genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52061903--52061963	18	3.4	18	93	0	95	9	0	22	67	1.20
52066903--52066940	18	2.1	19	85	5	51	47	15	13	23	1.81
52073444--52073588	41	3.5	41	95	1	247	28	20	28	22	1.98
52074628--52074666	20	1.9	21	89	5	62	69	0	5	25	1.09
52075474--52075550	37	2.1	37	81	9	88	64	5	1	28	1.22
52075412--52075657	9	27.0	9	70	14	100	61	4	2	31	1.30
52075466--52075627	19	8.7	19	62	24	51	62	3	2	30	1.25
52075585--52075656	29	2.5	28	86	6	92	62	1	4	31	1.23
52075610--52075666	29	2.0	29	82	6	71	61	3	3	31	1.30
52076044--52076089	20	2.3	20	88	0	65	30	0	6	63	1.20
52076118--52076223	19	5.6	19	73	13	60	33	1	1	62	1.17
52076118--52076218	17	5.4	18	70	23	50	34	1	1	61	1.19
52076118--52076218	38	2.8	36	75	15	93	34	1	1	61	1.19
52076183--52076217	17	2.1	17	94	0	61	34	2	0	62	1.10
52077176--52077304	65	2.0	65	92	0	213	26	15	16	41	1.88
52078135--52078175	6	7.0	6	91	2	57	26	0	4	68	1.10
52082191--52082242	20	2.5	21	73	20	54	48	0	7	44	1.31
52084962--52084991	7	4.3	7	100	0	60	30	56	13	0	1.37
52086249--52086277	13	2.2	13	100	0	58	58	0	0	41	0.98
52087008--52087055	23	2.0	24	84	4	62	43	2	2	52	1.24
52090679--52091292	44	14.1	44	71	10	307	27	22	19	30	1.98
52090633--52091122	173	2.8	173	89	1	741	28	21	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52090772--52091054	85	3.3	85	73	9	286	29	22	19	28	1.98
52091265--52091333	36	1.9	36	81	0	84	26	17	23	33	1.96
52091321--52091446	51	2.5	51	81	2	137	29	29	11	30	1.91
52091301--52091908	260	2.3	261	86	1	853	28	24	16	30	1.96
52091730--52091985	87	2.8	90	79	5	257	30	21	17	30	1.96
52091829--52091986	51	3.2	51	71	12	157	29	22	17	30	1.96
52092292--52092354	24	2.6	24	82	0	81	30	23	7	38	1.84
52111054--52111240	41	4.6	41	91	1	223	24	21	24	29	1.99
52111054--52111240	82	2.3	82	89	1	277	24	21	24	29	1.99
52114191--52114304	21	5.4	21	69	8	70	45	15	21	17	1.85
52114176--52114264	42	2.1	42	85	0	124	47	19	21	12	1.82
52114151--52114288	42	3.3	42	77	6	111	45	17	21	15	1.85
52124389--52124571	38	4.7	37	70	18	131	43	1	3	51	1.27
52124556--52124590	17	2.1	17	89	5	54	34	0	0	65	0.93
52124371--52124729	119	3.0	120	92	2	580	42	1	4	51	1.29
52124658--52124750	27	3.3	29	72	17	79	43	0	3	53	1.16
52124944--52125011	16	4.2	16	96	0	127	36	36	0	26	1.57
52125211--52125254	18	2.4	18	92	0	70	15	20	18	45	1.85
52130326--52130458	66	2.0	66	100	0	266	29	4	28	37	1.77
52140724--52140760	4	9.0	4	88	5	56	72	2	21	2	1.09
52141407--52141461	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
52141636--52141696	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52141602--52141818	91	2.4	89	85	6	299	47	4	3	45	1.38
52141636--52141778	44	3.2	42	70	20	119	48	2	2	46	1.28
52141643--52141799	47	3.4	47	68	15	128	49	3	1	44	1.31
52150969--52151106	59	2.3	60	88	3	199	35	13	22	28	1.92
52151762--52151804	22	2.0	22	95	0	77	30	11	9	48	1.71
52152913--52153139	89	2.6	89	85	1	312	28	6	9	55	1.56
52155360--52155659	93	3.1	94	85	5	397	43	1	17	37	1.59
52156410--52156505	40	2.4	42	83	10	112	25	26	25	23	2.00
52156633--52157595	135	7.1	135	86	5	1293	24	11	4	59	1.50
52156991--52157024	17	2.0	17	100	0	68	29	11	5	52	1.61
52156633--52157595	273	3.6	270	90	3	1433	24	11	4	59	1.50
52157127--52157165	17	2.3	17	90	0	60	28	12	0	58	1.34
52157377--52157413	17	2.2	17	100	0	74	10	10	5	72	1.25
52158137--52158228	6	15.7	6	82	6	109	34	15	2	47	1.57
52159033--52159071	3	12.7	3	89	5	60	66	0	2	30	1.05
52160588--52160665	30	2.8	28	71	22	81	23	3	8	64	1.39
52166948--52167064	35	3.3	35	82	1	135	16	11	30	41	1.83
