genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18417401--18417916	217	2.4	214	80	10	602	29	18	22	28	1.98
18417925--18418079	40	3.6	40	71	20	132	27	21	21	30	1.98
18417884--18418076	91	2.2	87	87	6	266	27	20	20	30	1.98
18419984--18420022	13	3.2	12	86	13	53	15	2	7	74	1.15
18420030--18420062	15	2.2	15	100	0	66	27	0	12	60	1.32
18430682--18430706	7	3.6	7	100	0	50	52	0	0	48	1.00
18433732--18433776	23	1.9	24	90	4	74	55	2	0	42	1.12
18434109--18434216	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
18434102--18434216	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
18434723--18434748	12	2.2	12	100	0	52	15	30	26	26	1.96
18438804--18438911	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
18438797--18438911	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
18452114--18452234	60	2.0	60	100	0	242	23	13	23	39	1.90
18461238--18461271	13	2.8	12	86	8	50	11	17	0	70	1.16
18469825--18470019	96	2.1	94	96	1	354	27	14	9	48	1.75
18480826--18480867	18	2.3	19	95	4	77	57	11	0	30	1.35
18481309--18481350	14	2.7	16	85	14	61	50	0	0	50	1.00
18481337--18481442	53	2.0	52	85	7	140	43	4	0	50	1.29
18492576--18492614	15	2.6	15	95	0	69	43	0	12	43	1.42
18497004--18497085	34	2.4	34	83	0	110	30	8	15	45	1.76
18499687--18499802	24	4.8	24	77	12	112	35	19	25	18	1.95
18499641--18499802	49	3.3	49	81	7	152	32	19	25	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18499687--18499813	49	2.6	48	85	10	161	35	19	25	18	1.95
18499681--18499851	25	7.0	25	73	12	124	36	19	25	18	1.94
18499729--18499851	50	2.5	49	84	4	140	36	20	25	17	1.94
18504987--18505023	15	2.5	15	100	0	74	24	27	18	29	1.98
18505522--18505689	83	2.0	86	83	4	216	29	23	21	25	1.99
18506572--18506711	49	2.8	50	82	7	153	31	19	29	20	1.97
18506572--18506711	25	5.7	24	72	7	102	31	19	29	20	1.97
18506572--18506759	50	3.8	50	77	8	145	34	19	27	19	1.95
18506560--18506726	25	6.8	23	71	10	84	32	19	28	19	1.96
18509278--18509340	30	2.1	30	100	0	126	25	3	11	60	1.45
18509308--18509425	24	5.0	23	79	9	96	27	3	11	57	1.49
18509383--18509437	24	2.3	24	84	12	69	32	5	5	56	1.45
18514137--18514166	15	2.0	15	93	0	51	70	0	6	23	1.11
18514356--18514481	60	2.1	60	86	1	173	38	5	13	42	1.68
18516026--18516083	12	4.8	12	76	0	62	24	12	17	46	1.81
18516023--18516083	24	2.5	24	91	0	95	24	11	16	47	1.79
18517754--18517889	59	2.3	59	83	3	166	39	8	18	33	1.80
18522281--18522325	23	2.0	23	82	8	56	60	15	4	20	1.52
18523922--18523949	7	4.0	7	100	0	56	28	14	28	28	1.95
18527553--18527646	35	2.7	35	75	11	84	42	1	5	51	1.31
18529216--18529249	6	5.8	6	86	6	52	55	0	26	17	1.42
18529216--18529250	17	2.1	17	94	0	61	57	0	25	17	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18529398--18529469	26	2.8	26	87	2	92	38	8	19	33	1.82
18530678--18530727	25	1.9	27	84	8	68	52	14	14	20	1.75
18535061--18535087	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
18545507--18545538	16	2.0	16	93	0	55	46	28	0	25	1.53
18551078--18551112	17	2.2	15	90	10	52	57	14	0	28	1.38
18552280--18552327	20	2.4	19	83	10	60	8	14	4	72	1.23
18555539--18555841	27	11.3	27	85	4	391	22	17	17	42	1.89
18555559--18555841	134	2.1	133	88	3	424	22	18	17	42	1.89
18557317--18557368	21	2.5	21	93	0	86	19	36	11	32	1.87
18561808--18561849	18	2.3	19	80	12	52	4	42	0	52	1.22
18562584--18562952	27	13.8	27	79	6	313	46	18	16	18	1.85
18562584--18562938	81	4.4	80	82	3	385	46	18	16	18	1.84
18563119--18563205	26	3.3	26	80	1	102	19	20	19	40	1.92
18563311--18563379	33	2.1	34	83	2	86	26	23	21	28	1.99
18570741--18570949	27	8.0	27	71	12	132	45	17	13	23	1.84
18570741--18570919	49	3.5	51	76	6	155	45	16	13	24	1.83
