genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  22  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6964129--6964178	21	2.3	21	86	3	73	32	42	0	26	1.56
6964876--6965179	41	7.4	40	83	6	326	33	26	21	18	1.96
6964870--6965179	82	3.8	80	85	3	381	33	26	21	18	1.96
6964868--6965179	123	2.5	122	85	3	412	33	26	21	18	1.97
6965236--6965351	40	2.9	41	76	8	116	23	18	21	37	1.94
6970147--6970220	38	2.0	36	82	15	89	66	5	4	24	1.30
6977450--6977546	34	2.9	34	80	10	117	43	2	13	41	1.55
6977452--6977563	34	3.3	32	75	8	98	39	1	14	44	1.55
6977629--6978146	125	4.2	126	86	2	715	37	16	16	28	1.91
6977629--6978143	249	2.1	250	86	2	716	37	16	16	28	1.91
6979456--6979495	15	2.7	15	100	0	80	30	12	10	47	1.74
6983244--6983295	25	2.1	24	82	10	61	67	3	1	26	1.18
6983475--6983499	12	2.1	12	100	0	50	40	0	36	24	1.55
6986931--6987003	37	2.0	37	97	2	139	61	0	16	21	1.34
6995783--6995845	21	3.2	21	65	21	64	19	14	19	47	1.82
6995763--6995846	37	2.3	37	97	0	159	19	11	19	50	1.78
7001304--7001459	45	3.6	45	74	16	177	51	10	21	16	1.74
7001303--7001472	82	2.1	82	96	1	315	50	10	22	16	1.75
7004318--7004433	56	2.1	56	100	0	232	43	13	15	26	1.84
7006072--7006285	71	3.0	71	86	2	288	46	20	5	28	1.71
7006539--7006573	18	1.9	18	88	0	52	68	2	11	17	1.31
7009061--7009100	20	2.1	19	90	4	62	85	0	5	10	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7010381--7010906	87	6.0	87	95	0	917	23	24	23	28	2.00
7015668--7015778	34	3.3	33	82	7	136	44	0	14	41	1.45
7015862--7016248	126	3.1	123	82	5	444	37	16	17	28	1.91
7028743--7028875	40	3.4	40	70	13	105	26	17	24	32	1.97
7045408--7045533	51	2.5	51	96	1	227	34	11	24	28	1.91
7049451--7049637	49	3.8	49	82	7	213	19	30	22	27	1.98
7056903--7057151	50	4.8	50	84	6	277	20	28	24	26	1.99
7056902--7057151	100	2.4	104	87	6	348	20	28	24	26	1.99
7059995--7060158	81	2.0	81	89	2	249	26	21	11	40	1.87
7065476--7065520	14	3.4	14	75	25	53	42	0	0	57	0.98
7065478--7065523	22	2.1	21	84	4	56	43	0	0	56	0.99
7068286--7068573	153	1.9	153	94	0	504	36	14	27	21	1.93
7076193--7076229	3	12.7	3	94	5	67	29	0	0	70	0.88
7091719--7091813	45	2.3	43	83	10	117	46	5	6	42	1.51
7098353--7098389	15	2.5	15	86	0	56	10	29	29	29	1.91
7100752--7100792	19	2.2	18	86	4	55	41	2	9	46	1.50
7102356--7102422	29	2.4	28	87	5	98	59	1	4	34	1.26
7102356--7102434	29	2.8	28	84	5	95	58	1	6	34	1.32
7102484--7102510	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
7102723--7102761	16	2.4	16	87	8	53	66	2	2	28	1.18
7107224--7107304	31	2.5	31	84	4	99	55	6	11	27	1.58
7118804--7118837	13	2.5	14	85	4	52	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7134107--7134171	24	2.7	24	85	2	76	44	0	1	53	1.09
7136925--7136957	15	2.1	16	88	5	50	60	36	3	0	1.12
7138166--7138190	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7138636--7138688	27	2.0	27	88	0	79	45	22	3	28	1.70
7146155--7146196	17	2.4	18	80	4	50	59	0	4	35	1.19
7147164--7147278	44	2.6	44	83	2	124	30	18	18	33	1.95
7147399--7147781	50	7.7	50	76	1	356	27	19	20	32	1.97
7147394--7147796	100	4.0	100	87	0	574	27	20	20	31	1.98
7147797--7147900	47	2.3	47	83	5	124	28	17	24	29	1.97
7148013--7148225	46	4.7	45	79	6	198	29	22	17	30	1.97
7148520--7148656	72	1.9	72	86	0	193	27	26	11	34	1.91
7148782--7149232	45	10.1	45	82	2	532	29	26	17	26	1.98
7149535--7149586	24	2.2	24	89	0	77	32	30	7	28	1.85
7149615--7149703	45	2.0	46	84	6	119	26	23	11	38	1.89
7152552--7152794	50	4.8	50	86	0	324	20	30	24	25	1.99
7152551--7152794	100	2.4	100	88	2	364	20	29	24	25	1.99
7152889--7152918	13	2.3	13	94	0	51	50	13	3	33	1.58
