genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51983255--51983320	34	2.0	33	84	3	87	31	3	18	46	1.64
51983408--51983496	18	4.8	18	75	13	72	39	3	1	56	1.23
51986160--51986193	6	5.7	6	85	0	50	29	17	50	2	1.61
51992335--51992381	24	2.0	24	87	8	69	38	10	17	34	1.84
51992843--51992922	38	2.1	37	86	9	106	38	1	6	53	1.34
51993335--51993376	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
51993344--51993385	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
51993333--51993630	120	2.5	121	92	1	501	50	4	2	42	1.37
51993341--51993628	59	4.8	58	67	16	169	50	4	2	42	1.37
51993370--51993557	61	3.1	61	68	17	183	48	6	2	42	1.41
51993646--51993850	88	2.3	90	88	3	306	46	4	2	45	1.38
51993671--51993810	44	3.2	43	67	16	115	48	3	1	46	1.28
51995554--51995612	31	1.9	31	86	6	84	50	16	27	5	1.66
51996925--51996983	31	1.9	31	89	0	91	37	10	8	44	1.69
52008182--52008243	29	2.2	29	82	2	72	24	9	14	51	1.72
52008484--52008834	124	2.8	125	93	0	605	30	15	21	33	1.94
52010038--52010150	29	3.9	29	97	2	217	27	0	27	45	1.54
52010196--52010310	36	3.2	36	65	11	92	46	15	4	33	1.66
52010228--52010338	25	4.6	25	68	20	83	45	14	2	37	1.59
52010156--52010340	71	2.6	71	95	0	334	45	14	2	37	1.59
52010742--52010776	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
52012125--52012164	14	2.9	14	84	0	53	67	0	5	27	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52014861--52014925	30	2.2	30	88	5	96	64	0	0	35	0.94
52014926--52015039	51	2.3	51	93	1	194	42	0	29	28	1.56
52016278--52016340	30	2.1	30	85	11	85	39	7	9	42	1.67
52017142--52017173	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
52024975--52025049	36	2.0	38	92	5	127	21	14	28	36	1.93
52027021--52027148	50	2.6	50	84	0	166	30	24	25	20	1.98
52040863--52040930	33	2.1	33	83	5	84	47	4	1	47	1.31
52041015--52041067	19	2.8	19	75	13	56	49	0	3	47	1.19
52049289--52049316	14	2.0	14	100	0	56	42	0	14	42	1.45
52052329--52052364	15	2.4	15	90	9	56	25	66	8	0	1.19
52052574--52052608	3	11.7	3	93	0	61	2	34	0	62	1.10
52060283--52060337	19	2.8	20	78	8	60	58	0	7	34	1.26
52060589--52060652	11	6.4	11	69	18	50	25	3	1	70	1.11
52060589--52060672	10	8.4	10	67	23	52	29	3	1	65	1.17
52060589--52060657	30	2.3	29	80	7	77	27	4	1	66	1.19
52060589--52060673	20	4.3	20	80	5	75	30	3	1	64	1.17
52060608--52060673	29	2.2	30	84	7	82	33	3	0	63	1.10
52062556--52062724	92	1.8	93	87	3	252	36	14	9	39	1.79
52067927--52068059	67	2.0	67	100	0	266	18	19	22	39	1.92
52071133--52071187	27	2.1	27	82	3	67	52	5	7	34	1.52
52071182--52071207	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
52071186--52071230	22	2.0	22	82	0	54	62	4	0	33	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52100154--52100209	28	1.9	30	89	7	89	39	3	7	50	1.47
52101311--52101398	45	2.0	44	81	2	104	54	3	12	29	1.54
52102550--52102577	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
52102971--52103021	25	2.0	25	85	14	70	64	1	3	29	1.22
52104800--52104863	17	3.6	17	74	15	67	28	12	12	46	1.78
52104792--52104860	36	1.9	36	96	0	129	27	13	13	46	1.79
52104792--52104843	19	2.9	18	72	16	54	26	13	13	46	1.80
52109918--52109981	17	3.6	17	70	15	58	28	12	12	46	1.78
52109910--52109978	36	1.9	36	91	5	113	27	13	13	46	1.79
52111870--52112190	131	2.5	131	88	3	441	27	23	16	31	1.96
52118868--52118933	28	2.3	28	86	5	96	43	0	3	53	1.16
52119717--52119783	34	1.9	35	93	3	118	47	10	7	34	1.66
52123364--52123454	44	2.0	45	83	10	116	29	2	4	63	1.25
52124152--52124184	17	2.0	16	94	5	57	33	0	6	60	1.21
52125799--52125861	31	2.0	32	96	3	119	42	15	9	31	1.79
52131918--52131980	31	2.0	32	96	3	119	42	15	9	31	1.79
