genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20977645--20977680	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
20977954--20977997	11	4.0	11	82	11	54	31	0	6	61	1.22
20977968--20978006	13	3.2	12	85	14	53	33	0	2	64	1.08
20977955--20978011	11	5.0	11	77	8	51	38	0	3	57	1.16
20982432--20982515	41	2.0	41	97	0	159	32	9	13	45	1.75
20997379--20997597	27	8.1	27	86	0	222	15	15	38	31	1.88
20997411--20997597	81	2.3	81	85	0	275	13	15	40	30	1.86
20997419--20997597	54	3.3	54	88	0	259	13	15	40	30	1.87
21002152--21002274	33	3.8	32	80	9	131	22	44	4	28	1.71
21002253--21002295	21	2.0	21	90	0	68	16	46	6	30	1.73
21002234--21002361	54	2.4	54	81	6	152	23	42	5	28	1.76
21008745--21009441	134	5.2	134	82	2	731	36	13	20	30	1.90
21009424--21009499	39	1.9	39	83	0	98	36	13	26	23	1.91
21031670--21031755	21	4.0	23	80	11	110	37	24	22	16	1.93
21031670--21031756	44	2.0	41	86	6	120	36	24	21	17	1.94
21032110--21032141	16	1.9	17	93	6	57	25	21	0	53	1.46
21035791--21035826	16	2.2	17	90	5	56	47	0	11	41	1.39
21042891--21042939	24	2.0	24	88	0	71	18	12	26	42	1.85
21047366--21047409	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
21047475--21047644	59	2.9	59	98	0	322	44	9	5	40	1.59
21047655--21047696	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
21047670--21047725	23	2.5	23	82	2	69	44	1	1	51	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21047956--21048025	27	2.6	27	86	6	97	41	10	1	47	1.46
21048157--21048287	4	32.0	4	73	19	94	70	0	29	0	0.88
21048165--21048298	18	6.9	18	71	18	85	68	0	31	0	0.90
21048158--21048353	40	5.1	39	79	16	196	69	0	30	0	0.88
21048157--21048353	79	2.5	79	84	12	250	69	0	30	0	0.89
21053741--21053785	18	2.5	18	85	0	63	17	46	6	28	1.73
21054635--21054669	3	11.7	3	100	0	70	68	31	0	0	0.90
21054914--21054998	27	3.1	27	98	0	161	17	30	29	22	1.97
21055061--21055129	27	2.5	27	83	6	86	47	1	10	40	1.46
21055065--21055129	28	2.4	27	84	7	87	47	1	10	40	1.48
21056505--21056584	23	3.5	23	98	0	151	58	0	3	37	1.16
21059341--21059383	20	2.1	20	91	4	68	51	0	0	48	1.00
21060421--21060451	6	5.0	6	96	4	53	80	0	3	16	0.83
21065642--21065837	27	7.3	26	84	4	230	18	16	20	43	1.88
21065624--21065837	81	2.7	79	84	5	277	19	16	21	42	1.89
21072036--21072251	37	5.8	37	68	17	115	32	24	17	25	1.96
21071988--21072209	110	2.0	110	92	1	374	33	22	17	25	1.96
21072140--21072245	37	2.7	39	76	10	117	34	20	16	27	1.95
21073122--21073192	16	4.4	16	73	23	53	2	26	4	66	1.24
21073160--21073202	16	2.6	16	85	10	52	2	27	0	69	1.00
21082141--21082175	15	2.3	15	100	0	70	22	22	11	42	1.85
21091087--21091132	18	2.5	18	86	10	58	28	2	2	67	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21091433--21091479	20	2.3	22	75	20	57	74	0	25	0	0.82
21096633--21096676	16	2.7	16	85	3	52	43	0	0	56	0.99
21096664--21096726	11	6.0	11	77	22	73	42	3	0	53	1.16
21096671--21096705	18	2.0	18	94	5	63	40	2	0	57	1.14
21096656--21096774	40	2.9	41	77	13	145	45	2	0	52	1.14
21096643--21096770	41	3.2	39	78	6	139	45	2	0	52	1.13
21097088--21097137	18	2.7	18	81	15	57	32	0	8	60	1.26
21097567--21097626	30	2.0	30	100	0	120	36	10	23	30	1.87
21098757--21098839	20	4.1	20	81	10	89	40	0	4	54	1.22
21098747--21098844	10	9.5	10	66	20	51	39	0	4	56	1.19
21102099--21102214	27	4.3	27	81	1	126	22	18	16	42	1.89
21102141--21102223	27	3.1	27	74	10	80	22	18	20	38	1.93
21106963--21106987	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
21107059--21107090	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
21107257--21107310	15	3.6	14	73	11	54	14	0	31	53	1.41
21107270--21107333	29	2.2	30	82	2	76	18	1	31	48	1.58
