genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8361301--8361717	106	4.0	105	84	6	533	40	34	2	23	1.68
8361590--8361629	19	2.1	19	86	9	55	25	60	7	7	1.50
8361618--8361800	83	2.2	81	85	3	251	43	28	1	25	1.64
8362212--8362325	41	2.8	41	82	5	140	25	28	20	25	1.99
8369179--8369204	12	2.2	12	100	0	52	0	7	0	92	0.39
8372423--8372481	29	2.0	29	100	0	118	20	16	13	49	1.80
8372432--8372495	29	2.2	29	83	5	76	28	10	14	46	1.77
8373459--8373491	17	1.9	17	93	0	57	21	27	9	42	1.83
8382319--8382366	19	2.5	19	93	0	87	31	25	6	37	1.81
8387784--8387821	5	7.8	5	91	5	60	76	0	0	23	0.79
8388079--8389194	151	7.3	145	81	8	1082	34	20	16	27	1.95
8388079--8389197	75	14.7	74	83	8	1111	34	20	16	27	1.95
8388079--8389197	150	7.3	151	83	6	1227	34	20	16	27	1.95
8397473--8397618	35	4.1	34	74	17	111	43	10	8	38	1.69
8397470--8397623	19	8.4	19	70	16	76	41	9	7	40	1.67
8397471--8397618	17	8.2	17	72	17	68	42	10	8	39	1.68
8397543--8397639	21	4.9	21	76	13	80	40	10	7	42	1.67
8397562--8397643	37	2.2	37	82	6	94	42	9	4	42	1.59
8397703--8397876	17	9.8	18	71	15	130	45	9	13	32	1.75
8397666--8397761	36	2.7	35	82	12	99	43	8	12	35	1.73
8397882--8397921	17	2.3	18	86	4	55	35	7	20	37	1.81
8397965--8398021	17	3.3	17	73	4	60	38	7	12	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8398488--8398514	14	1.9	14	100	0	54	7	22	48	22	1.75
8398563--8398592	15	2.0	15	100	0	60	13	13	6	66	1.43
8398693--8398775	10	7.5	10	78	15	67	1	24	0	74	0.89
8398905--8398966	23	2.6	24	77	12	65	0	14	19	66	1.26
8399287--8399351	30	2.2	30	83	2	78	40	6	18	35	1.76
8399354--8399434	31	2.7	30	78	3	81	48	7	20	23	1.75
8399447--8399482	17	2.3	17	86	13	51	30	0	0	69	0.89
8399627--8399669	5	8.6	5	100	0	86	79	0	0	20	0.74
8401474--8401532	30	2.0	30	82	0	73	23	15	6	54	1.65
8401980--8402023	15	2.9	15	86	3	52	72	2	25	0	0.96
8402105--8402153	13	3.8	13	81	10	64	73	0	26	0	0.83
8402315--8402392	24	3.2	24	100	0	156	25	37	25	11	1.90
8402328--8402398	8	8.8	8	70	23	51	23	39	23	12	1.89
8403012--8403052	21	1.9	22	90	5	66	39	14	9	36	1.79
8402990--8403093	38	2.8	35	80	12	104	36	13	8	41	1.75
8403032--8403209	17	10.3	18	72	18	137	33	13	9	43	1.77
8403076--8403153	16	4.8	16	76	12	79	33	12	11	42	1.79
8403067--8403152	32	2.6	32	89	7	129	34	12	10	41	1.78
8403112--8403230	54	2.2	53	83	8	143	32	14	9	43	1.77
8403308--8403367	20	3.1	19	80	20	79	45	11	11	31	1.77
8403284--8403367	37	2.2	39	89	4	127	41	9	10	38	1.73
8406487--8406547	19	3.1	19	81	9	70	47	1	0	50	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8412828--8412882	24	2.3	24	78	3	67	41	0	0	58	0.98
8413306--8413382	22	3.5	21	79	13	84	29	0	7	62	1.23
8413317--8413383	23	3.0	23	80	6	75	29	0	7	62	1.22
8416149--8416253	15	7.0	15	88	0	138	8	12	53	25	1.66
8420933--8421035	25	4.0	26	73	15	90	67	0	0	31	0.97
8447168--8447201	15	2.3	15	94	0	59	41	26	5	26	1.78
8448150--8448239	11	8.4	11	80	13	98	57	0	2	40	1.11
8448174--8448259	41	2.2	39	91	6	145	62	0	1	36	1.03
8448135--8448239	52	2.0	54	87	7	153	57	0	1	40	1.10
8448224--8448269	17	2.7	17	82	0	56	63	0	0	36	0.95
8457342--8457381	20	2.0	21	85	5	55	50	0	2	47	1.14
8476285--8476327	5	9.2	5	80	14	56	34	0	2	62	1.08
8476290--8476327	15	2.7	15	92	8	62	34	0	2	63	1.09
8477517--8477584	23	3.0	23	84	0	91	17	23	22	36	1.94
8477560--8477611	21	2.5	21	93	0	86	15	26	26	30	1.96
8491626--8491750	60	2.1	61	98	1	243	23	22	17	36	1.94
8497015--8497074	22	2.7	22	80	12	61	46	1	0	51	1.10
8497138--8497183	20	2.2	21	84	3	58	47	0	8	43	1.34
