genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  80  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22657246--22657668	122	3.5	119	89	4	641	46	2	9	41	1.49
22657558--22657789	100	2.3	99	92	3	383	44	1	8	45	1.42
22659450--22659848	125	3.2	124	88	1	559	29	22	15	32	1.94
22661103--22661162	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
22661376--22661412	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
22661465--22661499	18	1.9	18	100	0	70	37	17	11	34	1.85
22661514--22661538	10	2.5	10	100	0	50	12	12	12	64	1.51
22661636--22661749	7	16.6	7	76	3	97	46	33	0	19	1.56
22661977--22662014	19	2.0	19	100	0	76	36	10	5	47	1.61
22662037--22662194	76	2.1	76	83	2	192	28	24	18	28	1.98
22663620--22663649	6	5.0	6	100	0	60	50	0	0	50	1.00
22663741--22663783	23	2.0	23	86	9	63	51	0	2	46	1.13
22668738--22668783	23	2.0	23	100	0	92	30	17	17	34	1.93
22669123--22669169	4	11.0	4	82	13	58	4	21	2	72	1.12
22675962--22676006	20	2.3	20	88	3	65	42	11	11	35	1.76
22676781--22676820	20	2.0	20	95	0	71	47	10	7	35	1.65
22678293--22678329	15	2.3	17	86	9	51	54	0	0	45	1.00
22683636--22683699	30	2.1	30	88	5	94	56	0	0	43	0.99
22685845--22685882	20	1.9	19	89	5	58	39	0	18	42	1.50
22685807--22686001	58	3.4	56	78	9	187	36	2	13	48	1.54
22686098--22686199	40	2.5	39	82	10	116	33	20	12	33	1.90
22686179--22686276	38	2.6	38	81	4	117	42	17	6	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22686807--22687006	80	2.5	81	86	2	258	35	14	14	36	1.86
22688159--22688183	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
22691986--22692115	41	3.2	42	80	8	151	21	27	20	30	1.98
22692001--22692133	41	3.2	40	82	2	140	22	27	21	28	1.99
22700522--22700552	16	1.9	16	93	0	53	67	0	0	32	0.91
22702150--22702602	46	10.0	46	64	13	168	29	23	19	27	1.98
22702211--22702502	45	6.4	45	64	13	130	29	23	19	27	1.98
22702190--22702422	95	2.6	88	84	10	324	29	23	20	27	1.98
22702209--22702402	95	2.0	95	97	0	370	29	23	18	28	1.98
22702304--22702711	134	3.0	134	96	0	753	29	23	19	27	1.98
22702100--22702530	229	1.9	230	95	0	774	29	23	20	26	1.99
22702653--22703233	88	6.6	89	82	4	554	29	27	15	27	1.96
22702661--22703205	132	4.1	132	84	2	560	29	26	15	27	1.96
22702707--22703235	220	2.4	219	91	2	880	29	26	15	27	1.96
22704700--22704748	24	2.2	23	85	10	66	6	6	8	79	1.05
22706056--22706180	62	2.0	62	92	0	205	34	6	19	40	1.77
22708415--22708445	16	1.9	16	93	0	53	67	0	0	32	0.91
22709842--22709903	31	2.0	31	96	0	115	35	27	9	27	1.88
22710097--22710290	41	4.7	41	85	3	239	20	28	21	28	1.98
22717248--22717280	17	2.0	16	94	5	57	54	3	0	42	1.15
22717248--22717293	22	2.0	23	83	4	58	50	2	0	47	1.13
22717362--22717404	19	2.4	18	76	7	52	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22723397--22723435	14	2.7	14	84	4	51	58	2	2	35	1.25
22725807--22725884	39	2.0	39	100	0	156	25	23	20	30	1.98
22728516--22728580	29	2.2	29	86	0	85	18	29	29	23	1.98
22730011--22730117	23	4.6	25	73	22	83	47	0	0	51	1.07
22730054--22730099	19	2.4	19	85	7	58	45	0	0	54	0.99
22732649--22732687	19	2.1	19	100	0	78	43	10	5	41	1.61
22738981--22739030	6	8.2	6	79	16	50	18	4	0	78	0.91
22748912--22749032	57	2.1	57	87	0	179	49	13	5	31	1.65
22749571--22749609	20	2.0	20	85	5	53	58	7	5	28	1.47
22749853--22749901	24	2.0	24	96	0	89	38	26	0	34	1.57
22753010--22753226	46	4.6	46	83	11	269	32	16	22	29	1.95
22763304--22763626	160	2.0	161	96	0	603	42	7	18	32	1.78
22763821--22763954	50	2.6	51	80	5	139	27	19	24	28	1.99
22766887--22766963	37	2.1	37	95	0	136	24	24	0	50	1.49
22771583--22771617	17	2.1	17	89	5	54	48	0	2	48	1.16
22777751--22777787	19	1.9	19	94	0	65	37	29	18	13	1.90
