genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25566689--25566883	27	7.2	27	82	6	225	42	20	15	21	1.89
25566689--25566910	54	4.1	52	78	11	187	41	18	16	22	1.89
25567075--25567128	26	2.1	26	82	0	63	18	22	24	35	1.96
25567231--25567317	28	3.1	28	84	0	111	24	25	24	26	2.00
25569105--25569193	27	3.3	26	82	4	97	26	31	7	33	1.85
25575704--25575728	13	1.9	13	100	0	50	8	16	4	72	1.24
25577061--25577203	68	2.1	68	86	3	198	42	3	5	48	1.43
25578401--25578966	194	2.9	194	78	5	511	33	16	18	30	1.93
25596299--25596380	21	3.9	21	72	13	69	4	29	12	53	1.58
25596299--25596384	22	4.0	22	72	6	77	4	29	12	53	1.59
25598929--25599144	29	7.3	29	94	2	369	50	1	10	37	1.46
25598929--25599144	59	3.7	59	94	1	389	50	1	10	37	1.46
25598929--25599144	88	2.4	88	93	3	380	50	1	10	37	1.46
25599454--25599534	39	2.1	39	100	0	162	55	9	14	19	1.67
25603083--25603135	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
25606116--25606149	11	3.1	11	86	0	50	79	11	5	2	1.02
25617313--25617358	22	2.1	22	83	0	56	36	13	26	23	1.91
25621602--25621647	22	2.1	22	95	0	83	39	17	23	19	1.92
25621785--25621841	22	2.6	22	77	0	69	40	21	19	19	1.92
25627276--25627307	11	2.8	12	81	18	50	12	25	6	56	1.59
25627908--25628162	137	1.9	138	80	5	302	34	23	19	22	1.96
25631803--25631841	10	3.8	10	80	6	51	7	12	10	69	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25631803--25631848	21	2.2	21	96	0	83	8	13	8	69	1.36
25631814--25631848	11	3.3	11	84	8	54	8	11	8	71	1.31
25631886--25631922	10	3.7	10	88	0	56	54	5	0	40	1.24
25633042--25633076	16	2.2	16	89	0	52	40	0	28	31	1.57
25633058--25633146	44	2.0	46	82	8	112	31	5	24	38	1.79
25633252--25633415	63	2.7	59	82	13	176	51	3	3	42	1.32
25633502--25633537	16	2.3	16	90	4	56	36	16	2	44	1.63
25634351--25634644	146	2.0	146	100	0	588	45	15	5	33	1.69
25641323--25641354	12	2.7	12	90	0	55	28	6	0	65	1.16
25642345--25642387	21	2.0	22	81	4	52	48	9	2	39	1.48
25647505--25647575	31	2.3	31	85	2	90	43	12	11	32	1.78
25652300--25652338	12	3.2	12	85	0	51	17	20	5	56	1.60
25654570--25654627	30	2.0	29	89	3	89	20	34	12	32	1.90
25658303--25658481	50	3.6	50	84	6	195	29	26	14	29	1.95
25658303--25658638	51	6.7	50	73	13	228	29	26	15	28	1.96
25658402--25658638	102	2.3	101	84	2	305	29	27	15	28	1.96
25658554--25658634	26	3.2	26	68	28	73	33	28	11	27	1.91
25670216--25670252	19	2.1	18	85	14	51	29	24	0	45	1.53
25672466--25672561	43	2.2	43	83	1	120	41	19	16	21	1.90
25672478--25672580	43	2.4	43	85	3	136	43	17	21	17	1.88
25683402--25683489	44	2.0	44	93	0	149	35	18	19	27	1.95
25689213--25689348	55	2.5	55	92	4	226	44	2	12	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25689381--25689418	20	1.9	20	84	10	51	60	2	5	31	1.33
25689675--25689714	18	2.2	18	86	0	53	57	5	7	30	1.48
25690523--25691100	23	25.9	23	78	8	500	24	0	25	49	1.55
25690523--25691100	45	13.0	44	77	10	514	24	0	25	49	1.55
25690664--25691026	67	5.4	67	78	10	239	24	0	25	49	1.53
25690571--25691098	155	3.4	155	86	4	715	25	0	25	49	1.55
25692258--25692283	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
25692453--25692490	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
25693434--25693490	11	5.0	12	79	16	68	42	1	31	24	1.65
25696749--25696797	23	2.1	24	85	11	66	63	0	4	32	1.13
25697159--25697204	25	1.9	23	86	8	65	60	2	0	36	1.09
25697524--25697565	21	2.0	21	85	0	57	26	19	26	28	1.98
25710493--25710756	4	66.0	4	86	0	357	45	25	4	24	1.73
25721391--25721463	28	2.6	28	82	8	78	56	1	5	36	1.31
25721422--25721482	20	3.2	20	68	13	56	60	1	4	32	1.28
25724759--25724799	18	2.3	18	87	8	57	29	2	2	65	1.18
