genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  98  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27594219--27594265	10	4.6	10	77	12	51	59	2	2	36	1.21
27595362--27595499	25	5.5	25	73	16	124	26	15	21	37	1.92
27595359--27595515	50	3.1	50	87	1	217	26	14	22	36	1.92
27595359--27595536	50	3.6	49	84	3	194	26	14	22	37	1.92
27597335--27597380	16	2.8	17	84	12	60	26	0	2	71	0.97
27598501--27598531	5	6.0	5	96	3	53	19	22	0	58	1.40
27599899--27599924	5	5.2	5	100	0	52	76	23	0	0	0.78
27604544--27604602	30	2.0	30	83	12	77	28	16	23	30	1.97
27605705--27605734	13	2.3	13	94	0	51	80	3	6	10	1.01
27608665--27608697	14	2.3	15	89	5	50	39	0	3	57	1.14
27610516--27610672	71	2.2	72	82	3	181	41	23	14	20	1.89
27614472--27614538	19	3.5	20	73	6	66	14	31	19	34	1.92
27614448--27614623	39	4.5	39	80	4	178	15	31	18	34	1.92
27614451--27614623	77	2.2	78	84	3	215	15	30	19	34	1.93
27614720--27614888	39	4.4	39	84	1	205	15	30	20	33	1.94
27614725--27614824	19	5.2	19	69	11	78	15	34	19	32	1.92
27614720--27614888	77	2.2	78	86	1	232	15	30	20	33	1.94
27614387--27614918	267	2.0	267	93	0	920	20	22	16	40	1.91
27627716--27627774	28	2.1	28	96	0	109	27	16	30	25	1.97
27638595--27638667	38	1.9	38	91	0	119	42	16	12	28	1.84
27640915--27641220	27	11.3	27	83	4	269	18	16	21	42	1.89
27640915--27641220	54	5.7	54	83	3	348	18	16	21	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27640915--27641221	81	3.8	80	78	5	330	18	16	21	42	1.88
27644184--27644545	27	13.5	26	77	11	295	20	17	19	42	1.90
27644186--27644545	54	6.7	54	80	3	395	20	18	18	42	1.89
27644185--27644545	81	4.5	81	80	4	381	20	18	19	42	1.90
27644956--27645340	27	14.3	27	85	1	468	17	16	22	43	1.88
27645602--27645703	53	1.9	53	89	2	159	16	17	19	46	1.85
27645602--27645703	27	3.8	26	88	3	150	16	17	19	46	1.85
27645715--27645802	46	1.9	46	80	0	104	31	27	17	23	1.97
27646754--27646842	38	2.3	40	77	14	96	28	13	17	40	1.88
27648144--27648180	17	2.2	17	90	9	58	35	5	8	51	1.55
27653578--27654276	347	2.0	348	96	0	1303	39	18	12	29	1.87
27656626--27656951	26	12.5	26	83	0	391	37	21	15	24	1.93
27664070--27664187	26	4.5	26	92	0	191	34	19	16	28	1.94
27664345--27664400	27	2.1	26	87	9	78	12	23	21	42	1.86
27677066--27677275	107	2.0	107	90	0	330	43	20	14	20	1.87
27697745--27697779	17	2.1	17	88	0	52	31	0	25	42	1.55
27700553--27700663	54	2.1	54	94	0	195	34	27	10	27	1.90
27701567--27701786	43	5.2	44	76	9	197	31	28	16	22	1.96
27701569--27701787	86	2.6	85	81	5	257	31	28	16	23	1.96
27701669--27701787	40	2.9	40	74	3	112	31	30	15	22	1.95
27702774--27702804	15	2.1	15	100	0	62	25	12	25	35	1.92
27703744--27703793	26	1.9	26	83	0	64	20	18	24	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27703753--27703817	26	2.5	26	82	0	76	20	18	21	40	1.92
27703914--27703977	33	1.9	33	83	0	83	23	23	25	28	2.00
27710547--27710676	9	14.6	9	70	7	86	37	1	14	46	1.54
27710520--27710675	36	4.1	36	76	16	145	37	1	14	46	1.52
27710519--27710675	27	5.9	26	72	10	84	37	1	14	47	1.52
27710547--27710657	45	2.5	44	91	1	186	37	1	13	46	1.54
27710728--27710754	13	2.1	13	100	0	54	37	11	0	51	1.37
27712008--27712063	27	2.0	28	93	3	96	55	3	1	39	1.28
27714713--27714755	18	2.4	18	88	7	61	46	6	16	30	1.73
27731246--27731305	31	1.9	32	83	10	79	56	5	20	18	1.59
27747954--27748079	66	1.9	66	80	3	146	13	23	18	44	1.85
27756492--27756682	61	3.2	61	71	14	214	42	2	5	50	1.36
27756442--27756763	120	2.7	120	98	0	617	40	1	4	53	1.32
27756663--27756797	18	8.0	17	70	19	95	37	0	3	57	1.22
27756691--27756747	13	4.2	14	75	20	50	36	0	5	57	1.21
27756952--27757043	44	2.0	46	87	4	134	34	30	5	29	1.80
27758332--27758554	72	3.1	71	81	3	205	43	14	6	34	1.72
