genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56457815

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1658587--1658658	31	2.3	31	75	0	72	31	13	9	44	1.77
1661001--1661876	89	10.0	88	77	6	630	22	19	25	32	1.97
1661057--1661874	177	4.6	176	78	5	713	22	19	25	32	1.97
1662144--1662184	13	3.4	13	74	19	52	24	0	19	56	1.42
1670558--1670698	69	2.0	69	98	0	273	28	13	18	39	1.88
1672472--1672501	7	4.1	7	95	4	51	40	3	0	56	1.16
1673794--1673840	24	1.9	25	86	4	69	19	10	0	70	1.16
1674941--1675035	31	3.1	29	81	7	91	37	13	4	44	1.64
1675089--1675145	30	1.9	30	85	0	78	36	10	7	45	1.66
1681217--1681257	20	2.0	20	85	9	55	29	4	7	58	1.46
1689066--1689146	31	2.6	31	88	0	108	33	7	12	46	1.69
1689088--1689160	31	2.4	31	92	0	119	32	4	13	49	1.61
1694450--1694508	24	2.5	24	77	0	64	13	16	40	28	1.87
1730459--1730490	16	2.0	16	93	0	55	53	6	0	40	1.26
1739491--1739519	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
1741282--1741319	12	2.9	13	88	7	51	73	0	0	26	0.83
1744362--1744425	31	2.1	31	84	0	83	43	9	12	34	1.75
1759227--1759258	16	2.0	16	93	0	55	28	3	12	56	1.51
1766975--1767000	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
1767561--1767602	22	2.0	22	81	13	52	42	4	0	52	1.22
1769185--1769270	37	2.3	38	87	4	120	39	3	3	53	1.35
1772458--1772491	4	8.5	4	93	0	59	29	0	23	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1786311--1786369	26	2.3	26	82	11	68	35	1	1	61	1.16
1787547--1787588	21	2.0	21	81	9	50	45	7	4	42	1.52
1792855--1792925	35	2.0	35	100	0	142	22	2	16	57	1.52
1812667--1812721	27	2.2	26	87	12	80	69	1	0	29	0.99
1813058--1813181	9	13.4	9	66	11	63	33	4	0	62	1.20
1813087--1813127	19	2.2	19	86	8	57	24	9	2	63	1.37
1829345--1829400	25	2.3	26	78	12	64	39	5	0	55	1.23
1830069--1830154	16	5.1	16	68	20	59	45	0	3	51	1.18
1830069--1830144	8	9.1	8	68	23	50	44	0	2	52	1.14
1830078--1830145	26	2.7	25	86	4	84	45	0	2	51	1.16
1835004--1835060	31	1.9	28	83	16	71	40	19	14	26	1.89
1839342--1839379	18	2.1	18	85	9	51	39	0	5	55	1.23
1841394--1841440	23	2.0	23	84	8	60	63	0	4	31	1.13
1842887--1842938	16	3.4	15	78	10	52	57	3	0	38	1.17
1842887--1842990	30	3.3	30	71	12	84	54	5	0	38	1.31
1848532--1848602	31	2.3	31	85	0	97	36	14	12	36	1.84
1851961--1851997	19	1.9	20	88	5	58	32	10	2	54	1.49
1853561--1853604	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
1853915--1854010	37	2.6	37	83	8	124	44	1	22	31	1.60
1860178--1860292	59	2.0	58	89	5	178	35	13	4	46	1.62
1886025--1886056	16	1.9	17	93	6	57	68	0	12	18	1.20
1895071--1895114	20	2.2	20	84	8	54	29	4	4	61	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1896629--1896691	29	2.2	29	80	5	76	50	3	14	31	1.58
1898812--1899122	110	2.9	110	82	7	334	34	13	18	33	1.90
1899241--1899682	111	4.2	105	82	10	523	30	15	14	38	1.88
1899240--1899671	104	4.1	107	84	8	498	31	15	14	37	1.88
1904673--1904739	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
1905632--1905689	18	3.1	18	72	13	53	32	0	3	63	1.11
1908368--1908396	13	2.1	14	93	6	51	48	10	0	41	1.37
1910402--1910475	29	2.5	29	82	4	85	25	14	13	45	1.82
1911001--1911099	31	3.3	29	78	5	90	49	15	13	22	1.78
1914310--1914360	24	2.1	24	85	0	66	43	3	7	45	1.51
1922928--1922969	20	2.1	20	100	0	84	30	14	23	30	1.94
1927685--1927719	19	1.9	17	88	11	52	40	2	0	57	1.14
1932086--1932147	26	2.3	27	88	2	90	35	0	1	62	1.05
1947587--1947634	25	2.0	25	84	8	64	35	0	6	58	1.23
1947956--1947996	17	2.3	19	88	12	61	36	0	2	60	1.10
1950192--1950283	31	2.9	32	81	9	84	50	11	13	25	1.75
1950229--1950299	31	2.2	32	85	7	92	49	12	11	26	1.74
1958896--1958943	19	2.7	18	73	20	55	37	0	4	58	1.18
