genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  6  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1899636--1899691	25	2.3	26	78	12	64	39	5	0	55	1.23
1900361--1900446	16	5.1	16	68	20	59	45	0	3	51	1.18
1900361--1900436	8	9.1	8	68	23	50	44	0	2	52	1.14
1900370--1900437	26	2.7	25	86	4	84	45	0	2	51	1.16
1906191--1906224	17	1.9	18	88	5	52	29	0	8	61	1.26
1909674--1909711	18	2.1	18	85	9	51	39	0	5	55	1.23
1918819--1918889	31	2.3	31	85	0	97	36	14	12	36	1.84
1919177--1919209	7	4.7	7	100	0	66	69	0	0	30	0.88
1919383--1919414	4	8.0	4	100	0	64	25	50	0	25	1.50
1923871--1923914	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
1924225--1924320	37	2.6	37	83	8	124	44	1	22	31	1.60
1930486--1930600	59	2.0	58	89	5	178	35	13	4	46	1.62
1956347--1956378	16	1.9	17	93	6	57	68	0	12	18	1.20
1965400--1965443	20	2.2	20	84	8	54	29	4	4	61	1.36
1966954--1967016	29	2.2	29	80	5	76	50	3	14	31	1.58
1969102--1969363	101	2.5	107	79	13	317	30	14	19	34	1.92
1969156--1969398	101	2.5	97	87	6	353	37	12	17	32	1.87
1969519--1969925	100	4.1	100	86	7	576	30	17	15	35	1.92
1969511--1969936	203	2.1	203	89	4	655	29	17	15	37	1.91
1975481--1975547	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
1979196--1979224	13	2.1	14	93	6	51	48	10	0	41	1.37
1981227--1981300	29	2.5	29	82	4	85	25	14	13	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1981827--1981925	31	3.3	29	80	5	99	48	15	14	22	1.80
1984408--1984440	16	2.0	17	88	5	50	42	6	3	48	1.43
1985121--1985171	24	2.1	24	85	0	66	43	3	7	45	1.51
1988186--1988237	26	2.0	26	100	0	104	30	0	26	42	1.56
1993774--1993815	20	2.1	20	100	0	84	30	14	23	30	1.94
1998531--1998565	19	1.9	17	88	11	52	40	2	0	57	1.14
2002971--2003001	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
2004168--2004229	26	2.3	27	88	2	90	33	0	1	64	1.03
2014786--2014833	25	2.0	25	84	8	64	35	0	6	58	1.23
2015155--2015195	17	2.3	19	88	12	61	36	0	2	60	1.10
2017397--2017488	31	2.9	32	81	9	84	50	11	13	25	1.75
2017434--2017504	31	2.2	32	85	7	92	49	12	11	26	1.74
2023963--2023991	10	2.9	10	100	0	58	41	0	6	51	1.28
2028993--2029040	19	2.7	18	73	20	55	37	0	4	58	1.18
2037340--2037368	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2045835--2046222	194	2.0	193	98	0	749	34	15	18	32	1.92
2076874--2076904	15	2.1	15	93	0	53	51	19	9	19	1.74
2079035--2079072	18	2.2	18	86	9	53	76	2	0	21	0.91
2079013--2079176	73	2.4	70	89	8	248	60	3	0	35	1.19
2094669--2094834	83	2.0	83	100	0	332	36	18	4	40	1.71
2105889--2105941	24	2.2	23	87	9	79	52	1	0	45	1.11
2106806--2106859	24	2.2	24	90	0	81	37	3	9	50	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2109695--2109768	35	2.1	35	97	0	139	58	12	2	27	1.48
2111411--2111466	19	3.1	19	73	19	57	67	1	1	28	1.10
2111900--2111939	17	2.3	18	87	8	57	72	2	0	25	0.97
2111899--2111945	9	5.3	9	75	14	53	68	2	0	29	1.02
2111900--2111945	17	2.7	16	83	12	56	69	2	0	28	1.00
2112228--2112254	13	2.1	13	100	0	54	37	14	0	48	1.45
2113936--2113974	17	2.3	17	86	8	53	56	0	2	41	1.13
2113936--2113998	16	3.8	16	76	4	54	60	0	3	36	1.13
2114200--2114276	39	2.0	40	84	2	102	61	0	5	33	1.19
2114418--2114483	11	6.6	10	73	16	57	37	4	1	56	1.29
2114418--2114483	19	3.3	20	82	16	75	37	4	1	56	1.29
2114661--2114718	20	3.1	17	75	22	53	37	5	13	43	1.67
2114641--2114715	19	3.9	19	73	14	64	38	4	13	44	1.62
2115961--2115990	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
2116094--2116120	6	4.5	6	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2119671--2119756	23	4.0	23	68	17	67	37	22	22	18	1.94