25730035--25730059	13	1.9	13	100	0	50	80	0	8	12	0.92
25731440--25732323	100	8.9	100	90	0	1331	29	23	24	21	1.99
25733870--25733910	18	2.3	18	87	8	57	29	2	2	65	1.18
25735414--25735489	24	3.2	23	76	9	73	48	0	1	50	1.09
25735428--25735471	12	3.7	11	80	14	52	52	0	2	45	1.13
25735451--25735488	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25736405--25736436	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
25738401--25738468	34	2.0	34	100	0	136	35	17	11	35	1.87
25739390--25739419	7	4.3	7	95	0	51	23	3	0	73	0.98
25739712--25739752	19	2.2	19	86	8	57	21	4	2	70	1.18
25740902--25740946	24	1.9	23	82	13	56	66	8	0	24	1.20
25741277--25741312	18	2.0	18	88	0	54	80	0	2	16	0.83
25743193--25743237	20	2.2	20	84	8	54	28	13	4	53	1.59
25746793--25746869	40	1.9	39	82	10	93	24	25	27	22	2.00
25747025--25747066	19	2.2	19	95	0	75	47	21	0	30	1.51
25748181--25748369	78	2.4	78	90	0	306	49	10	8	30	1.68
25748952--25748983	15	2.1	15	100	0	64	62	9	0	28	1.26
25754785--25754865	39	2.1	39	92	0	135	18	12	9	59	1.60
25755251--25755481	62	3.7	62	92	0	381	19	46	5	28	1.71
25755742--25755778	17	2.2	17	90	4	58	8	8	2	81	0.97
25757264--25757314	21	2.4	21	100	0	102	50	17	31	0	1.46
25757531--25757708	59	3.0	59	100	0	356	42	15	20	22	1.89
25760618--25760655	15	2.4	16	91	4	60	36	7	0	55	1.29
25769286--25769314	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
25774554--25774671	57	2.1	57	98	0	227	36	23	6	33	1.81
25775069--25775099	7	4.3	7	92	8	53	51	48	0	0	1.00
25775069--25775104	15	2.5	15	90	4	56	52	44	0	2	1.15
25775532--25775570	8	4.9	8	87	0	60	10	5	0	84	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25786389--25786481	46	2.0	46	100	0	186	44	21	10	23	1.84
25795249--25795330	34	2.4	34	79	0	92	41	19	14	24	1.89
25795314--25795413	34	2.9	34	76	5	112	34	16	18	32	1.92
25795351--25795401	17	3.0	17	85	0	57	35	13	17	33	1.89
25795317--25795461	68	2.1	68	81	0	173	34	15	17	32	1.92
25795360--25795461	17	6.0	17	74	8	73	32	16	17	33	1.93
25797492--25797557	33	2.0	33	100	0	132	36	18	18	27	1.94
25801093--25801197	43	2.4	43	81	9	117	29	24	15	30	1.95
25817256--25817293	15	2.5	15	95	0	67	21	7	10	60	1.54
25817734--25817802	29	2.3	29	82	9	77	49	11	14	24	1.77
25818480--25818526	21	2.2	22	84	3	60	76	0	2	21	0.89
25818480--25818526	11	4.4	11	79	12	53	76	0	2	21	0.89
25818480--25818553	13	6.3	12	70	17	50	71	1	1	25	1.02
25818578--25818640	27	2.3	27	91	5	101	12	28	33	25	1.92
25819528--25819590	27	2.3	27	94	0	108	23	34	31	9	1.87
25819641--25819689	19	2.4	21	83	10	57	16	2	8	73	1.16
25820082--25820128	16	3.0	16	85	11	62	25	0	0	74	0.82
25838216--25838255	16	2.3	18	87	12	57	67	2	10	20	1.31
25845484--25845589	40	2.7	40	78	8	119	23	25	25	25	2.00
25845704--25845773	11	6.4	11	82	11	81	24	34	0	41	1.55
25845704--25845773	33	2.1	33	84	10	90	24	34	0	41	1.55
25845975--25846040	21	3.3	20	69	26	59	34	1	3	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25846987--25847014	7	4.0	7	100	0	56	28	0	14	57	1.38
25848102--25848166	34	2.0	32	87	6	94	44	4	7	43	1.53
25850185--25850475	126	2.3	125	91	0	483	26	21	20	30	1.98
25850678--25850743	33	1.9	35	87	6	100	53	37	0	9	1.33
25853702--25853726	13	1.9	13	100	0	50	84	0	8	8	0.79
25855643--25855869	47	4.8	45	82	3	238	33	17	25	24	1.96
25855643--25855869	94	2.4	93	85	2	292	33	17	25	24	1.96
25857855--25857894	11	3.4	11	81	18	53	52	0	2	45	1.14
25857857--25857897	14	3.1	14	90	10	61	51	0	4	43	1.23
25865153--25865374	40	5.6	39	85	7	261	24	22	28	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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