genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58101237

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18916301--18916349	9	5.4	9	80	9	55	75	4	16	4	1.11
18916300--18916349	18	2.7	19	81	9	68	74	4	16	6	1.17
18916861--18916891	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
18917288--18917371	23	3.8	22	83	7	100	19	21	20	39	1.93
18923715--18923780	34	1.9	34	87	6	98	46	21	12	19	1.82
18929346--18929464	59	2.0	59	96	0	220	14	16	16	52	1.76
18929421--18929447	14	1.9	14	100	0	54	7	22	22	48	1.75
18929574--18929695	47	2.6	47	94	0	217	22	10	9	57	1.61
18929678--18929707	12	2.5	12	94	0	51	23	6	13	56	1.60
18940991--18941022	16	2.0	16	100	0	64	18	6	6	68	1.32
18941666--18941720	27	2.0	27	100	0	110	50	7	10	30	1.64
18943612--18943666	27	2.0	28	96	3	103	58	9	0	32	1.30
18943715--18943781	27	2.5	27	87	4	91	28	28	26	16	1.97
18943913--18943951	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
18943997--18944030	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
18944029--18944069	3	13.7	3	100	0	82	0	0	31	68	0.90
18944263--18944315	26	2.0	26	92	0	88	41	0	7	50	1.30
18944321--18944351	12	2.6	12	94	0	53	19	0	19	61	1.35
18944901--18944945	18	2.5	18	81	0	63	28	8	48	13	1.72
18947254--18947346	46	2.0	46	100	0	186	36	8	20	34	1.83
18950744--18950837	18	5.1	18	75	15	77	0	29	0	70	0.88
18950750--18950926	4	44.8	4	72	18	106	0	31	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18950750--18950821	22	3.2	22	78	9	83	0	27	0	72	0.85
18950750--18950926	38	4.2	43	75	16	176	0	31	0	68	0.90
18950773--18950882	34	3.1	33	75	21	98	0	30	0	70	0.88
18950722--18950927	70	2.9	70	76	16	183	0	33	0	66	0.92
18950719--18950935	82	2.7	79	82	10	230	0	33	0	66	0.92
18950750--18950925	44	4.1	44	76	15	140	0	31	0	68	0.90
18950969--18951026	27	2.1	28	87	3	82	20	29	25	24	1.99
18951082--18951135	28	1.9	28	100	0	108	33	0	7	59	1.25
18959442--18959485	19	2.3	19	88	4	61	25	11	13	50	1.75
18962732--18962765	16	2.1	16	94	0	59	52	0	35	11	1.38
18966518--18966552	16	2.2	16	90	10	54	0	11	11	77	1.00
18967912--18967986	21	3.7	21	73	15	68	38	2	1	57	1.21
18968273--18968365	19	5.1	18	67	12	64	34	4	2	59	1.29
18968361--18968418	30	1.9	31	89	3	91	34	5	3	56	1.38
18968940--18969006	24	2.8	24	88	0	89	23	10	20	44	1.82
18968939--18969025	24	3.8	24	81	6	81	24	11	19	44	1.83
18971471--18971696	114	1.9	116	93	3	393	42	3	13	40	1.61
18972180--18972326	41	3.6	41	89	1	224	27	19	29	23	1.98
18975610--18975860	23	10.7	23	82	5	279	41	19	11	27	1.86
18975630--18975862	48	4.9	48	82	6	269	42	19	11	26	1.85
18975610--18975851	71	3.4	71	86	2	310	40	19	12	26	1.87
18976877--18976958	43	1.9	43	83	14	107	30	28	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18978713--18978806	48	2.0	48	82	0	116	31	13	20	34	1.92
18979044--18979072	15	2.0	15	93	6	51	44	0	27	27	1.54
18980935--18980968	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
18983666--18983760	49	2.0	48	83	6	120	35	4	2	57	1.30
18989929--18989962	15	2.3	15	89	0	50	64	8	2	23	1.36
18989969--18990005	13	2.7	14	84	16	51	67	5	5	21	1.31
18990623--18990663	18	2.3	19	83	8	50	70	4	9	14	1.30
18991782--18992303	132	4.0	132	94	0	875	29	23	18	27	1.98
18991887--18992226	44	7.7	44	65	14	128	28	23	18	29	1.98
18998027--18998060	15	2.3	15	89	0	50	64	8	2	23	1.36
18998067--18998103	13	2.7	14	84	16	51	67	5	5	21	1.31
18998339--18998369	6	5.2	6	100	0	62	35	0	16	48	1.46
18998692--18998717	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
19002649--19002685	18	2.1	18	100	0	74	16	5	5	72	1.21
19004577--19004634	28	2.1	28	96	0	107	17	6	12	63	1.49