1967255--1967298	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
1975767--1976154	194	2.0	193	97	0	740	33	15	18	32	1.92
1998580--1998621	9	4.7	9	88	11	59	33	0	2	64	1.07
2006701--2006731	15	2.1	15	93	0	53	51	19	9	19	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2008862--2008899	18	2.2	18	86	9	53	76	2	0	21	0.91
2008840--2008998	66	2.4	66	91	5	250	60	3	0	35	1.15
2008840--2008998	68	2.4	67	91	4	223	60	3	0	35	1.15
2013469--2013493	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2015235--2015268	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
2018068--2018108	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2028240--2028299	21	3.1	21	77	22	85	51	8	18	21	1.72
2028251--2028282	16	2.0	16	100	0	64	62	6	18	12	1.50
2031677--2031884	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
2031799--2031859	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
2031717--2031859	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
2031911--2032099	59	3.2	57	68	19	152	41	3	3	51	1.35
2031938--2032136	66	3.2	64	67	19	177	41	3	6	49	1.42
2031900--2032197	120	2.5	120	93	1	508	42	2	4	50	1.36
2031973--2032160	61	3.1	61	69	14	190	42	1	6	49	1.38
2032025--2032076	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
2031974--2032157	59	3.1	58	67	22	155	42	1	6	49	1.38
2032141--2032175	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2032340--2032430	45	2.0	44	85	2	119	35	27	5	31	1.80
2032409--2032468	16	3.8	16	93	0	93	31	35	0	33	1.58
2032411--2032478	16	4.2	16	92	0	82	33	33	0	32	1.58
2045078--2045130	24	2.2	23	87	9	79	52	1	0	45	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2045995--2046048	24	2.2	24	90	0	81	37	3	9	50	1.52
2048890--2048963	35	2.1	35	97	0	139	58	12	2	27	1.48
2050607--2050662	19	3.1	19	73	19	57	67	1	1	28	1.10
2051098--2051137	17	2.3	18	87	8	57	72	2	0	25	0.97
2051097--2051143	9	5.3	9	75	14	53	68	2	0	29	1.02
2051098--2051143	17	2.7	16	83	12	56	69	2	0	28	1.00
2053069--2053107	17	2.3	17	86	8	53	56	0	2	41	1.13
2053069--2053131	16	3.8	16	76	4	54	60	0	3	36	1.13
2053340--2053416	39	2.0	40	84	2	102	61	0	5	33	1.19
2053561--2053616	11	5.5	10	75	16	53	37	5	1	55	1.33
2053561--2053617	19	2.8	20	87	10	73	38	5	1	54	1.33
2053784--2053841	20	3.1	17	75	22	53	37	5	13	43	1.67
2053764--2053838	19	3.9	19	73	14	64	38	4	13	44	1.62
2055074--2055098	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2055203--2055229	6	4.5	6	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2058784--2058869	23	4.0	23	68	17	67	38	20	20	19	1.94
2059960--2060009	22	2.4	21	75	24	52	0	24	12	64	1.27
2060189--2060247	5	11.6	5	89	3	64	54	0	0	45	0.99
2060192--2060247	15	3.7	15	82	2	76	53	0	0	46	1.00
2066694--2066753	25	2.3	26	91	5	95	41	5	0	53	1.23
2067369--2067440	23	3.2	23	62	18	60	43	15	0	41	1.46
2067448--2067497	15	3.1	15	85	8	64	42	0	14	44	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2067466--2067503	18	2.1	18	90	0	58	47	0	13	39	1.42
2071980--2072060	42	1.9	42	87	0	117	27	17	13	41	1.87
2072954--2072999	21	2.2	21	88	7	67	58	6	4	30	1.43
2077302--2077349	20	2.4	20	89	0	78	43	18	4	33	1.69
2080351--2080429	24	3.2	24	77	13	63	6	12	6	74	1.20
2080743--2080803	31	1.9	32	90	3	97	16	0	9	73	1.08
2081011--2081182	88	1.9	89	87	5	251	36	18	9	34	1.84
2081189--2081355	10	16.8	10	68	17	73	60	0	1	37	1.12
2081189--2081355	19	8.9	19	70	13	87	60	0	1	37	1.12
2081188--2081355	46	3.6	47	72	12	150	60	0	1	37	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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