genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  68  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18904178--18904216	18	2.2	18	86	4	53	51	0	0	48	1.00
18908366--18908476	38	2.8	40	75	8	111	30	25	20	23	1.99
18910035--18910064	12	2.4	12	94	5	51	60	0	0	40	0.97
18915212--18915259	24	2.0	24	100	0	96	37	8	16	37	1.79
18921483--18921651	29	6.0	29	80	6	168	33	22	16	27	1.96
18923442--18923486	9	5.3	9	86	7	60	13	0	31	55	1.38
18929478--18929558	25	3.4	25	67	19	82	53	7	13	25	1.66
18929464--18929557	46	2.0	46	100	0	188	50	10	12	26	1.73
18931042--18931105	33	1.9	34	87	6	96	43	17	4	34	1.69
18931888--18931944	23	2.6	21	83	16	71	17	7	21	54	1.66
18931907--18931959	23	2.3	23	100	0	106	20	7	26	45	1.78
18933143--18933373	48	4.8	48	98	0	435	48	6	7	36	1.58
18933143--18933412	144	1.9	142	87	6	402	49	5	7	37	1.55
18936830--18937038	92	2.3	91	85	5	269	45	2	4	46	1.39
18936966--18937013	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
18937178--18937339	15	10.9	15	67	21	58	43	1	3	50	1.30
18937307--18937348	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
18937054--18937350	119	2.5	119	91	6	476	43	2	4	50	1.35
18937282--18937595	154	2.0	155	95	1	558	47	4	3	44	1.40
18937448--18937482	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
18937717--18937752	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
18942570--18942636	33	2.1	32	88	2	98	19	34	10	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18951803--18951846	21	2.1	21	95	0	79	43	27	11	18	1.84
18961018--18961086	16	4.7	15	69	20	56	39	8	13	39	1.75
18962050--18962132	20	4.3	19	73	22	66	39	4	3	51	1.40
18962050--18962122	38	2.0	36	86	5	101	38	5	2	53	1.39
18962050--18962181	58	2.3	58	85	2	167	40	5	5	49	1.48
18966466--18966503	19	2.0	19	100	0	76	36	10	26	26	1.89
18966836--18966977	58	2.4	58	80	12	132	40	3	4	51	1.41
18968498--18968543	19	2.5	18	82	6	56	45	8	2	43	1.47
18977118--18977167	25	2.0	25	84	7	66	34	0	2	64	1.05
18990328--18990432	45	2.3	44	85	8	140	64	8	26	0	1.22
18991124--18991181	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
18991393--18991424	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
18991519--18991760	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
18991519--18991768	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
18993646--18993670	12	2.1	12	100	0	50	48	0	12	40	1.40
18994097--18994124	13	2.2	13	100	0	56	21	7	25	46	1.76
18996021--18996092	9	8.0	9	71	22	62	41	0	4	54	1.20
18996020--18996090	19	3.3	21	70	29	60	42	0	4	53	1.20
18996101--18996205	45	2.3	45	83	8	133	63	8	27	0	1.23
18996914--18996971	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
18997183--18997214	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
18997309--18997550	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18997309--18997558	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
19008255--19008331	28	2.8	28	82	3	68	42	0	23	33	1.54
19008265--19008331	28	2.4	27	87	2	98	43	0	25	31	1.55
19010776--19010806	16	1.9	16	93	0	53	41	12	16	29	1.85
19011984--19012017	16	2.1	16	89	10	52	47	0	0	52	1.00
19028145--19028178	17	2.1	16	88	5	50	47	17	14	20	1.83
19039186--19039210	10	2.5	10	100	0	50	0	28	0	72	0.86
19045006--19045085	34	2.4	34	100	0	160	12	2	46	38	1.55
19046464--19046516	25	2.1	25	82	0	61	60	7	7	24	1.50
19049759--19050385	211	3.0	209	90	1	968	41	17	18	22	1.90
19053049--19053092	22	2.0	22	86	0	61	56	2	6	34	1.38
19054289--19054505	77	2.8	77	96	1	391	36	17	3	42	1.67
19056156--19056210	3	18.3	3	85	7	76	32	1	1	63	1.15
19057206--19057350	76	1.9	76	89	0	227	43	20	4	31	1.73
19059756--19059791	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
