genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  83  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23071676--23071726	28	2.0	25	81	14	59	60	9	3	25	1.45
23071877--23071919	20	2.2	20	86	0	59	2	30	2	65	1.18
23071949--23072011	27	2.3	27	88	0	90	6	36	33	23	1.80
23072401--23072463	29	2.2	29	83	11	76	39	4	6	49	1.49
23073924--23073949	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
23077793--23077817	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
23077908--23077998	26	3.3	26	72	19	76	49	1	1	48	1.15
23079284--23079320	16	2.3	16	95	0	65	37	8	32	21	1.83
23079302--23079394	44	2.1	46	91	4	154	30	4	30	35	1.77
23079302--23079407	39	2.5	44	83	11	132	31	3	31	33	1.76
23079554--23079606	18	3.0	17	91	5	79	56	1	1	39	1.21
23079652--23079711	16	4.3	15	74	21	58	58	0	1	40	1.08
23079645--23079694	25	2.0	25	100	0	100	56	0	0	44	0.99
23079677--23079710	16	2.1	16	94	0	59	61	0	2	35	1.11
23079649--23079712	25	2.5	25	87	2	74	56	0	1	42	1.09
23079741--23079785	22	2.1	21	83	4	54	55	6	0	37	1.26
23079769--23079850	16	5.4	16	68	21	52	53	0	2	43	1.13
23079797--23079835	18	2.2	18	90	0	60	56	0	2	41	1.13
23079534--23079925	120	3.3	119	85	9	503	52	3	2	42	1.28
23079861--23079904	21	2.1	21	83	8	54	56	6	0	36	1.26
23083782--23083834	27	2.1	27	82	10	67	43	0	0	56	0.99
23091968--23092010	8	5.2	8	88	11	52	76	2	9	11	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23091981--23092012	15	2.1	15	94	0	55	84	0	3	12	0.74
23096794--23096853	19	3.0	20	80	9	61	41	3	1	53	1.27
23106769--23106884	43	2.7	43	75	10	121	25	19	26	27	1.99
23115191--23115231	22	1.9	21	85	14	57	19	2	7	70	1.22
23119986--23120030	21	2.1	22	87	4	65	53	0	4	42	1.21
23119998--23120031	16	2.1	16	89	10	52	52	0	0	47	1.00
23122857--23122889	15	2.1	16	88	5	50	54	3	12	30	1.52
23123052--23123128	26	3.0	25	79	7	75	42	1	3	51	1.28
23132056--23132114	31	1.9	31	86	6	84	32	13	11	42	1.81
23133642--23133724	21	4.0	21	83	0	85	13	22	19	44	1.85
23137717--23137788	34	2.1	34	84	0	90	51	2	9	36	1.49
23138624--23138674	21	2.5	20	78	12	50	72	3	13	9	1.24
23139488--23140255	44	17.8	41	73	14	239	23	23	22	30	1.99
23139525--23140337	87	9.4	85	76	8	360	23	23	22	30	1.99
23139615--23140362	44	17.2	44	79	4	705	23	24	21	30	1.99
23139652--23140362	131	5.4	131	85	2	879	23	24	21	30	1.99
23139615--23140362	175	4.3	175	85	3	1019	23	24	21	30	1.99
23150649--23150729	34	2.4	33	81	2	90	53	2	8	35	1.45
23157543--23157588	22	2.1	22	88	8	67	19	0	0	80	0.71
23157548--23157583	16	2.2	17	90	5	56	19	0	0	80	0.71
23157553--23157609	22	2.6	22	81	10	64	21	3	0	75	0.95
23157630--23157663	17	1.9	18	88	5	52	20	5	0	73	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23160793--23160986	60	3.2	60	86	2	203	36	20	20	22	1.96
23160889--23160980	20	4.6	20	72	10	89	36	18	21	22	1.95
23160889--23160977	40	2.2	40	78	4	99	35	17	22	23	1.95
23160842--23161012	60	2.8	60	90	1	245	36	20	21	22	1.95
23166228--23166302	37	2.0	39	84	5	100	40	1	2	56	1.22
23168908--23168949	17	2.3	18	80	12	50	33	0	9	57	1.31
23174046--23174076	2	15.5	2	93	0	53	48	0	48	3	1.17
23176235--23176286	28	2.0	25	82	17	63	11	7	7	73	1.26
23177091--23177140	24	2.1	24	96	0	91	38	4	0	58	1.17
23177097--23177154	24	2.4	24	88	0	71	43	6	1	48	1.40
23177097--23177148	24	2.2	24	92	0	86	44	5	0	50	1.26
23191365--23191414	24	2.1	24	96	0	91	38	4	0	58	1.17
23191371--23191422	24	2.2	24	92	0	86	44	5	0	50	1.26
23191944--23192074	70	1.9	70	90	3	210	30	20	19	29	1.97
23196124--23196271	55	2.6	57	86	9	198	46	1	2	50	1.21
23196163--23196254	20	4.9	19	70	20	77	44	0	2	53	1.12
23202180--23202268	32	2.8	32	88	8	119	61	0	2	35	1.08
