genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  69  of  199  ( 23844 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19506702--19506904	46	4.3	48	87	7	256	36	14	21	28	1.92
19506640--19506904	98	2.7	98	92	0	440	35	14	21	27	1.93
19506868--19507013	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
19508600--19508627	13	2.2	13	100	0	56	35	14	7	42	1.73
19512028--19512063	6	5.8	6	96	3	63	33	0	0	66	0.92
19520060--19520094	18	2.0	17	88	5	52	60	8	2	28	1.41
19520530--19520568	14	2.7	15	84	4	53	48	0	0	51	1.00
19521216--19521265	11	4.5	11	78	7	57	24	30	2	44	1.65
19521216--19521265	22	2.3	22	89	6	75	24	30	2	44	1.65
19522282--19522309	13	2.2	13	100	0	56	50	7	0	42	1.30
19522454--19522508	18	3.0	18	73	21	51	41	0	1	56	1.10
19523273--19523322	25	1.9	27	88	8	77	54	6	4	36	1.44
19525612--19525647	18	2.0	18	88	0	54	22	25	0	52	1.47
19526205--19526376	91	1.9	88	86	8	240	37	15	7	39	1.75
19529606--19529732	50	2.5	51	83	6	161	25	22	30	22	1.99
19536448--19536475	8	3.5	8	100	0	56	0	10	0	89	0.49
19539322--19539373	22	2.4	22	81	9	63	17	5	3	73	1.19
19540905--19540956	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
19540990--19541026	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
19541012--19541047	18	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
19541011--19541088	29	2.6	29	78	19	79	53	0	0	46	1.00
19541040--19541089	16	3.2	16	70	18	52	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19541021--19541086	29	2.2	30	86	10	91	54	0	0	45	0.99
19545053--19545103	22	2.3	22	93	6	86	27	29	0	43	1.55
19546957--19546991	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
19547468--19547605	25	5.7	25	76	14	155	41	0	13	44	1.49
19547424--19547603	95	1.9	94	95	1	324	40	0	13	46	1.47
19547414--19547595	44	4.0	44	79	15	215	39	0	13	47	1.47
19547601--19547807	23	8.6	23	74	18	122	45	26	0	27	1.54
19547621--19548273	29	23.5	29	76	19	532	45	25	0	28	1.54
19547671--19547730	21	2.9	21	95	5	104	48	25	0	26	1.52
19547675--19547783	21	4.9	20	82	14	94	46	27	0	25	1.53
19547785--19547859	37	2.0	37	94	0	132	44	21	0	34	1.53
19547606--19548060	118	3.8	115	81	11	458	44	25	0	29	1.54
19547822--19548273	59	8.0	58	78	12	460	45	25	0	28	1.54
19547822--19548273	88	5.3	86	77	15	453	45	25	0	28	1.54
19547621--19548075	213	2.2	212	83	8	571	45	25	0	29	1.54
19548066--19548333	22	11.5	22	70	21	101	46	26	0	26	1.56
19548017--19548336	94	3.4	92	81	8	410	46	25	0	28	1.56
19548106--19548277	74	2.3	74	86	10	260	46	26	0	27	1.53
19547899--19548342	190	2.2	198	84	11	568	45	25	0	28	1.57
19548254--19548318	20	3.2	21	83	10	82	44	26	1	27	1.63
19548390--19548557	37	4.4	37	64	15	99	41	8	6	43	1.62
19548336--19548575	116	2.1	116	96	0	444	38	8	9	43	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19548551--19548592	17	2.4	18	80	4	50	42	7	4	45	1.52
19551605--19552081	126	3.8	126	88	1	699	33	21	14	29	1.93
19560723--19560779	5	11.4	5	92	7	98	42	0	0	57	0.98
19561360--19561403	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
19561639--19561685	24	2.0	23	84	12	60	51	4	14	29	1.62
19567142--19567182	13	3.1	14	86	10	59	51	12	17	19	1.76
19569160--19569215	26	2.2	26	90	3	87	44	10	14	30	1.79
19572778--19572829	22	2.6	20	76	11	54	63	3	1	30	1.23
19574412--19574566	41	3.8	41	86	0	220	21	21	25	31	1.98
19575810--19575866	29	2.0	29	89	0	87	22	7	26	43	1.78
19576122--19576171	24	2.0	25	84	3	66	38	4	0	58	1.17
19581255--19581343	42	2.1	42	83	8	110	22	13	30	33	1.92
19581234--19581461	117	1.9	118	92	0	386	25	11	25	37	1.90
19581387--19581676	43	6.7	43	88	0	391	23	20	32	24	1.98
19586960--19587008	22	2.3	22	86	6	66	24	22	14	38	1.91
