genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  26  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8427242--8427311	22	3.3	20	73	15	54	70	5	1	22	1.17
8427296--8427341	24	1.9	24	81	0	56	52	2	4	41	1.33
8427550--8427595	19	2.4	21	75	20	55	36	0	4	58	1.18
8428482--8428521	22	1.9	21	90	10	64	32	2	0	65	1.06
8428481--8428527	21	2.2	21	77	7	51	34	2	0	63	1.06
8428481--8428528	22	2.3	20	82	7	60	33	2	0	64	1.05
8431624--8431696	30	2.4	30	81	0	92	17	24	30	27	1.97
8431792--8431834	21	2.2	19	83	8	50	51	34	4	9	1.55
8434416--8434476	17	3.4	17	78	14	61	37	0	1	60	1.07
8434431--8434481	18	2.8	19	82	8	70	35	0	0	64	0.94
8439879--8439903	12	2.1	12	100	0	50	16	0	36	48	1.46
8441072--8441301	34	7.0	34	67	20	127	56	2	0	40	1.19
8441052--8441301	100	2.6	98	95	3	443	55	2	0	40	1.20
8441182--8441365	41	4.6	40	65	23	100	53	4	1	39	1.32
8441201--8441383	59	3.0	61	67	15	173	52	4	1	40	1.33
8441357--8441408	12	4.2	12	76	9	50	51	0	0	48	1.00
8445017--8445068	14	3.9	14	75	7	54	50	0	0	50	1.00
8445021--8445072	26	2.0	26	88	7	79	50	0	0	50	1.00
8459862--8459895	12	2.9	11	87	12	50	52	0	2	44	1.16
8463569--8463664	31	3.1	31	92	3	165	46	12	9	31	1.73
8469194--8469314	43	2.7	45	90	8	194	9	14	10	64	1.49
8469828--8469923	31	3.1	31	95	3	174	45	13	9	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8470621--8471031	206	2.0	206	99	0	804	35	16	11	36	1.85
8474913--8475116	54	3.8	54	84	0	228	31	21	17	29	1.96
8484482--8485108	120	5.2	120	95	1	1060	44	2	4	48	1.36
8484937--8484971	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8485057--8485091	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8485255--8485345	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
8485326--8485394	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
8485326--8485394	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
8491594--8491636	20	2.2	20	82	0	50	30	4	16	48	1.66
8493981--8494038	14	4.1	14	77	16	57	60	0	0	39	0.97
8511798--8511853	4	14.0	4	92	0	94	48	26	1	23	1.61
8516092--8516201	43	2.6	42	85	7	143	27	23	16	32	1.96
8516122--8516214	43	2.2	43	90	0	141	29	30	15	25	1.95
8518468--8518681	84	2.5	85	93	1	360	35	21	15	27	1.94
8518468--8518725	84	3.1	85	88	2	351	34	20	15	29	1.93
8518536--8518825	84	3.4	83	80	5	206	34	20	14	30	1.92
8519203--8519273	19	3.7	17	76	14	52	33	46	1	18	1.58
8519238--8519287	7	7.3	7	79	4	57	32	46	0	22	1.52
8519229--8519287	14	4.4	14	76	16	54	30	47	0	22	1.51
8519219--8519283	20	3.2	20	82	6	71	30	46	1	21	1.61
8519199--8519293	27	3.6	27	71	13	81	33	44	1	21	1.59
8519277--8519432	82	1.9	82	95	0	285	45	28	0	25	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8519266--8519447	82	2.2	81	89	2	283	43	30	1	25	1.62
8519512--8519573	6	9.8	6	79	11	54	33	50	0	16	1.45
8519512--8519573	13	4.9	12	75	13	54	33	50	0	16	1.45
8519545--8519577	13	2.4	14	90	5	50	30	54	0	15	1.41
8519545--8519583	14	2.9	14	88	3	53	30	51	0	17	1.46
8519545--8519577	7	4.9	7	85	7	50	30	54	0	15	1.41
8519341--8519655	101	3.1	100	82	8	407	40	33	1	24	1.65
8520069--8520180	41	2.7	41	82	5	136	26	28	18	25	1.98
8530528--8530576	20	2.4	21	82	6	64	57	0	2	40	1.10
8531288--8531320	17	1.9	17	100	0	66	24	27	6	42	1.78
8538316--8538347	16	2.0	16	93	0	55	18	15	18	46	1.84
8540147--8540194	19	2.5	19	93	0	87	31	25	6	37	1.81
8541896--8542041	37	4.0	37	90	1	224	25	21	17	35	1.95
8542005--8542273	46	5.6	46	84	10	331	28	22	14	34	1.93
8542048--8542267	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
