genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  116  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33053401--33053440	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
33053389--33053455	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
33053424--33053463	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
33084273--33084314	16	2.5	17	88	11	61	38	0	4	57	1.20
33095383--33095428	23	2.0	23	100	0	92	52	13	8	26	1.69
33097108--33097236	42	3.1	41	85	2	159	29	20	17	32	1.96
33097553--33097623	21	3.4	21	86	0	97	2	47	18	30	1.63
33103094--33103366	51	5.5	51	90	5	377	32	0	19	47	1.50
33103094--33103366	127	2.2	123	93	4	462	32	0	19	47	1.50
33103297--33103403	21	5.5	19	82	12	121	31	0	16	51	1.45
33103304--33103379	7	10.3	7	76	20	75	31	0	15	52	1.43
33103852--33103885	13	2.6	13	90	0	59	41	2	14	41	1.61
33103865--33104118	40	6.5	40	76	17	248	42	3	10	43	1.55
33103938--33104175	57	4.2	57	95	0	431	41	2	11	45	1.52
33103843--33104215	97	3.9	97	80	14	393	42	2	10	43	1.53
33104126--33104206	23	3.8	23	70	26	79	45	2	8	43	1.48
33104109--33104215	40	2.7	40	98	0	205	42	1	10	44	1.49
33104052--33104241	97	2.0	97	98	0	371	42	1	10	45	1.48
33105708--33105738	7	4.4	7	95	0	53	48	41	9	0	1.36
33106383--33106561	84	2.1	88	91	5	294	29	20	18	31	1.96
33109062--33109294	111	2.1	111	95	2	416	25	26	19	28	1.99
33109259--33109375	40	2.9	40	85	0	144	20	28	14	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33119148--33119179	16	2.0	16	100	0	64	25	37	6	31	1.81
33126465--33126510	17	2.9	16	75	18	51	47	2	2	47	1.26
33128578--33128614	19	1.9	19	88	0	56	43	5	0	51	1.24
33132528--33132571	23	1.9	23	100	0	88	20	4	27	47	1.69
33132586--33132677	43	2.1	44	86	6	125	27	17	20	34	1.95
33132841--33132892	25	2.1	24	83	16	63	46	11	3	38	1.59
33141195--33141277	41	2.0	41	92	0	139	37	16	18	27	1.92
33152856--33152900	16	2.9	17	84	15	62	48	4	0	46	1.22
33153063--33153189	63	2.0	64	83	4	159	26	18	5	48	1.70
33161299--33161483	40	4.7	40	80	9	209	24	27	23	25	2.00
33161299--33161483	79	2.3	82	81	9	213	24	27	23	25	2.00
33165094--33165275	28	6.5	28	96	0	303	26	12	28	32	1.93
33180245--33180429	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
33180226--33180429	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
33182741--33182830	44	2.0	44	97	0	171	20	23	11	45	1.82
33187901--33188162	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
33193357--33193396	12	3.3	12	85	0	53	25	40	25	10	1.86
33193374--33193479	54	2.0	54	86	0	149	24	26	31	17	1.97
33201942--33201977	18	1.9	18	88	5	54	63	8	2	25	1.36
33207539--33207576	18	2.1	18	90	0	58	31	5	18	44	1.72
33218700--33218918	39	5.6	39	88	4	325	44	19	3	32	1.68
33222024--33222079	20	2.8	19	83	8	67	60	3	0	35	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33222024--33222058	10	3.4	10	88	7	52	62	2	0	34	1.10
33227474--33227519	23	2.0	23	91	0	74	34	8	17	39	1.80
33229530--33229925	196	2.0	196	91	0	639	27	20	15	36	1.93
33232969--33233017	17	2.8	18	78	9	57	42	8	2	46	1.45
33234987--33235054	28	2.4	28	85	4	84	30	26	25	17	1.97
33235405--33235628	27	8.3	26	85	5	198	17	19	19	43	1.88
33235405--33235628	54	4.2	54	85	0	279	17	19	19	43	1.88
33235419--33235628	81	2.6	81	82	2	253	17	19	20	43	1.88
33240158--33240218	25	2.4	25	81	10	72	57	0	3	39	1.15
33240768--33240814	16	3.0	15	81	9	58	51	0	2	46	1.13
33247796--33247832	18	2.0	19	89	5	58	51	0	43	5	1.24
33251963--33251996	13	2.6	13	95	0	59	23	0	20	55	1.43
33254368--33254564	76	2.6	76	82	4	227	24	20	20	34	1.96
33258258--33258370	36	2.9	40	72	10	108	28	23	15	31	1.96
33258318--33258446	40	3.3	40	66	12	115	25	23	16	34	1.95
33258261--33258446	76	2.4	76	89	0	264	25	23	17	33	1.96
