genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  84  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23679447--23679521	34	2.2	34	92	4	125	40	28	4	28	1.74
23689124--23689166	20	2.2	20	87	8	61	34	0	2	62	1.08
23689094--23689164	13	5.8	13	66	24	55	40	0	1	57	1.07
23689117--23689166	15	3.4	15	74	23	52	36	0	2	62	1.07
23689945--23690034	37	2.4	36	80	8	101	43	1	22	33	1.61
23697167--23697340	48	3.8	44	86	5	154	29	25	16	28	1.97
23697214--23697363	48	3.1	48	87	2	223	32	24	16	28	1.96
23699811--23699925	43	2.7	42	75	11	119	22	19	24	33	1.97
23702861--23702902	21	2.0	21	90	9	68	26	9	4	59	1.48
23706866--23706918	16	3.0	16	78	21	61	49	0	5	45	1.26
23706916--23707001	21	4.3	21	65	21	58	53	0	2	44	1.13
23706985--23707017	11	3.0	11	91	8	50	57	0	0	42	0.98
23706980--23707097	56	2.1	55	83	9	141	55	1	0	42	1.09
23707044--23707130	38	2.3	39	80	9	99	52	4	0	42	1.21
23707155--23707179	12	2.1	12	100	0	50	44	8	0	48	1.32
23707500--23707525	12	2.2	12	100	0	52	23	7	11	57	1.59
23707474--23707619	67	2.2	67	81	1	166	35	9	6	47	1.63
23707501--23707648	67	2.2	67	93	0	260	30	10	6	53	1.59
23709347--23709509	77	2.1	77	95	0	290	20	9	42	26	1.82
23719118--23719683	125	4.5	125	83	2	688	29	16	22	30	1.96
23719118--23719680	250	2.3	250	86	1	761	29	16	22	30	1.96
23722857--23723719	43	20.0	43	81	5	904	25	1	29	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23722857--23723719	22	40.0	22	81	5	926	25	1	29	43	1.61
23724923--23724955	7	4.7	7	100	0	66	57	15	0	27	1.38
23726159--23726224	11	5.9	11	70	22	57	42	0	27	30	1.56
23726159--23726218	22	2.7	22	87	5	77	41	0	25	33	1.55
23734799--23734849	26	2.0	26	84	0	66	60	15	0	23	1.35
23736362--23736388	10	2.7	10	100	0	54	51	22	0	25	1.48
23737675--23737707	17	1.9	17	93	0	57	36	36	0	27	1.57
23738568--23738808	114	2.1	113	84	5	317	28	22	19	29	1.98
23738721--23738864	74	1.9	74	91	0	234	22	21	21	34	1.97
23738608--23738995	188	2.1	187	88	2	573	26	21	21	31	1.98
23738795--23739227	114	3.8	114	91	2	692	27	22	19	30	1.98
23739521--23739565	22	2.0	22	95	0	81	13	22	24	40	1.90
23739630--23739772	43	3.4	42	87	4	180	25	31	18	24	1.97
23739630--23739791	86	1.9	85	81	6	193	28	31	16	23	1.96
23739651--23739791	43	3.3	43	82	5	135	31	29	16	21	1.95
23740682--23740961	23	12.3	23	70	15	154	40	24	6	28	1.81
23740781--23740929	45	3.3	45	71	5	156	43	22	4	28	1.73
23740742--23740961	91	2.4	91	96	1	397	40	24	6	29	1.80
23740687--23740908	114	1.9	114	87	3	322	40	23	5	30	1.78
23740690--23740959	114	2.4	114	81	6	289	40	24	6	28	1.80
23743340--23743725	138	2.7	142	83	6	438	27	16	13	43	1.85
23743602--23743981	133	3.0	123	88	7	600	25	17	12	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23743724--23744132	133	3.0	133	87	9	631	25	16	12	44	1.83
23743595--23744132	255	2.0	261	88	9	793	25	17	12	44	1.83
23743341--23744127	402	1.9	395	86	6	1114	26	16	13	43	1.85
23743850--23744147	146	2.0	147	95	1	537	26	17	13	42	1.86
23744521--23744591	15	4.9	14	81	11	65	36	40	0	22	1.54
23744536--23744581	14	3.2	14	87	9	58	30	47	0	21	1.51
23744603--23744651	14	3.4	14	80	5	62	38	34	0	26	1.57
23744888--23744918	15	2.1	15	93	0	53	35	45	0	19	1.51
23744600--23745286	268	2.6	267	94	1	1189	41	26	2	29	1.68
23745101--23745186	15	5.9	15	77	10	61	34	43	0	22	1.53
23745431--23745688	113	2.3	112	88	4	378	24	25	23	26	2.00
23745763--23745788	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
23755345--23755369	6	4.2	6	100	0	50	16	0	48	36	1.46
23757494--23757614	57	2.1	57	84	6	156	23	17	7	51	1.71
23766839--23766913	25	3.0	25	78	9	80	34	13	9	42	1.76
23781569--23781645	36	2.1	36	85	4	102	41	27	15	15	1.87
23787523--23787625	53	1.9	53	92	0	170	31	5	27	35	1.80