2120838--2120887	22	2.4	21	75	24	52	0	24	12	64	1.27
2125300--2125357	28	2.1	28	93	0	98	24	17	20	37	1.93
2127547--2127608	25	2.4	26	91	5	99	41	4	0	53	1.22
2128249--2128320	23	3.2	23	62	18	60	43	15	0	41	1.46
2128328--2128377	15	3.1	15	85	8	64	40	2	14	44	1.56
2132854--2132934	42	1.9	42	87	0	117	27	17	13	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133831--2133871	22	1.9	22	90	5	66	56	7	4	31	1.48
2138179--2138226	20	2.4	20	89	0	78	43	18	4	33	1.69
2139905--2139941	12	2.9	13	81	18	51	24	16	5	54	1.63
2140788--2140835	13	3.6	13	81	10	53	77	2	2	18	0.97
2141570--2141629	31	1.9	31	90	6	95	16	0	10	73	1.09
2141789--2142019	90	2.5	92	81	10	251	36	16	9	36	1.82
2142018--2142184	10	16.8	10	69	16	73	61	0	1	35	1.11
2142022--2142203	19	9.8	19	68	17	82	63	0	2	34	1.11
2142017--2142184	46	3.6	47	72	12	150	61	0	1	36	1.11
2144565--2144607	11	4.0	11	84	3	61	67	30	0	2	1.03
2144565--2144607	22	2.0	21	90	4	68	67	30	0	2	1.03
2144680--2144719	18	2.2	18	86	4	53	22	7	7	62	1.47
2145247--2145315	34	2.0	34	100	0	138	34	5	17	42	1.73
2145402--2145470	29	2.4	29	100	0	138	31	26	14	27	1.95
2150927--2150964	10	3.8	10	82	10	51	60	2	2	34	1.24
2152618--2152666	8	5.9	8	80	17	55	28	0	2	69	1.00
2152619--2152666	17	2.8	17	81	12	62	29	0	2	68	1.01
2153090--2153133	18	2.6	18	85	7	65	27	0	0	72	0.85
2153804--2153865	29	2.1	29	82	5	72	48	16	12	22	1.80
2154078--2154140	28	2.2	28	85	2	81	44	19	0	36	1.51
2155335--2155390	28	1.9	30	92	7	98	55	14	0	30	1.40
2155933--2155991	19	3.2	18	82	4	64	54	0	5	40	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2155935--2155989	18	2.9	18	83	5	56	56	0	5	38	1.23
2166051--2166096	22	2.1	21	88	4	65	43	0	6	50	1.28
2167851--2167894	2	22.0	2	90	0	70	47	2	50	0	1.13
2168265--2168318	2	27.0	2	100	0	108	0	50	0	50	1.00
2178333--2178421	44	2.0	44	91	4	144	40	8	4	46	1.56
2192708--2192867	40	3.8	41	89	7	250	35	22	18	23	1.96
2192708--2192867	84	1.9	85	93	2	277	35	22	18	23	1.96
2192709--2192867	44	3.8	42	91	4	259	35	22	18	23	1.96
2199839--2200055	114	1.9	114	80	3	249	29	21	23	25	1.99
2200221--2201237	114	8.9	114	91	0	1638	25	25	15	33	1.95
2201643--2201685	19	2.3	19	87	0	59	46	4	2	46	1.36
2225860--2225920	30	2.0	30	96	0	113	34	3	18	44	1.66
2230780--2230840	23	2.7	23	75	10	70	45	4	8	40	1.55
2233961--2234061	51	2.0	51	96	0	184	26	33	15	23	1.95
2234021--2234099	37	2.1	38	88	6	117	29	32	10	27	1.89
2236003--2236029	11	2.5	11	100	0	54	55	7	7	29	1.55
2236325--2236571	126	2.0	123	82	9	302	57	6	6	30	1.48
2236531--2236558	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
2237155--2237190	18	2.0	18	88	0	54	13	0	2	83	0.76
2237159--2237183	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
2238309--2238561	73	3.5	72	92	3	400	31	18	18	32	1.95
2239884--2239991	44	2.4	44	85	3	135	30	23	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2241169--2241497	75	4.4	73	86	4	417	33	19	15	32	1.93
2241169--2241515	147	2.3	147	85	4	477	35	18	14	31	1.91
2241515--2241690	71	2.5	70	83	3	194	34	22	13	29	1.93
2250583--2251110	262	2.0	262	98	0	1011	30	17	21	31	1.96
2252470--2252531	30	2.1	28	88	5	88	50	6	3	40	1.44
2252779--2252826	11	4.4	11	81	0	51	25	10	6	58	1.54
2262072--2262101	14	2.1	14	93	0	51	46	10	6	36	1.64
2262070--2262114	13	3.4	13	84	6	54	40	6	6	46	1.56
2262081--2262120	13	2.9	14	81	7	55	40	2	7	50	1.44
2269055--2269110	22	2.4	23	79	8	60	66	5	0	28	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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