genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21263347--21263672	46	7.6	46	80	14	365	28	21	14	35	1.92
21263482--21263636	36	4.0	36	78	15	166	29	20	13	36	1.91
21263436--21263672	82	2.9	82	93	0	393	29	20	13	36	1.90
21263347--21263672	128	2.6	126	75	10	356	28	21	14	35	1.92
21266566--21266616	20	2.4	21	81	15	61	50	1	1	45	1.24
21266566--21266618	21	2.5	21	82	14	65	49	1	1	47	1.23
21279729--21279844	51	2.3	51	80	7	121	56	6	6	31	1.48
21280588--21280644	21	2.7	21	94	0	96	35	12	12	40	1.80
21284800--21284840	22	1.9	22	85	5	57	19	9	2	68	1.29
21296666--21297299	44	14.6	43	73	14	367	28	20	23	27	1.99
21296759--21296874	43	2.7	43	82	4	135	29	18	23	28	1.98
21296884--21297257	89	4.3	88	74	11	288	28	20	23	27	1.99
21296666--21297380	217	3.3	216	88	3	1050	28	20	23	27	1.99
21296926--21297255	173	1.9	173	81	8	395	28	20	23	27	1.99
21299153--21299193	22	1.9	22	85	5	57	19	9	2	68	1.29
21300230--21300322	42	2.2	43	82	3	109	34	5	10	49	1.60
21300326--21300393	33	2.1	33	86	5	93	26	8	16	48	1.75
21300360--21300448	42	2.1	43	85	2	117	33	10	10	46	1.71
21306043--21306086	18	2.5	17	82	17	54	63	0	4	31	1.14
21310364--21310401	19	2.1	18	95	5	67	63	0	0	36	0.95
21310359--21310401	13	3.1	14	87	12	63	62	0	0	37	0.95
21312680--21312718	20	1.9	20	89	5	60	56	0	5	38	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21313219--21313259	10	4.0	10	82	17	57	70	0	0	29	0.87
21313224--21313264	7	5.9	7	100	0	82	70	0	0	29	0.87
21314660--21314782	9	13.6	9	70	15	76	61	2	5	30	1.32
21314660--21314782	28	4.5	27	73	12	92	61	2	5	30	1.32
21314722--21314789	9	7.4	9	73	14	50	61	1	8	27	1.34
21314742--21314782	19	2.2	19	91	4	66	68	0	4	26	1.10
21314784--21314829	22	2.0	23	95	4	85	30	2	0	67	1.03
21315709--21315776	29	2.3	29	94	0	118	45	2	19	32	1.65
21319277--21319317	17	2.4	17	87	4	55	63	0	14	21	1.30
21319328--21319369	11	3.8	11	75	12	50	30	0	28	40	1.57
21319314--21319381	22	3.2	22	75	19	72	38	0	25	36	1.56
21319848--21319900	27	1.9	28	85	11	74	37	16	3	41	1.67
21320236--21320277	23	1.9	21	85	9	57	45	0	0	54	0.99
21320343--21320424	30	3.2	25	79	17	71	48	3	0	47	1.19
21320357--21320407	16	3.3	16	74	20	63	50	1	0	47	1.12
21320347--21320407	30	2.0	30	100	0	122	50	3	0	45	1.17
21320352--21320399	14	3.3	14	73	21	53	47	2	0	50	1.12
21323082--21323109	5	5.6	5	100	0	56	82	0	17	0	0.68
21328187--21328229	17	2.3	18	80	15	52	51	13	0	34	1.42
21334932--21334968	3	12.3	3	100	0	74	0	32	0	67	0.91
21338373--21338420	25	1.9	25	82	0	60	20	6	0	72	1.05
21341278--21341501	94	2.4	94	78	1	234	23	25	31	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21344925--21344988	25	2.4	27	80	19	82	39	1	1	57	1.17
21344971--21345019	25	2.0	24	88	8	71	34	2	8	55	1.41
21357451--21357918	44	10.7	44	70	12	220	27	19	25	27	1.98
21357496--21357784	129	2.2	129	91	1	463	26	18	25	29	1.98
21357496--21357822	129	2.5	129	84	4	428	26	18	25	29	1.98
21357971--21358122	44	3.4	45	77	4	130	30	20	24	24	1.98
21359680--21359743	25	2.4	27	80	19	82	39	1	1	57	1.17
21359726--21359785	30	2.1	27	82	14	68	38	3	6	51	1.45
21361247--21361425	29	6.2	29	83	6	211	22	21	11	44	1.85
21361247--21361425	86	2.1	87	87	5	256	22	21	11	44	1.85
21364700--21364725	12	2.2	12	100	0	52	53	7	0	38	1.30
21364892--21364938	19	2.5	19	76	13	53	29	0	14	55	1.40
21365153--21365190	20	2.0	20	85	10	53	39	0	0	60	0.97
21365334--21365362	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
21366349--21366398	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
21370988--21371037	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
21373552--21373614	23	2.8	22	81	11	65	60	3	1	34	1.22
21373552--21373597	24	2.0	23	87	12	67	58	4	2	34	1.30
