genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  24  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7835339--7835395	20	2.8	20	78	7	62	31	8	21	38	1.84
7835831--7835901	24	3.1	24	69	17	69	54	7	2	35	1.42
7835814--7835901	45	2.0	45	93	4	151	57	5	2	34	1.34
7842526--7842610	26	3.3	26	93	0	134	40	12	15	31	1.85
7842526--7842624	26	3.8	26	93	0	126	39	12	18	30	1.87
7847771--7847811	20	2.0	20	100	0	82	14	43	9	31	1.78
7856526--7856716	97	2.0	96	84	1	247	32	21	11	33	1.90
7857280--7857340	30	2.0	30	100	0	122	26	19	21	32	1.97
7862341--7862384	6	7.3	6	81	0	52	36	0	40	22	1.54
7866897--7866937	15	2.7	15	88	0	55	36	9	36	17	1.82
7867737--7867770	17	2.0	17	94	0	59	32	0	0	67	0.91
7867896--7867921	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
7869989--7870048	20	3.0	20	78	9	70	53	3	0	43	1.17
7870005--7870053	19	2.7	18	81	12	55	55	4	0	40	1.19
7870059--7870112	19	2.7	19	75	25	58	72	1	1	24	1.05
7870068--7870105	11	3.5	11	82	3	51	71	2	2	23	1.12
7870059--7870128	9	7.8	8	74	25	52	72	2	1	22	1.05
7870059--7870129	10	7.7	9	76	17	58	73	2	1	22	1.05
7872625--7872716	13	6.9	13	71	18	73	34	21	4	39	1.73
7872625--7872730	40	2.7	40	95	2	187	33	20	3	41	1.70
7872873--7872897	8	3.1	8	100	0	50	12	52	12	24	1.72
7873257--7873282	9	2.9	9	100	0	52	92	0	7	0	0.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7873379--7873416	11	3.2	12	92	7	60	0	52	0	47	1.00
7873890--7873943	9	5.8	9	86	2	63	33	1	7	57	1.37
7873881--7873948	3	22.3	3	73	8	57	30	1	5	61	1.28
7877518--7877558	11	3.7	11	81	12	57	34	2	0	63	1.08
7882523--7882563	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
7889206--7889276	24	2.9	25	80	2	90	28	22	18	30	1.97
7894122--7894172	26	2.0	26	82	14	63	58	0	19	21	1.39
7897712--7897743	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
7902443--7902486	21	2.1	21	100	0	88	34	13	27	25	1.93
7906661--7906690	15	1.9	16	93	6	53	16	3	20	60	1.50
7909987--7910029	21	2.0	21	82	8	52	20	37	0	41	1.53
7910276--7910361	16	5.0	17	72	20	63	23	31	0	45	1.53
7917743--7917795	26	2.0	26	82	10	63	28	15	7	49	1.71
7921287--7921394	15	7.2	15	69	12	87	25	23	7	43	1.79
7921277--7921400	30	4.1	30	95	1	212	25	25	6	42	1.78
7925973--7926039	30	2.2	31	94	2	118	28	26	5	38	1.80
7925983--7926029	15	3.1	15	70	11	51	27	23	8	40	1.83
7933550--7933742	90	2.1	91	85	6	268	23	17	16	43	1.87
7937846--7938003	41	3.9	41	89	0	226	20	21	27	30	1.98
7941369--7941670	109	2.7	110	93	2	507	33	18	15	32	1.92
7941843--7941892	18	2.7	19	75	9	59	70	4	2	24	1.15
7942032--7942108	28	2.5	29	82	18	86	57	2	6	33	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7942043--7942121	40	2.0	40	82	9	99	55	2	7	34	1.42
7942043--7942121	42	1.9	40	82	14	99	55	2	7	34	1.42
7944276--7944325	25	2.0	25	88	0	73	28	18	18	36	1.94
7943940--7944448	125	4.1	125	92	1	860	27	18	18	35	1.94
7945618--7945719	43	2.4	42	79	12	109	27	24	14	33	1.94
7946993--7947039	6	7.7	6	81	11	51	2	0	10	87	0.63
7946992--7947039	14	3.7	13	83	10	62	2	0	10	87	0.62
7949079--7949132	19	2.8	20	77	11	58	42	12	18	25	1.86
7950037--7950072	11	3.3	11	88	0	54	38	2	16	41	1.63
7951053--7951245	80	2.4	80	82	5	221	26	29	20	23	1.99
7951023--7951192	40	4.3	40	90	0	234	25	28	21	24	1.99
7951023--7951245	120	1.9	119	81	6	272	26	28	21	24	1.99
7951177--7951254	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
7953626--7953927	109	2.7	110	93	1	525	34	19	14	31	1.92
7956768--7956801	7	4.9	7	96	0	59	17	0	52	29	1.45
7958727--7959034	43	7.4	42	75	12	244	23	19	28	28	1.98
7958817--7958888	36	2.0	36	83	0	90	25	20	26	27	1.99
