genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  23  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7331088--7331140	18	2.9	18	80	2	61	41	45	1	11	1.51
7331238--7331313	9	8.4	9	81	5	82	30	10	18	40	1.84
7331245--7331313	27	2.6	27	92	0	111	30	10	17	42	1.82
7337987--7338048	30	2.1	29	81	6	70	46	4	0	48	1.23
7338173--7338212	13	3.1	13	85	0	62	35	27	7	30	1.84
7338571--7338642	26	2.8	25	83	6	81	43	0	1	55	1.08
7338604--7338642	20	2.0	20	85	5	53	48	0	0	51	1.00
7345516--7345550	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
7346435--7346475	8	5.0	8	87	3	55	56	0	0	43	0.99
7347347--7347377	16	1.9	16	93	0	53	74	0	19	6	1.03
7351474--7351651	46	3.9	46	81	2	205	32	25	14	28	1.95
7351474--7351651	92	1.9	92	83	2	232	32	25	14	28	1.95
7352027--7352068	18	2.2	20	83	8	52	30	9	0	59	1.29
7355990--7356025	19	1.9	19	88	5	56	61	8	13	16	1.56
7357393--7357425	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
7375059--7375114	25	2.2	25	96	0	103	42	10	26	19	1.84
7377073--7377132	29	2.0	32	83	9	81	18	26	6	48	1.72
7378180--7378204	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
7393872--7393928	21	2.7	21	75	5	53	61	7	1	29	1.32
7394016--7394071	17	3.3	17	73	9	51	50	3	7	39	1.47
7394013--7394077	34	2.0	34	87	6	98	50	3	6	40	1.43
7394332--7394393	31	2.0	31	87	0	88	32	17	4	45	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7397365--7397455	44	2.1	44	85	0	119	45	12	14	28	1.80
7397694--7397890	102	1.9	102	96	0	367	25	24	16	34	1.95
7398473--7398533	31	2.0	31	90	0	95	42	8	13	36	1.74
7401056--7401124	21	3.2	21	68	12	50	59	4	1	34	1.26
7406564--7407198	314	2.0	314	99	0	1252	39	15	12	32	1.86
7411402--7411478	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
7411418--7411457	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
7411406--7411472	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
7414591--7414627	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
7414842--7414901	30	2.0	31	83	9	79	20	38	0	41	1.52
7417191--7417222	11	3.0	11	95	4	57	0	15	0	84	0.63
7417650--7417791	77	1.9	75	86	5	205	59	18	6	16	1.57
7418381--7418408	12	2.3	12	100	0	56	85	7	0	7	0.73
7419973--7420008	15	2.4	16	86	13	51	72	0	0	27	0.85
7420310--7420829	260	2.0	260	99	0	1031	36	15	16	31	1.90
7428295--7428527	111	2.1	111	97	0	439	28	18	10	42	1.84
7429043--7429072	14	2.1	14	100	0	60	23	0	6	70	1.11
7431789--7431817	5	5.8	5	100	0	58	0	0	58	41	0.98
7433499--7433588	42	2.2	41	82	9	112	38	2	4	54	1.33
7433557--7433619	30	2.1	31	90	3	101	31	3	4	60	1.33
7433566--7433635	30	2.4	31	83	7	83	37	1	8	52	1.41
7434149--7434201	18	2.9	18	80	2	61	41	45	1	11	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7434305--7434335	9	3.4	9	90	0	53	25	9	22	41	1.84
7435952--7435979	13	2.2	13	100	0	56	42	0	7	50	1.30
7441236--7441279	9	4.9	9	82	0	52	75	6	0	18	1.02
7441236--7441279	18	2.4	18	92	0	70	75	6	0	18	1.02
7444615--7444648	14	2.4	14	90	0	50	67	0	0	32	0.91
7444623--7444679	17	3.2	19	76	16	59	73	0	0	26	0.83
7452243--7452291	10	5.1	10	76	18	50	32	0	2	65	1.04
7452243--7452293	19	2.7	20	84	9	70	31	0	3	64	1.11
7454038--7454366	110	3.0	111	90	2	518	32	19	16	31	1.94
7454851--7454905	27	2.1	25	83	6	65	74	3	5	16	1.15
7455661--7455699	21	1.9	21	84	5	53	69	10	7	12	1.37
7457911--7457935	12	2.1	12	100	0	50	8	0	8	84	0.79
7461177--7461248	36	2.0	36	88	0	108	26	23	20	29	1.99
7462517--7462546	15	1.9	16	93	6	53	33	3	0	63	1.11
7465984--7466074	43	2.1	43	85	2	121	34	12	9	43	1.75
7475673--7475719	18	2.6	18	80	6	51	51	2	0	46	1.13
7475985--7476022	20	1.9	20	94	0	67	36	5	7	50	1.54
