genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24340494--24340569	25	3.0	25	80	3	82	47	22	21	9	1.78
24341348--24341387	18	2.2	18	86	8	55	32	0	7	60	1.25
24341346--24341388	19	2.3	18	84	4	59	32	0	6	60	1.23
24347976--24348009	17	2.0	17	94	0	59	44	14	5	35	1.70
24351375--24351416	22	1.9	22	90	0	66	16	14	50	19	1.79
24352046--24352084	20	2.0	20	85	10	53	30	2	35	30	1.71
24352578--24352620	19	2.3	19	95	0	77	46	23	2	27	1.64
24356845--24356878	18	1.9	17	88	5	50	29	14	38	17	1.90
24357009--24357091	15	5.5	15	97	0	148	20	22	34	21	1.96
24357426--24357460	11	3.3	11	88	4	54	68	22	0	8	1.16
24358678--24358704	11	2.5	11	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24360532--24360571	21	2.0	20	85	14	55	42	0	0	57	0.98
24362152--24362189	18	2.1	18	90	9	60	42	0	21	36	1.53
24369127--24369194	26	2.7	25	80	14	86	39	25	20	14	1.91
24369638--24369679	21	2.0	21	85	0	57	38	23	0	38	1.55
24369649--24369679	10	2.9	11	90	9	55	35	29	0	35	1.58
24371718--24371749	12	2.5	13	95	5	57	21	9	0	68	1.17
24371732--24371852	58	2.1	59	79	3	138	28	16	7	47	1.74
24374110--24374175	30	2.2	30	94	0	114	40	4	7	46	1.52
24376781--24376850	29	2.4	30	80	7	81	22	10	20	47	1.79
24376749--24376862	29	3.9	28	70	17	72	23	12	22	41	1.88
24377233--24377283	11	4.6	11	100	0	102	29	37	25	7	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24384408--24384500	45	2.1	45	100	0	186	33	13	27	24	1.94
24386407--24386456	25	2.0	25	100	0	100	36	16	12	36	1.85
24388125--24388411	54	5.6	53	79	9	267	27	20	23	28	1.99
24388125--24388411	103	2.8	104	86	4	368	27	20	23	28	1.99
24389348--24389416	31	2.2	31	82	5	86	65	2	7	24	1.32
24391497--24391575	33	2.4	33	87	4	106	15	17	45	21	1.85
24391957--24391994	13	2.8	13	84	15	51	28	5	0	65	1.14
24391958--24392000	14	3.1	14	83	3	52	27	4	0	67	1.10
24392210--24392243	10	3.3	10	92	8	59	17	8	0	73	1.08
24392209--24392243	11	3.3	11	92	8	63	17	8	0	74	1.06
24392214--24392287	5	13.8	5	71	18	51	21	20	0	58	1.40
24392296--24392397	20	5.0	21	68	19	63	26	11	0	61	1.30
24392296--24392359	20	3.1	20	76	14	67	28	7	0	64	1.21
24392294--24392431	46	3.1	43	76	11	129	26	11	0	61	1.35
24392383--24392462	26	3.0	27	68	12	76	25	11	1	62	1.36
24392296--24392425	22	6.1	20	66	18	57	25	12	0	61	1.36
24395389--24395880	50	9.9	50	76	9	363	23	22	19	33	1.97
24395569--24395690	54	2.3	53	82	4	138	25	20	15	38	1.92
24395389--24395875	48	9.8	49	75	9	294	23	22	19	33	1.97
24395650--24395825	95	1.8	98	80	7	216	23	22	19	34	1.97
24395400--24395867	252	1.9	249	82	7	588	24	23	19	32	1.97
24395763--24395991	116	2.0	115	86	3	316	21	25	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24395812--24395949	68	2.0	68	83	8	174	23	24	15	36	1.93
24395812--24395942	67	2.0	67	80	8	151	23	24	15	36	1.93
24395882--24395992	48	2.3	49	79	1	116	23	24	17	35	1.95
24397395--24397439	22	2.0	22	82	0	54	42	0	2	55	1.12
24406230--24406286	29	1.9	30	92	3	98	47	3	7	42	1.47
24406285--24406327	10	4.0	10	82	11	50	46	2	30	20	1.63
24406277--24406327	11	4.6	11	83	7	50	47	1	29	21	1.62
24406378--24406421	17	2.5	17	85	3	52	40	34	18	6	1.77
24408481--24408505	13	1.9	13	100	0	50	32	8	12	48	1.69
24410462--24410506	22	2.0	22	91	0	72	11	15	6	66	1.42
24412738--24412919	44	4.1	43	66	19	106	27	19	23	29	1.98
24412779--24412969	44	4.3	44	69	10	138	29	18	23	28	1.98
24412730--24413064	132	2.5	131	92	1	537	29	19	23	28	1.98
24413073--24413512	89	5.0	89	93	0	702	30	18	24	26	1.98
24414200--24414243	17	2.5	17	85	3	52	40	34	18	6	1.77
24415498--24415531	16	2.1	16	88	0	50	41	2	11	44	1.56
24418859--24418927	20	3.3	19	76	13	57	46	2	2	47	1.32
