genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  20  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6519922--6520015	29	3.4	29	75	18	92	52	4	3	40	1.37
6519971--6520013	16	2.6	18	78	17	56	62	0	2	34	1.08
6519971--6520012	17	2.6	16	82	14	50	61	0	2	35	1.09
6523678--6523731	28	1.9	28	85	7	74	44	0	11	44	1.39
6523677--6523737	28	2.2	28	79	5	70	49	1	9	39	1.46
6525161--6525341	92	2.0	92	98	0	353	38	18	9	33	1.84
6528268--6528317	13	3.8	13	86	0	73	36	22	6	36	1.79
6528257--6528312	26	2.2	26	80	6	60	33	21	5	39	1.76
6534313--6534422	50	2.2	51	86	1	150	30	20	16	32	1.94
6535835--6535899	27	2.6	25	78	9	69	52	3	1	43	1.26
6546872--6546935	29	2.2	30	85	2	85	34	7	3	54	1.45
6546872--6546943	30	2.4	29	86	2	90	33	6	4	55	1.46
6546938--6547061	28	4.5	28	75	15	100	31	4	1	62	1.23
6547122--6547335	93	2.3	92	83	3	261	35	10	19	33	1.87
6547169--6547358	93	2.1	92	82	5	224	35	9	16	38	1.81
6549204--6549275	10	7.6	10	68	10	53	38	1	2	56	1.22
6549201--6549280	37	2.2	37	83	0	97	38	1	3	56	1.25
6549201--6549280	19	4.3	18	70	19	58	38	1	3	56	1.25
6549458--6549528	36	2.0	35	88	2	106	50	12	1	35	1.49
6550189--6550223	12	2.9	12	86	0	52	51	20	5	22	1.68
6559338--6559376	18	2.1	19	85	9	53	35	0	2	61	1.10
6560062--6560102	21	2.0	21	95	0	73	46	19	12	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6562416--6562535	58	2.1	58	79	6	127	25	22	15	35	1.94
6564069--6564104	18	1.9	19	88	5	56	22	25	2	50	1.63
6566832--6567161	134	2.5	129	84	8	409	53	15	14	16	1.74
6566834--6567202	134	2.8	130	80	8	340	54	15	14	16	1.72
6570696--6570802	52	2.1	52	94	0	187	24	8	13	54	1.66
6571548--6571581	16	2.1	16	88	5	50	35	0	0	64	0.94
6573160--6573193	18	1.9	17	94	5	59	61	2	0	35	1.11
6574801--6574836	17	2.1	17	89	0	54	52	0	0	47	1.00
6579163--6579197	18	1.9	18	100	0	70	37	22	5	34	1.78
6579511--6579600	46	2.0	46	93	4	155	31	10	13	45	1.76
6579989--6580024	10	3.6	10	88	11	56	19	2	8	69	1.27
6584889--6584919	15	2.1	15	93	0	53	35	22	12	29	1.91
6588612--6588663	27	2.0	27	84	3	70	40	3	7	48	1.50
6600805--6600839	14	2.4	15	85	4	54	74	0	0	25	0.82
6602578--6602616	20	2.0	20	95	5	71	61	10	2	25	1.41
6603454--6603523	34	2.1	34	81	10	81	44	4	0	51	1.21
6618048--6618128	30	2.7	30	78	0	81	8	12	45	33	1.72
6619750--6619779	15	2.1	15	93	6	53	76	6	0	16	0.99
6619769--6619824	28	2.0	29	92	3	96	53	5	1	39	1.34
6619821--6619897	11	7.2	10	87	10	100	42	0	29	27	1.56
6622004--6622134	60	2.2	59	81	8	140	38	12	16	32	1.86
6627478--6627559	41	2.0	41	97	0	155	41	2	20	35	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6635799--6637899	262	8.0	263	77	8	1418	37	24	13	24	1.92
6635977--6637393	522	2.7	520	83	7	1697	38	25	12	23	1.90
6637025--6637900	272	3.2	272	79	8	778	37	24	13	24	1.92
6639757--6639800	21	2.1	21	87	4	63	68	4	2	25	1.20
6640320--6640428	34	3.1	34	78	13	96	27	1	4	66	1.22
6645149--6645213	29	2.3	28	81	2	67	46	9	16	27	1.78
6646542--6646572	16	1.9	16	93	0	53	41	16	3	38	1.64
6650586--6650646	30	2.0	30	100	0	122	36	22	6	34	1.81
6650839--6650866	5	5.6	5	100	0	56	39	21	0	39	1.54
6653307--6653339	16	2.1	16	100	0	66	39	30	18	12	1.87
6654209--6655044	254	3.2	254	83	7	897	46	14	13	25	1.81
6654652--6655044	137	2.8	139	91	3	630	49	14	12	24	1.77
6656067--6656115	23	2.1	24	85	11	66	44	6	2	46	1.39
6666725--6666770	17	2.7	17	79	0	56	39	0	8	52	1.33
6676360--6676414	21	2.6	21	82	0	74	21	7	38	32	1.81
6680363--6680477	56	2.1	56	98	0	221	27	14	24	33	1.95
6685469--6685511	22	2.0	22	86	4	61	30	2	0	67	1.03
