genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  4  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1051175--1051361	95	2.0	92	85	5	250	29	18	16	35	1.93
1051309--1052243	133	7.1	131	80	5	890	27	19	17	35	1.95
1051326--1052242	88	10.4	88	86	3	1064	27	19	17	35	1.95
1051177--1052243	44	24.1	44	78	6	929	27	19	17	35	1.94
1055342--1055387	23	2.1	21	84	11	58	21	2	17	58	1.49
1056469--1056614	37	4.0	37	92	1	233	25	21	15	36	1.93
1056578--1056845	52	5.6	46	88	6	331	27	22	14	35	1.93
1056676--1056845	45	3.6	46	84	10	209	27	22	15	34	1.94
1056578--1056845	98	2.8	94	80	13	321	27	22	14	35	1.93
1064098--1064126	14	2.0	15	93	6	51	17	27	0	55	1.42
1064597--1064624	11	2.5	11	100	0	56	57	0	0	42	0.99
1064587--1064641	9	6.0	9	78	16	51	60	0	0	40	0.97
1076841--1076893	24	2.3	23	80	9	54	50	0	0	49	1.00
1076855--1076899	22	2.1	22	88	8	67	57	0	0	42	0.98
1078681--1078729	24	2.0	24	96	0	89	36	6	8	48	1.58
1084624--1084665	16	2.5	17	78	21	61	54	14	16	14	1.71
1088092--1088142	23	2.2	23	89	0	75	29	9	19	41	1.84
1088788--1088845	25	2.3	25	96	0	107	18	22	18	39	1.92
1088810--1088892	22	3.6	22	73	16	71	16	20	16	45	1.85
1093849--1093930	30	2.5	33	78	19	98	37	23	2	36	1.68
1095618--1095787	51	3.3	49	84	7	223	22	15	18	42	1.89
1095620--1095825	102	2.0	103	81	6	240	25	15	18	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1098614--1098661	16	3.1	16	69	6	53	56	10	8	25	1.61
1101523--1101551	14	2.1	14	100	0	58	34	27	6	31	1.83
1106046--1106301	127	2.0	127	87	3	363	37	15	12	35	1.84
1108451--1108489	7	5.6	7	96	0	69	30	15	0	53	1.42
1109789--1109829	17	2.5	17	84	11	50	60	4	0	34	1.18
1111057--1111091	18	1.9	18	88	0	52	60	5	5	28	1.43
1127861--1127895	4	8.8	4	87	0	52	45	28	2	22	1.67
1127861--1127916	12	4.7	12	79	0	67	39	26	8	25	1.85
1141456--1141508	20	2.6	20	90	3	79	39	20	13	26	1.89
1150883--1150907	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1153899--1153940	22	1.9	22	85	0	57	35	11	28	23	1.91
1162530--1162559	11	2.7	11	89	0	51	50	0	3	46	1.18
1162553--1162586	7	5.0	7	89	7	52	82	0	0	17	0.67
1162560--1162586	13	2.1	13	100	0	54	85	0	0	14	0.61
1187554--1187638	36	2.4	35	81	13	86	44	4	2	48	1.36
1202479--1202521	20	2.2	20	84	16	54	25	0	16	58	1.38
1203551--1203590	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
1203536--1203602	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
1203530--1203606	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
1205185--1205220	4	9.0	4	93	0	63	27	0	22	50	1.50
1212415--1212453	20	2.0	20	100	0	78	35	12	35	15	1.86
1215684--1215727	18	2.4	18	84	3	52	9	15	9	65	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1217289--1217313	13	1.9	13	100	0	50	16	20	0	64	1.30
1219076--1219115	17	2.4	17	86	0	53	75	0	25	0	0.81
1230988--1231017	15	2.0	15	93	0	51	43	13	13	30	1.82
1235699--1235762	32	2.0	32	96	3	121	32	18	3	45	1.65
1235739--1236377	177	3.7	175	81	8	711	39	20	9	30	1.84
1237480--1237506	13	2.1	13	100	0	54	22	0	14	62	1.31
1254276--1254340	24	2.7	24	76	23	66	43	0	10	46	1.38
1254785--1254811	6	4.5	6	100	0	54	29	0	0	70	0.88
1255326--1255367	22	1.9	22	85	0	57	61	4	0	33	1.17
1255477--1255519	22	2.1	21	84	16	56	20	16	4	58	1.56
1271259--1271296	15	2.4	16	87	12	53	55	10	0	34	1.34
1274193--1274332	29	4.8	30	75	5	112	30	23	21	25	1.99
1274323--1274397	34	2.2	34	85	0	96	25	25	22	26	2.00
1276067--1276116	3	17.3	3	79	8	59	30	0	4	66	1.10
1276070--1276111	18	2.4	18	92	4	68	28	0	4	66	1.12
1277766--1277874	21	5.2	21	68	4	76	19	18	19	43	1.89
1277763--1277883	42	2.9	42	87	2	172	19	18	19	42	1.89