7958853--7959060	86	2.4	86	85	2	283	25	18	28	26	1.98
7963602--7963627	7	3.7	7	100	0	52	0	15	0	84	0.62
7964281--7964306	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
7968152--7968240	45	2.0	45	84	4	117	13	31	12	42	1.81
7976598--7976649	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7977937--7977974	19	2.0	19	100	0	76	15	31	10	42	1.81
7989392--7989430	19	2.1	19	85	0	51	15	7	12	64	1.49
7999694--7999735	6	7.0	6	100	0	84	50	0	50	0	1.00
8001449--8001579	71	1.9	71	83	3	176	24	7	25	42	1.81
8002758--8002797	18	2.2	18	95	0	71	50	25	2	22	1.62
8002822--8002885	33	1.9	33	96	0	119	42	17	7	32	1.78
8005919--8006000	26	3.0	27	75	12	87	43	1	2	52	1.22
8006054--8006088	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8006001--8006465	120	3.9	120	98	0	887	44	1	6	47	1.39
8006174--8006208	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8006294--8006328	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8006414--8006448	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8006414--8006468	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
8007854--8008124	43	6.3	43	79	4	262	31	31	16	19	1.95
8007855--8008125	86	3.2	84	81	5	294	31	31	16	19	1.95
8008367--8008397	15	2.1	15	93	0	53	19	32	0	48	1.49
8013432--8013588	81	1.9	83	90	2	255	43	28	0	27	1.60
8013763--8013799	14	2.6	14	91	0	56	45	27	0	27	1.54
8014057--8014210	41	3.8	40	78	9	161	29	25	23	20	1.99
8014057--8014207	81	1.9	81	83	8	200	30	24	23	21	1.99
8014242--8014381	40	3.5	41	81	4	160	20	20	22	37	1.94
8014274--8014379	40	2.7	40	91	4	171	17	22	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8014586--8014631	13	3.6	13	77	16	51	34	4	4	56	1.39
8014552--8014609	30	2.0	29	83	10	73	48	5	1	44	1.35
8016811--8016862	11	4.7	11	79	6	52	34	46	1	17	1.59
8021850--8021918	27	2.6	27	83	0	102	21	24	21	31	1.98
8029950--8029982	14	2.4	14	94	0	57	45	12	0	42	1.41
8033036--8033080	24	1.9	24	86	13	67	62	4	0	33	1.15
8034296--8034321	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
8039938--8040279	154	2.3	147	87	5	470	29	8	6	54	1.56
8040906--8041426	106	5.0	106	87	4	734	34	14	19	31	1.92
8040884--8041426	104	5.2	104	85	5	708	36	13	18	30	1.91
8043021--8043589	104	5.5	103	85	2	696	30	18	15	35	1.92
8043021--8043589	103	5.5	103	84	2	680	30	18	15	35	1.92
8044347--8044390	22	1.9	24	81	9	56	22	6	9	61	1.50
8045952--8046013	23	2.8	19	74	25	52	40	1	3	54	1.26
8046020--8046088	24	2.8	24	77	2	75	34	4	7	53	1.48
8046296--8046371	30	2.5	31	89	6	118	32	3	6	56	1.43
8047889--8047933	24	1.9	23	86	4	63	40	6	0	53	1.27
8047889--8047941	24	2.4	23	81	12	58	35	7	0	56	1.28
8049324--8049357	11	3.1	11	91	0	59	17	32	2	47	1.63
8049324--8049373	22	2.3	22	83	13	59	24	32	2	42	1.66
8049724--8049937	112	1.9	112	93	0	365	39	7	7	45	1.59
8050003--8050033	11	2.8	11	95	0	53	48	3	29	19	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8056239--8056272	11	3.1	11	91	0	59	32	11	0	55	1.36
8056241--8056291	22	2.2	22	82	10	57	35	13	1	49	1.54
8059779--8059836	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
8060048--8060079	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
8060174--8060415	50	4.7	50	85	4	279	26	24	29	19	1.99
8060174--8060423	100	2.4	103	86	6	346	26	24	29	20	1.99
8061821--8061948	42	3.0	42	81	4	116	42	17	22	16	1.88
8061871--8061994	21	6.0	21	66	9	74	41	16	22	18	1.90
8067365--8067413	20	2.5	20	74	9	55	63	8	0	28	1.23
8077148--8077202	23	2.4	23	87	0	83	52	0	20	27	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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