33261283--33261314	14	2.3	14	94	0	55	12	21	9	56	1.64
33261311--33261368	28	2.1	28	83	0	71	24	13	5	56	1.57
33261482--33261579	50	1.9	52	89	4	155	43	0	8	47	1.32
33268809--33268949	49	2.9	49	86	0	201	39	17	21	21	1.92
33274537--33274573	18	2.1	18	89	0	56	40	16	21	21	1.91
33279192--33279229	16	2.4	16	86	8	51	39	10	0	50	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33281612--33281649	20	2.0	20	89	5	60	44	7	5	42	1.56
33281705--33282613	464	2.0	464	94	0	1613	40	13	14	31	1.84
33297121--33297162	19	2.2	19	83	8	50	45	9	0	45	1.36
33300663--33300834	75	2.3	76	87	4	240	32	13	10	43	1.78
33305744--33305797	27	2.0	27	100	0	108	33	7	11	48	1.67
33318654--33318693	19	2.0	20	85	4	55	27	7	17	47	1.74
33330303--33330336	15	2.3	14	85	14	50	38	0	32	29	1.58
33332246--33332286	21	2.0	21	85	9	57	0	36	0	63	0.95
33334819--33334859	20	2.0	20	100	0	82	43	24	4	26	1.74
33339498--33339780	104	2.9	94	74	14	277	27	19	17	35	1.94
33340265--33340312	21	2.3	21	82	3	62	25	20	27	27	1.99
33343189--33343227	20	2.0	20	90	10	62	17	23	2	56	1.53
33343421--33343564	50	2.9	50	81	4	164	21	27	21	29	1.99
33347788--33347980	40	4.9	40	88	3	241	25	25	19	28	1.99
33348787--33348917	39	3.3	39	92	5	203	25	22	27	24	2.00
33354147--33355204	527	2.0	526	94	1	1845	36	14	19	29	1.92
33356539--33356610	30	2.4	30	84	9	85	25	22	22	30	1.99
33358701--33358813	39	2.9	39	91	1	172	33	3	17	45	1.66
33361595--33361626	10	3.4	10	87	12	50	25	0	0	75	0.81
33365463--33365505	22	2.0	22	95	0	77	39	4	11	44	1.62
33380309--33380367	29	2.1	27	84	6	73	22	8	3	66	1.34
33381436--33382228	264	3.0	264	95	1	1409	36	12	17	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33384669--33385542	100	8.7	100	89	0	1291	24	19	23	32	1.98
33386853--33386894	7	6.0	7	86	8	59	14	14	0	71	1.15
33386853--33386894	13	3.0	14	82	10	59	14	14	0	71	1.15
33386856--33386895	20	2.0	21	95	5	73	12	12	0	75	1.06
33393922--33394157	119	2.0	119	99	0	463	41	26	16	15	1.88
33395795--33395836	21	2.0	21	81	9	50	30	14	30	23	1.94
33396478--33396537	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
33400999--33401036	10	3.8	10	83	13	51	84	0	15	0	0.63
33400999--33401035	15	2.4	16	82	13	51	83	0	16	0	0.64
33401930--33401969	6	6.7	6	94	0	71	67	15	2	15	1.34
33401936--33401975	18	2.2	18	86	0	53	70	12	5	12	1.33
33402874--33402927	7	8.0	7	87	8	85	68	0	16	14	1.21
33402874--33402927	13	4.0	14	85	9	85	68	0	16	14	1.21
33402874--33402927	20	2.7	20	97	0	99	68	0	16	14	1.21
33404311--33404405	43	2.2	44	80	14	108	35	21	24	18	1.95
33404502--33404586	44	1.9	44	87	0	125	31	21	20	27	1.97
33404370--33404785	142	2.9	142	90	1	656	33	18	20	27	1.96
33404879--33405038	50	3.2	50	72	3	160	33	23	17	25	1.96
33404843--33405110	100	2.7	100	86	0	365	33	23	20	23	1.97
33404900--33405475	50	11.8	50	67	12	149	32	23	20	23	1.98
33405059--33405201	42	3.2	42	73	18	137	27	25	21	25	1.99
33405040--33405301	100	2.8	92	80	9	310	29	24	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33404956--33405301	192	1.8	191	87	1	523	30	24	20	23	1.98
33405103--33405471	100	3.8	98	78	7	338	32	23	20	23	1.98
33410489--33410513	8	3.1	8	100	0	50	84	0	0	16	0.63
33410481--33410543	31	2.1	31	84	3	83	66	0	0	33	0.92
33410508--33410536	11	2.5	12	88	11	51	58	0	0	41	0.98
33417090--33417208	58	2.0	59	84	7	154	42	21	10	25	1.84
33420464--33420513	13	3.8	13	74	10	57	38	20	4	38	1.71
33429395--33429440	18	2.6	18	96	0	83	34	30	13	21	1.91
33432892--33433009	51	2.3	51	86	0	173	21	8	35	34	1.84
33433090--33433153	27	2.4	27	72	0	65	17	15	31	35	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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