19060399--19060615	89	2.4	90	79	3	240	34	24	15	25	1.94
19061868--19061987	62	2.0	60	95	3	213	15	23	32	28	1.95
19061894--19061993	32	3.2	32	61	25	77	15	21	34	30	1.93
19072122--19072173	24	2.2	24	100	0	104	19	30	17	32	1.95
19086371--19086783	27	15.4	27	87	0	436	19	16	21	42	1.89
19105130--19105170	19	2.2	19	100	0	82	24	19	12	43	1.85
19107516--19107542	13	2.1	13	100	0	54	0	55	7	37	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19108724--19108765	22	1.9	22	85	9	59	30	9	14	45	1.77
19112777--19112826	4	13.0	4	76	16	52	72	0	26	2	0.96
19113253--19113278	7	3.7	7	100	0	52	46	11	0	42	1.40
19114831--19114870	21	1.9	21	84	0	53	20	5	22	52	1.65
19116176--19116228	27	2.0	27	88	0	79	47	13	11	28	1.77
19132267--19132321	28	2.0	27	93	6	94	21	10	7	60	1.55
19144472--19144531	31	1.9	31	93	0	102	20	13	13	53	1.72
19145683--19145709	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
19147304--19147348	19	2.3	18	82	14	54	22	8	0	68	1.16
19147872--19147934	18	3.4	19	75	12	60	47	1	3	47	1.27
19150887--19151248	23	15.5	22	74	11	267	43	18	13	24	1.86
19150867--19151223	70	5.1	70	92	1	563	43	19	13	24	1.86
19151964--19152061	28	3.5	28	84	0	124	29	26	12	31	1.92
19153974--19154126	71	2.2	71	98	1	299	39	15	11	32	1.84
19154628--19154652	13	1.9	13	100	0	50	8	16	4	72	1.24
19157470--19157655	50	3.7	49	76	16	184	23	16	27	31	1.96
19157465--19157648	101	1.8	101	88	4	282	23	16	27	32	1.96
19157571--19157650	25	3.2	26	67	29	73	22	13	28	35	1.92
19157652--19157750	46	2.2	43	81	12	110	24	19	23	33	1.97
19157874--19157905	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
19167304--19167364	27	2.2	28	80	8	72	54	1	9	34	1.44
19170295--19170329	17	2.0	17	88	5	52	11	20	42	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19170556--19170622	27	2.5	27	85	0	89	34	17	20	26	1.96
19170641--19170773	24	5.5	24	86	0	149	27	5	21	45	1.73
19170640--19170773	72	1.9	72	87	0	196	26	5	21	46	1.72
19170640--19170773	48	2.8	48	83	0	169	26	5	21	46	1.72
19170864--19170915	26	2.0	26	92	0	86	15	19	26	38	1.91
19170918--19171164	32	7.7	32	80	6	232	21	20	21	36	1.96
19170982--19171164	96	1.9	96	88	0	276	21	21	21	35	1.96
19171395--19171501	56	1.9	54	86	3	151	19	24	22	33	1.97
19171407--19171499	28	3.4	26	82	8	114	20	25	21	32	1.98
19172286--19172326	21	2.0	21	90	0	64	48	21	12	17	1.79
19175282--19175323	18	2.3	18	88	8	59	38	9	4	47	1.57
19180223--19180250	13	2.2	13	100	0	56	35	14	7	42	1.73
19191669--19191703	18	2.0	17	88	5	52	60	8	2	28	1.41
19192125--19192175	15	3.5	15	81	7	52	47	0	1	50	1.12
19192827--19192876	11	4.5	11	78	7	57	24	30	2	44	1.65
19192827--19192876	22	2.3	22	89	6	75	24	30	2	44	1.65
19193893--19193920	13	2.2	13	100	0	56	50	7	0	42	1.30
19194882--19194931	27	1.9	25	92	8	82	56	6	2	36	1.36
19197212--19197247	18	2.0	18	88	0	54	22	25	0	52	1.47
19201204--19201330	50	2.5	51	81	6	152	24	22	31	22	1.98
19210856--19210904	25	1.9	26	91	4	82	59	8	16	16	1.60
19212529--19212580	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19212614--19212650	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
19212636--19212671	18	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
19212635--19212712	29	2.6	29	78	19	79	53	0	0	46	1.00
19212664--19212713	16	3.2	16	70	18	52	52	0	0	48	1.00
19212645--19212710	29	2.2	30	86	10	91	54	0	0	45	0.99
19216679--19216729	22	2.3	22	93	6	86	27	29	0	43	1.55
19218577--19218611	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
19219088--19219225	25	5.7	25	76	14	155	41	0	13	44	1.49
19219044--19219223	95	1.9	94	95	1	324	40	0	13	46	1.47
19219034--19219215	44	4.0	44	79	15	215	39	0	13	47	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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