genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

This is table  8  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2595405--2595486	41	2.0	41	95	0	146	35	6	10	47	1.64
2596516--2596633	49	2.4	50	81	7	143	28	27	18	25	1.98
2604233--2604378	59	2.5	59	78	4	152	36	15	15	32	1.90
2612791--2612825	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2613058--2613096	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
2613071--2613127	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
2628741--2628796	29	1.9	29	85	7	78	25	16	19	39	1.91
2628734--2628801	29	2.3	29	80	9	77	23	16	20	39	1.91
2630146--2630189	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
2630256--2630425	59	2.9	59	95	0	304	44	9	5	40	1.59
2630436--2630477	16	2.6	16	88	7	59	45	7	2	45	1.44
2630451--2630512	22	2.8	22	85	0	79	46	1	1	50	1.20
2632739--2632808	31	2.3	31	82	5	88	25	24	18	31	1.98
2635366--2635441	28	2.7	28	76	10	73	51	2	0	46	1.15
2638548--2638577	13	2.3	13	94	0	51	46	6	23	23	1.75
2651367--2651419	23	2.3	23	83	6	63	35	1	3	58	1.27
2657490--2657936	52	9.0	51	83	11	599	34	14	22	27	1.93
2657476--2657936	98	4.7	97	87	8	541	34	14	22	27	1.94
2657787--2658018	46	5.3	46	75	20	237	35	15	21	28	1.93
2657906--2658053	37	4.0	37	87	6	187	35	16	21	27	1.94
2659579--2659705	45	3.2	38	78	16	123	18	22	22	37	1.95
2659609--2659757	45	3.4	45	87	1	203	19	20	21	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2660255--2660286	15	2.3	15	89	10	50	40	0	18	40	1.51
2665879--2665915	18	2.1	18	89	0	56	40	10	2	45	1.53
2665884--2665923	18	2.3	18	86	4	55	42	10	5	42	1.60
2666010--2666339	26	13.4	27	68	20	192	61	0	14	24	1.33
2666069--2666182	21	5.1	21	69	25	74	65	0	14	20	1.26
2666036--2666324	48	6.0	48	89	6	397	61	0	14	23	1.33
2666037--2666377	96	3.6	96	84	8	398	62	0	14	23	1.34
2666330--2666364	11	3.3	10	85	14	52	62	2	17	17	1.44
2666001--2666379	22	15.7	22	69	18	133	62	0	14	22	1.34
2666064--2666370	147	2.1	142	84	8	390	61	0	14	22	1.35
2666330--2666364	5	6.6	5	87	12	52	62	2	17	17	1.44
2666645--2666766	5	22.4	5	70	18	59	52	0	18	29	1.45
2666645--2666745	28	3.2	33	78	16	106	53	0	16	29	1.44
2666872--2666948	5	14.6	5	74	15	50	64	1	14	19	1.35
2666872--2666948	23	3.3	23	77	12	77	64	1	14	19	1.35
2666872--2666914	6	7.5	6	82	17	56	67	2	13	16	1.33
2666872--2666955	41	2.1	41	84	6	109	67	1	13	17	1.28
2667298--2667349	21	2.6	19	83	16	70	50	1	0	48	1.12
2667308--2667353	23	2.0	24	83	12	60	52	4	0	43	1.21
2668530--2668564	17	2.1	17	88	0	52	42	2	8	45	1.49
2672010--2672046	15	2.5	15	87	12	51	67	2	0	29	1.04
2681982--2682042	22	2.8	22	85	9	88	40	18	21	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2681979--2682152	25	7.4	25	76	11	122	37	17	24	20	1.93
2687762--2688122	180	2.0	180	99	0	713	28	19	18	32	1.96
2708954--2708987	7	4.9	7	100	0	68	26	0	0	73	0.83
2711788--2712113	46	7.6	45	80	14	359	34	14	21	28	1.93
2711826--2711978	36	4.0	36	79	15	180	37	13	20	28	1.91
2711788--2712113	82	3.9	82	85	8	433	34	14	21	28	1.93
2711788--2712113	128	2.6	126	75	12	358	34	14	21	28	1.93
2713795--2713829	15	2.2	17	90	10	56	80	5	0	14	0.89
2722240--2722304	31	2.2	31	86	5	89	36	15	13	33	1.87
2722212--2722390	92	1.9	92	88	2	270	41	12	11	34	1.79
2723211--2723282	29	2.4	31	74	6	76	37	9	15	37	1.80
2723777--2723814	18	2.2	17	90	4	58	28	5	0	65	1.14
2733869--2733902	14	2.3	14	90	10	50	47	0	0	52	1.00
2733853--2733929	37	2.1	37	83	11	97	44	1	1	53	1.17
2738722--2738776	25	2.3	23	84	6	65	50	5	0	43	1.25
2750694--2750752	27	2.2	28	82	14	79	47	30	0	22	1.51
