genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21210893--21210933	12	3.4	12	80	12	57	9	0	24	65	1.22
21227740--21227785	4	11.5	4	85	0	56	23	6	2	67	1.25
21240098--21240191	50	2.0	47	87	10	138	54	11	4	29	1.56
21256017--21256081	33	2.0	30	83	16	78	63	0	1	35	1.04
21266366--21266419	23	2.2	25	78	18	69	31	18	27	22	1.97
21266372--21266419	23	2.1	23	88	7	71	31	16	29	22	1.96
21266412--21266480	26	2.7	26	81	4	95	37	21	23	17	1.94
21266506--21266563	26	2.2	26	84	0	71	17	20	24	37	1.93
21273449--21273563	27	4.3	27	84	0	131	41	23	14	20	1.89
21273879--21273958	28	2.9	28	86	0	124	22	20	25	32	1.98
21284936--21284972	16	2.4	16	86	8	51	18	2	2	75	1.04
21286215--21286246	6	5.2	6	92	7	55	15	18	15	50	1.79
21286215--21286246	13	2.6	12	95	5	55	15	18	15	50	1.79
21289055--21289102	25	1.9	25	91	0	78	35	8	18	37	1.81
21296200--21296233	16	2.1	17	88	5	52	55	0	0	44	0.99
21306762--21306867	25	4.3	24	70	13	81	23	24	19	32	1.98
21306762--21306867	49	2.2	49	81	10	119	23	24	19	32	1.98
21309686--21309727	16	2.5	17	80	11	50	61	19	7	11	1.52
21318269--21318319	20	2.6	19	82	11	59	29	0	3	66	1.09
21326154--21326203	3	16.7	3	82	0	64	36	0	4	60	1.16
21326342--21326382	16	2.4	18	88	8	59	36	0	4	58	1.20
21326334--21326368	18	1.9	18	88	0	52	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21327884--21327942	22	2.7	22	89	0	82	47	10	15	27	1.77
21334972--21335262	50	5.8	50	87	0	411	21	30	23	25	1.99
21342536--21342826	50	5.8	50	89	0	411	20	30	23	25	1.99
21356431--21356480	13	3.2	16	75	18	61	52	0	0	48	1.00
21357435--21357492	29	2.0	29	89	0	89	55	10	5	29	1.55
21357649--21357725	28	2.9	25	78	16	75	48	2	0	49	1.15
21359556--21359614	21	2.8	20	80	14	57	54	3	1	40	1.27
21359596--21359702	11	10.4	11	70	21	63	57	0	1	40	1.09
21359604--21359663	12	4.7	12	72	22	50	53	0	1	45	1.10
21359606--21359638	16	2.0	17	88	5	50	57	0	0	42	0.98
21359589--21359647	28	2.0	31	87	12	88	55	0	3	40	1.16
21359587--21359719	40	3.3	41	86	7	193	60	0	1	37	1.06
21359687--21359730	16	2.7	16	78	3	52	59	0	0	40	0.98
21359606--21359639	17	2.0	17	88	0	50	58	0	0	41	0.98
21363491--21363530	20	2.0	21	85	5	55	45	7	7	40	1.61
21367750--21367809	31	2.0	29	87	6	84	31	13	11	43	1.80
21368035--21368073	16	2.5	16	88	12	55	46	0	10	43	1.37
21369248--21369278	15	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
21382645--21382694	23	2.2	22	82	10	57	46	2	10	42	1.49
21382888--21382929	21	2.0	21	95	0	75	42	21	9	26	1.83
21385869--21385926	19	2.9	19	75	14	64	39	10	12	37	1.77
21388972--21389050	3	25.0	3	75	14	70	59	3	2	34	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21388989--21389018	16	1.9	15	93	6	51	63	3	0	33	1.11
21391198--21391256	23	2.5	24	79	20	63	44	6	6	42	1.57
21391336--21391392	26	2.1	27	84	9	73	66	3	29	0	1.08
21392028--21392083	22	2.5	22	76	2	67	3	28	3	64	1.27
21394837--21394882	15	3.0	15	87	3	56	54	0	2	43	1.12
21394918--21394956	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
21395038--21395114	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
21395054--21395093	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
21395042--21395108	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
21395077--21395116	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
21395634--21395717	25	3.4	25	91	0	132	20	26	19	34	1.96
21401805--21401842	20	1.9	20	88	0	58	52	0	10	36	1.36
21402704--21402802	41	2.4	42	86	5	132	39	11	24	25	1.88
21413269--21413332	32	2.0	32	100	0	128	40	9	18	31	1.83
21418228--21418279	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
21420198--21420249	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