21107363--21107419	30	1.9	29	82	3	69	21	1	19	57	1.49
21115415--21115442	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
21115968--21116286	160	2.0	161	84	3	419	37	16	13	31	1.88
21118339--21118380	17	2.5	17	80	7	50	28	0	7	64	1.20
21123522--21123617	42	2.3	42	83	1	113	27	22	20	29	1.99
21128263--21128314	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21130442--21130477	18	2.0	18	100	0	72	27	16	16	38	1.90
21134705--21134773	31	2.3	30	82	7	77	43	20	11	24	1.85
21134805--21134846	21	2.0	20	86	4	57	33	21	23	21	1.97
21135312--21135376	12	5.6	12	75	14	64	23	7	12	56	1.61
21135310--21135367	28	2.1	28	86	0	80	20	6	12	60	1.54
21135393--21135427	12	2.9	12	91	0	52	20	8	17	54	1.68
21135393--21135427	18	1.9	18	88	0	52	20	8	17	54	1.68
21135651--21135691	20	2.0	22	85	9	59	19	9	14	56	1.66
21137625--21137679	28	2.0	28	88	0	83	29	7	16	47	1.73
21138357--21138408	21	2.5	21	81	6	61	38	40	11	9	1.74
21138846--21138890	23	2.0	23	86	4	65	57	4	15	22	1.56
21139392--21140087	346	2.0	347	98	0	1340	32	14	13	40	1.84
21140265--21140322	29	2.0	30	83	10	75	44	3	8	43	1.51
21152788--21152822	18	2.0	17	88	5	52	5	0	17	77	0.96
21156781--21156867	42	2.1	42	100	0	174	41	4	22	31	1.74
21160034--21160076	19	2.2	20	84	12	63	32	20	0	46	1.51
21160267--21160319	23	2.3	23	80	9	63	35	24	20	18	1.95
21160333--21160409	23	3.3	23	83	0	91	45	18	15	20	1.85
21164127--21164168	21	2.0	21	85	0	57	33	0	23	42	1.55
21164507--21164592	25	3.4	26	80	7	97	22	27	13	36	1.92
21164603--21164655	24	2.2	24	83	6	63	16	24	20	37	1.93
21164691--21164772	25	3.3	24	72	3	74	23	29	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21164671--21164769	50	2.0	50	84	7	130	23	26	19	31	1.98
21168384--21168416	5	6.6	5	92	0	57	54	0	3	42	1.15
21172127--21172170	5	8.8	5	83	16	56	0	18	2	79	0.83
21172133--21172170	14	2.6	15	91	4	60	0	18	0	81	0.69
21174086--21174120	17	2.1	17	100	0	70	17	11	31	40	1.85
21174413--21174458	23	2.0	23	86	0	65	60	2	0	36	1.09
21177405--21177695	44	6.6	45	76	12	164	29	20	17	31	1.96
21177441--21177738	88	3.4	89	82	1	339	30	21	16	30	1.96
21177431--21177738	132	2.3	131	82	3	332	30	21	16	31	1.95
21177448--21177740	44	6.6	44	79	4	232	30	21	17	31	1.96
21185783--21185829	19	2.3	21	79	17	55	46	6	19	27	1.74
21189950--21191269	669	2.0	668	97	0	2505	30	21	12	35	1.91
21198117--21198164	21	2.2	21	81	3	60	8	0	12	79	0.94
21198384--21198426	6	6.7	6	80	15	50	34	30	0	34	1.58
21204397--21204448	22	2.4	22	87	3	70	42	7	25	25	1.81
21204743--21204868	65	1.9	65	84	6	166	62	1	26	8	1.33
21205867--21205978	44	2.5	44	86	0	170	41	12	16	29	1.86
21218692--21218761	3	24.0	3	78	5	72	65	1	4	28	1.20
21223564--21223608	18	2.5	18	88	0	63	37	11	13	37	1.80
21223831--21223878	18	2.5	20	77	22	57	14	10	45	29	1.78
21223840--21223884	18	2.5	18	89	7	65	13	13	46	26	1.80
21229665--21229706	17	2.6	16	78	17	50	57	9	0	33	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21230157--21230193	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
21231744--21231942	104	1.9	104	91	0	326	32	14	11	41	1.82
21240104--21240140	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
21244376--21244457	31	2.7	29	71	15	76	47	6	0	46	1.27
21245531--21245569	14	2.8	14	100	0	78	41	12	0	46	1.42
21245842--21245906	22	2.9	23	73	13	64	49	1	4	44	1.32
21247396--21247467	36	2.0	36	100	0	144	36	11	22	30	1.89
21253113--21253178	32	2.0	33	97	2	125	34	12	12	40	1.80
21255711--21255761	26	2.0	25	81	11	59	47	11	7	33	1.69
21258787--21258830	18	2.4	18	96	0	79	20	36	20	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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