2751000--2751046	24	2.0	23	84	12	60	31	12	4	51	1.59
2751279--2751322	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
2751675--2751729	22	2.7	20	74	20	51	0	18	9	72	1.10
2753699--2753817	59	2.0	59	100	0	238	44	15	10	30	1.79
2755068--2755135	32	2.1	32	100	0	136	50	16	11	22	1.77
2759530--2759554	13	1.9	13	100	0	50	48	0	12	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2759904--2759959	23	2.3	23	78	6	58	64	0	1	33	1.04
2759908--2759950	23	1.9	22	85	4	59	62	0	2	34	1.08
2760271--2760354	18	4.7	18	76	12	68	40	3	2	53	1.31
2778930--2779109	89	2.0	89	100	0	360	32	18	12	36	1.88
2782358--2782399	21	2.0	21	100	0	84	23	14	9	52	1.71
2783860--2784117	121	2.1	121	96	2	475	29	12	11	46	1.76
2784595--2784688	29	3.1	30	71	15	77	35	0	5	59	1.20
2788571--2788622	19	2.7	19	79	8	61	57	3	1	36	1.28
2788630--2788666	19	1.9	19	88	0	56	59	2	0	37	1.12
2799493--2799609	28	4.2	28	75	13	91	61	0	1	36	1.06
2799509--2799562	19	2.8	20	80	8	67	66	0	0	33	0.92
2799509--2799546	19	2.0	20	94	5	69	71	0	0	28	0.87
2799477--2799582	29	3.7	30	67	21	66	63	0	1	33	1.12
2799515--2799652	19	6.9	19	71	23	79	57	0	2	40	1.11
2799579--2799651	25	3.2	25	64	28	70	52	0	2	45	1.15
2799556--2799653	44	2.2	44	94	1	169	54	0	3	42	1.16
2801501--2801525	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2809627--2809686	26	2.3	25	83	8	75	66	5	3	25	1.27
2809650--2809698	7	6.3	7	78	21	53	77	0	2	20	0.87
2809637--2809694	26	2.2	27	96	3	109	70	0	3	25	1.03
2813168--2813265	23	4.3	23	86	0	133	21	20	24	33	1.97
2813167--2813265	46	2.2	46	88	0	153	22	20	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2815822--2815865	9	4.9	9	85	0	61	52	4	0	43	1.22
2825936--2825970	15	2.2	16	90	5	54	68	0	2	28	1.04
2830346--2830378	16	1.9	18	88	11	52	33	3	0	63	1.10
2830362--2830407	22	2.0	22	84	12	58	41	6	2	50	1.40
2831822--2831847	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2832745--2832777	15	2.1	17	88	11	52	33	0	0	66	0.92
2834562--2834591	3	10.0	3	100	0	60	33	33	0	33	1.58
2838004--2838047	21	2.1	21	86	0	61	29	9	34	27	1.87
2846161--2846393	119	2.0	118	91	2	378	29	8	24	37	1.85
2848293--2848331	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
2848336--2848482	75	2.0	75	100	0	294	38	6	21	33	1.80
2848632--2848706	23	3.3	23	84	3	107	20	18	28	33	1.96
2850549--2850581	4	8.2	4	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2851167--2851204	14	2.8	13	85	14	51	76	2	21	0	0.91
2860550--2860600	24	2.2	23	85	3	66	54	9	1	33	1.44
2862526--2862577	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2879459--2879495	17	2.1	18	90	5	58	43	5	2	48	1.40
2879752--2879795	21	2.1	21	95	0	79	31	11	18	38	1.86
2880450--2880517	34	2.0	35	88	2	102	33	7	14	44	1.73
2887493--2887652	53	3.0	53	96	0	284	37	19	16	26	1.93
2889924--2889959	8	4.5	8	90	10	56	22	0	0	77	0.76
2889923--2889953	9	3.6	9	91	8	55	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2889923--2889959	17	2.2	16	95	4	65	21	0	0	78	0.75
2893878--2893915	19	2.0	19	89	0	58	23	10	0	65	1.23
2895114--2895328	109	2.0	108	92	0	358	39	14	19	26	1.91
2895419--2895487	10	7.0	10	77	9	52	65	0	5	28	1.16
2895420--2895464	19	2.4	19	76	0	54	66	0	4	28	1.11
2896209--2896247	20	2.0	20	94	0	69	43	5	0	51	1.24
2896564--2896831	125	2.2	124	88	2	412	32	24	14	28	1.94
2897287--2897324	20	1.9	20	88	0	58	28	28	13	28	1.94
2897800--2897913	60	1.9	59	91	5	185	39	11	16	32	1.84
2909635--2909673	17	2.2	18	86	9	53	33	2	2	61	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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