genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  97  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27242571--27242606	18	1.9	19	88	5	56	50	5	0	44	1.25
27242751--27242788	15	2.6	15	87	4	60	44	36	0	18	1.50
27242743--27242785	22	2.0	22	86	9	61	44	37	0	18	1.50
27242950--27243046	7	13.3	7	68	12	52	41	38	0	20	1.53
27242968--27243001	17	1.9	18	88	5	52	41	38	0	20	1.53
27242954--27243045	21	4.6	21	74	15	70	42	36	0	20	1.53
27243013--27243060	15	3.3	15	79	5	53	43	35	2	18	1.62
27243403--27243598	41	4.8	41	83	1	232	28	28	19	23	1.98
27243621--27243755	40	3.4	38	80	11	130	20	23	22	33	1.97
27243641--27243756	40	2.9	39	83	3	135	23	24	21	31	1.99
27247045--27247075	16	1.9	16	93	0	53	74	0	0	25	0.82
27253872--27254049	27	6.6	27	81	5	171	28	27	16	27	1.97
27261906--27262084	27	6.6	27	83	5	191	29	27	16	26	1.97
27261927--27262082	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
27276550--27276970	126	3.3	126	87	1	621	33	19	20	26	1.96
27276916--27277000	44	1.9	44	90	0	134	29	25	20	24	1.99
27282276--27282337	18	3.5	18	70	22	51	59	3	0	37	1.13
27282511--27282622	11	10.6	11	77	12	110	43	1	31	23	1.64
27282499--27282600	51	2.0	51	96	0	186	43	1	29	25	1.66
27288507--27288553	8	5.9	8	81	18	62	21	0	2	76	0.89
27288503--27288553	17	3.1	17	81	15	63	21	0	1	76	0.88
27288502--27288553	5	11.2	5	76	15	58	21	0	1	76	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27288502--27288553	9	5.6	10	84	11	58	21	0	1	76	0.87
27290175--27290211	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
27292662--27292697	13	2.6	14	86	8	56	83	0	11	5	0.80
27297007--27297143	29	4.8	29	73	10	122	26	20	20	32	1.97
27297294--27297444	53	2.9	53	82	4	155	32	20	9	37	1.86
27300770--27300837	29	2.3	29	100	0	136	7	22	19	51	1.71
27301401--27301447	16	2.8	17	81	18	55	40	17	2	40	1.61
27301989--27302043	20	2.7	20	71	18	51	38	3	3	54	1.36
27305298--27305355	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
27305835--27306137	131	2.3	132	85	1	410	27	23	18	30	1.97
27306190--27306582	44	8.8	44	68	10	158	28	22	18	30	1.98
27306603--27307088	44	11.0	44	79	3	451	27	19	18	33	1.96
27306609--27307088	133	3.6	131	80	3	455	27	20	18	33	1.96
27306596--27307098	177	2.8	177	87	1	706	27	20	18	33	1.96
27323629--27323658	12	2.5	12	88	0	51	40	0	0	60	0.97
27327873--27327900	12	2.3	12	100	0	56	42	14	17	25	1.87
27330426--27330593	61	2.8	61	81	0	185	30	13	26	29	1.94
27330927--27330957	16	1.9	16	93	0	53	9	6	9	74	1.23
27340611--27340668	30	1.9	31	85	3	82	48	5	22	24	1.71
27349325--27349385	25	2.4	25	81	5	70	39	1	1	57	1.18
27355641--27355675	14	2.5	14	90	0	52	14	11	8	65	1.46
27357370--27357486	62	1.9	59	87	5	171	41	3	3	51	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27358582--27358653	31	2.3	31	100	0	144	5	20	33	40	1.76
27362853--27362890	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
27364535--27364588	26	2.1	26	100	0	108	29	16	14	38	1.89
27368473--27368729	47	5.4	47	89	3	365	33	9	30	26	1.88
27368580--27368701	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
27372263--27372371	57	1.9	57	92	0	182	44	16	11	28	1.82
27372263--27372385	57	2.2	57	88	2	176	43	17	12	26	1.84
27380829--27380858	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
27384328--27384364	16	2.2	18	85	9	51	54	2	0	43	1.14
27384628--27384670	22	2.0	22	100	0	86	27	25	0	46	1.53
27386506--27386538	16	2.1	16	100	0	66	42	21	6	30	1.77
27389786--27389830	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
27392756--27392828	39	1.9	37	86	10	103	42	4	2	50	1.35
27392820--27392935	61	1.9	59	82	6	144	40	3	6	50	1.44
27398322--27398348	12	2.2	12	100	0	54	85	0	0	14	0.61