6689570--6689697	60	2.1	62	80	7	138	38	14	4	42	1.67
6689733--6689779	21	2.1	23	81	18	64	53	4	4	38	1.40
6690941--6691000	31	1.9	31	86	6	86	36	11	8	43	1.71
6696688--6696712	12	2.1	12	100	0	50	48	0	20	32	1.50
6703078--6703104	7	3.9	7	100	0	54	55	14	0	29	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6704354--6704390	17	2.1	18	90	5	58	67	0	5	27	1.12
6705542--6705601	29	2.0	29	87	6	84	45	18	5	31	1.71
6706013--6706071	27	2.1	29	90	9	95	44	8	0	47	1.33
6706145--6706211	27	2.5	27	95	0	116	28	29	26	14	1.96
6706255--6706400	4	36.0	4	76	15	108	70	0	29	0	0.87
6706294--6706422	39	3.1	44	79	15	173	72	0	27	0	0.85
6706293--6706427	44	3.0	46	81	8	136	71	0	28	0	0.86
6706296--6706432	18	7.1	18	68	19	71	71	0	28	0	0.86
6706246--6706422	38	4.4	41	82	14	210	68	0	31	0	0.89
6706340--6706443	39	2.9	35	80	10	120	68	0	31	0	0.90
6706256--6706466	82	2.6	82	83	11	260	69	0	30	0	0.89
6707063--6707090	11	2.5	11	100	0	56	7	7	39	46	1.59
6707331--6707858	161	3.3	158	74	16	564	51	7	12	28	1.67
6707255--6708043	320	2.5	320	93	1	1330	49	8	11	30	1.68
6707269--6708026	159	4.7	156	72	15	597	50	7	12	29	1.68
6711855--6712209	46	7.3	49	85	10	437	35	13	22	29	1.92
6711846--6712198	98	3.6	98	94	0	589	35	13	22	29	1.92
6712173--6712318	37	4.0	37	91	1	233	36	16	22	24	1.94
6713592--6713626	3	11.7	3	93	0	61	68	28	0	2	1.04
6713870--6713958	27	3.3	27	78	6	90	20	26	24	28	1.99
6714027--6714098	28	2.6	28	95	2	128	52	0	5	41	1.24
6717881--6717933	28	2.0	27	92	7	90	41	7	0	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6717998--6718066	27	2.6	27	92	0	120	21	28	28	20	1.98
6718349--6718383	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
6718355--6718505	61	2.5	61	79	12	159	33	0	10	55	1.34
6720255--6720393	10	14.1	10	63	22	53	0	31	0	67	0.96
6720220--6720387	38	4.6	37	78	14	163	0	32	0	67	0.96
6720227--6720387	18	8.8	18	66	19	93	0	32	0	67	0.96
6720329--6720390	14	4.1	14	72	23	54	0	30	0	69	0.89
6720227--6720390	28	6.2	28	68	17	66	0	32	0	67	0.96
6720298--6720407	38	3.2	34	80	10	93	0	36	0	62	1.01
6728131--6728183	26	2.0	26	100	0	106	58	0	0	41	0.98
6728143--6728194	13	4.0	13	75	9	61	55	0	0	44	0.99
6741859--6741929	30	2.4	30	95	0	124	7	26	21	45	1.77
6741859--6741946	30	2.9	30	86	6	99	5	28	21	44	1.75
6742683--6742737	4	13.8	4	96	0	101	49	23	1	25	1.60
6742884--6743021	43	3.2	43	62	19	106	31	14	14	39	1.86
6742878--6743122	86	2.9	86	94	0	420	33	14	13	38	1.85
6745998--6746082	43	2.0	43	90	0	134	28	20	7	44	1.77
6746054--6746130	24	3.3	24	63	26	65	18	14	10	57	1.65
6746067--6746145	27	3.2	27	63	26	75	16	12	15	55	1.69
6746054--6746146	46	2.0	46	100	0	186	17	12	12	56	1.66
6746568--6746592	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
6747686--6747749	17	3.5	18	76	14	60	57	0	1	40	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6747735--6747787	19	2.7	19	80	8	63	43	3	0	52	1.19
6751241--6751282	15	2.6	16	81	7	50	59	4	0	35	1.19
6762661--6762725	6	10.3	6	73	14	51	1	21	3	73	1.05
6764190--6764253	19	3.4	19	78	4	76	53	4	28	14	1.60
6765062--6765130	24	2.9	22	85	8	75	28	5	5	59	1.44
6765056--6765117	24	2.4	27	77	22	80	27	3	8	61	1.40
6765056--6765138	24	3.4	24	78	9	71	30	4	6	59	1.43
6766450--6766487	19	2.0	19	85	10	51	71	2	0	26	1.00
6767348--6767385	19	1.9	19	89	5	58	63	5	7	23	1.42
6767476--6767507	6	5.3	6	100	0	64	31	50	0	18	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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