8542005--8542273	98	2.7	98	92	0	448	28	22	14	34	1.93
8548526--8548558	5	6.8	5	93	6	59	78	0	0	21	0.75
8548526--8548555	9	3.2	9	95	4	51	80	0	0	20	0.72
8548813--8549937	75	14.8	73	84	6	1105	34	20	16	27	1.95
8553721--8553884	30	5.4	30	74	5	100	30	18	6	44	1.74
8554257--8554300	15	2.9	15	86	3	52	72	2	25	0	0.96
8554380--8554434	13	4.2	13	84	13	76	74	0	25	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8555119--8555176	18	3.3	17	73	7	62	41	12	6	39	1.69
8555120--8555175	17	3.2	17	75	12	60	39	12	7	41	1.70
8555222--8555282	16	3.5	18	77	18	58	34	16	8	40	1.78
8555220--8555278	19	3.2	19	79	15	70	38	15	8	37	1.78
8555234--8555437	17	11.5	18	71	16	149	32	14	9	43	1.77
8555220--8555381	36	4.7	36	80	9	144	35	12	9	42	1.75
8555516--8555580	17	3.3	20	69	22	57	47	4	12	35	1.62
8555509--8555594	19	4.6	19	79	18	83	40	8	12	38	1.73
8558724--8558784	19	3.1	19	81	9	70	47	1	0	50	1.10
8563817--8563847	6	5.2	6	92	0	53	80	0	0	19	0.71
8565076--8565130	24	2.3	24	78	3	67	41	0	0	58	0.98
8565554--8565630	22	3.5	21	79	13	84	29	0	7	62	1.23
8565565--8565631	23	3.0	23	80	6	75	29	0	7	62	1.22
8568390--8568482	15	6.2	15	91	0	123	8	9	54	26	1.62
8573171--8573229	23	2.7	23	82	12	63	72	0	0	27	0.84
8573192--8573238	20	2.5	18	75	18	51	74	0	2	23	0.93
8573168--8573277	29	3.9	29	70	21	83	69	0	0	30	0.95
8573175--8573279	55	2.0	51	85	10	142	69	0	0	29	0.95
8592954--8592978	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
8599394--8599427	15	2.3	15	94	0	59	41	26	5	26	1.78
8600392--8600424	16	2.0	17	94	5	59	60	0	0	39	0.97
8600393--8600437	17	2.6	17	82	10	56	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8604545--8604588	23	1.9	23	85	0	61	27	15	4	52	1.63
8604579--8604718	62	2.3	60	86	2	181	31	10	9	48	1.69
8609576--8609615	20	2.0	21	85	5	55	50	0	2	47	1.14
8617286--8617310	9	2.8	9	100	0	50	76	0	0	24	0.80
8627129--8629677	851	3.0	851	99	0	5080	31	18	8	41	1.81
8630306--8630343	15	2.7	15	92	8	62	34	0	2	63	1.09
8630306--8630343	5	8.0	5	82	11	53	34	0	2	63	1.09
8631533--8631623	23	4.0	23	89	0	137	17	23	21	37	1.94
8631599--8631650	21	2.5	21	93	0	86	15	26	26	30	1.96
8648360--8648402	19	2.3	18	84	4	50	32	2	4	60	1.30
8651032--8651082	23	2.3	23	83	10	61	43	5	0	50	1.26
8652519--8652579	32	1.9	32	82	0	77	39	14	9	36	1.80
8656214--8656276	31	2.0	31	84	6	83	26	12	9	50	1.71
8675714--8675741	12	2.3	12	100	0	56	21	28	0	50	1.49
8675712--8675776	22	3.0	22	82	14	66	23	29	1	46	1.61
8675737--8675782	11	4.2	11	88	0	65	21	34	2	41	1.66
8677619--8677660	18	2.3	18	87	0	57	23	28	2	45	1.66
8678266--8678304	20	1.9	21	85	15	55	38	2	5	53	1.37
8681230--8681313	44	1.9	44	90	0	132	22	20	27	29	1.98
8681261--8681687	126	3.4	126	85	2	563	25	20	19	34	1.96
8681710--8682017	96	3.2	95	80	3	305	42	17	2	37	1.64
8681710--8681943	95	2.4	96	85	2	301	39	17	3	39	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8686031--8686080	25	2.0	25	88	11	75	56	4	2	38	1.30
8686784--8686819	16	2.2	16	90	0	54	41	8	2	47	1.48
8687370--8687434	13	5.1	12	79	5	58	36	24	7	30	1.84
8687371--8687434	26	2.5	26	84	0	92	35	25	7	31	1.84
8688015--8688093	13	6.1	13	84	0	86	31	27	11	29	1.91
8689932--8689974	20	2.2	21	88	12	65	37	0	0	62	0.95
8693665--8694735	132	8.1	132	95	0	1874	29	26	15	27	1.96
8694848--8695136	95	3.0	95	92	0	497	27	21	20	30	1.98
8695261--8695525	86	3.1	86	89	1	395	28	24	21	26	1.99
8695337--8695471	42	3.2	42	62	15	96	24	22	25	27	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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