1283631--1283668	16	2.4	16	86	8	51	68	0	0	31	0.90
1289557--1289600	10	4.3	10	82	2	52	29	0	0	70	0.88
1299830--1299865	18	1.9	18	88	5	54	55	13	0	30	1.39
1300684--1300721	19	2.0	20	94	5	69	47	0	13	39	1.42
1305763--1305822	30	2.0	30	93	0	102	31	8	11	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1307387--1307573	93	2.0	93	98	0	365	43	13	8	34	1.74
1313208--1313242	15	2.3	15	90	0	52	28	0	20	51	1.47
1315315--1315344	15	2.0	15	93	0	51	46	10	0	43	1.37
1326602--1326665	31	2.1	30	86	11	87	37	15	14	32	1.87
1328934--1328969	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
1337222--1337257	17	2.1	18	90	10	58	58	5	16	19	1.58
1346010--1346043	7	4.9	7	85	0	50	20	0	0	79	0.73
1348580--1348725	37	4.0	37	91	1	242	25	22	15	36	1.94
1348689--1349055	52	7.2	52	84	7	488	28	22	14	34	1.93
1348689--1349055	150	2.5	144	86	5	509	28	22	14	34	1.93
1348700--1349061	98	3.6	98	94	2	598	28	22	14	34	1.94
1355047--1355087	16	2.5	17	80	11	50	26	0	17	56	1.41
1361083--1361115	10	3.3	10	88	12	50	48	0	0	51	1.00
1362979--1363044	6	11.0	6	85	0	60	18	36	4	40	1.71
1362958--1363043	18	4.8	18	73	0	73	17	37	5	39	1.74
1362958--1363043	36	2.4	36	86	0	109	17	37	5	39	1.74
1362958--1363044	42	2.1	42	88	0	129	17	36	5	40	1.73
1368955--1369057	50	2.1	50	100	0	206	39	9	13	36	1.78
1377696--1377809	54	2.1	54	95	1	203	42	6	9	42	1.62
1378023--1378112	47	1.9	47	86	0	126	36	21	10	32	1.86
1380568--1380633	34	2.0	33	85	8	91	40	1	0	57	1.08
1386826--1386871	19	2.4	19	96	0	83	65	4	0	30	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1387108--1387148	20	2.0	21	85	4	57	29	4	7	58	1.46
1387996--1388034	21	1.9	20	89	5	60	53	2	2	41	1.28
1388140--1388181	21	2.0	22	90	4	68	50	0	0	50	1.00
1392742--1392777	10	3.7	10	85	7	56	19	0	0	80	0.71
1397216--1397249	17	2.0	17	100	0	68	58	17	0	23	1.38
1397959--1397997	19	1.9	19	90	10	60	61	5	0	33	1.18
1398128--1398152	11	2.3	11	100	0	50	24	0	8	68	1.16
1399828--1399926	51	1.9	51	83	4	128	36	15	6	42	1.71
1402417--1402467	25	2.1	24	85	3	66	31	3	1	62	1.24
1404795--1404946	37	3.9	37	81	13	173	26	21	15	36	1.94
1404863--1405131	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
1404906--1405125	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
1404863--1405131	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
1408257--1408402	49	3.0	49	90	1	229	32	29	13	23	1.93
1409659--1409810	37	3.9	37	81	13	173	26	21	15	36	1.94
1409727--1409995	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
1409770--1409989	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
1409727--1409995	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
1428324--1428360	19	1.9	19	89	10	58	70	18	8	2	1.25
1433214--1433265	26	2.0	26	85	7	70	30	0	5	63	1.18
1435117--1435155	13	2.9	14	88	7	55	38	0	0	61	0.96
1445117--1445546	214	2.0	214	96	0	797	30	19	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1454773--1454805	12	2.8	12	95	4	59	18	0	0	81	0.68
1462473--1462507	5	7.4	5	93	6	56	80	0	20	0	0.72
1465136--1465201	3	22.0	3	100	0	132	33	0	0	66	0.92
1479799--1479929	11	12.9	11	68	21	74	60	0	2	37	1.10
1479799--1479959	40	4.0	40	91	7	247	60	0	3	36	1.13
1479895--1479967	30	2.4	30	93	2	119	63	0	4	32	1.14
1479812--1479959	39	3.7	40	88	8	223	61	0	3	35	1.13
1479812--1479959	79	1.9	79	92	7	255	61	0	3	35	1.13
1485547--1485604	29	2.0	29	86	0	80	24	15	18	41	1.89
1487530--1487585	29	1.9	29	88	0	85	33	8	21	35	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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