genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  31  of  189  ( 22580 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9809492--9809566	23	3.3	23	94	0	123	34	28	18	18	1.95
9813656--9813702	19	2.5	20	86	6	62	42	10	21	25	1.85
9815895--9815989	2	49.0	2	69	10	63	47	1	8	43	1.40
9815924--9815965	21	2.0	21	81	9	50	52	0	4	42	1.22
9816148--9816180	15	2.1	16	94	5	59	63	0	0	36	0.95
9821227--9821286	23	2.7	22	84	5	84	31	1	0	66	1.01
9821312--9821349	12	3.2	12	92	7	60	36	0	0	63	0.95
9821495--9821601	46	2.4	44	85	3	133	31	5	24	38	1.78
9821752--9821784	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
9821925--9822247	153	2.1	153	98	0	628	46	6	9	36	1.63
9823440--9823478	20	2.0	20	94	0	69	25	15	23	35	1.94
9823591--9823643	23	2.3	24	75	15	58	64	0	0	35	0.94
9823584--9823661	17	4.3	17	70	20	59	60	0	1	38	1.05
9827505--9827570	29	2.3	29	86	0	96	30	7	16	45	1.75
9835681--9835712	15	2.1	15	100	0	64	18	18	56	6	1.62
9844392--9844514	43	2.9	42	84	7	158	36	19	21	22	1.95
9845001--9845069	21	3.3	21	77	0	75	1	44	20	33	1.60
9850500--9850715	9	23.8	9	77	1	216	31	2	17	49	1.59
9850753--9850927	32	5.3	32	73	18	128	36	2	10	50	1.50
9850999--9851148	62	2.4	61	81	4	167	48	10	5	36	1.60
9851080--9851117	16	2.4	16	91	4	60	52	5	0	42	1.24
9851114--9851141	13	2.2	13	100	0	56	46	7	7	39	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9851110--9851159	17	3.2	17	81	18	72	52	6	6	36	1.51
9852140--9852194	30	1.9	29	82	10	69	58	9	3	29	1.46
9852229--9852261	15	2.2	15	100	0	66	42	21	24	12	1.86
9854115--9854191	21	3.7	20	75	11	66	37	42	0	19	1.51
9854134--9854191	29	2.0	29	90	9	93	39	41	0	18	1.51
9854353--9854391	20	1.9	21	89	5	62	25	53	2	17	1.56
9855091--9855413	114	2.8	112	76	8	294	30	23	17	28	1.97
9859260--9859291	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
9861052--9861083	15	2.2	15	94	5	57	53	6	3	37	1.42
9861075--9861115	19	2.2	19	86	4	57	48	12	14	24	1.78
9864039--9865371	443	3.0	443	97	0	2549	42	17	13	27	1.86
9865659--9865697	16	2.6	16	88	12	64	48	5	5	41	1.47
9870191--9870300	40	2.8	40	84	0	130	29	24	20	25	1.99
9870333--9870408	40	1.9	40	88	0	116	30	17	21	31	1.96
9870187--9870443	137	1.9	136	82	4	320	28	21	19	29	1.98
9870332--9870426	40	2.4	40	82	3	111	31	20	18	29	1.96
9870482--9870591	40	2.8	40	84	0	130	29	24	20	25	1.99
9870091--9870699	291	2.1	291	98	0	1182	30	21	19	29	1.97
9870619--9870768	40	3.8	40	90	0	228	28	20	21	30	1.98
9870478--9870728	137	1.8	137	86	0	367	28	21	20	30	1.98
9871685--9871832	75	2.0	76	90	1	235	30	10	12	46	1.75
9874053--9874109	29	1.9	30	92	3	98	49	10	7	33	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9874954--9874990	7	5.3	7	87	12	58	70	0	0	29	0.88
9874952--9874990	14	2.7	15	84	15	64	69	0	0	30	0.89
9876093--9876207	30	3.8	30	91	0	185	26	48	3	21	1.66
9876769--9876925	25	6.1	25	70	12	77	31	7	3	57	1.43
9876846--9876936	23	3.9	24	75	11	73	32	6	5	54	1.49
9877060--9877102	16	2.7	15	92	7	68	32	0	2	65	1.06
9877060--9877106	8	5.9	8	82	9	60	31	0	2	65	1.04
9878689--9878724	12	3.0	12	87	0	54	25	25	5	44	1.75
9887046--9887291	74	3.5	71	82	13	269	26	17	23	32	1.97
9887084--9887324	72	3.3	73	85	6	317	24	18	21	35	1.95
9887308--9887350	13	3.3	13	84	12	61	16	13	6	62	1.51
9887334--9887368	17	2.1	17	88	0	52	17	8	2	71	1.23
9888105--9888246	29	4.8	29	88	8	191	25	47	3	23	1.67
9888105--9888246	59	2.4	58	90	3	223	25	47	3	23	1.67
9888105--9888246	30	4.8	29	88	8	207	25	47	3	23	1.67
9888800--9888957	25	6.1	25	71	14	88	32	6	3	56	1.44
