genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  55  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16002796--16002847	15	3.5	15	82	10	54	53	1	0	44	1.11
16002832--16003019	61	3.1	61	70	14	199	48	6	1	42	1.39
16002800--16003091	120	2.4	121	95	1	518	50	5	2	42	1.37
16002916--16002967	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
16003057--16003090	17	2.0	17	88	11	52	52	0	2	44	1.16
16003088--16003314	91	2.5	91	84	5	280	47	4	3	44	1.40
16003132--16003274	44	3.2	43	68	16	119	47	4	2	45	1.36
16006668--16006693	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
16009428--16009454	12	2.2	12	100	0	54	37	33	7	22	1.82
16022083--16022131	23	2.1	24	92	3	82	8	14	6	71	1.29
16023517--16023564	17	2.7	17	77	6	51	22	10	0	66	1.22
16023625--16023650	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
16023712--16023845	40	3.3	41	79	8	150	32	20	23	24	1.98
16023903--16024054	41	3.7	41	83	2	207	23	23	25	28	2.00
16023900--16024054	81	1.9	82	90	1	249	23	22	26	27	1.99
16024462--16024495	14	2.3	15	95	5	61	38	0	26	35	1.57
16024582--16024758	89	2.0	89	87	0	255	24	1	29	44	1.61
16029731--16029918	43	4.3	43	81	9	218	18	17	33	31	1.93
16032119--16032175	20	2.8	19	84	7	60	49	0	3	47	1.18
16033760--16033822	31	2.0	33	84	6	85	33	11	14	41	1.81
16042329--16042362	6	5.7	6	96	0	59	35	26	17	20	1.95
16042329--16042368	18	2.2	18	86	0	53	37	22	17	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16047685--16047732	2	24.0	2	95	0	87	0	47	2	50	1.12
16054921--16054962	4	10.8	4	80	14	52	23	4	0	71	1.05
16058388--16058427	21	1.9	21	84	0	53	47	5	27	20	1.70
16058792--16058846	19	2.9	19	84	10	60	30	16	5	47	1.69
16066676--16066958	51	5.8	51	68	12	209	35	17	18	28	1.94
16066675--16066995	95	3.4	95	83	3	405	34	17	18	29	1.94
16072585--16072652	34	2.0	34	100	0	136	29	17	29	23	1.97
16079416--16079525	49	2.2	49	95	0	202	40	12	14	31	1.84
16084573--16084612	21	2.0	20	85	5	53	27	10	17	45	1.80
16085461--16085764	107	2.9	107	90	1	468	35	19	15	29	1.93
16086004--16086075	8	9.6	8	72	24	68	72	1	1	25	1.01
16085999--16086069	14	5.0	14	78	11	65	73	1	1	23	1.00
16086000--16086074	17	4.4	17	75	22	77	73	1	1	24	0.99
16086000--16086054	3	19.3	3	75	17	55	72	0	0	27	0.85
16087905--16088326	132	3.2	132	92	0	702	27	24	17	30	1.97
16088327--16088537	44	4.7	46	76	8	229	23	23	25	27	2.00
16088329--16088537	89	2.3	89	91	2	339	23	23	25	27	2.00
16088806--16088858	24	2.2	24	86	0	79	30	28	9	32	1.88
16089804--16089860	28	2.0	28	86	6	80	0	15	1	82	0.75
16089804--16089858	17	3.2	17	86	0	74	0	16	1	81	0.77
16089810--16089863	11	4.6	11	77	11	54	0	16	0	83	0.65
16094973--16095007	16	2.2	16	100	0	70	42	22	17	17	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16095952--16096233	107	2.6	107	94	0	494	35	19	15	29	1.93
16096470--16096556	8	10.6	8	80	16	90	75	2	1	20	0.97
16096463--16096555	30	3.2	29	80	14	104	76	2	1	20	0.95
16102691--16102732	12	3.6	12	77	6	50	23	14	21	40	1.90
16102691--16102756	23	2.9	23	84	4	89	27	12	19	40	1.87
16102721--16102765	23	2.0	23	82	8	56	37	8	17	35	1.81
16105529--16105623	47	2.0	47	100	0	190	23	12	6	57	1.57
16106848--16106899	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
16110764--16110802	18	2.2	18	95	0	69	25	15	28	30	1.96
16111064--16111115	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
16111718--16111763	13	3.6	13	80	13	51	47	2	2	47	1.26
16112144--16112198	18	3.1	18	79	12	60	38	0	0	61	0.96
16112129--16112225	45	2.1	45	81	12	110	37	2	1	59	1.16
16112249--16112460	93	2.3	90	76	11	211	33	8	19	39	1.81
16115313--16115362	25	2.0	25	100	0	100	36	16	28	20	1.93
16116047--16116100	25	2.2	25	89	0	81	46	12	14	25	1.81
16116281--16116327	23	2.0	23	100	0	94	25	12	17	44	1.84
