genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  1  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
451--475	8	3.1	8	100	0	50	24	12	52	12	1.72
1778--1822	23	2.0	23	86	0	63	35	24	24	15	1.94
1867--1921	26	2.1	26	82	0	65	43	16	14	25	1.86
1987--2109	64	1.9	64	91	0	201	35	23	20	20	1.96
11512--11548	14	2.6	15	83	12	51	43	8	0	48	1.32
11563--11750	61	3.1	61	68	14	181	43	2	5	48	1.39
11624--11669	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
11519--11787	120	2.2	120	93	3	454	42	2	4	49	1.37
11564--11747	57	3.1	58	66	25	139	42	2	5	48	1.39
11744--11785	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
11735--11776	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
12001--12052	16	3.2	16	91	0	86	34	36	0	28	1.58
21420--21449	14	2.1	14	93	0	51	36	3	13	46	1.60
24524--24724	106	1.9	106	96	0	375	31	19	19	29	1.96
27267--27560	44	6.7	44	77	6	249	29	26	15	27	1.96
27280--27924	132	5.0	132	78	9	605	29	26	16	27	1.97
27275--27919	88	7.0	88	71	13	329	29	26	16	27	1.97
27446--27673	113	2.0	113	95	0	411	30	25	16	28	1.97
27561--27919	45	8.1	45	84	3	433	30	25	16	26	1.97
27596--27919	133	2.4	131	82	3	396	30	25	17	26	1.97
27584--27924	178	1.9	176	89	1	529	30	25	17	26	1.97
28721--28750	1	30.0	1	100	0	60	0	0	0	100	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32683--32725	22	1.9	23	85	4	61	2	44	2	51	1.27
39532--39591	26	2.3	26	88	5	86	58	1	6	33	1.34
39843--39879	7	5.1	7	90	3	56	70	0	2	27	1.01
40942--41016	1	75.0	1	74	0	51	5	5	4	85	0.83
40974--41016	11	3.5	12	87	12	61	2	2	4	90	0.59
43186--43693	74	6.9	75	93	3	847	43	15	27	12	1.83
43186--43689	219	2.3	224	91	4	846	43	16	27	12	1.84
54377--54412	9	4.1	9	89	3	56	0	25	0	75	0.81
54377--54409	13	2.5	13	95	0	57	0	24	0	75	0.80
54447--54506	22	2.8	22	85	12	72	28	5	0	66	1.12
56460--56495	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
69253--69338	45	1.9	44	90	6	138	33	27	4	33	1.78
72763--72792	14	2.1	14	93	0	51	43	6	10	40	1.64
73612--73650	19	2.0	20	85	5	53	10	12	0	76	1.01
84418--84494	22	3.6	21	82	5	91	32	25	1	40	1.64
84496--84537	22	1.9	22	90	0	66	30	33	2	33	1.71
84733--84766	15	2.3	15	90	5	52	23	2	5	67	1.26
86900--86960	23	3.0	19	76	17	59	47	18	3	31	1.64
86905--86944	19	2.2	19	86	4	55	47	20	0	32	1.50
86918--87040	23	4.9	23	76	18	120	47	20	3	29	1.66
86933--87045	28	4.2	28	78	11	146	45	23	3	28	1.69
87035--87059	5	5.0	5	100	0	50	40	40	0	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86918--87910	89	11.2	86	77	15	442	44	24	0	30	1.60
87050--87945	30	30.2	30	88	4	1250	43	24	0	31	1.59
86930--87945	119	8.6	118	88	4	1313	43	24	0	30	1.61
87929--87958	13	2.2	13	94	5	51	43	40	0	16	1.48
87929--87958	7	4.4	7	91	8	53	43	40	0	16	1.48
88651--88906	125	2.1	124	83	3	318	33	21	16	28	1.95
89580--89624	15	2.9	16	76	6	56	28	20	26	24	1.99
107519--107556	9	4.2	9	83	9	51	60	0	0	39	0.97
109389--109427	13	3.1	13	77	7	53	17	5	23	53	1.63
110835--110875	21	2.0	21	95	0	73	63	0	0	36	0.95
110890--110961	30	2.4	30	88	4	101	62	0	2	34	1.10
110856--110953	40	2.4	40	93	1	169	61	0	2	36	1.08
123341--123418	22	3.5	22	74	17	56	52	3	7	35	1.48
123387--123418	7	4.6	7	100	0	64	46	0	12	40	1.42
137668--137713	23	2.0	23	83	8	58	30	2	10	56	1.46
137945--137981	19	1.9	19	88	0	56	40	2	5	51	1.39
141551--141648	47	2.1	46	83	5	117	30	25	5	38	1.77
149486--149559	20	3.7	19	78	8	85	29	18	25	25	1.98
