genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  2  of  189  ( 22580 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
410845--410943	48	2.1	45	83	5	117	19	10	58	12	1.61
422112--422182	19	3.8	19	67	16	51	40	4	0	54	1.20
425709--425811	27	3.8	27	91	5	156	19	21	36	22	1.95
429371--429412	16	2.7	15	85	7	57	57	2	2	38	1.25
429524--429597	38	1.9	38	97	0	139	39	2	4	54	1.34
429814--430153	19	17.5	19	67	23	117	54	12	0	32	1.42
429793--430017	27	9.1	27	75	19	213	53	12	1	32	1.47
429750--430017	49	5.5	49	85	6	334	52	14	1	32	1.49
429802--430017	97	2.2	98	94	0	380	53	12	0	32	1.45
429869--430151	22	12.9	22	72	18	191	55	12	0	31	1.40
437469--437537	33	2.1	33	91	5	113	42	11	8	37	1.72
439749--440144	132	3.0	131	82	3	472	23	20	25	30	1.98
444423--444488	13	4.6	14	72	24	50	12	15	1	71	1.22
444462--444496	18	1.9	18	88	11	54	5	20	5	68	1.31
444685--444740	16	3.4	16	76	13	53	67	0	28	3	1.07
444675--444729	16	3.2	17	77	15	60	61	0	34	3	1.13
450175--450482	146	2.1	148	85	7	421	44	4	10	40	1.59
453496--453529	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
458124--458157	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
475967--476006	18	2.2	19	86	4	55	75	10	0	15	1.05
476348--476374	14	1.9	14	100	0	54	37	3	0	59	1.15
476379--476463	29	3.0	27	72	13	73	31	4	1	62	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
476333--476510	97	1.8	97	80	8	211	35	5	1	57	1.30
478546--478670	63	2.0	61	86	6	171	28	14	14	42	1.85
484493--484538	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
486313--486355	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
488836--488932	3	32.0	3	85	2	77	55	2	9	32	1.43
502551--502797	49	4.8	50	83	6	284	20	29	23	26	1.99
502889--502920	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
503131--503188	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
511154--511183	3	9.7	3	92	7	51	66	0	0	33	0.92
511391--511441	19	2.8	19	80	8	63	54	0	3	41	1.19
520705--520744	16	2.4	16	83	4	53	25	0	0	75	0.81
522694--522744	26	1.9	27	84	4	68	45	1	7	45	1.44
525016--525612	149	4.0	149	92	1	932	33	17	20	28	1.95
531239--531295	18	3.3	18	75	18	50	54	1	7	36	1.38
533711--533744	18	1.9	17	88	5	50	17	2	17	61	1.46
533717--533763	22	2.1	23	84	11	62	19	2	12	65	1.35
537415--537448	14	2.4	14	90	9	52	44	0	8	47	1.34
542476--542500	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
554832--555121	43	6.7	44	73	10	132	25	23	21	28	1.99
554832--555207	46	8.7	44	73	12	262	25	23	21	29	1.99
554874--555291	173	2.4	169	83	7	504	26	22	20	30	1.98
556618--556644	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
568085--568150	34	1.9	34	81	6	80	57	1	4	36	1.28
570516--570551	18	2.0	18	89	10	56	44	0	5	50	1.25
573107--574209	243	4.8	234	83	8	1182	38	21	10	29	1.87
574250--574662	185	2.2	191	89	3	631	36	20	14	28	1.91
576401--576425	10	2.5	10	100	0	50	60	0	8	32	1.26
578997--579040	5	8.8	5	94	0	70	40	34	0	25	1.56
582931--582957	14	1.9	14	100	0	54	18	0	7	74	1.05
590580--590694	48	2.4	48	94	0	194	26	51	11	10	1.70
596963--596989	14	1.9	14	100	0	54	44	3	7	44	1.49
603343--603380	17	2.1	19	85	9	53	57	0	5	36	1.21
605210--605241	16	2.0	16	93	0	55	43	9	18	28	1.81
608679--608761	41	2.0	41	100	0	166	42	19	12	26	1.86
613205--613264	30	2.0	31	83	9	79	21	36	1	40	1.64
614129--614155	6	4.5	6	100	0	54	48	14	0	37	1.45
616066--616106	21	2.0	21	85	0	55	58	2	0	39	1.11
616556--616580	12	2.1	12	100	0	50	0	0	16	84	0.63
