genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   

This is table  82  of  189  ( 22580 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22740581--22740819	101	2.4	101	94	0	415	24	18	26	30	1.98
22740573--22740846	51	5.4	52	73	8	244	24	17	27	31	1.97
22740881--22741088	43	4.9	43	81	9	257	24	17	24	33	1.96
22740877--22741088	85	2.5	85	94	0	363	24	18	24	33	1.97
22748796--22748839	23	1.9	23	95	0	79	25	4	25	45	1.72
22753427--22753457	16	1.9	16	93	0	53	25	35	6	32	1.82
22753475--22753547	32	2.3	32	90	4	112	34	13	39	12	1.82
22753596--22753699	16	6.5	16	76	2	75	29	15	42	12	1.84
22753595--22753703	32	3.4	32	81	5	130	30	15	42	11	1.83
22753494--22753712	48	4.5	48	70	13	122	32	13	39	14	1.85
22753702--22753737	16	2.2	16	90	0	54	30	13	38	16	1.88
22753689--22753746	18	3.3	18	74	13	59	27	17	41	13	1.87
22755126--22755238	18	6.3	16	71	20	66	57	0	4	37	1.25
22755138--22755256	54	2.3	52	81	10	127	55	0	5	38	1.28
22755184--22755239	20	2.8	20	78	5	60	55	0	3	41	1.17
22755565--22755722	20	8.2	19	67	17	67	36	3	2	57	1.28
22755566--22755736	21	9.1	19	66	21	67	37	2	2	57	1.27
22755669--22755698	16	1.9	15	93	6	51	30	0	0	70	0.88
22755674--22755755	19	4.6	18	76	8	69	34	1	1	63	1.10
22757215--22757265	26	2.0	26	88	3	77	66	1	5	25	1.24
22762480--22762555	20	3.8	20	70	1	64	19	25	19	35	1.95
22762376--22762544	80	2.1	80	83	0	203	20	27	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22762376--22762546	40	4.3	40	81	3	182	20	26	18	33	1.96
22762601--22762679	20	4.0	20	76	3	79	12	27	17	41	1.86
22772782--22772927	65	2.2	65	98	0	283	40	19	10	28	1.86
22784188--22784220	8	4.1	8	85	14	50	27	0	0	72	0.85
22788086--22788155	26	2.7	26	80	8	88	37	10	18	34	1.84
22792320--22792561	50	4.9	50	80	4	222	27	20	28	23	1.99
22792769--22792799	16	1.9	16	93	0	53	51	6	22	19	1.69
22792770--22792815	20	2.3	20	84	0	65	56	2	23	17	1.52
22798092--22798184	24	3.9	24	80	2	89	16	34	6	43	1.73
22805626--22805707	31	2.7	30	81	10	96	50	12	1	36	1.48
22816162--22816204	22	1.9	23	81	13	54	62	13	6	16	1.51
22830328--22830352	7	3.6	7	100	0	50	48	36	0	16	1.46
22831695--22831753	29	2.0	30	90	3	93	54	11	1	32	1.47
22831699--22831775	31	2.6	29	81	6	82	50	12	1	35	1.49
22832305--22832658	126	2.8	126	96	0	636	28	17	21	33	1.96
22835689--22835928	116	2.1	116	93	1	410	42	9	8	39	1.67
22835958--22836021	21	3.0	22	86	8	89	26	0	32	40	1.56
22836004--22836219	29	7.1	29	70	21	124	28	0	25	45	1.57
22836086--22836149	21	3.0	21	93	4	103	26	0	26	46	1.53
22836188--22836275	42	2.2	39	86	9	117	27	0	27	45	1.54
22836253--22836281	15	2.0	15	93	6	51	13	0	41	44	1.44
22836326--22836380	21	2.6	21	91	2	92	25	0	27	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22836230--22836398	23	7.3	23	68	24	108	25	0	28	46	1.53
22836369--22836438	29	2.4	29	95	2	124	28	0	25	45	1.54
22836307--22836577	133	2.0	137	92	5	453	27	0	25	46	1.53
22836459--22836514	21	2.6	22	85	5	87	26	0	23	50	1.50
22836502--22836595	35	2.9	35	78	19	130	28	0	25	45	1.54
22836535--22836622	23	3.6	23	75	22	90	29	0	25	45	1.54
22836502--22836591	28	2.9	29	85	11	101	30	0	24	45	1.53
22835937--22836596	125	5.2	123	79	15	663	27	0	26	45	1.56
22836618--22836754	25	5.7	25	76	14	146	41	13	0	43	1.50
22836638--22836808	44	3.8	43	74	15	157	44	13	0	41	1.48
22836618--22836798	94	1.9	94	92	2	301	43	13	0	41	1.48
22837917--22837942	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
22839118--22839166	22	2.2	22	100	0	98	38	0	32	28	1.57
22839134--22839190	11	5.1	11	74	18	55	43	0	33	22	1.54
22840979--22841022	21	2.1	21	87	8	63	36	20	9	34	1.84
22843160--22843271	44	2.6	44	95	1	199	30	23	15	31	1.95