27398522--27398580	5	12.0	5	76	16	61	76	1	0	22	0.88
27398436--27398580	34	4.3	33	67	20	86	73	1	3	22	1.06
27398489--27398580	15	6.1	14	75	20	71	76	1	2	20	0.96
27398832--27399027	104	1.9	102	85	6	270	23	27	26	23	2.00
27401948--27402009	6	10.2	6	79	10	72	79	1	3	16	0.95
27405515--27405545	16	1.9	16	93	0	53	9	6	9	74	1.23
27424801--27424841	20	2.1	20	90	4	66	70	2	0	26	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27425295--27425326	14	2.3	14	100	0	64	40	21	15	21	1.91
27428878--27428966	44	2.0	44	93	0	151	22	22	16	38	1.93
27430203--27430266	32	2.0	32	96	0	119	26	23	12	37	1.90
27433964--27433994	15	2.1	15	100	0	62	48	25	0	25	1.52
27434034--27434222	25	7.6	25	74	5	159	26	14	23	34	1.94
27434034--27434222	50	3.8	50	79	7	204	26	14	23	34	1.94
27434058--27434222	75	2.2	75	79	3	188	27	15	23	33	1.94
27437807--27438026	39	5.6	39	81	11	252	24	27	22	25	2.00
27445905--27446072	39	4.3	39	83	10	218	25	27	21	25	1.99
27460524--27460666	40	3.6	39	84	5	171	20	28	17	33	1.95
27465808--27465861	15	3.7	15	71	14	58	22	7	29	40	1.81
27466409--27466643	119	2.0	119	84	1	310	29	22	11	36	1.89
27474460--27474557	29	3.3	31	72	18	91	28	16	28	26	1.97
27476572--27476610	15	2.6	15	84	12	53	35	0	10	53	1.35
27480213--27480371	64	2.5	63	82	6	187	25	25	28	20	1.99
27480269--27480424	64	2.5	64	88	1	215	23	23	30	21	1.99
27487211--27487253	17	2.5	17	92	0	68	46	2	20	30	1.63
27489080--27489126	20	2.5	20	83	16	66	8	10	2	78	1.04
27489081--27489126	19	2.6	17	80	19	58	8	10	2	78	1.05
27489752--27489877	63	2.0	64	85	1	173	29	23	24	23	1.99
27493460--27493837	190	2.0	189	93	0	639	33	10	20	35	1.87
27495132--27495181	10	4.9	10	83	11	57	42	0	4	54	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27497786--27497813	6	4.7	6	100	0	56	71	0	0	28	0.86
27500614--27500837	40	5.6	39	80	9	231	25	21	27	25	1.99
27500613--27500860	119	2.1	119	84	6	324	26	20	26	26	1.99
27508870--27509113	40	6.1	39	83	7	269	25	22	27	25	2.00
27508870--27509127	119	2.2	119	85	5	335	25	21	27	25	2.00
27511069--27511107	16	2.4	16	91	4	60	28	0	2	69	1.02
27511088--27511121	9	3.7	9	84	7	50	26	2	0	70	1.01
27516821--27516861	6	7.3	6	86	8	52	0	0	12	87	0.53
27516830--27516864	8	4.5	8	96	3	63	0	0	8	91	0.42
27516824--27516864	16	2.7	15	88	7	64	0	0	9	90	0.46
27516824--27516865	22	1.9	22	95	0	75	0	0	11	88	0.53
27528025--27528086	30	2.1	30	87	0	88	41	1	35	20	1.62
27528131--27528164	9	3.8	9	88	0	50	29	8	14	47	1.75
27533620--27533646	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
27533735--27533843	28	3.9	27	80	8	112	25	15	15	43	1.86
27533733--27533843	56	2.0	56	85	3	152	26	15	15	43	1.86
27551808--27552077	27	10.0	27	81	2	283	19	17	21	42	1.89
27554936--27554983	18	2.7	18	90	0	78	37	0	2	60	1.09
27555554--27555607	17	3.3	17	68	19	51	29	3	22	44	1.70
27555549--27555617	32	2.1	33	91	2	113	30	2	23	43	1.68
27556043--27556118	14	5.5	13	76	11	80	15	34	38	11	1.84
27556043--27556127	28	3.0	28	100	0	170	14	32	38	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27557467--27558022	47	11.7	47	95	1	943	29	29	8	32	1.87
27561642--27561693	25	2.1	25	85	7	70	30	32	7	28	1.85
27561869--27562263	40	9.8	40	89	2	569	27	28	20	23	1.99
27563638--27564005	47	7.7	47	90	3	549	29	29	8	32	1.87
27563638--27564005	192	1.9	188	89	3	567	29	29	8	32	1.87
27566819--27566878	30	2.0	30	96	0	111	45	11	3	40	1.57
27581560--27581621	27	2.3	27	78	10	72	16	29	19	35	1.93
27585797--27585854	26	2.3	26	82	5	75	56	1	1	39	1.19
27585797--27585855	25	2.4	24	78	13	66	57	1	1	38	1.19
27586550--27586606	30	1.9	30	85	7	80	45	12	8	33	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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