22779931--22780200	137	2.0	137	85	1	371	28	8	23	39	1.83
22780704--22780745	10	4.2	10	80	20	52	61	0	38	0	0.96
22780697--22780745	6	8.3	6	84	8	57	63	2	34	0	1.06
22780883--22780946	23	2.6	25	82	4	78	46	23	7	21	1.77
22782716--22782780	28	2.3	28	92	5	105	38	10	1	49	1.47
22782776--22782820	9	5.0	9	86	8	65	86	8	2	2	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22782851--22782928	27	2.9	27	85	11	97	28	25	29	16	1.97
22782975--22783047	19	4.2	17	75	18	71	65	0	34	0	0.93
22782977--22783048	10	6.6	10	73	17	54	68	0	31	0	0.90
22782977--22783063	24	3.7	23	72	11	61	66	0	33	0	0.92
22782980--22783084	28	3.6	28	76	17	99	67	0	31	0	0.97
22783074--22783140	30	2.3	29	82	14	84	68	0	31	0	0.90
22782976--22783135	33	4.8	32	73	16	112	66	0	32	0	0.96
22783829--22783869	19	2.2	19	90	0	64	24	0	4	70	1.06
22783894--22783961	27	2.5	27	90	4	111	42	10	0	47	1.37
22787440--22787477	18	2.1	18	90	0	58	18	39	5	36	1.73
22787443--22787484	18	2.3	18	83	0	57	23	42	2	30	1.67
22788160--22788193	3	11.7	3	93	6	61	64	0	0	35	0.94
22788502--22788539	18	2.1	18	95	0	67	15	23	31	28	1.96
22788764--22788829	31	2.1	31	82	0	78	59	1	4	34	1.27
22808702--22808733	11	2.9	11	100	0	64	65	9	15	9	1.46
22821088--22821135	25	1.9	25	91	8	80	14	14	10	60	1.59
22821982--22822694	44	16.2	44	76	7	653	28	15	26	29	1.96
22821982--22822694	132	5.4	132	92	1	1180	28	15	26	29	1.96
22824073--22824136	27	2.4	27	81	0	83	26	3	4	65	1.27
22830562--22830613	20	2.7	19	82	5	68	69	0	0	30	0.89
22830588--22830619	15	2.1	15	94	0	55	71	0	0	28	0.86
22834284--22834342	24	2.5	24	85	0	82	20	27	16	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22843319--22843394	15	5.2	15	74	13	61	34	2	6	56	1.39
22843302--22843345	7	6.6	7	97	2	74	29	0	13	56	1.38
22844669--22844747	29	2.8	29	78	1	88	18	17	25	37	1.93
22847854--22847911	21	2.9	21	76	5	66	46	24	17	12	1.81
22847871--22847941	21	3.4	21	74	0	61	40	21	23	14	1.89
22847879--22848014	42	3.2	41	79	8	139	44	19	19	16	1.86
22856466--22856659	41	4.7	41	80	5	214	17	23	22	37	1.94
22856464--22856659	82	2.4	82	96	1	358	16	23	21	37	1.93
22856799--22856975	82	2.2	82	93	0	309	29	14	19	36	1.92
22857875--22857911	10	3.7	10	92	0	65	43	0	13	43	1.44
22857979--22858030	27	1.9	27	88	0	77	40	0	9	50	1.35
22859344--22859373	14	2.1	14	100	0	60	26	13	6	53	1.64
22859899--22859938	11	3.7	11	90	3	64	35	10	27	27	1.89
22860132--22860164	11	3.1	11	82	8	50	21	0	18	60	1.36
22860146--22860908	380	2.0	380	100	0	1526	27	9	13	49	1.74
22861186--22861484	17	16.6	17	70	24	161	43	11	1	42	1.51
22861203--22861366	40	3.7	40	73	24	157	43	10	1	43	1.50
22861177--22861326	57	2.6	57	95	2	266	44	11	1	42	1.48
22861206--22861517	97	3.2	97	93	4	518	42	10	2	44	1.52
22861303--22861427	57	2.1	60	92	5	211	44	12	1	42	1.51
22861198--22861500	101	3.0	100	93	5	533	42	10	1	44	1.50
22861352--22861467	44	2.7	43	90	5	184	43	11	1	43	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22861396--22861517	57	2.1	57	92	0	199	41	10	2	45	1.52
22861489--22861559	13	5.5	13	86	0	106	39	7	2	50	1.44
22861489--22861560	26	2.8	26	100	0	144	40	6	2	50	1.44
22861709--22861856	74	2.0	74	100	0	296	51	1	6	40	1.37
22861893--22862162	26	10.8	26	85	9	330	46	20	1	31	1.60
22861912--22861991	19	4.4	19	68	21	64	47	18	0	33	1.49
22861897--22861977	19	4.5	19	73	20	84	46	18	0	34	1.49
22861893--22862192	121	2.5	120	84	7	390	46	20	1	32	1.59
22862154--22862197	9	4.9	9	79	20	56	43	20	0	36	1.52
22862137--22862197	18	3.4	17	88	8	70	44	21	0	34	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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