22843343--22843375	17	1.9	17	88	11	50	45	21	0	33	1.52
22852970--22853027	29	2.0	30	86	10	84	65	1	5	27	1.23
22864720--22864766	17	2.9	16	78	12	51	80	2	2	14	0.89
22864716--22864764	6	8.3	6	77	20	50	79	2	2	16	0.92
22866110--22866158	24	2.0	24	88	0	71	32	24	6	36	1.80
22890079--22890103	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22891896--22892013	41	2.9	41	97	0	227	28	21	29	20	1.98
22891982--22892031	25	2.0	25	96	0	91	30	20	30	20	1.97
22895310--22895335	13	2.0	13	100	0	52	23	7	46	23	1.78
22913089--22913132	6	7.2	6	92	2	52	15	25	0	59	1.37
22913090--22913132	12	3.5	12	87	3	59	16	25	0	58	1.38
22913089--22913131	18	2.3	19	88	4	61	16	25	0	58	1.38
22915298--22915492	98	2.0	98	95	0	354	27	10	25	36	1.89
22927252--22927824	44	13.0	43	62	16	147	29	19	25	25	1.98
22926881--22927822	132	7.1	132	91	0	1463	30	19	24	24	1.98
22926881--22927970	396	2.8	394	85	3	1431	30	19	24	25	1.98
22926881--22927954	264	4.1	265	87	2	1416	30	19	24	25	1.98
22929894--22930088	98	2.0	98	93	0	336	28	10	24	36	1.88
22934222--22934257	16	2.3	15	90	4	54	77	8	0	13	0.98
22936485--22936751	133	2.0	133	98	0	516	34	10	11	43	1.76
22945318--22945368	24	2.1	24	92	0	84	47	7	5	39	1.57
22946383--22946423	18	2.3	18	86	0	55	29	24	29	17	1.97
22948895--22949011	62	1.9	61	87	5	175	50	3	5	41	1.41
22954316--22954363	20	2.4	20	82	10	62	22	2	0	75	0.91
22954328--22954373	14	3.5	13	85	8	58	21	2	0	76	0.90
22954323--22954403	28	2.9	28	75	12	78	24	2	1	71	1.05
22958322--22958397	32	2.4	32	80	4	91	19	39	22	18	1.92
22973629--22973713	17	5.1	17	81	5	93	32	9	16	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22973642--22973713	34	2.1	34	89	5	110	30	11	18	40	1.85
22974748--22974781	15	2.3	15	89	0	50	73	2	2	20	1.09
22992792--22993026	97	2.4	94	79	11	245	29	22	15	31	1.95
22997725--22997809	22	3.7	22	74	13	82	11	17	0	70	1.16
22997725--22997812	47	2.0	45	84	8	117	13	17	0	69	1.19
22997843--22997867	7	3.6	7	100	0	50	12	16	0	72	1.13
23000365--23000402	18	2.1	18	90	0	58	13	39	13	34	1.83
23004325--23004356	9	3.6	9	91	0	55	56	3	0	40	1.15
23006573--23006624	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
23008245--23008291	24	2.0	24	82	0	58	59	29	4	6	1.41
23010490--23010680	94	2.0	94	96	0	355	33	6	19	40	1.77
23033478--23033515	3	12.7	3	100	0	76	0	31	0	68	0.90
23035386--23035528	41	3.5	40	81	1	133	32	27	18	20	1.97
23035794--23035913	61	2.0	60	83	4	152	43	15	3	37	1.64
23037082--23037110	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
23037201--23037253	3	17.7	3	96	0	97	0	32	0	67	0.91
23040489--23040523	18	1.9	18	88	0	52	22	2	5	68	1.24
23044627--23044667	21	2.0	21	95	0	73	34	7	9	48	1.64
23045686--23045733	21	2.4	21	80	16	57	0	22	2	75	0.91
23052277--23052324	6	7.8	6	78	21	55	6	16	0	77	0.97
23052278--23052325	13	3.9	12	89	10	71	6	16	0	77	0.97
23052277--23052327	24	2.1	24	92	7	86	5	17	0	76	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23055531--23055667	37	3.7	36	83	11	170	24	22	16	37	1.93
23058034--23058123	39	2.2	41	88	3	130	38	2	6	52	1.40
23063866--23063940	20	3.8	19	77	19	82	49	14	2	33	1.58
23063931--23063978	25	1.9	25	86	0	69	50	10	10	29	1.70
23066266--23066299	15	2.3	15	90	5	52	67	0	0	32	0.91
23067263--23067319	13	4.4	14	79	12	61	73	0	26	0	0.83
23067267--23067327	17	3.9	16	75	10	56	73	0	24	1	0.92
23067543--23067700	36	4.3	36	72	13	115	32	4	9	53	1.53
23070698--23071585	160	5.6	159	92	1	1447	28	9	8	53	1.62
23070698--23071586	319	2.8	319	92	2	1473	28	9	8	53	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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