27758465--27758653	99	1.9	99	85	2	263	44	12	7	34	1.72
27760804--27760887	37	2.3	37	93	0	141	41	9	33	15	1.79
27769051--27769105	17	3.2	18	79	7	60	58	0	0	41	0.98
27769093--27769122	12	2.5	12	94	0	51	53	0	0	46	1.00
27772349--27772374	12	2.2	12	100	0	52	65	7	26	0	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27775654--27776003	40	8.8	40	97	0	630	28	19	28	23	1.98
27790277--27790319	17	2.5	17	96	0	77	16	27	13	41	1.86
27793790--27793818	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
27796283--27796876	47	12.6	47	92	2	858	28	29	8	33	1.87
27796283--27796876	190	3.1	190	88	4	889	28	29	8	33	1.87
27798139--27798317	85	2.1	85	97	0	340	26	28	8	36	1.85
27802447--27802529	37	2.2	38	84	2	105	40	12	3	43	1.59
27803036--27803156	61	2.0	61	98	0	233	44	18	4	33	1.68
27814301--27814351	25	2.0	25	100	0	102	27	27	11	33	1.92
27818250--27818533	50	5.7	50	80	5	263	28	20	27	23	1.99
27824903--27825194	50	5.9	50	86	1	345	27	22	28	21	1.99
27848145--27848527	40	9.8	40	93	3	645	24	28	20	26	1.99
27848145--27848527	119	3.3	118	93	2	648	24	28	20	26	1.99
27852123--27852152	14	2.1	14	100	0	60	20	13	26	40	1.89
27854468--27854607	68	2.1	67	91	1	226	32	12	17	37	1.87
27856225--27856304	19	4.3	19	75	9	83	40	0	0	60	0.97
27856232--27856299	24	2.8	23	70	23	59	42	0	0	57	0.98
27856248--27856294	13	3.8	13	81	13	55	42	0	0	57	0.98
27856489--27856527	16	2.4	16	95	0	69	20	28	5	46	1.72
27866396--27866423	12	2.3	12	100	0	56	57	21	0	21	1.41
27866408--27866522	51	2.3	51	95	3	205	46	19	7	26	1.77
27866468--27866578	33	3.4	34	81	10	106	42	17	9	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27867013--27867047	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27867212--27867302	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
27867283--27867351	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
27867283--27867351	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
27882705--27882755	23	2.2	23	89	0	75	27	31	19	21	1.97
27893288--27893319	14	2.3	14	100	0	64	21	21	28	28	1.99
27898735--27898892	25	6.3	25	73	13	128	25	15	24	34	1.94
27898725--27898820	50	1.9	50	89	0	147	22	18	25	33	1.97
27898737--27898892	75	2.1	75	84	4	199	25	15	25	33	1.95
27914406--27914445	10	3.8	10	84	12	53	60	0	0	40	0.97
27914406--27914438	12	2.9	12	91	8	52	60	0	0	39	0.97
27918041--27918082	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
27918145--27918203	30	2.0	30	83	6	75	47	11	8	32	1.70
27926252--27926289	11	3.5	11	88	0	58	26	2	42	28	1.69
27933253--27933311	25	2.4	25	91	0	91	35	18	20	25	1.95
27935183--27935224	21	2.0	22	81	13	52	11	7	4	76	1.15
27937869--27938110	50	4.8	50	88	3	353	19	30	23	26	1.98
27944570--27944610	20	2.0	20	95	0	73	29	21	0	48	1.50
27947558--27947637	39	2.1	39	85	0	106	36	20	28	15	1.92
27947614--27947695	39	2.1	39	86	0	110	34	14	32	18	1.91
27951939--27952030	37	2.5	37	82	8	107	46	1	21	30	1.58
27956783--27956891	39	2.8	39	82	0	137	34	18	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27956811--27956884	20	3.8	20	70	3	60	29	17	32	20	1.95
27959688--27959736	24	2.0	24	100	0	98	12	8	24	55	1.64
27972059--27972096	9	4.1	10	83	16	55	26	31	0	42	1.56
27972060--27972096	18	2.1	18	100	0	74	27	29	0	43	1.55
27982517--27982640	27	4.6	27	82	8	144	45	19	18	16	1.85
27982530--27982634	54	1.9	54	94	0	183	45	20	18	15	1.85
27982541--27982672	27	4.9	27	82	7	119	46	22	16	14	1.83
27982530--27982672	54	2.7	54	83	11	170	45	23	16	14	1.84
27982678--27982737	27	2.2	27	87	0	84	33	20	26	20	1.97
27982691--27982766	26	2.9	26	84	2	80	28	21	25	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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