genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14356158--14356198	18	2.3	18	95	0	73	31	19	26	21	1.97
14357765--14357850	25	3.5	24	76	12	68	30	12	27	29	1.93
14360478--14360517	21	1.9	21	89	0	62	25	15	10	50	1.74
14362824--14362920	27	3.6	27	77	10	99	37	15	25	21	1.93
14362816--14362939	54	2.3	54	77	2	142	37	16	26	19	1.93
14373521--14373545	10	2.5	10	100	0	50	88	0	12	0	0.53
14375385--14375809	109	3.9	109	90	3	660	34	18	17	30	1.94
14375412--14375809	217	1.8	218	96	0	735	34	19	16	29	1.94
14376139--14376174	16	2.3	16	90	4	56	58	0	0	41	0.98
14376236--14376298	3	20.7	3	78	15	58	60	0	4	34	1.18
14376974--14377015	18	2.3	18	83	0	57	69	4	11	14	1.34
14378005--14378817	44	18.6	44	68	11	257	28	21	19	30	1.97
14377996--14378515	175	3.0	176	91	2	832	27	22	20	30	1.98
14378351--14378642	130	2.3	130	91	0	460	28	22	18	30	1.97
14378177--14378861	305	2.3	303	91	1	1093	29	21	18	30	1.97
14378489--14378817	175	1.9	176	90	1	536	30	20	18	30	1.97
14378880--14379203	87	3.7	87	89	1	445	25	25	23	26	2.00
14379165--14379258	45	2.1	45	84	4	118	24	20	23	31	1.98
14390084--14390165	22	3.7	22	73	20	89	19	18	29	32	1.95
14390126--14390175	22	2.5	19	82	17	66	20	18	28	34	1.95
14390801--14391225	109	3.9	109	90	3	651	33	18	17	30	1.94
14390828--14391225	217	1.8	218	95	0	726	33	18	17	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14394643--14394740	28	3.6	26	86	9	133	31	12	26	29	1.92
14395727--14396061	47	7.1	47	88	2	397	25	13	17	43	1.85
14395984--14396061	23	3.4	22	74	11	68	24	15	17	42	1.88
14402474--14402571	28	3.6	26	86	9	133	31	12	26	29	1.92
14403558--14403892	47	7.1	47	89	2	406	25	13	17	43	1.85
14403579--14403892	22	13.4	23	71	14	121	25	13	17	43	1.86
14409898--14409958	31	2.0	31	87	6	88	39	3	8	49	1.49
14413676--14413702	13	2.1	13	100	0	54	7	25	37	29	1.83
14415855--14415905	23	2.2	24	85	3	68	35	1	5	56	1.35
14416574--14416633	25	2.5	23	78	7	66	45	18	21	15	1.86
14417776--14418076	46	6.6	46	94	1	520	29	20	15	34	1.93
14418899--14418929	14	2.2	14	100	0	62	29	6	9	54	1.57
14450641--14450847	46	4.6	45	75	19	198	36	13	21	28	1.91
14450677--14450749	36	2.0	36	97	0	137	36	15	20	27	1.92
14450729--14450846	52	2.2	52	88	5	166	38	13	21	27	1.91
14450811--14450919	37	3.0	37	93	2	186	36	16	22	24	1.94
14452452--14452477	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
14452553--14452590	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
14453481--14453521	13	3.0	15	86	13	54	78	0	14	7	0.96
14457493--14458177	44	15.8	44	71	11	391	30	17	21	30	1.96
14457536--14457864	129	2.5	129	89	1	478	30	17	21	30	1.96
14457712--14458343	85	7.3	85	73	10	446	30	17	21	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14457665--14458042	175	2.2	174	90	1	589	30	17	22	29	1.96
14457840--14458262	129	3.3	129	90	1	677	31	17	21	29	1.96
14457446--14458166	304	2.4	304	92	1	1198	31	17	21	29	1.96
14458161--14458296	44	3.2	44	69	14	129	33	16	19	29	1.94
14464723--14464770	13	3.7	13	78	8	53	33	0	2	64	1.05
14464722--14464773	14	3.9	14	80	7	54	34	0	1	63	1.06
14465102--14465126	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
14476493--14476764	143	1.9	143	96	0	499	16	17	23	41	1.89
14483220--14483354	9	14.4	9	66	15	53	34	1	3	60	1.24
14483273--14483342	19	3.7	19	84	5	88	37	0	4	58	1.18
14483281--14483333	18	2.9	18	86	5	72	37	0	3	58	1.16
14483318--14483364	11	4.3	11	89	5	60	27	0	2	70	0.99
14483317--14483355	10	3.8	10	83	6	51	30	0	0	69	0.89
14485313--14485441	25	5.2	25	72	5	93	34	20	24	20	1.97
14485434--14485512	23	3.3	23	72	11	70	32	24	27	15	1.95
14487442--14487558	32	3.7	32	81	3	130	36	6	12	43	1.70
