	84	8	54	36	2	6	54	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26304077--26304114	20	1.9	20	89	10	60	50	10	13	26	1.73
26305029--26305081	14	3.8	14	85	5	54	54	11	9	24	1.65
26305035--26305083	14	3.5	15	88	5	59	55	10	12	22	1.66
26305975--26306011	6	6.3	6	87	6	58	83	0	0	16	0.64
26305975--26306011	17	2.1	17	90	5	56	83	0	0	16	0.64
26309618--26309680	27	2.3	26	86	10	83	19	15	20	44	1.87
26314624--26314799	56	3.1	56	99	0	343	45	9	22	22	1.80
26315927--26316072	40	3.7	40	79	3	152	25	21	27	26	1.99
26321839--26322011	56	3.1	56	95	4	316	45	8	23	23	1.80
26323138--26323322	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
26323139--26323322	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
26323191--26323355	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
26339240--26339439	27	7.4	26	81	6	193	17	20	21	42	1.90
26356083--26356275	50	3.8	50	84	0	251	26	22	30	20	1.98
26358256--26358347	7	12.4	7	70	19	62	25	6	1	67	1.21
26358578--26358612	17	2.1	17	88	0	52	25	2	2	68	1.17
26359949--26359993	6	7.5	6	90	7	56	15	0	8	75	1.03
26359941--26360018	24	3.3	24	79	15	74	16	1	8	73	1.15
26359949--26360038	29	3.1	27	75	19	76	16	2	7	73	1.17
26359968--26360007	6	6.8	6	94	5	55	17	0	7	75	1.03
26359968--26360018	12	4.4	11	85	9	57	19	0	5	74	1.02
26359955--26360038	23	3.7	21	77	15	62	16	2	7	73	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26362495--26362690	50	3.8	50	82	4	203	26	19	29	24	1.99
26367236--26367299	10	6.3	10	77	13	51	28	1	0	70	0.97
26367205--26367398	41	4.7	41	91	4	295	36	2	0	61	1.10
26367296--26367398	10	9.9	11	72	21	80	40	1	0	57	1.10
26367295--26367398	51	2.0	52	90	5	167	41	1	0	56	1.10
26367588--26367630	22	2.0	22	95	0	77	39	4	11	44	1.62
26367757--26367799	18	2.4	19	76	11	54	69	4	2	23	1.18
26370049--26370097	20	2.5	20	86	3	64	36	12	28	22	1.90
26376088--26376208	61	2.0	61	81	0	143	29	28	16	25	1.97
26376179--26376561	70	5.5	69	80	1	379	29	25	18	26	1.98
26376149--26376545	210	1.9	210	80	3	467	29	25	18	26	1.98
26376149--26376554	140	2.9	139	81	2	456	29	25	18	26	1.98
26376695--26376735	17	2.3	18	83	8	57	31	9	19	39	1.84
26379746--26379800	25	2.2	26	78	12	62	60	12	5	21	1.53
26386041--26386080	12	3.3	12	85	0	53	20	35	2	42	1.65
26389192--26389232	5	7.5	6	91	8	54	0	12	0	87	0.53
26389192--26389232	21	1.9	21	90	5	64	0	12	0	87	0.53
26389192--26389231	16	2.6	16	84	15	57	0	12	0	87	0.54
26395464--26395501	15	2.5	15	91	0	58	42	0	0	57	0.98
26395450--26395512	9	7.0	9	76	20	60	41	0	4	53	1.22
26395487--26395520	9	3.9	9	92	3	52	47	0	5	47	1.26
26398978--26399036	31	2.0	30	81	12	70	59	6	0	33	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26398998--26399031	10	3.6	10	92	7	54	55	5	0	38	1.24
26403337--26403388	18	2.9	17	73	18	52	73	13	11	1	1.19
26413251--26413305	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
26413515--26413547	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
26414204--26414265	23	2.5	25	77	15	67	33	1	6	58	1.34
26415943--26416020	40	2.0	40	84	0	102	21	26	28	23	1.99
26416286--26416581	126	2.3	128	91	2	465	31	18	21	28	1.97
26417088--26417125	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
26418091--26418190	11	9.4	11	67	17	50	43	2	30	25	1.66
26418126--26418194	22	3.0	23	81	10	79	42	1	31	24	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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