19018109--19018134	12	2.2	12	100	0	52	42	7	11	38	1.70
19025072--19025272	103	2.0	103	86	2	287	33	19	15	30	1.94
19046328--19046378	18	2.7	20	76	17	54	33	13	25	27	1.94
19046901--19046938	17	2.2	18	86	13	53	47	10	0	42	1.38
19054784--19054861	39	2.0	39	92	0	129	33	7	7	51	1.59
19060333--19060371	17	2.1	19	86	13	55	41	0	2	56	1.13
19061098--19061155	23	2.4	23	77	11	55	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19061321--19061375	29	2.0	27	86	13	76	47	5	0	47	1.25
19061864--19061950	28	3.1	27	82	11	86	44	0	3	51	1.18
19061864--19061939	28	2.6	28	85	8	91	48	0	2	48	1.15
19063415--19063448	14	2.4	14	100	0	68	67	0	0	32	0.91
19063494--19063571	27	3.0	26	79	7	86	48	6	7	37	1.57
19063494--19063588	27	3.5	26	78	8	84	50	5	7	36	1.53
19064288--19064321	16	2.1	17	88	5	52	76	8	5	8	1.15
19066622--19066850	51	4.9	45	81	15	268	27	23	15	33	1.95
19066622--19066826	51	4.1	50	86	6	278	28	23	14	33	1.94
19066733--19066849	45	2.6	44	84	7	155	29	23	15	31	1.95
19067036--19067078	9	4.8	9	94	0	68	39	27	9	23	1.85
19067475--19067658	46	4.0	46	96	0	341	29	19	15	34	1.93
19070921--19071011	44	2.1	44	89	4	139	31	7	9	50	1.64
19079811--19079864	16	3.4	16	79	5	65	22	18	0	59	1.38
19090717--19090747	16	1.9	16	93	0	53	54	0	3	41	1.16
19095214--19095252	19	2.1	19	85	0	51	15	0	41	43	1.46
19104353--19104397	6	7.5	6	100	0	90	51	15	0	33	1.44
19104596--19104635	6	6.7	6	91	0	62	45	0	20	35	1.51
19104596--19104635	12	3.3	12	96	0	71	45	0	20	35	1.51
19108324--19108376	24	2.2	25	80	16	67	22	22	3	50	1.64
19112936--19113038	17	5.8	17	69	18	59	40	4	2	51	1.38
19113676--19113926	49	5.2	48	76	6	202	21	27	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19113674--19113859	48	3.9	48	78	6	169	20	29	18	31	1.97
19114954--19114980	13	2.1	13	100	0	54	37	11	7	44	1.68
19116931--19116969	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
19117168--19117360	50	3.8	50	80	6	183	26	25	19	27	1.99
19122567--19122608	21	2.0	21	86	9	59	30	0	9	59	1.29
19126245--19126297	27	2.0	27	100	0	106	58	7	0	33	1.26
19126291--19126323	13	2.6	13	90	4	50	84	12	3	0	0.72
19126357--19126429	27	2.7	27	89	0	101	27	23	39	9	1.85
19126476--19126553	18	4.5	17	78	15	72	66	0	33	0	0.92
19126478--19126549	10	6.6	10	73	17	54	68	0	31	0	0.90
19126478--19126686	24	8.8	23	66	19	74	66	0	31	1	1.07
19126481--19126554	14	5.1	13	71	25	51	68	0	31	0	0.89
19126496--19126657	38	4.4	38	87	7	212	66	0	31	1	1.07
19126498--19126636	10	14.5	10	70	18	82	64	0	32	2	1.10
19127359--19127409	18	2.8	18	87	3	66	25	0	7	66	1.18
19127446--19127514	27	2.5	28	88	6	106	42	10	0	47	1.37
19127516--19127551	17	2.1	18	89	5	56	83	0	5	11	0.80
19127516--19127551	18	2.0	18	89	10	56	83	0	5	11	0.80
19128860--19128896	17	2.2	17	100	0	74	29	16	8	45	1.76
19130285--19130367	27	3.1	27	78	0	103	12	42	19	26	1.86
19130432--19130474	21	2.0	21	100	0	86	53	0	9	37	1.33
19131156--19131186	14	2.2	14	94	0	53	38	9	19	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19131597--19131695	27	3.6	27	70	20	96	13	14	21	51	1.75
19133762--19133819	26	2.2	26	96	0	107	34	12	10	43	1.76
19134077--19134155	33	2.4	32	83	8	97	50	17	5	26	1.67
19142373--19142421	20	2.6	19	83	6	55	22	6	4	67	1.30
19142443--19142485	18	2.5	17	81	7	50	39	0	6	53	1.28
19142448--19142503	19	2.8	20	81	10	62	41	0	7	51	1.29
19142457--19142503	21	2.4	18	86	10	58	44	0	4	51	1.21
19148869--19148925	27	2.1	27	87	6	80	40	12	7	40	1.70
19149304--19149348	20	2.2	21	84	11	58	20	6	0	73	1.05
19151914--19152070	77	2.0	78	97	1	298	42	12	11	33	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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