genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  101  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28231156--28231224	6	11.7	6	83	6	70	17	0	42	40	1.49
28231128--28231386	41	6.1	41	75	18	242	21	0	35	43	1.53
28231204--28231626	29	14.6	29	80	12	421	22	0	32	44	1.54
28231287--28231357	6	12.5	6	79	10	62	18	0	40	40	1.50
28231311--28231357	22	2.1	21	92	7	76	19	0	42	38	1.51
28231441--28231500	18	3.4	18	64	13	52	25	0	31	43	1.55
28231611--28231636	5	5.2	5	100	0	52	19	0	42	38	1.51
28232836--28232867	7	4.6	7	100	0	64	59	12	0	28	1.34
28233896--28233943	10	4.8	10	76	0	51	66	0	0	33	0.92
28233896--28233961	30	2.2	30	94	0	114	63	0	1	34	1.04
28237593--28237641	21	2.2	23	78	7	57	22	4	12	61	1.48
28245749--28245781	17	1.9	17	100	0	66	48	0	9	42	1.35
28247760--28247803	20	2.3	20	85	11	58	34	9	0	56	1.31
28252791--28252825	17	2.0	18	88	5	54	31	5	0	62	1.18
28264273--28264348	26	3.0	25	84	3	91	39	6	17	36	1.75
28264273--28264348	25	3.0	25	80	3	89	39	6	17	36	1.75
28276701--28276739	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
28276987--28277179	50	3.7	50	84	4	233	21	29	22	25	1.99
28276948--28277179	50	4.5	50	81	5	227	21	27	22	28	1.99
28278615--28278717	47	2.2	47	87	1	154	29	18	8	43	1.80
28280832--28280877	22	2.1	22	91	0	74	45	23	15	15	1.84
28283489--28283552	31	2.1	31	96	0	119	28	25	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28299163--28299260	27	3.5	28	87	2	126	26	12	28	32	1.92
28299191--28299273	27	3.0	27	85	5	87	30	10	25	33	1.90
28299163--28299274	28	4.0	27	81	6	89	28	11	25	33	1.91
28307248--28307345	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
28307276--28307358	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
28307248--28307359	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
28310246--28310314	6	12.0	6	74	11	56	62	2	4	30	1.29
28310257--28310316	31	2.0	30	86	3	84	60	3	6	30	1.39
28315730--28315777	20	2.4	20	96	0	87	33	20	20	25	1.97
28324312--28324404	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
28324760--28324807	3	16.0	3	82	0	60	58	6	0	35	1.23
28324761--28324809	18	2.7	18	93	0	80	55	8	0	36	1.30
28324760--28324807	12	4.0	12	91	0	69	58	6	0	35	1.23
28325513--28325552	20	2.0	20	85	9	55	2	15	5	77	1.04
28325683--28325750	31	2.3	28	78	9	73	41	2	1	54	1.24
28325729--28325767	21	1.9	20	84	5	51	46	2	0	51	1.14
28330667--28330709	21	2.0	21	82	8	52	23	20	4	51	1.66
28331753--28331845	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
28332199--28332246	3	16.0	3	82	0	60	58	6	0	35	1.23
28332200--28332248	18	2.7	18	93	0	80	55	8	0	36	1.30
28332199--28332246	12	4.0	12	91	0	69	58	6	0	35	1.23
28332952--28332991	20	2.0	20	85	9	55	2	15	5	77	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28333122--28333189	31	2.3	28	78	9	73	41	2	1	54	1.24
28333168--28333206	21	1.9	20	84	5	51	46	2	0	51	1.14
28333924--28333995	26	2.8	25	81	4	90	50	9	9	30	1.68
28335153--28335191	11	3.5	11	78	0	51	23	2	5	69	1.21
28335157--28335227	33	2.2	32	80	7	88	28	4	5	61	1.37
28335153--28335200	22	2.2	22	88	7	71	27	2	6	64	1.28
28335286--28335319	17	1.9	18	88	5	52	38	2	2	55	1.30
28335306--28335367	23	2.8	22	77	2	61	35	1	0	62	1.05
28339853--28339905	16	3.2	16	97	2	97	24	0	37	37	1.56
28340028--28340344	157	2.0	157	94	1	555	43	3	5	47	1.41
28340278--28340319	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
28340287--28340328	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
28340281--28340573	120	2.4	121	94	2	502	50	4	3	41	1.39
28340407--28340448	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
28344108--28344136	6	4.8	6	100	0	58	31	0	68	0	0.89
