genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14640048--14640102	24	2.2	26	78	18	64	36	0	20	43	1.52
14640260--14640394	40	3.4	39	76	7	139	23	18	25	31	1.97
14646889--14646932	22	2.0	22	82	8	54	22	6	6	63	1.43
14647703--14647764	27	2.3	27	79	20	76	46	1	8	43	1.42
14648650--14648803	76	2.0	76	93	0	263	27	22	17	33	1.96
14655463--14655524	21	3.0	21	87	0	97	29	20	17	32	1.96
14655797--14655842	21	2.2	21	84	7	58	41	21	13	23	1.88
14655894--14655970	34	2.3	34	88	4	111	41	16	14	27	1.87
14656789--14656825	5	7.0	5	88	11	56	78	0	21	0	0.75
14656791--14656825	11	3.2	11	91	0	61	80	0	20	0	0.72
14656789--14656825	16	2.3	16	90	9	58	78	0	21	0	0.75
14675679--14675703	8	3.1	8	100	0	50	28	0	0	72	0.86
14676848--14676881	17	2.0	17	88	0	50	38	14	14	32	1.87
14678165--14678214	21	2.4	22	80	16	61	50	8	0	42	1.32
14684709--14684759	22	2.3	22	79	0	57	39	11	13	35	1.82
14691795--14691838	22	1.9	24	86	9	65	65	2	25	6	1.28
14693126--14693179	25	2.2	25	93	0	90	44	9	5	40	1.60
14693132--14693182	25	2.0	25	100	0	102	43	7	7	41	1.63
14705189--14705248	18	3.3	19	82	17	74	78	0	5	16	0.92
14705189--14705228	6	6.5	6	94	5	71	82	0	2	15	0.77
14707716--14707942	79	2.9	79	83	0	283	41	17	10	30	1.82
14711434--14711470	19	1.9	19	100	0	74	35	10	21	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14716291--14716323	18	1.9	17	88	11	50	33	3	3	60	1.27
14716929--14716957	14	2.0	15	93	6	51	68	0	3	27	1.05
14717829--14717871	22	2.0	21	82	17	52	16	13	11	58	1.64
14722342--14722387	19	2.5	20	86	10	62	52	0	6	41	1.27
14723526--14723568	5	8.4	5	82	5	50	69	0	23	6	1.12
14724610--14724638	9	3.2	9	100	0	58	44	34	0	20	1.52
14725229--14725260	13	2.4	14	85	15	50	43	12	15	28	1.83
14725240--14725409	39	4.2	39	82	10	191	39	21	19	20	1.93
14725238--14725382	45	3.3	43	83	12	181	40	20	18	20	1.91
14726441--14726475	10	3.6	10	88	3	54	8	8	8	74	1.23
14727540--14727618	34	2.3	33	82	10	95	46	3	0	49	1.19
14731557--14731622	8	7.4	9	71	19	50	51	3	1	43	1.26
14734043--14734067	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
14734338--14734375	3	12.7	3	100	0	76	0	31	0	68	0.90
14737803--14737838	16	2.2	16	90	0	54	2	11	5	80	0.98
14737930--14737961	8	4.0	8	100	0	64	50	0	0	50	1.00
14737879--14737967	27	3.2	26	75	24	85	47	2	1	49	1.21
14738221--14738247	14	1.9	14	100	0	54	44	7	11	37	1.68
14738341--14738378	14	2.8	13	92	7	67	47	5	10	36	1.61
14738647--14738810	34	4.8	34	81	5	197	18	24	15	42	1.88
14738660--14738810	69	2.2	68	88	3	223	18	25	15	41	1.89
14743080--14743146	6	10.5	6	77	17	55	73	0	5	20	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14749101--14749145	20	2.1	23	88	12	69	13	8	8	68	1.38
14749175--14749217	21	2.0	23	81	9	54	32	11	11	44	1.77
14753243--14753278	17	2.1	17	100	0	72	50	16	16	16	1.79
14757900--14757994	9	10.2	9	66	13	50	63	2	1	33	1.13
14759660--14759737	39	2.0	38	85	7	104	29	10	14	46	1.77
14763952--14763984	16	2.1	16	88	11	50	75	0	12	12	1.04
14763941--14763985	24	2.0	21	87	12	63	71	0	15	13	1.15
14768864--14768891	14	2.0	14	100	0	56	71	7	7	14	1.29
14769470--14769540	23	2.9	25	85	6	83	38	21	22	18	1.94
14769430--14769540	25	4.5	25	76	12	95	36	21	23	18	1.95
14772169--14772617	225	2.0	225	97	0	853	37	8	19	34	1.83
14772848--14773169	161	2.0	161	95	0	572	34	22	14	28	1.93
14773847--14773989	71	2.0	71	84	0	187	41	24	17	16	1.90
14773899--14774151	117	2.1	117	82	7	314	42	23	17	16	1.88
14773908--14774127	117	1.9	117	86	1	316	43	24	17	15	1.86
14778085--14778242	17	8.7	17	69	22	74	46	1	2	49	1.23
14778068--14778142	12	6.6	12	70	21	54	45	0	2	52	1.15
