genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8695953--8696159	108	1.9	108	86	2	290	47	11	16	24	1.79
8696481--8696542	6	10.2	6	77	19	58	3	17	1	77	0.98
8696481--8696543	26	2.6	24	81	16	76	4	17	1	76	1.04
8696966--8697025	14	4.7	14	76	12	51	1	11	6	80	0.98
8696952--8697024	11	6.4	11	76	14	60	2	10	5	80	0.97
8696952--8697025	24	3.2	22	80	16	62	2	10	5	81	0.96
8698255--8698438	62	3.0	62	95	0	332	33	4	20	41	1.73
8702423--8702465	17	2.6	16	79	17	52	16	13	2	67	1.33
8720147--8720185	5	8.2	5	83	11	55	0	38	0	61	0.96
8720147--8720185	18	2.1	18	85	9	51	0	38	0	61	0.96
8738203--8738295	18	5.2	18	90	0	150	34	17	21	26	1.95
8739102--8739135	9	3.7	9	92	7	59	14	0	0	85	0.60
8739102--8739134	5	7.0	5	86	13	52	15	0	0	84	0.61
8739823--8739871	6	7.8	6	79	6	53	44	14	20	20	1.86
8739853--8740027	45	4.2	38	73	20	136	41	19	18	20	1.91
8739851--8740000	45	3.3	45	79	12	182	42	18	18	20	1.90
8740953--8741002	9	5.6	9	78	21	52	56	4	0	40	1.18
8746993--8747019	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
8746985--8747063	20	4.0	21	71	17	62	58	3	6	31	1.41
8748868--8748913	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
8748901--8748980	26	3.3	24	68	21	60	46	1	2	50	1.23
8749058--8749179	45	2.9	41	80	11	124	36	28	5	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8755263--8755345	37	2.2	37	82	6	105	40	26	15	16	1.89
8779017--8779045	12	2.3	13	94	5	51	0	27	0	72	0.85
8783402--8783758	103	3.4	103	94	1	608	30	29	21	19	1.97
8784100--8784164	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
8784107--8784164	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
8789850--8790062	93	2.3	92	85	1	273	25	14	20	40	1.89
8790046--8790085	19	2.1	19	100	0	80	32	5	10	52	1.56
8792110--8792243	59	2.3	59	87	5	207	25	15	12	46	1.81
8792110--8792251	31	4.8	31	69	10	100	26	15	11	46	1.80
8796071--8796099	3	9.7	3	100	0	58	0	68	0	31	0.89
8796188--8796219	3	10.7	3	100	0	64	31	68	0	0	0.90
8797609--8797804	106	1.8	105	82	6	252	31	14	13	39	1.86
8810063--8810177	41	2.8	41	85	5	135	38	1	0	59	1.14
8810077--8810149	31	2.4	30	82	13	96	38	2	1	57	1.22
8810076--8810176	30	3.3	30	79	9	98	38	1	0	58	1.16
8810116--8810177	11	5.9	11	74	14	60	40	1	0	58	1.08
8810164--8810213	22	2.3	23	86	10	77	38	0	2	60	1.09
8810825--8810856	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
8818202--8818276	30	2.5	30	78	12	82	42	0	6	50	1.28
8818498--8818530	6	5.5	6	100	0	66	51	18	15	15	1.77
8825305--8825354	21	2.4	22	80	10	59	38	4	2	56	1.30
8830576--8830615	9	4.4	9	80	0	53	47	0	2	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8836232--8836296	29	2.2	31	83	5	80	44	13	6	35	1.69
8836288--8836389	31	3.3	31	67	15	84	44	11	11	32	1.77
8836258--8836402	62	2.3	62	89	2	220	42	11	11	34	1.77
8836705--8836743	20	1.9	21	85	15	55	53	2	33	10	1.48
8862084--8862116	16	2.1	16	100	0	66	51	12	0	36	1.39
8862975--8863099	33	3.5	33	74	17	115	35	28	16	19	1.94
8862896--8863103	75	2.8	75	89	0	326	32	27	18	22	1.97
8866082--8866114	17	1.9	17	100	0	66	57	18	0	24	1.40
8871430--8871501	34	2.1	34	97	0	135	38	16	12	31	1.86
8872784--8872992	75	2.8	75	86	0	301	31	27	18	22	1.97
8877195--8877282	40	2.2	40	86	8	117	42	3	1	53	1.25
8885357--8885389	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
8885557--8885599	22	2.0	22	81	9	52	58	9	11	20	1.61
8899774--8899920	73	2.0	73	91	0	240	40	10	19	29	1.85
8908120--8908189	23	3.0	23	60	15	54	25	15	4	54	1.60
8913464--8913491	14	2.0	14	100	0	56	42	14	28	14	1.84
