genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  66  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18707283--18707332	21	2.3	23	76	16	61	24	6	2	68	1.23
18716612--18716649	20	1.9	19	89	5	58	7	5	10	76	1.15
18718552--18718589	20	1.9	20	88	0	58	15	34	2	47	1.60
18719223--18719248	6	4.3	6	100	0	52	50	15	15	19	1.79
18721802--18722245	126	3.5	125	88	2	622	30	17	22	29	1.96
18725278--18725438	22	7.6	22	72	18	121	24	0	31	43	1.55
18725272--18725465	49	3.8	48	72	19	162	23	0	32	42	1.58
18725426--18725479	7	8.0	7	85	6	76	16	1	40	40	1.59
18725426--18725478	13	4.0	13	80	9	63	16	1	41	39	1.60
18725428--18725479	20	2.5	20	90	3	77	15	1	40	42	1.58
18725407--18725479	14	5.3	14	79	11	71	17	1	36	43	1.58
18725278--18725472	105	1.9	104	86	3	284	23	0	32	43	1.58
18726894--18726931	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
18727878--18727914	11	3.2	12	85	11	51	48	5	18	27	1.70
18727894--18727918	11	2.3	11	100	0	50	48	8	28	16	1.74
18728814--18728860	24	2.0	23	83	4	58	36	0	10	53	1.36
18729060--18729104	23	2.0	23	86	8	65	42	2	4	51	1.34
18729702--18729800	24	4.0	24	70	16	67	63	1	2	33	1.12
18729936--18730057	59	2.1	59	98	0	235	55	8	0	35	1.35
18730023--18730081	30	2.0	29	90	3	91	64	0	1	33	1.04
18734512--18734549	18	2.1	19	85	5	51	31	0	10	57	1.32
18736564--18736687	41	3.0	40	78	8	124	33	16	26	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18738367--18738409	20	2.2	20	91	0	68	27	13	11	46	1.78
18739062--18739128	26	2.6	26	83	4	82	37	19	22	20	1.95
18739322--18739653	81	4.1	80	77	8	307	22	16	15	46	1.84
18739349--18739675	54	6.1	54	80	6	315	22	15	15	46	1.84
18739322--18739667	27	12.9	26	77	9	254	22	16	15	45	1.85
18744201--18744285	25	3.4	24	79	6	80	34	18	24	22	1.96
18744271--18744335	25	2.6	25	80	4	78	36	16	23	23	1.94
18744343--18744436	25	3.7	26	75	18	83	37	20	26	15	1.93
18744321--18744442	50	2.4	49	79	11	124	36	19	23	19	1.95
18749034--18749072	18	2.2	18	95	0	69	20	12	35	30	1.90
18752995--18753102	54	2.0	54	100	0	216	22	33	9	35	1.86
18754940--18754971	14	2.3	14	94	0	55	46	9	6	37	1.61
18755374--18755449	18	3.9	18	69	21	55	42	2	0	55	1.14
18756800--18756850	23	2.2	23	96	0	93	37	7	0	54	1.29
18756893--18756952	27	2.2	27	85	5	77	36	21	18	23	1.95
18756907--18756979	27	2.7	27	81	10	78	31	23	24	20	1.98
18757050--18757118	19	3.7	19	78	7	88	37	8	0	53	1.32
18757055--18757124	36	1.9	37	97	2	133	40	10	0	50	1.36
18757341--18757410	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
18757346--18757416	37	1.9	37	97	0	133	40	9	0	49	1.36
18757687--18757759	18	3.9	19	82	5	96	52	0	10	36	1.37
18757828--18757904	27	2.9	28	83	9	90	20	27	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18757942--18758000	25	2.3	25	80	8	66	54	1	1	42	1.20
18760616--18760658	17	2.6	16	82	13	52	34	2	0	62	1.08
18761611--18761644	18	2.0	18	88	11	54	58	5	5	29	1.45
18763217--18763273	11	5.1	11	86	2	78	19	29	1	49	1.58
18763240--18763289	22	2.3	22	86	6	66	24	28	2	46	1.64
18763274--18763307	17	1.9	18	88	5	52	38	23	0	38	1.55
18763262--18763339	40	2.0	40	87	5	113	28	26	0	44	1.54
18764480--18764508	7	4.1	7	100	0	58	27	0	13	58	1.36
18765439--18765500	21	3.0	21	78	4	54	30	41	19	8	1.80
18765618--18765685	34	2.0	35	88	2	102	39	4	7	48	1.51
18766390--18766442	18	2.9	18	97	0	97	35	32	9	22	1.86
18766748--18766805	29	2.0	29	83	6	73	32	1	0	65	1.03
18766758--18766816	29	2.1	29	83	3	75	25	1	5	67	1.20
18770510--18770579	3	23.3	3	73	5	61	28	5	2	62	1.32
18786038--18786170	66	2.0	66	100	0	266	53	3	16	27	1.58
18786603--18786643	4	10.2	4	94	0	73	48	0	24	26	1.51