52138167--52138282	58	2.0	59	89	1	180	45	12	16	25	1.82
52138183--52138304	58	2.1	56	79	7	145	49	9	16	24	1.76
52143762--52143798	19	1.9	19	94	0	65	40	0	5	54	1.24
52144127--52144203	22	3.5	22	78	3	102	38	9	3	48	1.53
52144127--52144214	22	4.1	21	76	4	86	39	7	3	48	1.49
52144130--52144214	43	2.0	43	97	0	161	38	8	3	49	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52145456--52145514	18	3.4	18	79	15	70	42	0	5	52	1.23
52145449--52145514	34	1.9	34	90	6	107	42	0	4	53	1.21
52145628--52145677	8	6.1	8	80	15	50	48	2	0	50	1.12
52146742--52146778	18	2.1	18	89	0	56	18	13	21	45	1.84
52148721--52148758	15	2.4	16	82	8	51	23	0	2	73	0.95
52149475--52149499	9	2.8	9	100	0	50	68	0	0	32	0.90
52152528--52152564	17	2.1	19	90	10	60	62	0	0	37	0.96
52152534--52152568	9	4.0	9	85	7	54	65	0	0	34	0.93
52160821--52160865	23	1.9	23	82	13	56	15	8	40	35	1.79
52160882--52161161	125	2.3	123	83	5	341	29	14	23	32	1.94
52161072--52161274	85	2.4	84	97	1	381	23	20	24	32	1.98
52164415--52165491	23	44.2	23	73	17	687	28	0	23	47	1.52
52164446--52165577	28	42.5	28	75	16	918	29	0	23	47	1.52
52164415--52165614	51	22.8	51	80	14	840	29	0	23	47	1.53
52164546--52164627	34	2.4	34	77	2	94	32	0	23	43	1.54
52165021--52165092	34	2.1	34	89	0	108	25	0	29	45	1.53
52165185--52165256	34	2.1	34	92	0	117	26	0	27	45	1.54
52164446--52165577	79	14.2	83	80	11	933	29	0	23	47	1.52
52165106--52165614	136	3.7	136	80	12	555	29	0	23	46	1.54
52165563--52165597	17	2.0	18	88	5	54	31	0	20	48	1.50
52167880--52167933	28	1.9	28	92	7	92	62	1	0	35	1.06
52167977--52168018	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52168020--52168111	22	4.2	23	80	13	104	41	0	28	30	1.56
52167968--52168070	52	2.0	51	81	12	122	33	0	33	33	1.58
52168020--52168111	44	2.1	44	84	8	116	41	0	28	30	1.56
52173055--52173092	19	2.0	20	89	5	60	63	0	7	28	1.23
52185954--52186017	25	2.6	23	80	11	65	56	1	4	37	1.30
52186619--52186692	37	2.0	38	91	2	123	50	10	5	33	1.60
52191552--52191587	18	2.0	18	94	0	63	30	5	13	50	1.65
52191640--52191670	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
52192889--52192996	57	1.9	57	84	0	144	22	9	19	49	1.76
52203912--52203961	26	1.9	27	88	8	77	50	6	14	30	1.66
52203917--52203973	24	2.3	25	82	8	64	49	8	8	33	1.65
52205727--52206022	129	2.3	129	87	2	425	28	19	20	32	1.97
52205826--52206317	173	2.8	173	84	1	599	27	19	20	32	1.97
52205727--52206062	129	2.6	127	84	5	424	27	19	19	32	1.97
52205990--52206235	129	1.9	129	83	3	316	26	18	20	34	1.96
52205551--52206472	44	21.0	45	71	11	341	27	19	20	32	1.97
52206001--52206461	133	3.5	127	74	11	355	26	19	21	32	1.97
52206463--52207480	50	20.4	50	73	1	696	25	20	21	33	1.97
52206466--52207480	100	10.2	100	88	0	1348	25	20	21	33	1.97
52207989--52208075	45	1.9	45	83	0	111	47	9	14	28	1.75
52212041--52212091	26	2.0	27	88	7	79	49	5	13	31	1.66
52212047--52212103	24	2.3	25	82	8	64	49	8	8	33	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52212932--52212972	17	2.4	17	87	0	55	70	0	9	19	1.14
52216145--52216195	24	2.2	23	89	3	75	64	1	0	33	1.05
52222152--52222203	24	2.2	24	92	0	86	51	7	3	36	1.49
52223887--52224082	100	2.0	100	84	0	257	31	17	13	37	1.89
52224557--52224587	14	2.2	14	94	0	53	41	25	6	25	1.79
52226626--52226690	24	2.5	24	82	9	76	49	6	1	43	1.37
52240732--52240780	8	6.1	8	92	0	71	63	8	0	28	1.23
52240954--52240991	18	2.1	19	85	14	53	55	2	0	42	1.14
52241223--52241258	17	2.0	19	89	10	58	52	0	8	38	1.32
52243330--52243424	38	2.5	38	87	0	145	38	20	8	32	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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