8930825--8930922	24	4.0	26	73	10	75	58	2	9	30	1.41
8930829--8930874	18	2.9	15	79	17	56	63	0	4	32	1.14
8931277--8931313	18	2.1	18	90	5	58	18	0	24	56	1.41
8933802--8933830	14	2.0	15	93	6	51	13	31	0	55	1.39
8938831--8938898	22	3.0	22	79	10	66	38	22	25	14	1.92
8938856--8938961	25	4.3	25	85	1	142	37	20	23	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8938856--8938961	50	2.1	49	89	1	158	37	20	23	17	1.94
8939947--8939983	16	2.3	16	95	0	65	59	0	0	40	0.97
8939946--8939977	8	4.0	8	91	0	55	59	0	0	40	0.97
8940845--8940905	28	2.3	25	83	10	77	62	1	1	34	1.15
8940863--8940940	39	2.0	40	87	7	115	60	0	2	37	1.11
8942609--8942692	30	2.8	30	87	3	116	33	23	15	27	1.95
8942611--8942702	30	3.1	28	84	9	103	32	22	16	28	1.96
8942718--8942945	113	2.0	114	97	0	431	39	20	10	29	1.86
8947174--8947204	13	2.4	13	94	0	53	48	0	0	51	1.00
8947185--8947255	3	22.7	3	72	13	54	36	4	2	56	1.34
8947785--8947815	12	2.6	12	94	0	53	70	3	25	0	1.02
8955753--8955813	17	3.5	17	76	13	54	44	1	1	52	1.20
8957957--8957988	12	2.8	11	90	9	55	84	0	0	15	0.63
8957954--8957988	11	3.1	11	87	4	52	85	0	0	14	0.59
8957955--8957988	17	1.9	17	94	5	59	85	0	0	14	0.60
8958860--8958891	15	2.1	15	100	0	64	18	28	18	34	1.95
8961580--8961745	83	2.0	83	98	0	323	14	15	16	53	1.73
8964163--8964212	23	2.2	23	82	7	57	34	6	4	56	1.43
8971464--8971530	31	2.2	31	97	0	125	13	23	2	59	1.48
8974565--8974605	19	2.0	21	86	9	59	29	9	4	56	1.53
8991445--8991486	13	3.0	14	86	6	59	61	0	9	28	1.27
8997543--8997634	39	2.4	39	78	7	100	21	23	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9004051--9004076	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
9005868--9006632	44	16.6	45	75	13	356	28	22	17	31	1.97
9005759--9006217	232	2.0	232	91	3	746	27	21	17	32	1.96
9005912--9006589	186	3.6	186	95	1	1171	27	22	18	31	1.97
9006104--9006373	142	1.9	141	84	6	357	28	22	18	30	1.97
9006139--9006328	98	1.9	98	82	6	233	27	23	17	31	1.97
9006290--9006559	142	1.9	141	84	6	357	28	22	18	30	1.97
9006325--9006514	98	1.9	98	82	6	233	27	23	17	31	1.97
9026147--9026208	29	2.1	29	100	0	124	33	6	9	50	1.61
9026810--9026852	22	2.0	22	90	0	68	55	11	0	32	1.36
9030882--9030932	20	2.5	20	84	6	59	56	0	1	41	1.10
9035780--9035859	30	2.7	30	90	3	126	36	21	13	28	1.92
9039789--9039842	27	2.0	27	96	0	99	40	1	18	38	1.61
9044587--9044639	24	2.2	23	77	12	54	47	0	5	47	1.26
9056972--9057050	31	2.7	29	76	7	77	41	8	10	39	1.70
9056939--9057036	31	3.2	31	71	5	83	41	7	9	41	1.64
9056941--9057072	60	2.2	60	81	0	147	43	9	9	37	1.68
9068302--9068340	19	2.1	19	100	0	78	66	12	5	15	1.41
9068792--9068832	15	2.6	16	84	11	57	7	7	36	48	1.59
9105101--9105136	8	4.5	8	96	0	63	41	0	58	0	0.98
9104305--9105961	829	2.0	830	83	6	2116	38	16	17	27	1.91
9109487--9109525	19	2.1	19	100	0	78	48	20	5	25	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9111358--9111383	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
9111384--9111567	72	2.6	72	99	0	359	27	6	23	41	1.79
9115786--9115832	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
9121255--9121289	8	4.4	8	96	0	61	42	0	57	0	0.99
9124306--9124379	6	12.3	6	91	0	121	0	45	18	35	1.50
9130366--9130430	27	2.4	27	94	0	121	29	21	33	15	1.94
9130543--9130625	14	5.1	15	70	22	53	69	0	30	0	0.88
9130562--9130610	3	16.7	3	91	4	82	65	0	34	0	0.93
9130688--9130713	12	2.2	12	100	0	52	38	0	15	46	1.46
9130780--9130846	22	3.2	22	85	10	95	28	1	10	59	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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