16122050--16122107	29	2.0	30	83	10	75	41	3	1	53	1.28
16122084--16122114	16	1.9	16	93	0	53	41	3	0	54	1.16
16134841--16134990	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
16134813--16134990	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
16134814--16134969	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16149116--16149265	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
16149088--16149265	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
16149089--16149244	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
16157118--16157267	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
16157090--16157267	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
16157091--16157246	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
16163011--16163068	27	2.1	28	96	3	109	29	1	17	51	1.55
16163018--16163075	27	2.1	27	87	3	80	29	1	18	50	1.57
16163941--16163981	21	2.0	21	90	9	68	48	0	19	31	1.49
16175635--16175681	21	2.2	21	77	7	51	36	21	2	40	1.65
16177883--16177914	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
16178075--16178229	43	3.7	41	79	8	152	30	28	17	23	1.97
16180545--16180592	23	2.0	25	84	15	66	10	29	4	56	1.52
16189472--16189510	7	5.3	7	82	11	51	23	0	2	74	0.94
16189472--16189517	23	2.0	22	91	4	74	19	2	2	76	1.00
16194224--16194445	23	9.7	23	91	1	356	27	7	22	43	1.80
16194447--16194610	25	6.7	25	77	10	178	43	14	0	41	1.50
16194497--16194678	71	2.6	71	95	1	321	45	13	0	40	1.47
16194639--16194686	25	1.9	25	87	8	71	37	18	0	43	1.51
16195119--16195158	18	2.2	18	90	0	62	45	5	27	22	1.73
16196356--16196631	27	10.2	27	80	3	263	42	20	17	20	1.90
16196356--16196631	81	3.4	80	79	3	302	42	20	17	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16198261--16198294	17	1.9	18	88	5	52	35	5	11	47	1.65
16204312--16204350	19	2.0	20	90	5	62	46	5	5	43	1.48
16205383--16205481	41	2.4	41	84	1	128	27	16	24	32	1.96
16205803--16205840	17	2.2	18	90	4	60	34	5	13	47	1.65
16212119--16212164	21	2.2	21	85	11	60	10	32	32	23	1.90
16219508--16219562	18	3.0	18	81	2	56	52	1	3	41	1.29
16219582--16219616	16	2.2	16	94	0	61	71	0	2	25	1.00
16226743--16226875	70	1.9	69	86	4	189	33	14	10	41	1.80
16227244--16227277	15	2.3	15	94	0	59	41	0	0	58	0.98
16229409--16229563	27	5.7	27	82	1	150	41	20	19	18	1.91
16229409--16229569	81	2.0	82	81	3	191	40	21	19	18	1.91
16229409--16229563	54	2.9	54	77	7	170	41	20	19	18	1.91
16235123--16235235	38	3.0	38	78	0	118	18	14	28	38	1.90
16236822--16236854	12	2.8	12	95	0	57	6	21	45	27	1.75
16236822--16236877	24	2.3	24	84	0	67	10	23	39	26	1.87
16239229--16239262	11	3.2	11	95	4	61	50	0	0	50	1.00
16239797--16239835	20	2.0	20	100	0	78	43	0	5	51	1.24
16241350--16241470	41	3.0	41	77	2	127	19	21	24	33	1.97
16254876--16254966	37	2.4	36	82	13	105	38	3	4	53	1.37
16254879--16254951	29	2.7	25	70	24	58	38	2	2	56	1.28
16254893--16255089	67	3.0	65	70	14	179	41	3	4	51	1.36
16255187--16255235	25	2.0	24	84	11	64	42	8	10	38	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16270300--16270360	29	2.1	28	81	3	68	24	9	16	49	1.76
16270656--16270721	32	2.1	31	91	2	105	33	0	0	66	0.92
16271801--16271832	7	4.6	7	100	0	64	28	0	12	59	1.34
16272489--16272541	18	2.9	18	88	2	79	24	33	5	35	1.79
16272795--16272851	24	2.4	23	82	8	69	45	28	22	3	1.69
16273080--16274157	28	37.6	28	90	2	1501	50	23	0	25	1.53
16273080--16274157	57	18.8	57	89	3	1553	50	23	0	25	1.53
16274147--16274211	26	2.6	25	90	7	80	29	7	6	56	1.51
16274155--16274211	26	2.2	26	100	0	114	26	7	7	59	1.49
16275139--16275476	125	2.7	126	92	1	572	33	21	14	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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