14487482--14487565	32	2.6	32	92	0	132	34	5	14	45	1.69
14487706--14487830	41	3.0	40	73	10	106	28	16	26	28	1.97
14493522--14493610	45	2.0	45	88	0	133	19	19	13	48	1.81
14502385--14502486	41	2.5	41	87	3	134	28	18	25	27	1.98
14505359--14505416	27	2.1	27	90	0	89	41	6	8	43	1.62
14515646--14515674	15	2.0	15	93	6	51	34	3	0	62	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14516021--14516070	17	2.9	16	78	21	57	66	0	2	32	1.03
14517278--14517318	16	2.6	16	85	11	50	36	7	9	46	1.65
14523331--14523389	30	1.9	31	86	3	84	47	3	20	28	1.66
14526154--14526295	37	3.9	37	78	0	115	40	14	25	19	1.89
14527404--14527472	25	2.8	24	82	6	84	31	2	0	65	1.08
14528312--14528373	28	2.1	30	82	11	76	40	1	3	54	1.26
14528877--14529042	10	17.4	9	72	21	60	57	1	1	39	1.17
14528876--14528910	10	3.5	10	96	0	61	57	0	0	42	0.99
14528950--14529007	20	2.8	20	87	7	80	58	0	0	41	0.98
14528919--14529015	11	9.8	10	73	21	64	57	1	1	40	1.12
14528922--14529043	9	12.4	9	75	17	84	59	0	1	37	1.13
14530015--14530191	86	2.1	86	93	0	300	17	17	15	49	1.80
14531609--14531655	18	2.5	19	80	16	62	34	2	2	61	1.20
14531601--14531659	28	2.1	28	87	6	84	32	1	3	62	1.21
14531607--14531679	28	2.7	26	74	17	69	32	2	2	61	1.24
14531571--14531737	10	17.5	10	67	16	79	30	2	3	63	1.24
14534062--14534130	31	2.2	31	84	0	84	42	14	5	37	1.70
14541752--14541790	19	2.1	19	85	0	51	53	12	0	33	1.39
14544506--14544536	9	3.4	9	95	0	53	19	0	25	54	1.44
14544654--14545217	126	4.5	125	88	3	803	29	16	24	29	1.96
14544654--14545217	251	2.2	251	89	1	846	29	16	24	29	1.96
14545830--14545906	11	6.9	11	78	19	72	44	1	29	24	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14545830--14545906	22	3.5	22	84	13	104	44	1	29	24	1.62
14545830--14545905	33	2.3	35	86	9	113	43	1	30	25	1.63
14546094--14546137	19	2.4	19	88	3	63	13	18	36	31	1.90
14546423--14546449	11	2.5	11	100	0	54	44	11	14	29	1.80
14549447--14549476	15	2.0	15	100	0	60	40	0	6	53	1.27
14551733--14551772	21	1.9	21	89	0	62	15	37	10	37	1.80
14551862--14551968	46	2.3	46	90	0	151	28	27	15	28	1.96
14552261--14552341	24	3.4	24	89	0	126	28	24	13	33	1.93
14553204--14553239	14	2.4	14	90	9	54	11	2	0	86	0.68
14563379--14563415	14	2.6	14	100	0	74	32	27	18	21	1.97
14565569--14565602	16	2.1	16	88	0	50	44	20	14	20	1.87
14566668--14566697	15	2.0	15	100	0	60	40	0	6	53	1.27
14581930--14582041	48	2.3	48	92	0	188	50	8	5	35	1.57
14585821--14585865	23	2.0	23	95	0	81	33	24	22	20	1.97
14589234--14589399	87	1.9	87	91	2	271	24	16	22	36	1.94
14589318--14589711	50	7.9	50	73	4	328	23	19	23	33	1.97
14589318--14589732	100	4.2	100	91	0	605	23	19	24	32	1.97
14591014--14591106	46	2.0	46	89	0	141	15	20	18	46	1.84
14599924--14599971	14	3.5	13	78	18	53	58	4	0	37	1.18
14599938--14599975	16	2.4	16	82	4	51	60	5	0	34	1.19
14600172--14600218	16	2.8	16	78	12	51	59	4	4	31	1.36
14600235--14600281	3	15.7	3	81	0	58	61	4	4	29	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14606837--14606880	16	2.8	16	80	10	54	31	0	0	68	0.90
14607133--14607184	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
14609339--14609408	23	3.0	23	89	0	113	40	17	17	25	1.90
14609434--14609458	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
14609452--14609506	26	2.1	26	86	3	74	63	0	1	34	1.05
14620322--14620523	112	1.8	112	90	0	323	30	14	23	31	1.95
14628575--14628657	28	3.0	28	87	0	112	26	24	26	22	2.00
14628998--14629300	27	11.2	27	86	3	405	18	20	19	41	1.90
14635213--14635256	15	2.8	16	82	6	63	61	0	2	36	1.09
14639201--14639317	5	23.4	5	100	0	234	40	0	0	59	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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