52168478--52168965	250	2.0	250	85	3	669	26	31	13	28	1.94
52172619--52172793	50	3.4	50	82	4	152	28	29	17	25	1.98
52182782--52183246	47	9.8	47	92	1	732	29	29	7	32	1.86
52183213--52183268	18	3.3	18	71	19	66	37	26	0	35	1.57
52183212--52183278	32	2.1	32	100	0	134	37	28	0	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52183170--52183325	81	1.9	79	97	2	294	32	28	5	33	1.79
52183123--52183372	128	2.0	126	98	1	482	31	29	6	32	1.83
52182884--52183505	175	3.4	178	90	7	908	30	28	7	32	1.85
52183251--52183505	47	5.4	47	94	1	447	30	29	7	32	1.86
52183244--52183505	96	2.8	96	91	5	442	30	29	7	32	1.85
52182782--52183505	94	7.8	95	78	13	720	29	29	7	32	1.86
52182782--52183505	143	5.2	142	84	9	828	29	29	7	32	1.86
52187210--52187284	39	1.9	39	88	0	114	37	1	0	61	1.05
52191107--52191150	22	2.0	22	82	8	54	45	9	15	29	1.77
52198220--52198262	21	2.1	21	86	4	61	23	4	0	72	1.04
52203109--52203133	7	3.6	7	100	0	50	28	12	44	16	1.83
52203071--52203183	57	2.0	58	91	5	185	30	14	28	27	1.95
52226837--52226932	11	9.4	11	70	23	68	60	0	3	36	1.13
52226829--52226952	31	3.8	31	69	24	101	61	0	3	35	1.12
52226814--52226910	38	2.5	39	93	5	160	62	0	2	35	1.07
52226887--52226963	20	4.3	20	63	27	64	62	0	2	35	1.09
52226868--52226952	31	2.8	31	98	1	163	60	0	3	36	1.14
52226820--52226971	69	2.2	68	82	6	191	63	0	2	34	1.09
52226918--52226971	20	2.9	18	84	10	72	64	0	1	33	1.04
52226849--52226970	31	4.1	30	85	6	126	63	0	2	34	1.08
52232716--52232746	9	3.4	9	100	0	62	32	0	0	67	0.91
52237345--52237543	108	1.9	106	81	8	242	23	18	10	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52238433--52238822	46	8.5	46	90	0	618	24	15	26	33	1.95
52238831--52239105	132	2.1	132	84	1	363	30	21	25	22	1.99
52244476--52244528	26	2.0	26	100	0	106	26	45	7	20	1.78
52245416--52245476	9	6.6	9	87	12	88	24	8	29	37	1.84
52253142--52253350	69	3.0	69	87	1	285	44	23	6	24	1.77
52253142--52253390	69	3.6	68	83	3	277	43	24	6	24	1.78
52253142--52253390	138	1.8	138	82	5	324	43	24	6	24	1.78
52260273--52260306	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
52260911--52260980	28	2.3	32	80	14	94	50	5	1	42	1.35
52265424--52265469	18	2.6	18	96	0	83	39	23	26	10	1.88
52272170--52272196	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
52272257--52272307	16	3.1	16	72	13	50	33	1	5	58	1.33
52272323--52272355	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
52273794--52273855	26	2.4	26	97	0	115	35	16	27	20	1.94
52274789--52274884	10	9.7	10	69	18	67	60	0	4	35	1.16
52274785--52274827	18	2.2	20	84	8	63	60	0	0	39	0.97
52274787--52274846	30	1.9	32	90	6	97	58	0	3	38	1.15
52274844--52274906	32	2.0	33	81	12	78	63	0	4	31	1.15
52282052--52282131	32	2.5	32	89	2	108	17	15	15	52	1.75
52282070--52282133	32	2.0	32	100	0	128	18	12	15	53	1.73
52291469--52291510	16	2.7	15	79	13	50	26	23	9	40	1.85
52304833--52304931	35	2.9	35	70	14	89	73	9	7	10	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52304855--52304900	15	3.2	14	81	12	58	76	8	2	13	1.11
52307152--52307515	87	4.2	87	92	1	595	29	21	24	24	1.99
52307152--52307515	173	2.1	174	92	1	613	29	21	24	24	1.99
52307561--52307679	40	2.8	42	78	13	136	32	22	21	23	1.98
52307544--52307674	44	3.1	43	76	12	153	36	22	19	20	1.95
52307651--52308078	87	4.9	87	92	0	712	32	23	22	21	1.98
52307808--52307939	43	3.0	43	64	10	106	31	21	21	25	1.98
52325509--52325582	15	4.8	15	73	14	62	37	2	0	59	1.12
52326121--52326159	14	2.8	14	84	0	51	35	12	23	28	1.91
52326728--52326763	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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