23793561--23793594	15	2.2	16	89	5	52	32	2	0	64	1.08
23796085--23796149	4	16.0	4	77	15	53	73	3	0	23	0.97
23796088--23796133	17	2.6	17	79	3	56	76	2	0	21	0.90
23796505--23796543	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
23796716--23796773	22	2.7	21	79	10	62	43	18	3	34	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23796745--23796797	17	3.0	17	76	10	52	35	20	9	33	1.85
23796729--23796786	19	2.8	19	78	16	62	39	18	6	34	1.78
23797096--23798201	44	25.6	44	69	15	456	27	23	20	28	1.99
23797137--23797554	217	1.9	216	83	5	531	27	22	20	28	1.99
23797397--23797682	128	2.2	128	91	2	475	29	23	19	27	1.98
23797181--23797899	345	2.1	343	86	3	998	28	23	20	28	1.99
23797313--23798161	173	4.9	169	78	11	624	28	23	19	28	1.99
23797871--23798161	89	3.3	89	76	12	366	27	24	20	27	1.99
23797525--23798069	217	2.5	216	89	1	786	27	24	20	28	1.99
23797525--23798163	217	2.9	217	84	6	782	27	24	20	28	1.99
23797834--23798198	173	2.1	173	99	0	721	27	23	21	27	1.99
23797958--23798240	84	3.3	82	73	11	255	28	24	19	26	1.99
23797873--23798240	173	2.1	173	94	0	637	28	24	19	26	1.99
23798232--23798643	132	3.1	132	90	1	646	25	24	19	29	1.99
23805386--23805424	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
23805594--23805639	23	2.1	23	84	8	60	43	15	4	36	1.66
23805608--23805654	23	2.0	24	87	4	69	38	17	6	38	1.75
23809929--23809957	14	2.0	15	93	6	51	0	17	0	82	0.66
23809929--23809957	11	2.7	11	94	5	51	0	17	0	82	0.66
23822941--23823017	38	2.0	38	100	0	154	61	2	28	7	1.37
23823665--23823714	21	2.4	20	75	24	50	42	12	14	32	1.82
23835301--23835338	19	2.0	19	94	0	67	65	0	28	5	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23839940--23840010	25	2.8	25	80	0	70	32	21	28	18	1.96
23847278--23847335	25	2.3	25	84	0	71	34	20	24	20	1.97
23847289--23847360	25	2.9	25	85	2	92	33	16	29	20	1.95
23856820--23856850	16	1.9	16	93	0	53	25	16	25	32	1.96
23864443--23864494	22	2.3	22	87	9	70	53	9	11	25	1.67
23864502--23864545	16	2.8	16	89	0	70	40	0	11	47	1.39
23866674--23866722	26	2.0	23	84	11	62	28	4	16	51	1.63
23878866--23878896	15	2.1	15	93	0	53	70	6	3	19	1.22
23883097--23883124	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
23893153--23893201	24	2.0	24	92	0	80	38	4	8	48	1.52
23893295--23893340	24	2.0	23	82	4	56	6	0	32	60	1.22
23896674--23896727	15	3.5	15	75	12	56	33	3	0	62	1.12
23898220--23898286	23	2.9	24	77	14	70	64	0	0	35	0.94
23898219--23898267	25	2.0	25	88	8	73	63	0	0	36	0.95
23898233--23898283	15	3.4	14	75	21	50	66	0	0	33	0.92
23899999--23900043	23	2.0	23	82	8	56	46	6	2	44	1.42
23907172--23907209	18	2.2	18	86	9	53	18	2	2	76	1.02
23911402--23911471	23	3.0	23	81	6	79	28	14	15	41	1.86
23913691--23913730	21	1.9	21	85	10	55	50	10	2	37	1.50
23915820--23916119	152	2.0	152	88	0	447	35	12	8	44	1.72
23915962--23916432	238	1.9	245	84	5	634	35	9	6	48	1.61
23916411--23916475	30	2.3	27	86	7	94	40	0	6	53	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23916400--23916479	30	2.7	29	76	21	92	38	1	5	55	1.30
23918012--23918135	53	2.3	53	91	0	194	25	16	33	25	1.96
23918401--23918430	15	1.9	16	93	6	53	33	6	13	46	1.69
23919306--23919331	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
23919749--23919800	26	2.0	25	82	14	61	44	1	1	51	1.23
23919749--23919809	28	2.3	26	82	5	68	40	1	1	55	1.19
23921778--23921890	15	7.3	15	65	13	59	55	14	29	0	1.45
23921762--23921908	45	3.3	45	71	18	121	55	12	31	0	1.42
23921778--23921911	30	4.4	30	70	11	110	55	11	31	0	1.41
23925145--23925236	19	4.8	19	91	0	157	35	8	16	39	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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