genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  80  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22239229--22239387	76	2.1	77	84	3	205	28	23	18	28	1.98
22240813--22240842	6	5.0	6	100	0	60	50	0	0	50	1.00
22240934--22240976	23	2.0	23	86	9	63	51	0	2	46	1.13
22245930--22245975	23	2.0	23	100	0	92	30	17	17	34	1.93
22246315--22246342	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
22253146--22253190	20	2.3	20	88	3	65	42	11	11	35	1.76
22253965--22254004	20	2.0	20	95	0	71	47	10	7	35	1.65
22255475--22255511	15	2.3	17	86	9	51	54	0	0	45	1.00
22260846--22260909	30	2.1	30	85	5	85	54	0	1	43	1.09
22263051--22263088	20	1.9	19	89	5	58	39	0	18	42	1.50
22263013--22263144	58	2.3	58	83	0	156	35	3	13	47	1.58
22263302--22263403	40	2.5	39	82	10	116	33	20	12	33	1.90
22263383--22263480	38	2.6	38	81	4	117	42	17	6	33	1.74
22264010--22264209	80	2.5	81	87	2	267	36	14	13	36	1.86
22264299--22264341	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
22264322--22264354	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
22264333--22264427	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
22264589--22264623	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
22264547--22264619	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
22264790--22264824	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
22264747--22264820	27	2.7	27	77	8	78	51	4	0	44	1.20
22264477--22264881	201	2.0	202	99	0	803	41	2	6	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22264710--22264980	144	1.9	146	93	4	476	46	3	3	47	1.35
22264934--22264968	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
22264917--22265150	129	1.8	130	95	0	425	49	5	2	42	1.39
22265063--22265097	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
22265138--22265184	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
22265157--22265190	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
22265223--22265416	92	2.1	91	88	5	284	46	4	4	44	1.41
22266813--22266839	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
22273775--22273801	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
22277598--22277727	41	3.2	42	81	8	160	20	27	21	30	1.98
22277613--22277745	41	3.2	40	84	2	149	21	27	21	28	1.99
22285697--22285743	22	2.1	22	100	0	94	59	0	4	36	1.17
22286185--22286215	16	1.9	16	93	0	53	67	0	0	32	0.91
22287843--22288137	46	6.4	46	64	15	135	30	23	19	26	1.98
22287724--22287970	134	1.8	133	86	3	352	28	23	19	28	1.98
22287872--22288065	95	2.0	95	100	0	388	28	23	19	28	1.98
22287967--22288240	134	2.0	134	98	0	530	29	23	20	27	1.99
22287763--22288199	229	1.9	230	95	0	786	29	23	20	27	1.99
22288182--22288762	88	6.6	89	81	5	511	29	25	15	28	1.96
22288224--22288558	132	2.5	132	88	1	483	31	26	14	28	1.94
22288236--22288764	220	2.4	219	89	2	835	29	25	15	28	1.96
22288277--22288734	132	3.5	131	83	5	503	29	25	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22290302--22290361	26	2.3	26	85	5	77	3	8	8	80	1.02
22291631--22291755	62	2.0	62	92	0	205	34	6	19	40	1.77
22293874--22293904	16	1.9	16	93	0	53	67	0	0	32	0.91
22293823--22294151	161	2.0	167	92	7	559	55	4	6	33	1.46
22295438--22295509	31	2.3	29	80	17	81	33	29	11	26	1.91
22295456--22295517	31	2.0	31	96	0	115	35	27	9	27	1.88
22295711--22295904	41	4.7	41	86	3	248	21	28	21	28	1.98
22302837--22302869	17	2.0	16	94	5	57	54	3	0	42	1.15
22302837--22302882	22	2.0	23	83	4	58	50	2	0	47	1.13
22308993--22309031	14	2.7	14	84	4	51	58	2	2	35	1.25
22311413--22311490	39	2.0	39	97	0	147	25	21	20	32	1.98
22314121--22314185	29	2.2	29	86	0	85	18	29	29	23	1.98
22315644--22315720	23	3.4	24	81	13	83	45	0	0	54	0.99