7157998--7158022	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
7159765--7159797	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
7159964--7160006	22	2.0	22	85	0	59	60	9	9	20	1.55
7163161--7163230	29	2.4	29	78	7	79	60	4	2	32	1.31
7164937--7164997	31	2.0	31	87	6	88	36	13	8	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7168047--7168089	22	2.0	22	86	8	63	48	6	0	44	1.29
7169777--7169837	28	2.1	30	85	11	83	34	0	4	60	1.18
7173058--7173269	98	2.1	99	89	5	318	38	14	18	29	1.90
7174816--7174844	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
7174913--7174947	13	2.6	13	90	4	52	48	0	0	51	1.00
7187808--7188015	52	4.1	51	87	8	282	35	13	23	27	1.93
7187808--7188015	97	2.1	99	85	7	276	35	13	23	27	1.93
7187860--7188052	46	4.3	46	83	12	233	36	14	21	26	1.92
7187979--7188124	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
7189379--7189571	49	3.9	49	95	0	323	23	15	30	31	1.95
7192710--7192959	52	4.9	52	90	3	359	35	14	22	28	1.93
7192866--7193081	37	5.3	44	87	9	199	37	14	21	26	1.92
7192934--7193079	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
7199031--7199065	4	8.8	4	100	0	70	25	0	22	51	1.48
7202375--7202421	3	15.7	3	95	0	85	29	0	2	68	1.02
7202481--7202530	25	2.0	26	88	4	75	46	8	0	46	1.32
7202681--7202738	22	2.5	22	73	15	55	39	6	1	51	1.39
7214703--7214741	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
7214845--7214873	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
7214960--7215035	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
7222022--7222060	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
7222165--7222193	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7222280--7222355	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
7231514--7231612	41	2.6	38	75	6	101	29	29	19	22	1.98
7231883--7231936	27	2.0	27	85	7	74	33	12	0	53	1.39
7231889--7231945	28	2.0	29	86	10	82	31	12	1	54	1.48
7232768--7232880	5	22.8	5	73	22	80	56	2	0	39	1.19
7232769--7232882	19	5.6	19	70	25	74	57	2	0	39	1.19
7232769--7232842	24	3.0	24	94	5	123	59	0	0	40	0.97
7234038--7234227	94	2.0	94	96	0	353	47	8	4	38	1.56
7234308--7234348	21	2.0	20	86	13	57	51	0	0	48	1.00
7234309--7234355	22	2.2	21	81	11	51	53	2	0	44	1.12
7234841--7234891	20	2.6	21	76	14	56	52	0	1	45	1.12
7241224--7241281	29	2.0	30	83	10	75	48	6	12	32	1.67
7242633--7242688	25	2.2	25	93	3	94	50	3	3	42	1.37
7242640--7242694	25	2.2	25	96	0	101	45	3	3	47	1.38
7243729--7243786	30	1.9	30	85	0	80	39	5	12	43	1.64
7252520--7252578	31	1.9	30	83	10	75	25	11	8	54	1.65
7259984--7260040	19	2.9	19	85	12	80	64	0	5	29	1.15
7260060--7260115	27	2.0	28	86	10	80	32	0	3	64	1.11
7263005--7263056	26	2.0	26	96	0	95	5	23	15	55	1.61
7290318--7290415	50	1.9	52	84	12	132	20	17	26	35	1.94
7292088--7292165	28	2.7	29	78	7	88	42	5	16	35	1.71
7300303--7300337	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7305450--7305504	10	5.4	10	79	12	58	60	0	3	36	1.15
7305448--7305504	21	2.8	20	72	15	62	61	0	3	35	1.13
7305431--7305528	51	1.9	50	82	10	119	57	0	4	38	1.18
7305452--7305535	30	2.7	31	85	5	100	57	0	4	38	1.20
7308975--7309012	17	2.3	17	86	4	51	60	2	0	36	1.11
7311774--7311859	28	3.1	26	73	23	77	66	1	6	25	1.24
7323368--7323413	21	2.1	23	92	8	78	36	0	0	63	0.95
7323373--7323424	21	2.4	21	81	12	61	38	0	1	59	1.08
7326152--7326304	48	3.3	48	83	5	174	47	16	13	22	1.81
7326847--7326966	42	2.8	43	83	2	145	32	21	16	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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