genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  62  of  199  ( 23844 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17777262--17777317	21	2.6	21	75	11	51	12	17	0	69	1.18
17783021--17783049	14	2.1	14	100	0	58	13	17	41	27	1.87
17785230--17785519	44	6.6	44	91	0	436	30	25	12	31	1.93
17785601--17785919	44	7.2	44	65	13	154	27	24	18	29	1.98
17785511--17785917	132	3.1	131	89	2	600	28	24	17	29	1.97
17785896--17786094	44	4.5	43	76	5	200	31	23	14	31	1.94
17785320--17786487	573	2.0	568	86	2	1644	29	24	16	28	1.97
17786217--17786409	44	4.4	43	64	13	115	27	25	19	27	1.99
17786084--17786860	132	5.9	132	93	1	1285	29	24	18	27	1.98
17786084--17786860	261	3.0	261	92	1	1270	29	24	18	27	1.98
17786084--17786860	393	2.0	395	91	1	1283	29	24	18	27	1.98
17788106--17788147	7	6.0	7	79	20	52	14	16	0	69	1.20
17790972--17791015	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
17791461--17791496	17	2.1	17	89	5	54	47	16	16	19	1.83
17795379--17795424	17	2.8	17	75	24	53	47	0	0	52	1.00
17798665--17798700	17	2.0	19	89	10	58	19	0	8	72	1.10
17799484--17799536	21	2.5	21	87	0	70	20	32	28	18	1.97
17806420--17806556	25	5.5	25	80	7	129	32	20	22	24	1.98
17811860--17811901	14	3.1	14	79	3	50	52	2	4	40	1.35
17813672--17813728	24	2.2	27	84	12	84	28	10	12	49	1.73
17816043--17816091	20	2.4	21	83	6	66	2	20	4	73	1.10
17816038--17816092	20	2.5	23	74	20	62	1	21	3	72	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17816636--17816772	63	2.2	63	87	0	193	31	25	18	24	1.98
17816638--17816820	63	2.9	63	82	4	190	30	25	21	22	1.99
17825615--17825654	20	2.0	20	90	5	62	27	0	5	67	1.11
17829721--17830148	140	3.1	140	91	1	671	28	19	19	31	1.97
17830013--17830535	126	4.0	124	78	8	474	28	18	20	31	1.97
17830271--17830530	140	1.9	140	83	1	342	28	18	21	32	1.96
17831902--17831974	29	2.4	30	72	20	80	35	6	13	43	1.71
17834119--17834489	36	10.1	37	78	9	316	27	21	13	38	1.91
17834137--17834459	74	4.4	72	76	8	204	27	21	13	37	1.90
17834119--17834478	184	2.0	185	86	3	512	27	21	13	37	1.91
17834119--17834489	109	3.4	108	79	8	349	27	21	13	38	1.91
17845927--17845975	23	2.1	23	88	0	71	40	4	18	36	1.70
17847146--17847257	51	2.2	50	84	4	145	46	8	16	28	1.76
17851393--17851440	22	2.2	22	88	7	71	29	6	2	62	1.31
17851376--17851444	29	2.4	28	73	7	66	37	5	1	55	1.33
17852315--17852370	29	1.9	29	85	7	78	44	10	8	35	1.71
17852398--17852495	49	2.0	49	97	0	187	44	25	4	25	1.71
17856282--17856361	42	1.9	42	87	5	117	32	18	21	27	1.97
17856282--17856493	86	2.5	86	79	2	219	28	18	20	31	1.97
17856330--17856497	43	3.8	44	82	3	205	25	19	21	34	1.96
17856330--17856497	86	1.9	87	85	2	230	25	19	21	34	1.96
17856652--17857246	43	13.8	43	91	1	804	24	29	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17857560--17857618	21	2.8	21	94	0	100	6	45	15	32	1.72
17857579--17857766	87	2.2	87	84	1	234	12	31	15	40	1.85
17864990--17865020	16	1.9	16	93	0	53	32	6	25	35	1.82
17865764--17865808	23	2.0	23	82	8	56	40	31	6	22	1.80
17866543--17866587	23	2.0	23	82	8	56	40	31	6	22	1.80
17865435--17867010	779	2.0	781	94	2	2757	39	18	9	33	1.82
17867477--17867555	41	1.9	41	89	0	122	30	26	21	21	1.98
17867840--17867987	40	3.7	40	77	8	131	18	19	23	37	1.94
17868433--17868483	21	2.4	21	90	0	75	1	45	19	33	1.62
17868368--17868527	87	1.8	87	87	0	230	13	30	17	38	1.88
17873959--17873995	7	5.0	7	87	12	56	29	0	16	54	1.43
17874573--17874698	21	6.0	21	71	16	91	33	3	17	46	1.64
17873966--17874593	9	70.4	9	74	10	492	33	1	17	47	1.57
17874628--17874656	8	3.8	8	90	9	51	27	0	10	62	1.28
17874626--17874656	15	2.1	15	100	0	62	25	0	12	61	1.32