21373863--21373904	21	2.0	21	90	9	68	52	7	11	28	1.64
21378417--21378468	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
21389510--21389553	20	2.1	22	91	8	74	29	0	4	65	1.12
21391009--21391194	73	2.5	73	99	0	363	27	6	24	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21395434--21395619	73	2.5	73	99	0	363	27	6	24	40	1.80
21406308--21406353	22	2.1	22	83	0	56	32	13	32	21	1.92
21408637--21408698	31	2.0	31	90	6	99	38	27	4	29	1.77
21412860--21412900	20	2.0	20	100	0	82	14	14	4	65	1.42
21413998--21414047	13	3.9	13	82	15	68	16	18	4	62	1.48
21413993--21414046	12	4.3	12	82	13	56	18	18	3	59	1.52
21417009--21417054	18	2.6	18	92	0	74	34	6	41	17	1.75
21417009--21417054	9	5.1	9	86	0	65	34	6	41	17	1.75
21417229--21417263	11	3.1	11	95	4	61	17	8	34	40	1.80
21418093--21418126	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
21426067--21426110	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
21431587--21431620	18	1.9	17	94	5	59	32	29	8	29	1.87
21436851--21436896	19	2.4	19	85	7	67	43	8	4	43	1.55
21437015--21437054	19	2.1	19	85	4	53	57	0	27	15	1.38
21437168--21437227	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
21441686--21441775	44	2.0	44	86	0	126	53	3	8	34	1.49
21441967--21442057	44	2.0	45	87	6	132	52	2	6	38	1.40
21442024--21442058	18	2.0	18	88	5	54	60	2	2	34	1.26
21442369--21442414	21	2.1	22	88	11	69	43	0	0	56	0.99
21443054--21443105	21	2.5	20	81	6	59	36	1	5	55	1.35
21443064--21443105	21	2.0	21	90	0	66	33	2	7	57	1.39
21444701--21444739	17	2.3	17	86	8	53	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21449296--21449342	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
21458664--21458704	15	2.8	15	79	13	50	73	0	2	24	0.96
21462271--21462300	16	1.9	15	93	6	51	46	16	10	26	1.78
21473614--21473681	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
21473503--21473830	174	1.9	174	98	0	629	30	24	14	30	1.95
21473783--21473861	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
21500947--21500989	11	3.8	11	82	17	61	62	2	0	34	1.08
21502227--21502302	38	2.0	38	100	0	152	42	7	13	36	1.73
21502231--21502312	38	2.2	38	93	4	139	45	8	10	35	1.70
21502427--21502470	22	1.9	24	86	9	65	40	13	2	43	1.57
21507878--21507912	17	2.0	17	88	5	52	71	0	0	28	0.86
21513670--21513717	25	1.9	25	83	8	62	52	6	22	18	1.68
21515260--21515317	27	2.1	27	84	6	73	24	1	3	70	1.12
21533910--21533937	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
21535615--21535707	45	2.1	45	97	0	177	44	27	9	18	1.81
21537176--21537214	20	1.9	21	84	5	53	48	0	10	41	1.37
21539228--21539260	17	1.9	17	88	11	50	30	12	3	54	1.52
21542052--21542157	26	4.1	26	81	2	124	18	16	29	35	1.93
21554253--21554305	26	2.0	26	89	7	81	79	3	0	16	0.88
21554255--21554306	11	4.6	11	78	19	54	80	3	0	15	0.85
21555833--21555859	14	1.9	14	100	0	54	33	7	0	59	1.25
21556020--21556060	18	2.3	18	84	12	57	17	4	14	63	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21561635--21561710	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
21570289--21570613	145	2.2	145	92	1	526	35	17	17	30	1.93
21570289--21570656	145	2.5	143	87	3	493	34	17	17	30	1.93
21570579--21570701	44	2.8	44	85	2	167	29	18	22	29	1.98
21570580--21570721	44	3.2	43	73	4	124	30	18	20	30	1.96
21570434--21571099	233	2.9	232	92	1	1131	33	18	19	28	1.95
21570812--21570934	44	2.8	44	84	9	169	30	19	21	28	1.98
21571138--21571258	50	2.4	49	70	10	111	29	22	22	25	1.99
21571510--21571557	18	2.7	18	78	12	55	81	2	0	16	0.79
21573142--21573168	14	1.9	14	100	0	54	33	7	0	59	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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