21422922--21422966	17	2.5	18	82	7	56	64	2	6	26	1.30
21424802--21424839	6	6.2	6	85	14	51	81	0	18	0	0.69
21424762--21424844	35	2.4	34	80	13	89	74	3	18	3	1.11
21429887--21429922	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
21430494--21430543	22	2.4	20	84	15	66	22	0	2	76	0.89
21430498--21430543	7	6.6	7	79	18	51	23	0	2	73	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21431868--21431945	5	15.6	5	72	19	65	76	0	2	20	0.90
21431860--21431945	12	7.1	13	76	20	64	75	0	2	22	0.91
21431861--21431933	4	17.5	4	76	23	55	75	0	2	21	0.93
21431853--21431945	31	3.1	30	85	11	122	75	0	3	21	0.95
21439863--21439896	15	2.3	15	89	0	50	17	14	8	58	1.61
21441817--21441860	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
21445987--21446118	44	3.0	44	66	24	125	25	23	23	27	2.00
21446181--21446372	43	4.4	43	65	6	118	29	18	25	26	1.98
21446109--21446436	44	7.5	44	67	4	155	28	20	24	26	1.99
21446109--21446481	130	2.9	129	90	4	554	28	20	23	26	1.99
21446408--21446910	134	3.7	134	94	0	880	28	20	22	29	1.98
21446846--21447005	45	3.4	45	66	17	126	28	18	24	28	1.98
21446812--21447007	97	2.0	96	96	1	358	29	18	22	28	1.98
21446467--21447522	365	2.9	357	83	7	1350	27	20	22	29	1.98
21446678--21447372	231	3.0	231	97	0	1295	28	20	22	28	1.98
21447043--21447238	97	2.0	96	95	1	349	30	19	21	28	1.98
21447205--21447524	46	7.1	46	65	11	169	26	20	22	30	1.99
21447138--21447516	134	2.8	134	96	0	686	27	20	22	29	1.98
21449052--21449076	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21449539--21449601	22	2.8	24	76	21	66	20	4	4	69	1.25
21449697--21449730	15	2.3	15	89	0	50	17	14	8	58	1.61
21450716--21450751	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21452109--21452147	5	7.8	5	88	0	60	43	0	56	0	0.99
21462632--21462693	31	2.0	31	100	0	124	48	3	19	29	1.64
21468726--21468760	17	1.9	19	88	11	56	51	0	20	28	1.47
21468852--21468915	28	2.4	28	82	15	89	34	6	18	40	1.76
21469554--21469644	35	2.6	35	84	5	112	35	17	23	24	1.95
21469749--21469778	6	4.8	6	95	4	51	70	0	0	30	0.88
21472453--21472548	41	2.5	37	76	18	113	42	2	16	38	1.60
21472918--21473169	136	1.9	136	89	1	398	32	21	18	27	1.97
21473948--21474005	20	3.0	20	92	7	95	55	0	0	44	0.99
21485898--21485925	14	2.0	14	100	0	56	42	14	28	14	1.84
21491518--21491575	21	2.8	21	81	0	62	20	6	39	32	1.79
21494702--21494779	39	2.0	39	100	0	156	25	28	10	35	1.89
21497348--21497372	12	2.1	12	100	0	50	8	8	8	76	1.18
21498447--21498495	17	2.9	18	73	11	50	57	0	2	40	1.10
21503354--21503384	15	2.1	14	94	5	53	0	0	9	90	0.46
21507018--21507052	14	2.6	14	95	4	63	54	5	0	40	1.24
21519262--21519332	32	2.2	31	85	5	88	30	1	4	63	1.22
21519275--21519327	24	2.2	24	86	0	70	33	1	5	58	1.32
21526777--21526841	30	2.2	30	83	5	78	33	0	6	60	1.22
21529035--21529097	13	4.8	13	78	0	63	38	22	6	33	1.79
21540932--21540987	27	2.1	27	83	9	71	7	16	1	75	1.11
21542141--21542213	5	14.6	5	83	13	89	79	0	0	20	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21548098--21548141	19	2.3	19	88	7	63	59	27	2	11	1.44
21548310--21548351	22	1.9	22	85	9	59	59	23	4	11	1.51
21554497--21554528	16	2.0	16	100	0	64	43	43	0	12	1.42
21557530--21557592	4	15.8	4	100	0	126	50	23	0	25	1.49
21557631--21557693	26	2.5	26	89	2	92	31	19	22	26	1.97
21563851--21563875	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21564997--21565039	20	2.2	20	87	8	61	48	0	2	48	1.14
21565157--21565207	23	2.3	22	80	12	59	41	1	1	54	1.22
21565616--21565661	19	2.4	19	88	0	65	50	0	8	41	1.33
21566545--21566582	12	3.2	12	82	14	51	50	2	5	42	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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