7478019--7478112	17	5.6	17	67	26	58	61	0	1	37	1.03
7478047--7478088	15	2.6	16	78	10	50	61	0	0	38	0.96
7478019--7478112	40	2.2	43	75	14	97	61	0	1	37	1.03
7480670--7480694	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7505470--7505528	23	2.6	23	75	17	61	37	18	23	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7506031--7506139	54	2.0	54	100	0	218	40	20	11	28	1.86
7506574--7506607	17	2.0	17	100	0	68	23	23	5	47	1.73
7513161--7513190	13	2.2	14	94	5	53	50	6	30	13	1.67
7523961--7523999	3	13.0	3	94	0	69	64	0	2	33	1.08
7528279--7528304	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
7532519--7532704	73	2.5	73	99	0	363	40	24	6	27	1.80
7532705--7532736	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
7533407--7533447	18	2.3	18	86	0	55	63	7	2	26	1.33
7533462--7533520	31	1.9	31	86	6	84	59	3	1	35	1.24
7537950--7538030	21	3.7	21	80	16	94	28	3	4	62	1.33
7537994--7538125	9	13.8	9	68	14	50	31	6	2	59	1.36
7538094--7538124	9	3.4	9	100	0	62	29	9	0	61	1.28
7538084--7538143	18	3.3	18	79	4	68	25	6	0	68	1.14
7538143--7538173	7	4.4	7	95	0	53	32	16	9	41	1.80
7553803--7553837	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
7554843--7554896	24	2.2	24	86	0	72	35	5	9	50	1.58
7555920--7555968	19	2.6	19	90	0	80	40	10	34	14	1.79
7558803--7558947	50	2.9	49	78	11	168	28	21	28	22	1.99
7565081--7565119	21	1.9	21	89	5	62	33	15	30	20	1.94
7566164--7566206	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
7566319--7566385	9	7.4	9	87	0	98	23	7	23	44	1.79
7566319--7566395	27	2.9	27	86	0	100	25	6	22	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7571855--7571889	3	11.7	3	88	11	54	68	0	2	28	1.04
7573539--7573836	46	6.8	45	72	12	212	25	21	20	31	1.98
7573508--7573836	44	7.6	44	72	12	193	26	20	21	31	1.98
7586531--7586568	3	12.7	3	89	10	60	68	0	2	28	1.03
7594882--7595089	91	2.3	91	89	4	303	45	3	3	46	1.39
7595055--7595164	57	2.0	54	80	8	123	44	2	0	51	1.21
7595094--7595279	54	3.2	54	69	19	149	42	2	3	51	1.34
7595230--7595281	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
7595358--7595399	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
7595349--7595390	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
7595105--7595401	120	2.5	120	92	3	483	42	3	4	50	1.39
7595527--7595631	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
7595525--7595634	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
7595613--7595650	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
7612050--7612076	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
7620329--7620375	18	2.7	18	76	3	60	29	17	4	48	1.65
7624536--7624663	49	2.6	51	79	9	138	35	4	21	38	1.74
7634352--7634392	22	2.0	20	85	9	55	48	0	4	46	1.23
7638324--7638371	15	3.2	15	77	11	53	68	2	2	27	1.11
7645244--7645326	25	3.5	24	82	9	91	40	8	18	32	1.80
7650999--7651028	11	2.9	10	90	9	51	0	23	0	76	0.78
7654346--7654375	6	5.0	6	100	0	60	16	16	16	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7654410--7654440	3	10.3	3	100	0	62	35	32	0	32	1.58
7668203--7668240	14	2.7	14	91	0	67	34	5	18	42	1.73
7668224--7668263	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
7668209--7668275	34	1.9	35	90	3	109	31	7	14	46	1.73
7668350--7668426	20	3.8	20	73	13	86	36	3	1	58	1.25
7668442--7668477	18	2.0	18	88	0	54	61	8	0	30	1.26
7668880--7668936	27	2.2	26	81	9	71	40	28	14	17	1.88
7670398--7670443	21	2.1	22	96	4	85	47	4	28	19	1.68
7679751--7679854	52	2.0	52	94	3	183	27	11	25	34	1.91
7692151--7692207	25	2.3	24	87	6	78	57	3	7	31	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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