28344588--28344631	23	2.0	21	83	12	54	45	2	0	52	1.13
28345501--28345577	21	3.5	22	74	12	77	66	0	1	32	1.00
28345830--28345867	16	2.3	17	86	4	51	63	0	0	36	0.95
28346087--28346131	17	2.7	17	80	12	58	66	4	0	28	1.11
28346275--28346306	16	2.0	16	93	0	55	21	0	0	78	0.76
28347562--28347616	21	2.6	21	82	8	67	3	23	7	65	1.34
28353813--28353987	22	7.5	22	75	14	129	45	16	12	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28353814--28353987	25	7.4	24	75	17	136	45	16	12	25	1.82
28353794--28353987	47	4.1	47	88	4	241	44	16	12	26	1.83
28354973--28355070	28	3.6	26	83	9	124	30	26	11	31	1.91
28356483--28356517	6	5.8	6	89	0	52	68	11	2	17	1.31
28358968--28359023	21	2.6	22	82	5	78	3	21	7	67	1.30
28360533--28360580	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
28360529--28360584	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
28360529--28360580	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
28360707--28360776	25	2.9	25	82	4	81	55	5	7	31	1.50
28360707--28360869	23	6.8	24	73	12	81	57	4	6	31	1.45
28360804--28360935	45	2.9	44	72	15	117	59	2	3	34	1.28
28361414--28361588	30	5.8	30	86	1	219	21	4	47	27	1.68
28362279--28362781	177	2.9	170	84	7	513	38	19	16	25	1.92
28362431--28362463	14	2.4	14	94	0	57	63	6	18	12	1.48
28362442--28362610	73	2.3	73	84	6	223	36	19	17	26	1.94
28362590--28362639	14	3.6	14	81	7	57	64	4	12	20	1.43
28362372--28362793	177	2.3	181	91	4	683	39	18	16	25	1.91
28362619--28362860	78	3.2	75	84	5	307	36	19	16	26	1.93
28362629--28363003	71	4.9	71	77	16	292	34	19	16	29	1.94
28362741--28363093	155	2.2	157	84	8	452	34	18	16	30	1.93
28363159--28363574	77	5.4	75	75	13	391	34	20	14	30	1.93
28362740--28363494	416	1.8	415	81	8	940	35	18	15	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28363426--28363566	72	2.0	72	91	0	228	38	23	15	22	1.92
28363108--28363593	159	3.1	154	75	12	454	36	19	15	28	1.92
28363720--28364083	72	4.8	73	83	8	333	34	18	14	32	1.92
28363720--28364065	76	4.5	76	85	6	414	32	19	15	33	1.93
28363767--28364083	148	2.1	150	84	6	421	35	18	15	30	1.91
28369506--28369532	12	2.2	12	100	0	54	40	44	7	7	1.60
28372538--28372573	4	9.0	4	87	0	54	44	2	25	27	1.68
28374148--28374192	22	2.1	22	84	12	58	62	11	0	26	1.29
28374156--28374192	7	5.1	7	93	6	65	59	13	0	27	1.35
28374318--28374371	23	2.5	22	75	13	60	57	5	5	31	1.45
28374334--28374419	25	3.7	24	79	10	81	55	5	6	31	1.50
28374408--28374474	30	2.3	29	84	5	82	59	2	4	32	1.32
28374408--28374483	29	2.6	30	83	6	84	59	2	5	32	1.34
28374349--28374567	23	9.0	24	69	15	87	56	3	5	34	1.40
28375047--28375191	30	4.8	29	86	1	173	20	4	47	27	1.68
28376932--28376990	27	2.2	28	78	9	68	28	18	32	20	1.96
28380137--28380181	17	2.7	18	83	13	60	15	0	26	57	1.38
28381188--28381259	31	2.4	30	79	6	74	37	6	6	48	1.57
28381214--28381270	30	1.9	29	85	3	78	35	3	7	54	1.45
28387690--28387738	21	2.4	21	93	3	82	61	0	2	36	1.08
28388228--28388271	16	2.8	15	86	6	52	40	0	0	59	0.98
28388730--28388772	15	2.9	15	79	10	52	23	2	0	74	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28388733--28388772	19	2.1	19	85	0	53	25	2	0	72	0.97
28389640--28389693	26	2.1	26	85	0	72	55	1	5	37	1.34
28391607--28391667	23	2.8	22	73	7	63	42	22	18	16	1.89
28392754--28392789	18	1.9	19	94	5	65	50	5	0	44	1.25
28392758--28392800	18	2.3	18	84	11	52	51	6	0	41	1.29
28403177--28403232	19	2.9	19	76	10	69	44	0	0	55	0.99
28409404--28409442	16	2.4	16	82	0	51	51	2	10	35	1.50
28410371--28410412	17	2.5	17	80	0	57	4	11	0	83	0.79
28414004--28414051	21	2.1	22	85	11	62	33	8	0	58	1.28
28419176--28419220	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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