616900--617456	199	2.8	198	83	4	681	27	23	9	38	1.86
626924--626972	24	2.1	23	82	14	57	51	2	8	38	1.43
627006--627061	3	18.7	3	81	7	69	62	1	5	30	1.28
628510--628871	41	8.4	44	71	12	191	27	22	19	30	1.98
628508--628786	87	3.2	87	71	8	269	27	22	20	29	1.98
628831--629042	86	2.5	85	83	7	241	23	23	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
630295--630323	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
641765--641813	24	2.1	23	82	14	57	51	2	8	38	1.43
641847--641902	3	18.7	3	81	7	69	62	1	5	30	1.28
643567--643607	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
651879--651904	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
653509--653563	20	2.8	20	80	0	65	38	0	0	61	0.96
660691--661061	130	2.9	128	83	5	460	28	14	13	43	1.83
663865--663898	14	2.5	13	85	4	50	70	0	0	29	0.87
670870--670928	25	2.3	26	80	13	70	20	8	6	64	1.44
679615--679666	24	2.2	24	89	0	77	55	5	1	36	1.35
694816--694854	21	1.9	20	89	5	60	53	7	12	25	1.65
700191--700315	63	2.0	64	82	4	155	38	16	3	42	1.64
704528--704557	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
704782--704806	12	2.1	12	100	0	50	0	16	0	84	0.63
705078--705108	16	1.9	16	93	0	53	54	3	3	38	1.32
708737--708792	28	1.9	29	82	7	69	48	5	1	44	1.36
709194--709266	25	2.7	26	79	8	76	42	0	9	47	1.36
711699--711765	31	2.3	28	80	12	73	32	10	13	43	1.78
712638--712668	15	2.0	16	93	6	55	29	12	6	51	1.65
713916--713961	19	2.5	19	82	6	60	63	0	0	36	0.95
716252--716289	19	2.1	19	90	9	62	57	2	0	39	1.12
716274--716434	31	5.2	31	71	17	95	37	3	8	49	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
716270--716447	95	1.9	94	88	2	268	38	5	8	48	1.56
717550--717590	15	2.7	16	88	11	68	31	0	0	68	0.90
724343--724386	22	2.0	22	100	0	88	31	13	27	27	1.94
731240--731535	126	2.3	125	84	5	385	48	15	10	25	1.76
733392--733438	24	2.0	23	87	4	67	65	0	6	27	1.16
735218--735245	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
736286--736341	3	18.7	3	96	0	103	67	0	1	30	1.01
738036--738214	92	1.9	92	93	0	304	31	15	22	30	1.95
749183--749224	2	20.5	2	90	4	66	47	2	2	47	1.28
753775--753945	26	6.8	26	66	17	76	14	24	21	39	1.91
753892--753939	25	2.0	25	83	4	62	14	25	22	37	1.92
759010--759299	142	2.0	143	95	2	530	43	6	12	37	1.68
759494--759528	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
759552--759596	22	2.1	22	88	12	67	57	13	2	26	1.48
768221--768564	85	4.1	84	83	5	385	35	21	10	32	1.87
768221--768565	169	2.1	166	83	7	439	35	21	10	32	1.87
769691--769723	17	2.1	17	88	11	52	30	0	9	60	1.27
770884--770988	45	2.3	45	81	0	111	42	18	18	20	1.89
770964--771079	45	2.6	45	84	0	151	39	18	19	22	1.92
770993--771091	45	2.2	45	81	0	108	40	20	17	22	1.91
788774--788876	27	3.8	27	87	2	127	20	19	34	25	1.96
788938--788984	18	2.5	20	79	10	62	63	2	34	0	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
788934--788987	22	2.4	23	84	12	76	64	1	33	0	1.04
792824--792905	38	2.2	38	95	0	146	40	2	3	53	1.32
793100--793438	27	14.1	26	72	23	264	53	13	0	32	1.46
793047--793550	96	5.5	92	79	14	364	54	13	0	31	1.44
793052--793447	49	8.5	46	76	15	229	53	14	0	31	1.46
793100--793574	115	4.2	114	75	18	422	54	13	0	32	1.43
793195--793434	97	2.5	96	95	2	428	55	12	0	31	1.44
793127--793572	19	20.0	21	68	21	112	54	13	0	31	1.43
793333--793573	83	2.8	85	74	15	246	54	12	0	31	1.42
793497--793574	20	3.8	20	81	8	86	55	11	0	33	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189