18570757--18570906	76	2.0	74	82	10	180	46	16	12	24	1.81
18570705--18570948	54	4.6	53	75	10	189	45	16	13	23	1.84
18578653--18578736	43	2.0	43	85	4	116	54	13	13	19	1.70
18594972--18595044	30	2.5	28	77	12	76	65	1	1	31	1.09
18595495--18595530	15	2.4	15	90	0	54	72	2	2	22	1.11
18595652--18595677	7	3.7	7	100	0	52	11	30	15	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18599856--18599909	3	18.3	3	78	3	56	61	0	37	1	1.07
18600226--18600328	36	2.9	37	86	2	122	18	8	24	48	1.76
18603901--18603953	27	2.0	27	96	0	97	28	33	22	15	1.94
18603767--18604032	103	2.6	104	89	4	412	29	29	20	20	1.97
18604359--18604423	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
18604366--18604423	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
18605441--18605480	21	1.9	21	84	0	53	65	10	5	20	1.42
18606331--18606369	6	6.5	6	93	0	69	82	2	0	15	0.79
18609957--18609993	19	1.9	19	100	0	74	29	5	10	54	1.57
18615848--18616023	91	1.9	91	89	2	273	19	23	24	32	1.98
18615939--18616390	113	4.0	113	90	0	699	23	23	23	30	1.99
18616481--18616531	26	2.0	26	84	0	66	58	5	11	23	1.55
18616914--18616951	20	1.9	20	89	10	60	21	0	39	39	1.53
18616853--18617175	88	3.9	77	86	9	222	28	1	25	45	1.61
18616913--18616945	14	2.4	14	95	5	59	18	0	42	39	1.50
18616933--18617177	85	2.8	88	93	4	435	26	1	26	46	1.61
18617161--18617205	14	3.2	14	77	0	54	11	2	48	37	1.51
18620630--18620779	31	4.8	30	80	9	176	47	11	2	39	1.51
18620650--18620835	56	3.2	56	77	11	205	45	10	3	40	1.55
18620630--18620843	65	3.5	63	75	17	227	46	10	2	39	1.53
18620746--18620801	22	2.6	22	88	5	80	46	10	0	42	1.38
18620715--18620835	51	2.3	54	84	9	151	45	10	3	40	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18620825--18620963	9	16.3	9	66	14	62	41	16	2	40	1.60
18620827--18620859	16	2.1	16	100	0	66	45	24	0	30	1.53
18620965--18621020	25	2.2	25	83	0	67	44	14	5	35	1.68
18621001--18621034	16	2.1	16	94	0	59	52	14	0	32	1.42
18626456--18626627	66	2.6	65	84	6	204	40	19	26	13	1.89
18626617--18626709	21	4.4	21	79	6	109	34	15	45	5	1.69
18626873--18626902	9	3.2	9	90	9	51	30	0	3	66	1.07
18627039--18627239	43	4.6	42	79	6	197	19	16	32	30	1.95
18627064--18627225	87	1.9	87	84	5	220	19	17	32	30	1.95
18627231--18627410	43	4.2	43	86	1	236	30	33	17	18	1.94
18627577--18627620	22	2.0	22	90	0	70	45	27	18	9	1.79
18629184--18629273	36	2.4	39	80	10	91	32	22	3	42	1.70
18629184--18629273	37	2.4	38	81	7	96	32	22	3	42	1.70
18630050--18630079	7	4.1	7	95	4	51	60	0	0	40	0.97
18630047--18630093	17	2.5	20	80	16	57	63	2	0	34	1.06
18630797--18630875	40	2.0	40	82	9	99	50	24	5	20	1.68
18633024--18633058	18	1.9	18	88	0	52	57	14	8	20	1.63
18633076--18633130	18	3.1	18	83	0	65	56	9	9	25	1.60
18633936--18633971	12	2.9	12	87	4	54	11	11	0	77	0.99
18636079--18636116	17	2.2	17	95	0	67	44	13	13	28	1.81
18636079--18636127	17	2.9	17	87	6	55	46	14	12	26	1.79
18637092--18637141	6	8.3	6	86	0	64	58	0	26	16	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18637092--18637141	18	2.8	18	87	0	73	58	0	26	16	1.38
18660682--18660773	33	2.8	33	76	14	93	41	8	8	41	1.67
18660682--18660779	31	3.1	31	70	21	85	41	8	8	41	1.64
18673047--18673111	30	2.1	31	91	2	105	32	21	9	36	1.85
18674975--18675012	15	2.6	15	83	4	51	31	7	15	44	1.75
18677032--18677064	4	8.2	4	100	0	66	75	0	24	0	0.80
18680793--18680843	17	2.9	17	76	5	57	50	0	3	45	1.20
18682159--18682208	17	2.8	18	90	6	84	34	16	18	32	1.92
18682408--18682453	8	5.2	9	85	12	60	19	10	23	45	1.82
18682408--18682453	18	2.6	17	86	6	65	19	10	23	45	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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