14778070--14778206	45	2.9	46	71	19	120	45	0	2	51	1.21
14778068--14778143	20	4.0	19	81	11	84	44	0	2	52	1.14
14779139--14779584	125	3.6	124	91	0	730	28	17	22	32	1.96
14782588--14782857	113	2.4	114	96	1	488	41	7	10	40	1.66
14782865--14783413	21	25.2	21	79	9	503	25	0	27	46	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14782955--14783032	26	3.2	26	73	21	78	26	0	21	51	1.48
14783232--14783326	49	1.9	49	85	4	129	23	1	31	44	1.60
14782904--14783416	284	1.8	283	88	3	780	25	0	27	46	1.57
14785895--14785948	11	4.9	11	78	14	58	44	0	31	24	1.54
14785895--14785948	22	2.5	22	87	6	74	44	0	31	24	1.54
14786578--14786628	20	2.4	20	83	9	57	58	3	1	35	1.28
14786614--14786639	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
14787499--14787533	3	11.7	3	100	0	70	0	65	0	34	0.93
14794813--14794873	32	1.9	32	96	0	113	26	11	9	52	1.68
14798438--14798498	31	1.9	32	83	9	81	40	4	0	54	1.22
14811240--14811486	25	10.0	25	79	7	220	36	19	24	19	1.95
14811246--14811502	24	10.5	24	77	9	191	35	20	24	19	1.96
14816479--14816517	15	2.6	16	88	8	55	64	0	10	25	1.25
14818190--14818246	29	2.0	29	86	6	80	38	7	10	43	1.66
14818093--14818262	91	1.9	90	81	12	206	33	5	11	49	1.62
14823601--14823679	38	2.1	38	92	4	133	15	8	31	44	1.77
14825683--14825731	21	2.3	21	78	0	53	73	4	2	20	1.10
14826102--14826164	29	2.3	26	78	8	72	60	3	0	36	1.13
14827992--14828108	44	2.7	44	85	5	148	27	22	20	29	1.98
14828077--14828196	45	2.7	45	79	12	131	25	25	21	27	1.99
14828204--14828749	267	2.0	267	91	0	869	25	25	19	28	1.99
14828916--14829081	44	3.8	44	88	1	244	28	25	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14829952--14830000	25	1.9	26	87	4	73	61	10	12	16	1.57
14830283--14830319	17	2.2	17	86	13	51	10	10	2	75	1.14
14835388--14835450	29	2.3	26	78	8	72	60	3	0	36	1.13
14835483--14835525	23	2.0	22	86	9	61	65	6	6	20	1.41
14837347--14837649	151	2.0	151	93	0	516	24	29	19	27	1.98
14841080--14841118	20	2.0	20	94	0	69	51	5	10	33	1.58
14847906--14847964	28	2.0	31	83	9	79	44	0	5	50	1.24
14849668--14849766	41	2.4	41	88	3	155	29	22	29	19	1.98
14851809--14851865	25	2.3	25	84	0	69	19	28	17	35	1.94
14853353--14853382	14	2.1	15	93	6	53	13	20	0	66	1.24
14856003--14856036	16	2.1	17	89	10	54	38	0	0	61	0.96
14856003--14856050	23	2.1	22	81	11	53	41	0	0	58	0.98
14856760--14856793	7	4.7	7	89	7	50	47	2	0	50	1.16
14856800--14856836	6	6.0	6	96	3	65	16	18	16	48	1.81
14868374--14868437	28	2.3	28	84	7	78	32	21	21	23	1.98
14868538--14868591	26	2.1	26	92	0	90	37	24	20	18	1.94
14868785--14868958	27	6.5	27	77	10	169	20	16	19	43	1.88
14868785--14868958	54	3.2	54	91	0	260	20	16	19	43	1.88
14868786--14868935	81	1.9	80	84	6	205	19	17	20	43	1.88
14868792--14868958	81	2.1	80	82	7	196	20	16	19	43	1.88
14881548--14881582	16	2.2	16	100	0	70	22	20	37	20	1.95
14882299--14882588	120	2.4	120	94	1	501	42	2	4	50	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14882424--14882475	15	3.6	15	80	12	56	44	0	0	55	0.99
14882553--14882594	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
14882544--14882585	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
14882528--14882844	157	2.0	157	96	0	589	47	5	3	44	1.41
14882697--14882731	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14882529--14882767	75	3.1	75	64	18	191	46	3	3	46	1.35
14882967--14883018	16	3.2	16	91	0	86	34	36	1	26	1.68
14887470--14887497	12	2.3	12	100	0	56	21	0	0	78	0.75
14888015--14888069	16	3.4	16	82	7	67	25	5	10	58	1.53
14888943--14888975	15	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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