genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17955175--17955204	5	6.2	5	92	7	53	36	0	0	63	0.95
17957686--17957725	20	2.0	20	85	0	53	60	5	5	30	1.40
17961551--17961581	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
17963485--17963698	76	2.8	74	89	4	320	23	17	26	32	1.96
17963575--17963708	33	3.8	33	74	17	124	21	20	26	32	1.98
17965814--17965889	11	6.8	11	72	21	52	39	2	3	53	1.33
17966953--17967003	20	2.5	20	90	0	75	54	13	13	17	1.70
17967084--17967124	20	2.0	20	90	0	64	53	17	2	26	1.56
17969595--17969718	41	3.0	41	77	0	113	25	37	18	17	1.93
17970757--17970785	14	2.0	15	93	6	51	27	27	6	37	1.82
17974200--17974304	9	11.6	9	70	10	63	27	2	1	67	1.15
17974200--17974268	25	2.6	26	93	6	113	27	0	2	69	1.02
17976040--17976099	29	2.0	30	81	15	72	31	8	13	46	1.72
17976061--17976122	31	2.0	32	84	6	83	33	9	11	45	1.73
17977104--17977142	15	2.6	14	84	11	51	56	0	2	41	1.13
17977147--17977188	17	2.6	16	77	7	50	59	0	0	40	0.97
17978491--17978615	64	2.0	64	83	3	162	23	23	21	32	1.98
17978494--17978634	64	2.2	64	81	5	160	20	24	21	33	1.97
17980035--17980095	9	6.4	9	75	9	50	65	0	4	29	1.13
17981578--17981605	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
17983215--17983326	53	2.1	53	80	6	120	33	8	2	55	1.45
17983344--17983401	23	2.6	23	86	10	77	37	1	0	60	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17983367--17983401	11	3.3	11	92	8	63	37	0	0	62	0.95
17983387--17983444	25	2.3	26	78	3	64	39	10	0	50	1.37
17983827--17983964	70	2.0	68	87	5	197	29	15	17	37	1.90
17985796--17985843	24	2.0	24	91	0	78	52	10	4	33	1.55
17987898--17987970	38	2.0	36	81	10	85	50	2	2	43	1.30
17988480--17988513	17	2.0	17	94	0	59	61	0	0	38	0.96
17990589--17990648	26	2.3	26	94	0	102	41	20	18	20	1.90
17994172--17994196	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
17994554--17994580	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
17997116--17997169	21	2.6	20	74	14	56	51	7	3	37	1.48
17999367--17999637	43	6.3	43	83	3	314	27	30	18	22	1.98
17999364--17999637	129	2.1	128	84	3	354	28	30	18	22	1.98
18000981--18001218	41	5.9	41	83	7	247	30	27	19	22	1.98
18001630--18001662	16	2.0	17	88	5	50	63	3	3	30	1.24
18006112--18006327	42	5.1	43	90	3	305	27	26	18	27	1.98
18006112--18006327	85	2.5	85	88	4	310	27	26	18	27	1.98
18007591--18008236	322	2.0	322	97	0	1222	28	20	17	32	1.96
18019420--18019467	24	2.0	24	91	0	78	52	10	4	33	1.55
18021465--18021537	38	2.0	36	81	10	85	50	2	2	43	1.30
18024121--18024180	26	2.3	26	94	0	102	41	20	18	20	1.90
18027697--18027721	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
18028079--18028107	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18030638--18030691	21	2.6	20	74	14	56	51	7	3	37	1.48
18032890--18033161	43	6.3	43	83	0	321	27	30	18	23	1.98
18032887--18033161	129	2.1	129	85	2	365	28	30	18	23	1.98
18034508--18034746	41	5.9	41	83	6	247	30	27	19	22	1.98
18035160--18035193	17	1.9	18	88	5	52	64	2	2	29	1.22
18039662--18039880	43	5.1	43	92	1	323	26	26	18	28	1.98
18041157--18041807	324	2.0	324	98	0	1248	28	20	17	32	1.96
18045990--18046107	9	13.4	9	76	16	106	33	0	18	46	1.55
18045994--18046107	25	4.7	25	82	8	146	34	0	19	45	1.56
18045990--18046076	16	5.2	17	77	15	74	35	0	18	45	1.50
18045999--18046101	16	6.0	16	74	20	84	33	0	18	46	1.56
18046054--18046097	21	2.1	21	86	0	61	31	2	20	45	1.64
18046162--18046192	12	2.6	12	89	0	53	32	0	19	48	1.49
18046138--18046206	29	2.3	31	85	9	90	30	0	23	46	1.53
18046285--18046342	25	2.3	27	82	8	77	43	3	12	41	1.59
18050814--18050889	23	3.3	23	71	23	77	48	21	2	27	1.63