24419159--24419208	13	3.8	13	79	10	57	40	16	4	40	1.67
24419159--24419208	26	1.9	26	87	0	73	40	16	4	40	1.67
24420041--24420096	22	2.5	23	72	16	55	60	1	1	35	1.17
24420163--24420216	24	2.2	24	78	12	65	44	0	1	53	1.11
24420318--24420355	20	1.9	20	88	0	58	50	5	0	44	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24420584--24420618	18	1.9	18	94	0	61	31	11	20	37	1.88
24420669--24420723	9	6.1	9	95	0	92	45	14	10	29	1.79
24427139--24427443	154	2.0	154	98	0	592	45	14	12	27	1.80
24429969--24430107	42	3.2	43	79	7	140	31	24	17	26	1.97
24434321--24434372	26	2.0	26	88	7	79	40	26	21	11	1.87
24434551--24434849	27	11.1	27	84	2	318	23	20	16	39	1.92
24434551--24434839	81	3.6	81	85	4	377	23	20	16	39	1.92
24440244--24440339	42	2.3	43	78	10	117	30	22	21	25	1.99
24447145--24447181	14	2.9	13	85	14	51	72	0	27	0	0.84
24447122--24447182	25	2.4	25	81	8	61	68	4	24	1	1.18
24447145--24447182	13	2.9	14	88	11	55	73	0	26	0	0.83
24451393--24451523	69	1.9	71	85	3	185	23	7	25	42	1.80
24452696--24452813	33	3.6	33	77	11	125	40	15	9	34	1.79
24455874--24455955	26	3.0	27	75	12	87	43	1	2	52	1.22
24456009--24456043	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24455956--24456420	120	3.9	120	99	0	914	44	1	6	47	1.38
24456129--24456163	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24456249--24456283	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24456369--24456403	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24456639--24456674	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
24460395--24460426	14	2.3	14	94	0	55	37	6	15	40	1.73
24467001--24467127	41	3.1	41	97	0	236	45	17	10	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24475501--24475541	21	2.0	21	85	0	55	53	14	9	21	1.70
24475724--24475763	14	2.8	14	88	3	53	75	7	17	0	1.03
24480032--24480199	41	4.1	41	92	0	291	26	10	18	45	1.81
24482961--24482996	16	2.2	16	90	5	54	30	13	19	36	1.91
24485945--24486017	31	2.4	31	85	0	92	38	15	30	16	1.89
24490063--24490317	124	2.1	124	88	3	379	30	16	21	31	1.95
24493672--24494332	23	26.4	24	77	15	568	28	0	22	48	1.55
24493672--24494332	52	13.2	50	77	15	468	28	0	22	48	1.55
24493729--24494332	200	3.1	196	91	4	939	28	0	22	49	1.54
24493535--24494349	23	31.4	28	75	16	487	29	0	22	46	1.59
24496488--24496521	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
24496620--24496676	28	2.0	29	89	6	89	59	1	0	38	1.08
24496718--24496759	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
24496709--24496811	52	2.0	51	83	9	129	36	0	31	32	1.58
24496761--24496852	22	4.2	22	77	15	109	42	0	27	30	1.56
24496761--24496852	44	2.1	44	86	8	125	42	0	27	30	1.56
24502988--24503032	23	2.0	24	91	8	76	60	22	0	17	1.37
24503349--24503402	19	2.8	19	80	0	63	35	0	3	61	1.14
24503871--24503935	27	2.4	27	97	0	121	20	4	13	61	1.50
24517612--24517735	63	2.0	64	88	1	187	45	5	18	30	1.73
24522741--24522783	12	3.6	12	75	12	52	32	0	44	23	1.54
24522740--24522788	24	2.0	24	92	4	80	32	0	38	28	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24524270--24524346	15	5.3	14	74	20	61	55	6	2	35	1.39
24525525--24525559	16	2.2	16	89	0	52	77	2	2	17	1.02
24525871--24525933	27	2.3	27	80	2	72	41	23	14	20	1.89
24527771--24527823	27	2.0	27	84	0	70	69	3	9	16	1.30
24527775--24527819	23	2.0	22	82	4	54	66	4	8	20	1.36
24535936--24536029	6	15.7	6	69	21	56	76	6	1	15	1.04
24535942--24536015	27	2.7	26	82	12	87	75	6	1	16	1.08
24535937--24536029	17	5.2	17	70	21	57	76	6	1	16	1.05
24535970--24536062	22	3.9	23	69	23	68	74	7	1	17	1.11
24536004--24536028	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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