9888878--9888968	23	3.9	24	75	11	73	32	6	5	54	1.49
9889086--9889132	8	5.9	8	82	9	60	31	0	2	65	1.04
9889875--9889916	19	2.1	21	86	8	61	61	0	2	35	1.09
9890605--9890817	88	2.5	85	85	6	286	40	20	7	30	1.81
9890922--9890946	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
9891102--9891222	37	3.4	37	76	15	96	32	5	1	60	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9891138--9891234	27	3.7	27	79	8	94	34	3	0	62	1.11
9891149--9891213	17	3.6	17	73	17	51	30	4	0	64	1.14
9891130--9891240	10	12.2	10	71	22	61	35	2	0	62	1.10
9891292--9891474	88	2.1	90	87	6	275	34	10	19	34	1.86
9900016--9900125	40	2.8	39	80	6	132	35	23	24	16	1.95
9900014--9900140	40	3.2	39	78	6	121	36	21	22	20	1.95
9900188--9900325	41	3.4	41	86	4	197	22	21	28	26	1.99
9900690--9900740	7	7.1	7	80	4	57	21	0	29	49	1.50
9900667--9900736	22	3.2	22	82	9	74	24	1	27	47	1.61
9900751--9900830	7	11.1	7	73	15	56	20	0	35	45	1.51
9902242--9902380	43	3.2	43	75	6	147	30	16	23	29	1.96
9903848--9903897	22	2.3	21	86	6	73	64	2	0	34	1.05
9905599--9905633	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
9910361--9910397	13	2.8	13	91	0	56	24	16	29	29	1.96
9920935--9920991	28	2.0	28	96	0	105	40	17	12	29	1.86
9930476--9930512	18	2.0	19	89	5	58	37	10	13	37	1.80
9939519--9939667	79	1.9	79	87	2	221	49	9	10	30	1.68
9945717--9945959	50	4.8	50	88	1	335	20	30	23	25	1.98
9958339--9958380	11	3.6	11	81	12	57	59	7	0	33	1.25
9959688--9959722	17	2.0	18	88	5	54	20	45	22	11	1.82
9962656--9962728	25	2.9	25	82	11	96	26	23	17	32	1.97
9962656--9962768	50	2.3	50	85	0	145	29	23	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9962690--9962772	25	3.3	24	74	12	69	30	25	15	28	1.96
9962920--9962980	31	2.0	30	82	17	74	45	6	18	29	1.74
9963368--9963430	30	2.1	30	93	0	108	30	6	12	50	1.65
9965483--9965545	31	2.0	31	100	0	126	26	22	6	44	1.76
9968289--9968313	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
9969906--9969931	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
9971395--9971432	19	2.1	19	85	5	51	47	13	0	39	1.42
9973468--9973494	9	3.0	9	100	0	54	77	0	0	22	0.76
9977041--9977095	24	2.2	24	83	3	74	41	5	1	50	1.36
9981409--9981572	43	3.8	43	80	7	156	20	19	26	34	1.96
9981428--9981592	43	3.8	43	82	1	134	21	20	24	33	1.97
9981428--9981592	86	1.9	86	82	4	208	21	20	24	33	1.97
9981431--9981615	86	2.2	86	80	3	194	21	21	23	33	1.97
9981564--9981765	43	4.6	43	78	9	196	28	30	19	21	1.98
9981635--9981766	46	3.0	43	76	12	142	28	30	18	21	1.97
9982069--9982140	21	3.4	21	78	3	74	4	41	15	38	1.66
9982130--9982277	66	2.2	66	86	4	201	14	27	17	39	1.89
9982170--9982300	66	2.0	66	87	3	192	15	24	19	41	1.89
9987701--9987734	16	2.1	16	94	0	59	32	0	14	52	1.42
9987715--9987770	25	2.2	25	83	0	67	35	5	14	44	1.68
9987772--9987969	9	22.7	9	65	16	60	38	3	14	43	1.61
9987814--9987892	34	2.3	34	80	0	86	41	1	13	43	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9987892--9988152	56	4.7	56	73	20	217	38	3	10	47	1.54
9987884--9988056	31	5.5	31	76	11	172	37	2	12	47	1.56
9988028--9988095	22	3.3	21	83	8	86	39	0	10	50	1.37
9988062--9988091	15	2.0	15	100	0	60	40	0	6	53	1.27
9988006--9988147	71	2.0	71	98	0	275	39	2	9	48	1.48
9988243--9988295	24	2.2	24	96	0	97	49	3	3	43	1.38
9989767--9989800	17	2.0	17	94	0	59	38	11	38	11	1.79
9990041--9990108	33	2.1	33	94	0	118	35	29	2	32	1.73
9990330--9990368	16	2.6	16	88	8	55	33	5	38	23	1.77
9991579--9991609	16	1.9	16	93	0	53	29	51	0	19	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189