151248--151282	18	1.9	18	88	11	54	22	14	0	62	1.31
151268--151379	18	6.2	17	72	20	68	7	17	3	71	1.23
151336--151381	6	7.7	6	80	0	56	2	21	2	73	1.04
152234--152290	10	5.6	10	80	12	53	19	3	3	73	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153813--153852	10	3.9	11	81	15	50	30	15	30	25	1.95
153799--153855	20	2.9	19	89	7	87	33	15	28	22	1.95
154936--154974	11	3.7	10	86	10	51	25	2	2	69	1.14
154933--155009	26	3.0	26	80	10	81	22	3	2	71	1.15
156099--156132	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
158933--158973	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
160879--160912	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
165721--165800	41	2.0	41	92	5	135	48	15	5	31	1.66
165842--165878	19	1.9	19	100	0	74	43	16	2	37	1.62
170380--170578	43	4.7	43	80	2	195	30	25	13	30	1.94
170376--170578	86	2.4	85	81	6	239	30	25	13	30	1.94
172708--172758	26	2.0	26	96	3	95	39	17	0	43	1.49
175556--175599	13	3.4	13	78	12	54	34	29	0	36	1.58
175591--175631	20	2.0	20	95	0	73	29	19	9	41	1.83
179917--179958	19	2.2	19	86	0	57	52	35	4	7	1.50
186324--186366	18	2.4	17	82	17	52	51	0	0	48	1.00
186779--186813	6	5.7	6	96	3	61	0	14	0	85	0.59
196620--196836	40	5.5	41	74	9	200	31	25	16	26	1.97
196621--196836	78	2.8	78	94	0	371	31	25	16	26	1.97
196675--196812	38	3.6	38	78	8	163	35	25	15	23	1.94
197755--197790	17	2.1	17	89	0	54	5	19	2	72	1.17
197828--197886	30	2.0	29	90	3	91	42	1	1	54	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199294--199351	30	1.9	30	85	0	80	22	15	10	51	1.73
199387--199437	23	2.2	24	86	10	70	23	7	9	58	1.56
202406--202557	37	3.9	37	81	13	173	26	21	15	36	1.94
202474--202840	46	7.6	46	82	10	437	28	22	14	34	1.93
202517--202834	52	6.3	52	82	9	399	28	22	14	34	1.93
202485--202840	98	3.6	98	96	0	640	28	21	14	34	1.94
208659--208722	28	2.4	26	81	5	74	25	20	10	43	1.84
208684--208820	12	10.8	12	69	16	71	25	16	8	48	1.75
208683--208738	26	2.2	25	81	6	67	23	17	8	50	1.74
212671--212730	25	2.4	25	82	0	75	26	28	23	21	1.99
218020--218052	9	3.9	9	84	15	52	33	0	9	57	1.30
218017--218056	16	2.5	16	91	0	71	37	0	7	55	1.29
218808--218851	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
230748--230796	16	3.1	16	84	0	71	32	0	34	32	1.58
231022--231085	17	4.0	17	74	21	59	46	0	3	50	1.17
231059--231107	24	2.1	22	85	14	64	55	0	2	42	1.11
231078--231107	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
231088--231139	26	2.0	25	92	3	86	53	3	0	42	1.19
231001--231271	108	2.7	99	81	12	268	51	3	1	43	1.28
234029--234120	48	1.9	48	88	0	139	44	19	14	21	1.86
234345--234417	19	3.9	19	75	13	80	47	15	12	24	1.79
234327--234409	17	4.6	17	68	21	53	48	13	12	26	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236697--236725	15	1.9	15	100	0	58	24	20	6	48	1.74
263602--263630	6	4.8	6	100	0	58	34	0	48	17	1.47
267653--267714	30	2.1	30	84	6	81	40	1	40	17	1.60
279073--279106	5	6.6	5	86	6	50	58	0	41	0	0.98
284901--284934	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
287251--287346	38	2.6	38	79	14	101	47	1	14	36	1.51
289276--290206	132	7.1	132	96	0	1691	29	26	16	27	1.97
295348--295879	266	2.0	266	98	0	1019	23	25	18	32	1.97
297595--297690	38	2.6	38	79	14	101	47	1	14	36	1.51
301293--301810	75	6.9	75	96	0	928	44	15	27	12	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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