genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  81  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22867646--22867716	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
22867940--22867973	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
22868026--22868412	42	9.2	42	85	5	397	26	20	21	32	1.97
22868127--22868412	42	6.8	42	91	3	443	23	21	21	33	1.97
22868124--22868412	125	2.3	125	92	1	463	24	21	21	32	1.98
22868731--22868789	25	2.4	25	88	0	82	22	3	33	40	1.70
22870792--22870864	25	2.9	25	85	6	94	36	34	4	24	1.75
22890032--22890077	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
22901421--22901511	47	1.9	47	90	0	146	43	20	20	14	1.87
22902929--22903381	132	3.4	132	89	1	640	32	19	22	25	1.98
22902979--22903293	44	7.2	44	66	10	142	32	19	22	25	1.98
22903309--22903499	88	2.2	87	79	6	197	27	21	25	24	2.00
22911256--22911361	25	4.3	25	90	2	151	17	29	20	32	1.96
22911256--22911361	49	2.1	50	85	1	151	17	29	20	32	1.96
22916231--22916357	41	3.1	41	95	0	218	27	17	24	30	1.97
22916231--22916386	82	1.9	82	82	5	199	28	17	23	30	1.97
22923780--22923905	41	3.1	41	82	0	135	30	18	23	27	1.98
22926353--22926420	25	2.7	25	100	0	136	19	33	20	26	1.96
22926353--22926445	25	3.7	25	91	2	125	20	34	17	27	1.95
22926406--22926454	25	2.0	25	91	0	80	20	34	12	32	1.90
22926353--22926471	50	2.4	50	81	7	134	21	32	17	28	1.96
22926406--22926470	25	2.6	25	82	4	69	21	33	15	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22927380--22927470	43	2.1	43	91	0	146	18	28	32	19	1.96
22927390--22927481	43	2.1	43	89	0	139	17	27	31	23	1.97
22928427--22928621	76	2.6	76	75	11	175	33	20	24	22	1.97
22936408--22937253	423	2.0	423	99	0	1674	34	19	4	40	1.73
22947702--22947863	77	2.1	77	96	0	297	41	7	11	40	1.69
22948148--22948288	56	2.5	57	79	11	148	42	0	2	54	1.15
22948189--22948301	22	5.1	23	70	25	82	42	0	0	55	1.12
22948227--22948273	13	3.8	13	81	13	55	42	0	0	57	0.98
22948204--22948283	19	4.3	19	69	20	60	38	0	0	61	0.96
22948471--22948523	16	3.3	16	91	0	88	24	30	5	39	1.78
22951041--22951139	47	2.1	48	86	1	137	45	1	9	44	1.42
22951167--22951208	10	4.5	10	80	17	54	30	7	0	61	1.22
22951169--22951208	9	4.4	9	84	12	55	30	7	0	62	1.23
22951167--22951208	18	2.3	18	91	4	66	30	7	0	61	1.22
22951305--22951479	89	2.0	89	86	2	244	42	26	1	29	1.65
22951463--22951499	14	2.6	14	86	0	56	32	45	0	21	1.52
22951453--22951493	7	5.9	7	88	0	55	29	48	0	21	1.50
22951593--22951627	7	5.0	7	96	0	61	28	54	0	17	1.43
22951577--22951635	21	2.9	21	79	2	57	32	45	0	22	1.52
22951594--22951638	14	3.2	14	90	0	63	35	44	0	20	1.51
22951661--22951694	15	2.3	15	90	5	52	35	29	0	35	1.58
22952290--22952895	114	5.3	114	88	1	867	27	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22954009--22954051	6	7.2	6	100	0	86	32	0	0	67	0.91
22961729--22961775	23	2.0	23	100	0	94	8	48	21	21	1.76
22964701--22964737	14	2.6	14	82	0	56	37	2	16	43	1.62
22965209--22965260	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
22965293--22965326	13	2.5	14	95	4	61	41	0	0	58	0.98
22966150--22966218	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
22966150--22966218	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
22966199--22966289	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
22966434--22966488	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
22966440--22966488	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
22971839--22971871	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
22978118--22978250	63	2.1	63	98	0	257	36	18	12	32	1.89
22980324--22980348	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22991545--22991580	19	1.9	19	88	5	56	47	2	0	50	1.15
22996490--22996571	42	1.9	43	87	2	121	14	32	25	26	1.95
