genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  22  of  199  ( 23844 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7123958--7124121	81	2.0	81	89	2	249	26	21	11	40	1.87
7128498--7128558	30	2.0	30	100	0	122	31	29	0	39	1.57
7129485--7129529	14	3.4	14	75	25	53	42	0	0	57	0.98
7129487--7129532	22	2.1	21	84	4	56	43	0	0	56	0.99
7140057--7140082	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
7154023--7154049	14	1.9	14	100	0	54	92	0	7	0	0.38
7162217--7162253	15	2.5	15	86	0	56	10	29	29	29	1.91
7164607--7164647	19	2.2	18	86	4	55	41	2	9	46	1.50
7166211--7166277	29	2.4	28	87	5	98	59	1	4	34	1.26
7166211--7166289	29	2.8	28	84	5	95	58	1	6	34	1.32
7166573--7166624	16	3.2	16	83	8	61	63	1	3	30	1.23
7166581--7166624	17	2.7	16	82	13	54	61	0	4	34	1.16
7171088--7171168	31	2.5	31	84	4	99	55	6	11	27	1.58
7171742--7172294	274	2.0	274	97	0	1045	28	22	12	36	1.91
7172254--7172306	24	2.2	24	96	0	97	13	49	3	33	1.60
7175309--7175409	50	2.0	50	100	0	202	44	5	17	31	1.73
7189237--7189274	6	6.3	6	93	0	58	15	2	68	13	1.32
7191624--7191658	18	1.9	18	100	0	70	28	0	2	68	1.04
7191072--7192830	591	3.0	591	99	0	3490	24	13	26	35	1.93
7192215--7192249	18	1.9	18	100	0	70	28	0	2	68	1.04
7196891--7196985	48	1.9	50	89	4	149	34	1	10	53	1.42
7196901--7197007	48	2.2	48	78	9	110	40	1	9	48	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7201759--7201792	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
7203188--7203252	24	2.7	24	85	2	76	44	0	1	53	1.09
7204035--7204381	173	2.0	173	100	0	694	29	12	15	42	1.83
7206179--7206211	15	2.1	16	88	5	50	60	36	3	0	1.12
7207419--7207443	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7207889--7207941	27	2.0	27	88	0	79	45	22	3	28	1.70
7214757--7214790	18	1.9	18	88	5	52	11	20	0	67	1.21
7214763--7214790	6	4.7	6	100	0	56	14	17	0	67	1.22
7215394--7215435	17	2.4	18	80	4	50	59	0	4	35	1.19
7216280--7216366	44	2.0	45	83	2	113	28	24	14	32	1.95
7216445--7216610	44	3.6	44	76	12	136	29	18	18	33	1.95
7216476--7216653	96	1.9	96	85	1	250	29	18	19	33	1.95
7216679--7217061	50	7.7	50	76	1	356	27	19	20	31	1.97
7216674--7217082	100	4.1	100	88	0	604	26	21	21	30	1.98
7217077--7217182	47	2.3	45	85	4	133	27	16	24	31	1.97
7217293--7217505	46	4.7	45	78	6	162	30	22	16	30	1.96
7217585--7217702	44	2.7	44	94	0	200	32	27	17	22	1.96
7217844--7217980	72	1.9	72	86	0	193	27	26	11	34	1.91
7218106--7218601	45	11.1	45	81	7	562	29	25	17	27	1.97
7218905--7218956	24	2.2	24	89	0	77	32	30	7	28	1.85
7218985--7219073	45	2.0	46	82	6	110	26	24	11	37	1.89
7221929--7222064	50	2.7	50	88	1	209	18	30	25	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7222401--7222458	30	1.9	30	86	6	82	27	24	6	41	1.80
7263234--7263261	5	5.6	5	100	0	56	42	17	17	21	1.89
7266028--7266060	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
7265675--7266469	404	2.0	402	98	0	1545	35	15	16	31	1.91
7266432--7266464	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
7266631--7266673	22	2.0	22	85	0	59	60	9	9	20	1.55
7269686--7269776	18	5.1	18	89	0	137	30	21	14	32	1.93
7275071--7275153	29	2.7	31	76	12	91	59	3	3	33	1.32
7276852--7276912	31	2.0	31	87	6	88	36	13	8	42	1.74
7279960--7280002	22	2.0	22	86	8	63	48	6	0	44	1.29
7280936--7280964	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
7281686--7281754	28	2.3	29	83	14	88	44	0	0	55	0.99
7284992--7285238	105	2.4	102	87	5	336	39	14	17	28	1.89
7286749--7286781	4	8.2	4	100	0	66	24	0	0	75	0.80
7286850--7286884	13	2.6	13	90	4	52	48	0	0	51	1.00
