genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14126161--14126527	98	3.7	98	88	2	509	35	14	22	28	1.93
14126491--14126636	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
14131222--14131282	9	6.8	9	92	0	95	22	8	29	39	1.83
14132211--14132261	17	3.4	17	67	27	51	27	11	3	56	1.52
14133227--14133517	149	2.0	150	86	5	421	43	3	8	43	1.53
14133234--14133536	148	2.0	148	83	5	389	45	3	9	41	1.53
14134014--14134068	25	2.3	23	76	11	58	32	3	7	56	1.44
14134862--14134898	4	9.5	4	94	5	67	48	0	0	51	1.00
14140358--14140399	21	2.0	21	90	0	66	21	2	30	45	1.65
14140372--14140457	35	2.5	35	90	5	131	27	4	31	36	1.78
14142156--14142198	22	2.0	22	100	0	86	51	23	6	18	1.70
14143253--14143305	20	2.6	21	85	5	65	32	0	5	62	1.19
14149997--14150054	29	2.0	29	100	0	116	17	3	34	44	1.65
14151748--14151806	30	2.0	30	86	0	82	13	33	30	22	1.92
14158678--14158726	15	3.1	17	71	14	50	48	0	0	51	1.00
14159988--14160013	6	4.3	6	100	0	52	15	34	15	34	1.89
14162367--14162454	30	2.9	28	75	8	77	35	4	12	47	1.62
14162584--14162641	30	1.9	29	86	6	80	41	13	12	32	1.82
14162576--14162651	29	2.5	30	81	8	84	39	15	11	32	1.84
14165831--14165897	27	2.5	27	97	0	125	31	20	32	14	1.93
14166078--14166150	22	2.9	26	84	15	100	53	12	0	34	1.38
14166183--14166239	27	2.1	27	86	0	78	36	1	12	49	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14166403--14166454	19	2.8	19	94	5	90	50	11	0	38	1.39
14166454--14166491	19	2.0	19	94	0	67	31	0	18	50	1.47
14166657--14166697	19	2.2	19	95	0	73	51	17	0	31	1.46
14166714--14166789	27	2.8	27	87	0	116	22	35	22	19	1.96
14173854--14173907	15	3.6	15	100	0	108	27	22	11	38	1.88
14173732--14174042	172	1.8	172	97	0	586	36	21	5	35	1.78
14199515--14199543	11	2.6	11	100	0	58	0	6	34	58	1.25
14204878--14204971	19	4.8	19	90	5	152	37	10	15	36	1.83
14204878--14204978	40	2.7	38	88	8	152	37	9	16	35	1.82
14204910--14204995	21	4.0	22	79	14	83	38	6	16	38	1.75
14205574--14205624	26	1.9	26	84	4	66	33	5	3	56	1.42
14206292--14206486	98	2.0	98	94	0	345	30	9	21	38	1.85
14210474--14210515	21	1.9	23	85	9	61	69	7	4	19	1.31
14211790--14212574	132	5.9	132	94	0	1329	28	17	24	30	1.97
14211835--14212556	44	16.4	44	64	10	199	28	17	24	29	1.97
14212803--14212896	19	4.8	19	90	5	152	37	10	15	36	1.83
14212803--14212903	40	2.7	38	88	8	152	37	9	16	35	1.82
14212835--14212919	21	4.0	22	79	14	81	37	7	16	38	1.76
14212885--14212929	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
14213505--14213555	26	1.9	26	84	4	66	33	5	3	56	1.42
14214222--14214416	98	2.0	98	91	0	318	29	8	22	38	1.84
14216262--14216290	8	3.6	8	100	0	58	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14217746--14217770	11	2.3	11	100	0	50	0	0	16	84	0.63
14224514--14224712	52	3.9	52	84	5	230	29	29	16	25	1.97
14227200--14227296	30	3.2	30	81	10	99	57	14	17	10	1.64
14227208--14227287	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
14227219--14227296	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
14229694--14229860	83	2.0	83	98	0	325	41	21	6	29	1.78
14230599--14230796	52	3.9	52	81	7	212	29	28	16	25	1.96
14232371--14232414	19	2.4	19	85	7	56	47	6	0	45	1.29
14233572--14233636	29	2.2	29	80	0	76	36	3	12	47	1.57
14233978--14234025	25	1.9	25	83	8	62	41	4	2	52	1.32
14236811--14236848	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
14236827--14236921	45	2.1	44	86	1	127	33	6	26	33	1.82
14237081--14237115	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
14237208--14237249	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
14237217--14237258	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
14237002--14237274	147	1.9	147	96	1	512	46	3	2	46	1.34
14237206--14237503	120	2.5	121	92	3	494	49	5	2	43	1.37
