genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54441016--54441042	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
54449127--54449165	20	2.0	20	100	0	78	38	30	15	15	1.88
54451298--54451372	37	2.0	37	100	0	150	34	10	20	34	1.87
54458358--54458399	20	2.2	18	87	8	57	76	4	16	2	1.07
54461297--54461344	20	2.3	21	79	10	55	62	22	4	10	1.44
54462322--54462399	3	25.7	3	72	12	61	26	5	2	65	1.27
54462367--54462397	16	1.9	16	93	0	53	29	0	6	64	1.18
54462888--54463207	110	2.9	110	87	1	412	33	15	17	33	1.92
54466572--54466624	6	8.7	6	85	6	63	69	11	3	15	1.31
54467616--54467666	7	7.6	7	86	8	79	74	0	11	13	1.07
54467616--54467666	13	3.8	13	92	5	84	74	0	11	13	1.07
54468955--54470970	87	22.9	87	68	13	394	30	19	22	27	1.98
54469003--54470796	131	13.6	131	68	12	706	30	19	22	27	1.98
54468905--54469896	218	4.5	218	87	3	1450	30	19	21	28	1.98
54469792--54470974	44	26.9	44	68	13	302	30	19	22	27	1.98
54469663--54470138	262	1.8	262	92	0	817	30	19	22	27	1.98
54469795--54470970	218	5.4	218	88	4	1715	29	19	22	27	1.98
54469080--54470549	708	2.1	705	88	4	2112	29	20	22	27	1.98
54468910--54470829	926	2.1	926	96	0	3570	30	19	21	27	1.98
54469080--54470836	708	2.5	702	84	6	1975	29	19	22	27	1.98
54470927--54471358	174	2.5	174	96	0	783	30	18	24	26	1.98
54471117--54471789	44	15.6	44	68	14	220	31	19	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54468910--54471315	926	2.6	923	87	4	2897	30	19	22	27	1.98
54471119--54471532	218	1.9	217	94	0	729	31	18	23	25	1.98
54471462--54471877	129	3.2	129	83	4	482	32	20	19	26	1.97
54471502--54471877	128	2.9	128	86	2	520	33	20	19	26	1.97
54471503--54471879	44	8.8	43	72	7	248	32	20	19	27	1.97
54470675--54471879	85	13.9	85	66	12	333	31	19	22	26	1.98
54472306--54472352	20	2.3	21	78	10	53	61	23	4	10	1.46
54473292--54473348	18	3.1	18	73	11	53	22	8	1	66	1.29
54473864--54474160	110	2.7	110	88	0	405	31	14	19	35	1.91
54475499--54475546	24	2.1	22	84	7	60	52	16	2	29	1.56
54475630--54475700	36	2.0	37	86	5	101	28	29	2	39	1.71
54477321--54477358	13	2.8	14	84	8	60	73	0	26	0	0.83
54479512--54479558	20	2.3	21	78	10	53	6	25	0	68	1.13
54481530--54481576	6	7.8	6	97	0	67	51	8	0	40	1.33
54481523--54481577	6	9.0	6	93	2	65	50	7	0	41	1.30
54481523--54481577	18	3.0	18	86	2	74	50	7	0	41	1.30
54483480--54483512	12	2.8	12	90	0	57	69	0	0	30	0.88
54483480--54483517	12	3.0	13	85	14	53	68	0	0	31	0.90
54484718--54484911	105	1.9	104	83	3	255	23	21	30	24	1.99
54484716--54484931	105	2.1	104	78	2	236	21	22	31	24	1.98
54484850--54484973	42	3.0	42	84	2	151	21	25	36	16	1.94
54492522--54492707	36	4.9	36	83	12	237	38	11	20	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54492481--54492707	82	2.9	81	88	6	319	37	11	21	30	1.88
54492627--54492692	21	3.5	20	63	25	52	34	9	19	36	1.84
54492519--54492750	118	2.0	115	92	2	383	37	12	20	30	1.89
54502754--54502784	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
54504213--54504596	178	2.2	172	79	10	395	35	6	24	33	1.82
54506021--54506171	30	5.1	29	80	6	133	37	21	1	39	1.62
54506028--54506189	59	2.7	58	79	8	166	37	21	1	40	1.62
54506361--54506424	30	2.2	29	83	13	78	75	6	10	7	1.20
54506478--54506518	20	2.0	21	85	4	57	63	19	9	7	1.48
54506669--54506693	7	3.6	7	100	0	50	84	0	16	0	0.63
54506950--54507008	25	2.4	25	91	2	93	77	1	20	0	0.85
54506950--54507024	25	3.0	25	86	7	82	78	1	17	2	0.93
54507172--54507211	21	1.9	21	94	0	71	32	0	0	67	0.91
54507172--54507214	11	4.0	11	90	6	70	34	0	0	65	0.93
54507173--54507214	16	2.7	16	92	3	68	35	0	0	64	0.94
54507173--54507211	5	7.6	5	91	5	60	33	0	0	66	0.92