7299975--7300007	16	2.1	16	88	11	50	3	36	3	57	1.29
7300192--7300243	27	1.9	27	96	0	95	11	50	21	17	1.77
7301135--7301169	15	2.4	15	85	4	54	45	54	0	0	0.99
7301139--7301169	5	6.2	5	96	0	53	41	58	0	0	0.98
7301551--7301594	3	14.7	3	90	0	70	36	31	31	0	1.58
7301594--7301627	9	4.0	8	85	14	50	73	0	26	0	0.83
7305676--7305726	19	2.6	20	79	14	61	35	1	1	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7308180--7308318	23	6.1	23	71	14	108	33	14	25	26	1.94
7308193--7308334	23	6.2	23	71	14	89	33	14	26	26	1.94
7326237--7326335	41	2.6	38	75	6	101	29	29	19	22	1.98
7326606--7326659	27	2.0	27	85	7	74	33	12	0	53	1.39
7326612--7326668	28	2.0	29	86	10	82	31	12	1	54	1.48
7327492--7327551	2	34.0	2	74	24	55	56	0	0	43	0.99
7327492--7327551	7	8.5	8	77	18	55	56	0	0	43	0.99
7327497--7327592	19	4.9	19	70	23	74	56	3	1	39	1.22
7327513--7327561	24	2.1	23	81	11	55	63	2	0	34	1.06
7327492--7327593	14	7.5	14	72	23	69	54	2	0	41	1.22
7328749--7328938	94	2.0	94	98	0	371	47	9	4	37	1.57
7329019--7329059	21	2.0	20	86	13	57	51	0	0	48	1.00
7329020--7329066	22	2.2	21	81	11	51	53	2	0	44	1.12
7329552--7329602	20	2.6	21	76	14	56	52	0	1	45	1.12
7338469--7338526	30	1.9	30	85	0	80	39	5	12	43	1.64
7347177--7347235	31	1.9	30	83	10	75	25	11	8	54	1.65
7354638--7354694	19	2.9	19	85	12	80	64	0	5	29	1.15
7357659--7357710	26	2.0	26	96	0	95	5	23	15	55	1.61
7359775--7359843	16	4.2	16	92	3	120	26	0	36	37	1.57
7359775--7359843	33	2.1	32	94	2	120	26	0	36	37	1.57
7359824--7359914	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
7360079--7360115	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7360157--7360342	59	3.1	58	69	19	157	51	3	2	42	1.34
7360059--7360348	120	2.4	120	89	3	456	49	4	2	43	1.35
7385136--7385183	20	2.4	21	76	13	57	33	2	4	60	1.27
7385173--7385206	12	2.8	12	90	0	59	32	8	0	58	1.29
7390535--7390656	44	2.7	46	79	2	131	30	16	24	28	1.96
7390585--7390969	134	2.9	134	94	0	653	26	21	23	29	1.99
7390697--7390893	46	4.4	46	66	10	145	24	20	23	30	1.98
7390977--7391666	44	15.7	44	77	4	633	28	15	25	29	1.96
7390977--7391666	132	5.2	132	89	1	936	28	15	25	29	1.96
7393328--7393375	20	2.4	21	76	13	57	33	2	4	60	1.27
7393365--7393398	12	2.8	12	90	0	59	32	8	0	58	1.29
7399827--7399903	16	4.5	17	73	15	61	18	16	29	35	1.93
7399806--7399903	50	1.9	52	82	12	123	21	17	25	35	1.95
7403093--7403128	14	2.6	14	100	0	72	13	30	33	22	1.93
7409816--7409844	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
7414931--7414987	21	2.8	20	72	15	62	61	0	3	35	1.13
7414933--7414987	10	5.4	10	79	12	58	60	0	3	36	1.15
7414914--7415011	51	1.9	50	82	10	119	57	0	3	39	1.14
7414935--7415018	30	2.7	31	85	5	100	57	0	4	38	1.20
7418458--7418495	17	2.3	17	86	4	51	60	2	0	36	1.11
7419975--7420013	18	2.2	18	85	0	51	33	5	5	56	1.43
7421255--7421340	29	3.1	26	78	17	84	65	1	6	26	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7432832--7432877	21	2.1	23	92	8	78	36	0	0	63	0.95
7432837--7432888	21	2.4	21	81	12	61	38	0	1	59	1.08
7435616--7435773	48	3.3	48	88	0	226	46	15	13	24	1.83
7435673--7435752	23	3.4	23	69	14	65	43	18	12	25	1.85
7436315--7436434	42	2.8	43	83	2	145	32	21	16	29	1.95
7440557--7440609	18	2.9	18	80	2	61	41	45	1	11	1.51
7440707--7440782	9	8.4	9	81	5	82	30	10	18	40	1.84
7440714--7440782	27	2.6	27	92	0	111	30	10	17	42	1.82
7446192--7446231	13	3.1	13	85	0	62	35	27	7	30	1.84
7446592--7446663	26	2.8	25	83	6	81	43	0	1	55	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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