22315659--22315709	19	2.7	19	84	6	59	45	0	0	54	0.99
22318260--22318298	19	2.1	19	100	0	78	43	10	5	41	1.61
22324594--22324647	6	8.8	6	80	15	58	18	3	0	77	0.91
22324597--22324655	17	3.4	17	75	22	52	18	5	0	76	0.97
22334545--22334665	57	2.1	57	87	0	179	49	13	5	31	1.65
22335199--22335237	20	2.0	20	85	5	53	58	7	5	28	1.47
22335477--22335525	24	2.0	24	96	0	89	38	26	0	34	1.57
22338632--22338839	46	4.6	46	92	1	341	32	16	22	28	1.95
22341924--22341951	11	2.5	11	100	0	56	78	7	0	14	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22348882--22349204	160	2.0	161	98	0	621	42	7	18	31	1.78
22349399--22349536	50	2.7	51	82	5	156	26	18	24	29	1.98
22352465--22352541	37	2.1	37	95	0	136	24	24	0	50	1.49
22362914--22362988	3	25.0	3	100	0	150	66	0	33	0	0.92
22364879--22364913	17	2.1	17	89	5	54	48	0	2	48	1.16
22368096--22368130	16	2.2	16	100	0	70	31	17	5	45	1.71
22375541--22375574	5	6.4	5	87	12	50	61	0	38	0	0.96
22375712--22375775	23	2.6	25	82	4	78	46	23	7	21	1.77
22377546--22377614	27	2.6	27	93	4	113	40	10	1	47	1.46
22377671--22377748	27	2.9	27	96	0	138	25	29	30	14	1.94
22377797--22377868	10	6.6	10	73	17	54	68	0	31	0	0.90
22377800--22377904	28	3.6	28	77	17	108	66	0	32	0	0.98
22377817--22377904	10	9.2	10	70	18	62	65	0	32	1	1.00
22377832--22377960	30	4.3	29	79	17	88	66	0	32	0	0.97
22377796--22377955	33	4.8	32	71	16	103	66	0	33	0	0.97
22378640--22378691	18	2.8	19	85	2	61	26	0	7	65	1.20
22378716--22378782	27	2.4	28	82	9	93	40	10	1	47	1.47
22378788--22378822	14	2.3	15	90	9	54	85	5	2	5	0.81
22382272--22382309	18	2.1	18	95	0	67	18	42	5	34	1.73
22382275--22382316	18	2.3	18	87	0	66	23	45	2	28	1.66
22382919--22383088	12	13.9	12	69	20	68	55	8	0	35	1.36
22383048--22383088	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22383253--22383293	10	3.9	11	87	9	59	4	21	0	73	1.02
22383373--22383441	27	2.6	27	95	0	120	15	30	30	23	1.96
22401524--22401574	23	2.2	23	85	0	66	43	19	7	29	1.79
22403621--22403652	11	2.9	11	100	0	64	65	9	15	9	1.46
22416095--22416142	25	1.9	25	91	8	80	14	14	10	60	1.59
22416995--22417698	44	16.0	44	75	6	566	28	15	25	29	1.96
22416989--22417702	132	5.4	132	91	0	1151	29	15	25	29	1.96
22419074--22419136	27	2.4	27	81	2	83	26	3	4	65	1.28
22419499--22419553	30	2.0	28	82	13	69	23	7	3	65	1.34
22425568--22425619	20	2.7	19	82	5	68	69	0	0	30	0.89
22425594--22425625	15	2.1	15	94	0	55	71	0	0	28	0.86
22429286--22429344	24	2.5	24	85	0	82	20	27	16	35	1.94
22429358--22429425	24	2.8	24	75	2	64	26	25	16	32	1.96
22438099--22438174	31	2.6	28	89	6	107	39	9	26	25	1.85
22438099--22438184	28	3.0	28	89	5	118	39	10	26	23	1.87
22438348--22438423	15	5.2	15	74	13	61	34	2	6	56	1.39
22438331--22438374	7	6.6	7	97	2	74	29	0	13	56	1.38
22442884--22442941	21	2.9	21	76	5	66	46	24	17	12	1.81
22442901--22442971	21	3.4	21	74	0	61	40	21	23	14	1.89
22442909--22443044	42	3.2	41	79	8	139	44	19	19	16	1.86
22451441--22451499	25	2.4	25	91	0	91	20	3	35	40	1.69
22453501--22453573	25	2.9	25	85	6	94	36	34	4	24	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22463612--22463658	25	1.9	25	86	4	69	25	21	10	42	1.85
22473716--22473814	49	2.0	50	88	2	146	46	19	19	15	1.84
22475323--22475562	130	1.8	130	91	3	403	32	20	22	25	1.98
22476576--22476858	132	2.1	134	94	3	491	26	14	29	28	1.95
22483159--22483265	25	4.3	25	92	0	160	17	29	20	31	1.96
22487148--22487189	21	2.0	21	95	0	75	45	0	7	47	1.30
22488134--22488260	41	3.1	41	94	0	209	28	17	23	30	1.97
22488134--22488289	82	1.9	82	81	5	190	29	17	22	30	1.96
22495683--22495808	41	3.1	41	80	0	126	30	17	23	28	1.97
22498278--22498326	25	2.0	25	91	0	80	20	34	12	32	1.90

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