14237327--14237378	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
14237256--14237443	61	3.1	61	67	14	172	47	7	2	42	1.45
14237440--14237516	28	2.9	27	70	18	70	55	0	2	41	1.13
14237446--14237726	91	3.0	93	80	10	286	48	2	3	44	1.35
14237519--14237726	91	2.3	91	87	2	292	47	3	4	45	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14237569--14237707	47	3.0	46	68	17	126	48	4	2	43	1.37
14239122--14239148	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
14246438--14246497	29	2.0	30	84	9	79	41	5	23	30	1.75
14248103--14248173	35	2.0	35	100	0	142	36	8	16	38	1.80
14261447--14261924	243	2.0	234	92	3	785	37	12	13	37	1.82
14262304--14262334	14	2.2	14	94	0	53	29	19	12	38	1.89
14264414--14264469	20	2.8	20	83	0	76	44	3	7	44	1.48
14264414--14264476	20	3.2	19	82	8	72	41	3	9	46	1.52
14267414--14267458	23	2.0	23	95	0	81	15	17	20	46	1.84
14267415--14267463	23	2.2	23	88	3	73	16	18	16	48	1.81
14274112--14274196	23	3.7	23	74	10	84	54	0	2	43	1.13
14274600--14274629	14	2.1	14	93	0	51	46	13	0	40	1.43
14275904--14275944	15	2.8	14	85	7	55	51	7	4	36	1.51
14278621--14278654	15	2.3	15	89	0	50	47	0	17	35	1.48
14278644--14278688	15	2.9	16	76	3	56	28	0	15	55	1.41
14280174--14283078	725	4.0	725	99	0	5650	32	14	21	32	1.93
14285038--14285111	21	3.5	20	75	3	67	16	24	14	44	1.85
14285037--14285193	42	3.7	42	78	3	156	16	23	15	43	1.86
14289300--14289351	22	2.4	23	84	12	74	38	0	34	26	1.57
14289579--14289626	17	2.7	17	87	6	60	72	0	2	25	0.95
14303446--14303559	42	2.7	42	78	2	113	16	21	19	42	1.89
14304779--14304828	20	2.4	22	77	9	61	74	4	12	10	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14304788--14304826	21	1.9	20	85	15	53	71	5	12	10	1.28
14306296--14306379	25	3.2	25	67	18	71	52	13	4	29	1.60
14306252--14306389	54	2.5	54	94	1	231	52	13	4	29	1.59
14306366--14306413	24	2.0	24	95	0	87	50	10	6	33	1.62
14307255--14307313	4	14.8	4	100	0	118	50	23	0	25	1.49
14311870--14311915	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
14313688--14313730	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
14313836--14313860	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
14316180--14316238	3	19.3	3	89	3	91	62	0	3	33	1.12
14316237--14316281	3	15.0	3	100	0	90	33	0	33	33	1.58
14318105--14318771	154	4.3	153	90	2	1018	30	10	7	51	1.64
14318105--14318771	305	2.2	305	90	2	1052	30	10	7	51	1.64
14318914--14319313	152	2.7	152	87	3	542	55	7	8	30	1.56
14318913--14319313	151	2.7	148	87	3	543	54	6	7	30	1.56
14319383--14319457	26	2.8	30	75	24	87	30	0	6	62	1.21
14341504--14342002	125	4.0	123	78	6	454	30	16	21	32	1.95
14345203--14345844	43	15.0	43	77	9	544	24	0	29	45	1.58
14345203--14345758	65	8.6	64	84	5	518	24	0	29	45	1.58
14345301--14345369	15	4.7	14	71	15	50	24	1	28	44	1.62
14345696--14345817	58	2.1	58	87	1	174	23	0	30	45	1.59
14345225--14345844	65	9.7	64	80	7	487	24	0	29	45	1.58
14345753--14345809	21	2.7	20	78	8	60	21	0	31	47	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14345858--14345910	16	3.2	16	97	2	97	24	0	37	37	1.56
14346146--14346182	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
14346224--14346409	59	3.1	58	69	19	157	51	3	2	42	1.34
14346126--14346415	120	2.4	120	89	3	456	49	4	2	43	1.35
14350147--14350209	22	2.9	23	88	6	87	17	0	34	47	1.48
14350164--14350238	37	2.0	37	92	0	123	22	0	29	48	1.51
14350168--14350246	37	2.1	37	88	0	113	24	0	29	46	1.53
14350240--14350638	22	18.5	21	82	6	415	22	0	31	45	1.55
14350147--14350630	65	7.6	65	83	5	517	22	0	31	46	1.54
14353153--14353196	11	3.8	12	80	19	58	43	0	31	25	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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