19593882--19594038	50	3.1	50	73	5	172	29	26	17	26	1.97
19598019--19598060	13	3.1	14	83	10	61	33	16	4	45	1.69
19599277--19599320	22	2.0	22	82	8	54	50	2	2	45	1.27
19599788--19599882	20	5.1	18	69	18	61	32	4	2	61	1.27
19609772--19609821	25	2.0	25	100	0	100	40	16	4	40	1.67
19611928--19611958	11	2.7	11	95	5	53	9	19	0	70	1.14
19617016--19617081	34	1.9	35	93	3	116	22	16	10	50	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19617502--19617557	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
19625873--19625928	20	2.9	19	77	15	62	50	0	1	48	1.11
19632174--19632207	14	2.3	15	85	10	52	70	0	0	29	0.87
19643788--19643815	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
19644107--19644142	18	2.0	18	88	0	54	58	2	2	36	1.27
19645563--19645593	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
19653528--19653569	20	2.1	20	82	8	50	9	11	4	73	1.22
19653955--19654000	24	1.9	24	86	8	67	28	0	10	60	1.30
19658288--19658327	20	2.0	21	85	5	55	37	0	0	62	0.95
19659411--19659691	41	6.9	41	93	0	463	18	20	29	30	1.97
19659774--19659919	79	1.9	76	90	5	229	17	39	6	37	1.74
19663624--19663798	43	4.1	43	81	5	189	23	15	29	31	1.95
19663624--19663798	86	2.1	84	83	6	219	23	15	29	31	1.95
19663900--19663942	22	2.0	22	90	0	68	41	25	20	11	1.86
19664368--19664500	63	2.1	64	98	1	259	29	8	13	48	1.71
19666331--19666372	16	2.7	16	85	3	50	61	0	2	35	1.09
19666693--19666717	12	2.1	12	100	0	50	0	16	0	84	0.63
19668379--19668454	31	2.5	31	82	0	98	40	6	7	44	1.59
19668766--19668807	21	2.0	21	100	0	84	28	19	19	33	1.96
19672208--19672260	15	3.5	15	100	0	106	47	45	0	7	1.31
19672216--19672258	8	5.6	8	78	10	54	46	48	0	4	1.22
19673275--19673327	3	17.7	3	92	0	70	32	5	1	60	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19675604--19675648	23	1.9	24	81	4	56	37	4	0	57	1.19
19675610--19675653	23	1.9	23	81	9	54	38	2	0	59	1.10
19676204--19676236	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
19676582--19676621	20	2.0	20	85	5	53	50	0	7	42	1.30
19677836--19677951	38	3.1	37	64	24	91	62	0	7	29	1.29
19677773--19678036	73	3.7	72	86	4	345	61	2	7	28	1.36
19677836--19677949	35	3.2	35	65	20	90	61	0	7	29	1.30
19677773--19678052	146	1.9	146	86	2	402	62	2	7	27	1.35
19680056--19680288	95	2.4	96	86	2	326	31	20	13	33	1.92
19680024--19680469	45	9.6	46	73	13	283	30	19	16	33	1.94
19680120--19680475	137	2.6	140	84	5	490	30	19	16	33	1.94
19683808--19683863	15	3.5	17	79	16	57	64	7	3	25	1.35
19683995--19684023	15	1.9	15	100	0	58	55	0	10	34	1.34
19685910--19685942	17	1.9	17	93	0	57	21	3	0	75	0.93
19686147--19686196	12	3.9	13	75	12	50	14	6	12	68	1.39
19692883--19693297	87	4.8	87	92	0	652	29	22	23	24	1.99
19693376--19693487	44	2.5	44	77	11	113	28	23	26	21	1.99
19697100--19697132	15	2.1	16	88	5	50	9	9	0	81	0.87
19697781--19697897	41	2.7	44	83	8	143	28	18	22	30	1.97
19697738--19698260	44	11.8	45	72	10	227	28	21	18	31	1.97
19697910--19698087	89	2.0	89	84	2	232	28	24	17	29	1.98
19698323--19698674	182	1.9	181	82	4	440	28	21	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19698605--19698714	44	2.5	44	81	8	125	30	23	20	26	1.98
19699587--19699651	31	2.1	31	86	11	89	1	21	0	76	0.86
19699618--19699647	13	2.3	13	94	0	51	3	20	0	76	0.92
19704561--19704616	15	3.5	17	79	16	57	64	7	3	25	1.35
19704748--19704782	12	2.9	12	95	0	61	60	0	5	34	1.21
19704751--19704782	3	10.7	3	93	0	55	62	0	3	34	1.11
19705717--19705746	15	1.9	16	93	6	53	10	6	0	83	0.81
19707753--19707815	29	2.2	28	85	5	81	23	14	15	46	1.83
19714234--19714273	18	2.2	19	86	8	57	2	22	0	75	0.93
19714241--19714297	21	2.5	23	86	8	73	3	21	5	70	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199