54507370--54507416	20	2.5	20	83	16	64	29	14	8	46	1.74
54507659--54507983	18	18.4	18	72	10	242	31	14	10	44	1.78
54507659--54507813	35	4.4	36	78	14	142	30	12	9	46	1.74
54507643--54507983	35	9.7	34	72	15	130	32	13	9	43	1.77
54507644--54507983	88	3.9	87	74	12	257	32	13	9	43	1.77
54507699--54507957	70	3.7	70	76	12	194	33	13	10	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54507855--54507952	17	5.6	17	70	18	69	33	15	10	40	1.81
54508030--54508091	18	3.5	18	82	4	72	37	11	12	38	1.80
54508030--54508097	17	3.9	16	79	11	73	33	11	13	41	1.81
54508072--54508142	34	2.1	35	86	7	101	23	9	9	56	1.62
54514432--54514471	12	3.2	13	83	16	50	85	2	12	0	0.71
54516440--54516483	21	2.1	21	86	0	61	38	6	20	34	1.79
54516957--54517065	41	2.6	41	89	1	155	24	21	28	25	1.99
54518227--54519130	78	11.8	76	85	6	1036	26	16	20	36	1.94
54518228--54519130	230	3.9	224	86	7	1054	26	16	20	35	1.94
54519335--54519490	30	5.2	30	85	3	208	36	23	1	39	1.63
54519342--54519490	59	2.5	59	89	5	219	37	23	0	38	1.60
54520261--54520319	25	2.4	25	91	2	93	77	1	20	0	0.85
54520261--54520330	25	2.9	25	87	4	90	80	1	17	1	0.87
54520489--54520518	5	6.0	5	92	0	51	36	0	0	63	0.95
54520674--54520739	19	3.5	18	78	15	62	30	15	9	45	1.77
54520968--54521292	17	18.4	18	72	11	170	30	13	10	45	1.76
54520968--54521375	18	23.1	18	69	13	206	30	13	10	45	1.77
54520968--54521289	35	9.1	35	74	9	224	30	13	10	46	1.76
54521219--54521290	19	3.9	19	73	12	69	25	15	8	51	1.71
54521339--54521434	17	5.5	17	74	16	63	29	10	11	48	1.72
54521385--54521433	16	3.0	17	85	8	66	26	10	10	53	1.66
54522178--54522254	14	5.0	15	72	20	61	44	15	7	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54522194--54522233	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
54522182--54522248	34	1.9	35	93	3	118	47	13	7	31	1.70
54522217--54522256	14	2.9	14	88	0	62	45	17	5	32	1.70
54522507--54522572	26	2.5	26	97	0	123	22	31	13	31	1.93
54529599--54529752	42	3.6	42	87	0	191	22	22	37	16	1.94
54530728--54530753	9	2.9	9	100	0	52	65	11	0	23	1.25
54534033--54534086	18	2.8	20	72	13	58	42	11	12	33	1.79
54534046--54534302	35	7.3	35	79	7	207	45	10	13	29	1.77
54534046--54534302	71	3.6	70	77	13	242	45	10	13	29	1.77
54534046--54534315	18	15.3	17	72	15	201	45	10	13	30	1.77
54534206--54534339	35	3.8	35	76	10	96	44	8	11	35	1.73
54534458--54534498	21	2.0	20	90	4	64	41	9	14	34	1.79
54534859--54534909	5	10.2	5	80	14	52	0	17	0	82	0.67
54534861--54534902	19	2.2	19	87	8	59	0	16	0	83	0.65
54534860--54534902	20	2.2	19	91	4	68	0	16	0	83	0.64
54534862--54534907	11	4.4	11	86	10	60	0	17	0	82	0.67
54534908--54534966	26	2.3	25	82	2	73	0	25	45	28	1.54
54535113--54535144	8	4.0	8	91	0	55	0	15	0	84	0.63
54535107--54535183	15	5.2	15	77	13	79	0	23	1	75	0.88
54535110--54535182	3	24.7	3	76	13	62	0	24	1	73	0.90
54535110--54535182	9	8.2	9	83	11	71	0	24	1	73	0.90
54535267--54535298	16	2.0	16	93	0	55	3	37	0	59	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54535554--54535660	29	3.7	28	75	7	99	40	5	16	37	1.72
54535571--54535652	28	2.9	28	76	8	85	41	4	15	37	1.69
54537946--54538051	9	11.3	9	70	16	65	42	0	2	53	1.22
54537971--54538051	20	4.2	19	77	13	76	41	0	2	55	1.13
54537971--54538051	29	2.8	30	70	20	73	41	0	2	55	1.13
54547687--54547737	4	12.8	4	87	0	75	27	0	19	52	1.46
54549520--54549583	23	2.7	22	76	7	56	64	4	1	29	1.23
54549691--54549734	20	2.1	21	84	12	56	54	0	9	36	1.32
54553796--54554422	120	5.2	120	95	1	1069	44	2	4	48	1.37
54554371--54554405	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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