18051289--18051588	41	7.5	41	86	7	420	36	27	19	16	1.93
18051513--18051578	34	1.9	34	96	0	123	36	28	16	18	1.93
18058474--18058547	33	2.2	33	100	0	148	37	25	5	31	1.79
18059126--18059243	34	3.5	34	81	3	123	33	29	15	21	1.94
18062620--18062679	29	2.1	29	93	0	102	31	16	20	31	1.95
18062881--18062919	18	2.1	19	85	9	53	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18073676--18073746	25	2.8	25	86	4	97	59	8	4	28	1.46
18078247--18078277	12	2.6	12	94	0	53	6	19	41	32	1.77
18079900--18079941	20	2.0	21	86	4	59	42	21	2	33	1.66
18091962--18092004	6	7.2	6	83	0	59	18	0	4	76	0.95
18094750--18094895	42	3.7	42	73	22	152	30	26	19	23	1.98
18094721--18094932	76	2.8	75	93	0	352	30	27	19	21	1.98
18094903--18094956	27	2.0	27	88	0	81	29	33	20	16	1.95
18094832--18095032	102	2.0	102	93	0	348	31	28	19	19	1.97
18096100--18096133	11	2.8	12	91	8	52	35	8	11	44	1.72
18102239--18102472	33	6.7	33	70	21	133	31	27	18	21	1.97
18102269--18102413	41	3.7	42	73	23	143	31	26	17	23	1.97
18102240--18102450	76	2.8	75	92	2	334	31	27	18	22	1.97
18102425--18102476	26	2.0	26	92	0	86	28	30	19	21	1.97
18102351--18102548	100	2.0	100	90	4	310	33	27	17	21	1.96
18107897--18108037	25	5.5	25	75	11	106	32	21	22	23	1.98
18109809--18109838	14	2.1	14	100	0	60	40	30	6	23	1.80
18115425--18115494	25	2.8	25	88	0	113	34	21	25	18	1.96
18119836--18119886	18	2.8	17	82	11	66	29	3	3	62	1.31
18122437--18122684	27	9.2	27	85	0	316	41	20	18	20	1.90
18122437--18122684	54	4.6	54	88	0	361	41	20	18	20	1.90
18124564--18124615	20	2.5	20	84	12	61	53	1	0	44	1.11
18140922--18140994	32	2.3	32	76	9	76	15	9	16	58	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18141193--18141262	16	4.4	16	96	0	104	31	0	35	32	1.58
18141241--18141338	44	2.2	44	87	1	133	32	5	29	32	1.79
18141495--18141628	18	7.9	18	69	17	90	57	1	0	40	1.13
18141510--18141750	38	5.9	40	67	21	128	54	3	0	41	1.23
18141546--18141601	15	4.0	15	73	17	57	55	0	0	44	0.99
18141556--18141614	26	2.3	25	85	8	82	57	1	0	40	1.09
18141551--18141749	59	3.3	59	73	14	219	54	3	0	41	1.21
18141529--18141771	120	2.0	120	97	0	459	51	4	1	42	1.28
18148775--18148827	23	2.3	23	86	0	79	32	26	20	20	1.98
18152806--18152850	16	2.8	16	79	0	54	28	24	26	20	1.99
18152863--18152950	44	2.0	44	82	8	108	36	21	25	17	1.94
18154663--18154810	57	2.5	60	83	9	187	23	25	20	30	1.98
18157491--18157537	22	2.2	21	85	7	60	34	21	23	21	1.97
18157564--18157695	57	2.3	57	86	0	183	40	22	18	17	1.91
18166008--18166068	33	1.9	31	86	6	86	67	8	3	21	1.32
18166487--18166527	11	3.5	11	81	18	55	34	2	0	63	1.08
18168007--18168037	14	2.2	14	100	0	62	61	12	12	12	1.58
18175116--18175183	31	2.2	31	81	5	75	27	10	17	44	1.81
18175210--18175349	59	2.4	59	78	4	149	44	12	15	27	1.83
18177923--18177960	20	1.9	20	94	0	67	26	36	5	31	1.79
18180182--18180215	3	11.3	3	87	0	50	64	5	0	29	1.17
18181939--18181991	21	2.5	23	76	17	60	37	0	11	50	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18182152--18182202	25	2.0	25	84	0	66	21	29	19	29	1.98
18182342--18182425	24	3.4	26	76	15	88	16	27	25	30	1.97
18182390--18182446	24	2.3	25	77	17	66	21	24	22	31	1.98
18182339--18182446	48	2.2	50	80	5	121	18	25	23	32	1.97
18186121--18186165	8	5.6	8	92	7	74	0	11	0	88	0.50
18186127--18186171	9	5.1	9	94	5	67	0	11	2	86	0.65
18186121--18186165	17	2.8	17	93	6	76	0	11	0	88	0.50
18187311--18187482	86	2.0	86	97	0	326	38	14	7	38	1.75
18187972--18188016	21	2.1	21	88	8	65	60	0	11	28	1.31
18195887--18195911	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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