18786641--18786732	3	31.3	3	85	4	125	65	1	3	30	1.16
18788008--18788043	2	18.5	2	88	5	56	44	0	0	55	0.99
18795292--18795341	23	2.2	23	85	0	64	60	0	4	36	1.16
18799864--18799892	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
18802135--18802199	17	3.2	21	75	22	59	29	1	0	69	0.98
18802142--18802199	11	5.9	10	77	18	68	29	1	0	68	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18808751--18808796	20	2.4	19	86	13	67	58	2	2	36	1.22
18810928--18810954	14	1.9	14	100	0	54	29	14	14	40	1.86
18812218--18812289	9	7.9	9	83	9	65	44	27	6	20	1.77
18812217--18812292	18	4.2	18	77	3	80	47	26	6	19	1.74
18812435--18812464	13	2.3	13	100	0	60	16	0	43	40	1.48
18817446--18817633	94	2.0	92	90	2	295	27	21	13	37	1.92
18818180--18818219	20	2.0	20	100	0	80	30	30	10	30	1.90
18819838--18819878	22	1.9	22	85	5	57	31	7	14	46	1.72
18822636--18822714	9	9.8	9	66	27	52	69	1	2	26	1.09
18822643--18822713	24	3.1	22	78	9	63	70	1	2	25	1.09
18822643--18822713	16	4.5	15	76	11	72	70	1	2	25	1.09
18828965--18829033	34	2.1	33	84	7	88	52	1	1	44	1.19
18829845--18829878	17	1.9	18	88	5	52	79	0	5	14	0.91
18838321--18838444	62	2.0	62	92	3	205	39	5	22	32	1.77
18841056--18841104	19	2.6	18	81	9	53	24	24	2	48	1.61
18843178--18843222	3	15.0	3	95	0	81	2	0	31	66	1.04
18843175--18843229	12	4.6	12	93	0	83	7	0	27	65	1.19
18847818--18847866	24	2.0	25	84	11	66	20	4	6	69	1.27
18852255--18852522	88	3.0	88	83	1	331	30	26	20	22	1.98
18852491--18852864	44	8.6	44	80	7	408	28	17	25	28	1.98
18852622--18852694	38	1.9	38	86	5	103	32	19	24	23	1.97
18852491--18852864	126	2.9	131	83	7	474	28	17	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18852491--18852864	170	2.2	173	85	6	492	28	17	25	28	1.98
18853171--18853286	44	2.7	43	80	9	119	31	18	21	28	1.97
18854732--18854782	3	17.0	3	95	0	93	1	0	31	66	1.03
18856477--18856513	16	2.3	16	95	0	65	37	2	35	24	1.70
18856493--18856605	39	2.6	45	72	19	107	34	4	27	33	1.77
18856727--18856768	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
18856736--18856777	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
18856773--18856848	16	4.9	15	71	19	50	42	10	2	44	1.52
18859220--18859260	15	2.8	15	88	3	66	68	21	4	4	1.28
18860076--18860115	17	2.3	18	83	12	57	47	5	7	40	1.54
18870219--18870308	27	3.4	26	72	17	71	66	1	5	26	1.20
18870264--18870308	19	2.4	20	75	14	51	64	0	8	26	1.23
18872022--18872109	39	2.2	40	82	8	108	22	26	23	27	2.00
18872461--18872517	28	2.0	28	83	6	71	28	10	10	50	1.69
18872702--18872767	21	3.3	19	77	12	69	65	4	3	27	1.27
18875465--18875503	20	2.0	20	85	10	53	61	5	2	30	1.31
18877762--18877857	47	2.0	47	100	0	192	18	14	27	39	1.90
18880932--18881036	32	3.3	32	81	5	131	42	8	8	40	1.66
18881062--18881100	18	2.2	18	85	0	51	51	12	10	25	1.71
18893335--18893400	31	2.1	31	94	0	114	31	21	9	37	1.85
18895265--18895302	15	2.6	15	83	4	51	31	7	15	44	1.75
18897320--18897352	4	8.2	4	100	0	66	75	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18902485--18902535	18	2.8	18	96	0	93	35	15	17	31	1.92
18902739--18902796	9	6.6	9	96	2	91	20	12	27	39	1.88
18902742--18902815	9	8.8	9	82	14	86	21	10	31	36	1.88
18902785--18902810	13	2.0	13	100	0	52	15	15	46	23	1.83
18904587--18904731	23	6.3	23	88	0	227	31	26	22	20	1.98
18909744--18909908	23	7.2	23	88	0	258	30	27	21	20	1.98
18915962--18915988	13	2.1	13	100	0	54	48	0	14	37	1.45
18916194--18916243	24	2.1	24	84	0	64	52	4	8	36	1.50
18916275--18916304	14	2.1	14	100	0	60	73	0	6	20	1.05
18916291--18916345	18	3.0	18	81	7	58	70	3	16	9	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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