8500341--8500378	17	2.2	18	85	4	51	34	10	5	50	1.59
8502108--8502170	31	2.0	31	84	6	83	26	12	9	50	1.71
8506334--8506359	6	4.3	6	100	0	52	50	0	19	30	1.48
8521593--8521620	12	2.3	12	100	0	56	21	28	0	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8521591--8521655	22	3.0	22	82	14	66	23	29	1	46	1.61
8521616--8521661	11	4.2	11	88	0	65	21	34	2	41	1.66
8523490--8523531	18	2.3	18	87	0	57	23	28	2	45	1.66
8524137--8524175	20	1.9	21	85	15	55	38	2	5	53	1.37
8527101--8527184	44	1.9	44	90	0	132	22	19	28	29	1.98
8527132--8527558	126	3.4	126	87	1	588	25	20	19	34	1.96
8527581--8527888	96	3.2	96	80	2	307	42	17	2	37	1.64
8532646--8532686	12	3.6	12	83	12	59	43	7	0	48	1.30
8533236--8533300	13	5.1	12	83	5	67	36	26	7	29	1.84
8533237--8533300	26	2.5	26	86	0	101	35	26	7	29	1.85
8533908--8533973	13	5.1	13	81	0	78	33	25	12	28	1.92
8535807--8535852	19	2.3	20	85	14	60	36	0	0	63	0.95
8536788--8536830	17	2.6	16	79	17	52	16	13	2	67	1.33
8542981--8543039	29	2.1	28	84	9	75	50	6	1	40	1.39
8561668--8561692	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8571392--8571440	6	7.8	6	79	6	53	44	14	20	20	1.86
8571418--8571575	45	3.4	45	82	10	190	42	17	17	22	1.89
8571418--8571575	51	3.2	50	85	8	193	42	17	17	22	1.89
8572538--8572587	9	5.6	9	78	21	52	56	4	0	40	1.18
8573416--8573467	14	3.4	14	80	15	59	48	1	0	50	1.12
8577442--8577469	14	2.0	14	100	0	56	7	28	0	64	1.20
8577422--8577466	19	2.5	18	83	16	58	6	26	0	66	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8580504--8580580	35	2.2	37	79	11	90	45	1	2	50	1.23
8580652--8580773	45	2.9	41	78	11	124	36	28	6	28	1.82
8586841--8586923	37	2.2	37	82	6	105	40	26	15	16	1.89
8614981--8615349	103	3.6	103	92	1	605	30	29	20	19	1.97
8615679--8615743	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
8615686--8615743	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
8621516--8621728	93	2.3	92	87	1	291	25	14	19	40	1.90
8621712--8621751	19	2.1	19	100	0	80	32	5	10	52	1.56
8623775--8623908	59	2.3	59	87	5	207	25	15	12	46	1.81
8623775--8623916	31	4.8	31	69	10	100	26	15	11	46	1.80
8627853--8627896	3	14.7	3	90	0	70	27	68	4	0	1.09
8629286--8629481	106	1.8	105	82	6	252	31	14	13	39	1.86
8641741--8641815	31	2.5	28	85	12	96	36	2	1	60	1.20
8641751--8641842	40	2.2	42	94	3	161	39	2	1	57	1.18
8641782--8641842	11	5.9	11	74	18	60	40	1	0	57	1.08
8641829--8641878	22	2.3	21	83	10	73	40	0	2	58	1.10
8644436--8644468	6	5.5	6	100	0	66	51	18	15	15	1.77
8651244--8651293	21	2.4	22	80	10	59	38	4	2	56	1.30
8656504--8656543	9	4.4	9	80	0	53	47	0	2	50	1.14
8660072--8660113	16	2.6	16	78	10	50	66	0	0	33	0.92
8662162--8662226	29	2.2	31	86	5	89	43	13	7	35	1.73
8662218--8662319	31	3.3	31	67	15	84	44	11	11	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8662188--8662332	62	2.3	62	89	2	220	42	11	11	34	1.77
8662614--8662652	20	1.9	21	85	15	55	53	2	33	10	1.48
8673786--8673942	78	2.0	78	86	0	215	31	24	17	26	1.97
8674086--8674153	34	2.0	34	100	0	136	29	17	23	29	1.97
8675715--8675909	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
8675942--8675975	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
8675946--8675985	17	2.3	18	83	12	57	45	5	2	47	1.38
8676065--8676199	15	8.9	15	67	24	70	42	2	3	51	1.32
8675941--8676159	120	1.8	119	88	6	336	39	3	6	50	1.46
8676167--8676208	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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