23202180--23202231	11	4.7	11	76	9	52	61	0	3	34	1.14
23203627--23203656	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
23206989--23207093	32	3.2	32	78	6	86	46	11	6	35	1.66
23209579--23209697	42	2.8	43	87	2	145	17	21	15	44	1.86
23209636--23209706	21	3.3	21	76	2	70	14	21	16	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23211743--23211954	91	2.3	91	86	3	293	32	15	22	30	1.94
23212032--23212164	38	3.5	38	74	6	135	36	17	17	28	1.92
23214658--23214691	15	2.3	15	89	0	50	29	5	5	58	1.45
23214953--23214983	14	2.3	13	94	5	53	3	12	0	83	0.75
23220032--23220056	7	3.6	7	100	0	50	16	0	28	56	1.41
23222645--23222696	18	3.1	16	76	13	59	73	0	25	1	0.94
23228295--23228325	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
23229265--23229332	22	3.1	22	82	0	91	39	17	26	16	1.90
23230451--23230523	5	14.6	5	71	16	53	56	2	1	39	1.22
23230450--23230488	13	3.0	13	88	0	60	64	0	0	35	0.94
23230448--23230487	21	1.9	21	94	0	71	62	0	0	37	0.95
23233422--23233459	12	3.2	12	85	3	51	78	5	0	15	0.91
23233422--23233459	18	2.2	17	90	4	58	78	5	0	15	0.91
23234427--23234451	13	1.9	13	100	0	50	32	8	8	52	1.60
23240788--23240821	16	2.1	16	94	0	59	14	11	32	41	1.82
23242244--23242269	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
23242376--23242494	45	2.6	45	90	0	175	43	16	16	22	1.87
23242376--23242517	45	3.2	45	86	2	169	44	16	16	22	1.86
23248251--23248325	34	2.2	34	92	4	125	40	28	4	28	1.74
23249673--23249720	25	1.9	25	86	0	69	16	22	6	54	1.65
23257922--23257964	20	2.2	20	87	8	61	34	0	2	62	1.08
23257892--23257962	13	5.8	13	66	24	55	40	0	1	57	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23257915--23257964	15	3.4	15	74	23	52	36	0	2	62	1.07
23258743--23258832	37	2.4	38	80	7	96	44	1	21	33	1.59
23265948--23266077	48	2.9	42	82	7	134	32	23	15	28	1.95
23266001--23266148	48	3.1	48	86	2	210	31	23	16	28	1.96
23268598--23268712	43	2.7	42	75	11	119	22	19	24	33	1.97
23271673--23271714	21	2.0	21	90	9	68	26	9	4	59	1.48
23275698--23275761	21	3.3	21	79	20	93	54	0	4	40	1.21
23275696--23275748	16	3.0	16	78	21	61	49	0	5	45	1.26
23275765--23275819	13	4.2	13	78	0	56	38	0	5	56	1.23
23275765--23275819	26	2.1	26	86	0	74	38	0	5	56	1.23
23275853--23275885	11	3.0	11	91	8	50	57	0	0	42	0.98
23275848--23275965	56	2.1	55	81	9	132	55	2	0	42	1.13
23275984--23276024	13	3.2	12	80	12	55	58	0	0	41	0.98
23275912--23276145	102	2.3	102	94	2	409	53	4	0	41	1.24
23276012--23276100	38	2.3	39	79	9	103	53	4	0	41	1.21
23276458--23276483	12	2.2	12	100	0	52	23	7	11	57	1.59
23276432--23276577	67	2.2	67	81	1	166	35	9	6	47	1.63
23276459--23276602	67	2.1	67	93	0	252	31	10	5	52	1.58
23278288--23278490	77	2.5	82	86	10	308	21	9	43	25	1.82
23288141--23288659	125	4.2	125	84	2	684	29	16	22	30	1.96
23291778--23292661	43	20.5	42	79	6	746	25	1	30	43	1.61
23291778--23292661	129	6.8	129	85	3	1075	25	1	30	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23291778--23292653	22	40.7	21	80	5	860	25	1	30	43	1.61
23293867--23293906	7	5.7	7	100	0	80	57	15	0	27	1.38
23294075--23294112	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
23295128--23295171	11	3.8	12	82	11	65	45	0	29	25	1.54
23303739--23303789	26	2.0	26	84	0	66	60	15	0	23	1.35
23304886--23304923	5	7.8	5	85	5	51	81	13	0	5	0.85
23306611--23306643	17	1.9	17	93	0	57	36	36	0	27	1.57
23307491--23307731	114	2.1	113	85	3	324	28	21	19	30	1.98
23307644--23307787	74	1.9	74	90	0	225	23	20	21	34	1.97
23307531--23307918	188	2.1	187	87	2	546	26	20	20	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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