22996837--22996861	12	2.1	12	100	0	50	20	40	32	8	1.81
22997852--22997898	16	2.9	17	75	9	53	63	27	6	2	1.30
23002754--23002801	25	1.9	25	83	8	62	25	18	20	35	1.95
23004740--23004784	23	2.0	22	82	4	54	28	2	20	48	1.61
23005051--23005108	26	2.2	26	84	6	73	17	22	22	37	1.93
23005062--23005189	25	5.2	25	68	16	63	21	23	19	35	1.96
23005027--23005302	73	3.7	75	75	8	208	19	25	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23005185--23005303	25	4.8	25	73	3	98	20	26	19	33	1.96
23008996--23009020	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
23009194--23009238	23	2.0	22	82	4	54	28	2	20	48	1.61
23009507--23009589	26	3.2	26	79	1	96	20	21	19	38	1.93
23023552--23023649	23	4.3	23	84	7	137	32	26	20	20	1.97
23023559--23023647	45	2.0	45	93	4	153	32	26	21	19	1.97
23034403--23034435	5	6.6	5	100	0	66	78	0	0	21	0.75
23038696--23038720	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
23038707--23038761	22	2.6	21	80	16	60	47	0	0	52	1.00
23039127--23039180	23	2.3	23	87	0	81	37	1	14	46	1.56
23039136--23039178	13	3.5	13	78	18	56	34	2	16	46	1.60
23040033--23040097	25	2.7	23	79	11	67	16	3	4	75	1.10
23043552--23043755	43	4.7	44	77	11	172	34	24	13	27	1.93
23057500--23057586	21	4.1	20	79	7	75	36	22	21	18	1.95
23057500--23057585	23	4.0	23	77	11	101	37	23	22	17	1.94
23057899--23057937	3	12.7	3	94	5	69	66	0	0	33	0.92
23058820--23058865	14	3.3	14	93	0	83	56	2	0	41	1.11
23063873--23063906	16	2.2	16	89	5	52	38	0	0	61	0.96
23064570--23064638	31	2.3	29	78	9	75	39	0	2	57	1.13
23070724--23070785	28	2.2	29	85	5	90	41	25	8	24	1.82
23071557--23071604	7	7.1	7	86	9	64	39	0	47	12	1.41
23072532--23072911	101	3.7	105	81	10	430	40	15	15	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23072713--23072952	97	2.4	99	86	1	340	43	15	14	26	1.85
23072880--23073044	92	1.9	85	83	10	206	44	15	13	25	1.84
23072998--23073210	116	1.8	115	87	3	320	34	16	15	32	1.91
23073252--23073955	111	6.4	107	84	7	869	31	15	14	39	1.87
23073262--23074004	220	3.4	217	82	9	919	30	15	14	38	1.88
23076922--23076964	22	2.0	22	86	9	61	37	2	4	55	1.33
23079657--23079786	70	1.9	70	87	4	192	40	4	4	50	1.44
23079765--23079815	18	2.9	16	78	16	57	49	1	0	49	1.12
23079765--23079815	17	2.9	17	80	11	59	49	1	0	49	1.12
23079839--23079900	9	7.3	9	73	10	51	54	0	0	45	0.99
23079855--23079911	8	7.0	8	73	11	53	50	0	0	49	1.00
23079843--23079909	25	2.7	25	77	13	75	53	0	0	46	1.00
23079840--23079907	17	4.1	16	74	12	57	52	0	0	47	1.00
23079721--23080042	165	1.9	165	85	6	434	45	4	2	47	1.37
23080016--23080054	17	2.3	17	95	0	69	51	0	2	46	1.14
23080056--23080095	20	2.0	21	85	5	55	37	2	0	60	1.11
23080874--23080934	28	2.2	28	94	5	108	42	6	0	50	1.28
23080976--23081027	27	1.9	27	96	0	95	30	23	32	13	1.93
23081313--23081408	19	5.2	19	81	5	124	37	13	0	48	1.43
23081313--23081408	37	2.6	37	98	0	183	37	13	0	48	1.43
23081573--23081637	29	2.3	27	77	12	76	49	0	4	46	1.22
23081615--23081678	19	3.4	19	78	4	85	51	0	10	37	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23081956--23082015	27	2.2	27	81	0	75	18	28	23	30	1.98
23084764--23085163	202	2.0	202	100	0	800	34	15	13	37	1.87
23086637--23086692	29	1.9	29	85	0	76	41	8	16	33	1.79
23088709--23090494	592	3.0	593	98	1	3488	33	21	19	24	1.97
23090373--23090579	100	2.0	102	97	1	391	43	21	13	22	1.86
23094464--23094491	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
23097700--23097884	66	2.8	65	77	4	183	25	27	22	24	2.00
23100162--23100237	23	3.3	23	92	0	134	22	21	26	30	1.99
23114634--23114665	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
23118925--23118956	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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