17874577--17874730	83	1.9	83	91	2	256	33	3	16	46	1.65
17874880--17875023	61	2.4	61	84	4	175	49	7	4	38	1.53
17874989--17875045	30	1.9	30	92	0	96	56	3	7	33	1.43
17875006--17875038	17	1.9	17	100	0	66	51	6	6	36	1.51
17875305--17875380	39	2.0	37	82	5	89	30	19	15	34	1.93
17886914--17887363	50	9.5	50	67	19	232	32	20	18	28	1.96
17886975--17887219	44	5.3	43	68	18	143	33	19	18	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17886914--17887363	94	4.8	94	85	2	564	32	20	18	28	1.96
17889274--17889544	43	6.4	42	80	4	267	33	21	18	26	1.96
17889273--17889482	85	2.5	85	84	1	260	32	20	19	27	1.96
17889273--17889544	85	3.2	85	81	3	226	33	21	18	26	1.96
17889928--17889976	21	2.3	21	92	0	80	6	40	20	32	1.77
17895465--17895811	9	39.8	9	73	13	298	32	1	20	45	1.59
17895454--17895558	25	4.2	25	78	11	115	32	1	20	45	1.62
17895454--17895527	16	4.4	16	80	9	76	33	2	18	44	1.64
17895472--17895901	25	15.9	29	74	12	179	32	1	20	45	1.62
17895469--17895841	150	2.4	154	76	18	389	31	1	20	45	1.61
17896145--17896239	13	7.2	13	74	7	84	47	3	9	40	1.52
17896136--17896263	53	2.4	53	98	0	247	45	3	10	40	1.56
17896145--17896239	26	3.6	26	75	8	102	47	3	9	40	1.52
17898073--17898383	146	2.1	146	82	4	367	36	21	14	26	1.93
17898073--17898519	147	3.1	143	76	9	384	35	22	15	26	1.94
17899909--17900350	114	3.9	114	83	3	559	26	29	21	22	1.99
17900251--17900401	73	2.1	71	81	4	169	23	27	26	22	1.99
17901231--17901352	43	2.8	43	79	4	129	31	30	18	19	1.96
17902232--17902288	28	2.0	28	90	6	89	38	5	0	56	1.22
17903647--17903684	13	2.9	13	92	0	58	23	7	2	65	1.32
17903780--17903804	13	1.9	13	100	0	50	8	0	16	76	1.02
17906520--17906561	17	2.5	17	84	0	57	40	0	2	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17911486--17911515	5	5.8	5	92	7	51	36	0	0	63	0.95
17913585--17913779	64	3.0	64	82	1	212	25	32	20	22	1.98
17919189--17919213	9	2.8	9	100	0	50	64	0	12	24	1.27
17920391--17920660	122	2.2	123	90	2	420	23	18	24	33	1.97
17920395--17920660	41	6.5	41	92	2	419	23	18	24	33	1.97
17920397--17920701	163	1.9	164	85	2	425	23	18	24	33	1.97
17921114--17921270	71	2.2	70	84	4	208	31	10	15	42	1.81
17922326--17922355	16	1.9	16	93	6	53	43	0	16	40	1.48
17922912--17923049	60	2.3	60	87	2	197	34	30	22	13	1.92
17937602--17938060	105	4.4	104	80	3	429	30	23	14	32	1.94
17940668--17940717	24	2.1	24	92	0	82	60	14	14	12	1.60
17941419--17941531	21	5.4	21	80	0	109	5	42	15	36	1.70
17941419--17941520	42	2.4	42	85	0	123	4	43	15	36	1.69
17941502--17941667	66	2.5	66	86	3	210	13	27	18	39	1.89
17947068--17947101	16	2.1	16	94	0	59	32	0	14	52	1.42
17947082--17947137	25	2.2	25	83	0	67	35	5	14	44	1.68
17947139--17947336	9	22.7	9	65	16	60	38	3	14	43	1.61
17947181--17947259	34	2.3	34	80	0	86	41	1	13	43	1.53
17947259--17947411	34	4.7	34	80	9	183	37	3	10	48	1.54
17947265--17947478	31	6.9	31	77	12	208	37	3	10	48	1.55
17947354--17947504	56	2.7	56	98	0	293	39	2	11	47	1.54
17947596--17947648	24	2.2	24	96	0	97	49	3	3	43	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17949117--17949154	17	2.2	17	95	0	67	39	13	36	10	1.79
17949394--17949461	33	2.1	33	94	0	118	35	29	2	32	1.73
17949683--17949721	16	2.6	15	84	11	53	35	5	35	23	1.77
17949697--17949753	23	2.4	22	80	13	60	36	1	42	19	1.62
17949716--17949769	23	2.3	23	84	6	65	38	1	38	20	1.63
17950969--17950998	16	1.9	16	93	6	53	30	46	0	23	1.52
17951800--17952162	41	8.8	41	81	1	350	32	26	24	16	1.96
17951899--17952162	84	3.2	83	84	1	377	32	27	25	15	1.95
17952074--17952147	24	3.4	24	63	25	65	28	29	25	16	1.97
17953218--17953261	21	2.1	21	100	0	88	27	9	25	38	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199